RnoINT0125332 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000025881 | Rbms3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1588240]
Coordinates
chr8:124892608-124933693:-
Coord C1 exon
chr8:124933643-124933693
Coord A exon
chr8:124892719-124933642
Coord C2 exon
chr8:124892608-124892718
Length
40924 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
GACATTGTATGTGCTTTTAGGGT
3' ss Score
8.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCAGAGCACGTCATGGACGCCACACCTGCCATACATAATGCAGCCAACA
Seq A exon
GTAAGTGTTCTCAGTCACCTGAGGCTCAATGTTTCTATTCTCCAAGGGCAAGCTTTTGGGATGCATAGTGGCTCTGGGGTGGAACTTTGCTCATAGACTAGAACTCTTTCAGACAAACACTTCCTCCAGAAGTAGAAAGGCCACTGGGAAAGGCACAGAAGCACATGCCACAGGCAGCTAGAGATAGAAGTGGGCACAGAGGCAGAAACAGAGATTTGTGTGCAAGAGGACTTGTACTCCAGGAAGAAACTCAGAACTCTTTACACTTAGGCCTGACTTATGAAGAAAAGCTTTTAGGGTCCCCACTCTTTGTTCTGTTCTCCTTACTCCTAATACAGTGCCATAGGCTCTGGGGGACCTTTTGGACCATCATGGCCAAGTGTAGACTCAGCGAAATGCGTTTGTAAAACCTACCGAGGAGAGACGATGCACAGGGAGATTCCATGTTAGAGACTATTTGCCATCCTATTCTTTACTGGGAAAAAAGTCTTCCAAAACCTTCTAAGTACTTCATACTTGCTGGATTTCCCAGTTGTGGTGCCTTTCCTTGGGCTCCAGTGAGAAGAGGAATATATCACAGAAGGACCGAGACTGAGCAAAGGATCCCTCTGGTCGCTGTTGTATTGTATGGTTTTTATAGCTCTATAGGAGAGGAAAGAAGGGGAGAGGGAGTCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCAAGACACAGACACACACCAAGACACAGACACACAGATACACAGAGAGAGAGACAGAGAGACACAGAGAGAGATGAGACAGACAGAATATTTGAACAGCACACACTCATTAGGGTATGAAATCAAGGTCAGAGCCCTAGACAAGGAATTGTGTCATGTGACAGGTACCCCTTCCTTTTCAATCATTTGATAGTACTTTGTCAGGGGCAGAAACTGTGAGAGAAAAATGTAAAAATGATCATCATGAACATTACCTTCATTATACAATTTTAATCTTTTCAGATAGCTCATTTACATGAAGCAGCCATTGCAAGGACAAGGGGATTAAATATACACTCACTCACACACACACATACACACACACATACACACACACATACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATCTTAACACCACAGAAGTTGGAGTCGTATTTGGCAAGTTCCTCTAGTTTCCCTTTCCCTTATTTATACATCTTAGGGCCTTTCTAAGTTCATCTTGCCTTTGTTCTATAAATTATACCAAGATGTCCAATGCAGAGCAGAAATCCAGACTCGCTGTCCCAGTCACGAGATAAAACTCAGTATGTTCTGCCAAAGCAATATATAGCCTTGTGCAGACAGAGCCAGCACAGGGAAAGCACAGCACGCTCGGCAAGCTCTGGAGAGGAGACTGTCCAGCAGGAACCAATCGACATCTATAAAAAAATAGTGTGCTCACCTACAGAGTATTAATGCTCACCGTCTCTCTCTGAGGCAAGCACCGTTACCTTGTGGCCAGAAGGAATGCACATCTGGAAAAGTCAGAACGTTTTTCCAGATGTCAGGCCTGGATGAATCCAAGTTCTTCTTAAACCATTAAAAGGGGGAAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTGCATAGATCTTTATTTCCCCTGAAACCAGGGACTATAGCCAAAGCATTCGGATTCCTCCTCCTCCACCCCAGCAGATCTTCAGCTCTGTCTTAATGTGTGTTTAGAGCACCATCTTTCTTTGTCAAATAGTAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAATATGTCTTTGGAGTTTTCTAGCTGTGGCTTCTGGTCGATGAGACCAAAACACTTTGTACTACTGAGCTATGCATCGTGGTTGGGCTTGGTCTCTAAGACTAACATATGAGGTCTGTGGCTCTCTTACATGGACAAAGGATGGCCTAGGCCACCCACTACTTTGTTTTCTGAATGTGAGCTAAACAGTGTCATGGCAACACAGAGTTTGCGCCATCTGTCTTCCCCTAACATGCTTTCTGACTGTCTATACCGTCTAAAGAACATTACCAGCTGGCCTGAGGTCTTTACCAGGGTTAGACTTAAACTGGTCTCTCTCCATGATACTAAAATATAGTTTAGCTATTTAAGGCCATAAAACAGACTAACTGGAGCTGGCAAGACTGAGCAAGTTGATGATCATTGTGTTGATTCTTGGCTGGGATGGTTGTGCTTGGAAGCCTTCCTAGCTAGTTGGGCAGCAGATTAAACTTTCCTTGTCCTTACATGATCATAGTAATATCTAAATAATTATGGATTTCAGTCATTAAATGAAGCATGGTACCAACGCTTGGAAGTATGCTTTGTCAAACTCAAATTCTCAACAAATGGTTATTATTGAGTTGGAATAAACAGATGTCTAATTCTATTTTAAGTAGCGTCATTTGTAGAAAATGGCTGTTTGTATAGAAACAAACCTAAGGGCTAAGAGTCACCCTTCTCTAACACGTTTAGGAGCTATTTAAATTCCTTGCCAGTAACTGTGGTACAAATACCTTTAGCCATAAATAAGTAAAATTAATTATACCAGCACTTAATTTCCTAATTAAACCATTTAACAACTAACTCTCAAAGATAATAGCTATTAGTATACTTTTATTACTAAGCAGAGCTTGATTTACAAGCATGTTCATGTAGTCGATACACATGTCTCAAATATTGAATTCCAATTTATTTTCAGTTTCTCTCATTGTCCTGGTTAGCATGTCACTTTGACACAGCCTGGAATCAGCTGAGAAGGAGTCCCAGTAGAGGAATTGTCCATATTAGATTGGTATGTGAATGTATGGGAGGAATTACCTTGATTGACAAGGGATGAAGGGTATCCACTATGGGCGATAACATTCCCTTGGTAGAAGACCCCCAGCATAGAAGGAAACTAGGACAAGAGGTGGAGCATGGGAGAGAATGAGCCAGAAAACAGTTCCTTCATAGTTTCTACTCTTCCTTCACCCATGGACCTTGATCCATGAGTGGAAGATAATAAAACAACCTTTTCCTCACTTAAGTTCCCGTTTGGTCATGGTGTTTGTCTTAGCAACAGAAAGAAAAGCAGGACATGCCTCTATCACATATTCTATCCCCATCTTTACACACACTTGTGTCTGAGCCTTTTGTAGTGATGTCTTCTTATATTTTTGGTTGTGAGCCTAGCCTTTAACGGCTGAGCCATCTCTCCAGTCCTGTAGTGATGTCTTCTTACATTGCCCTTTTGAGTTGAACAGATGCCTCAGCCCTACCCATAGTCCCTAGGTTTGATTCAGGGGATCCTGAGTTCTCAAAAGGGATATTAATTGAAAAGCAGAATCGTGCCTCTGTGAAGGCATTAAAAATTAAAGTAGAACCCAGGCCCTGGGCTGTTTTGCCTGAATGCATGAAAGATTAAAGGAGGAGTGGTGATGGTTGGTCACTGAGAACTGACTGTGGAGAAAGGGGTGGGTGTGTACACTGAGAGGAGGGAAGGAACAAGTGAGTGCTACTGCCACACACCTGACAAGAAGCAACTGTGTGGAGAGAAGGCATCCCTCCAGCAACTTGAGGGAAAGGTTTTCTGCTCCCTAGTGGGTTAGAGAGATACAGTTAATCCTGATGGGGAGATATTGCATCAAGAAGAGTTGTCGGCTGTGGAGTAGACATGGCTTGCTCACACTAGCTCCAGTCAGAAAAGAGAGGAGCAAAATGTGGGTGCCTTGCTGGCTTTCTTCTTTGTTCCATTGTGTTCGGTCTGAGATAGGCCATGCCATAGGAAGGCACAACCCATATTCACAGGGGTGTCTCCCCCTCAGTATCGCTCTCAGGAAATACCCTCGCAAATACAATCAAAGTGAGCTTCGTCTCCAAGTCCTAGGAATTTTTAAAACTAATCAGACTGACAATCCAAGTTAACAACTACACTACCTTGCCAAAGTTTGCTGCTCCAGTTTGCTTGTCTTCAATCTAGATTTTTCTAAGCACTGTTCCTTTGTATTGACCTAGAACAAAAGATTCTGGGGAGATGGGATGAAAGTCTCCTATTGTGGGCCATAGCCACTATTCTGGTCTTTGTACAAGGAAATTCACAGTTCGCTGTAACAGGACCCAGAGACCTCACTGGATCTTATGGAGTGTTGCCAGTCCCACTTAGGGAAGAGCACCGTGTCTGTTTGCACTGCTTGCCATAAAGCAGAAGAAACTCTGAGGTGGGAGGACTGTTGCCCATTTGGCTCCTTCGTACCATATGGGAGCTACTTTGTGGATGTGCACAGTTGTCTCTGTGACTCAGCAGAGGGCTCCAGGCTGTTCTCTTAGATCTCAGCATCGCCCTCCCAGGCTGATGGGTTGCACGGCTTGCCTGCTCTCCAAAGCAGCATGTGAAATGGGAAGGGTGCATGAGTGCGGTGTGTGCACAGATCTGTACTCCAGTGTATGCAGGTTTTGTTAACTCCATTCTGCTGGCTAGGAGAGAAAGCAGAGTTGCATCTCCTTCAACTCCTTGTAGCTCCTTTGAGTCCTAAGTCTCCTATTCTTCATACAATTAGTGTTTCTCATTTCAAGGAGAAAGCTCACCTTGTCTATCTACTTCATTACAGTTTGGTTATCCAATTACAGCTGTGTAGGAACTGTGAGGTCTCCTTGTTGCAGCTTTTATAGTTCTATCACCATGGGGGCTACACGGGGGGAATTTTAATGGCAAGCACACCCCGTGTCTAGGGCTAAAGGGCAAATGGCAACTTTCCTTTGGTGACAGGGCTGTTTCAGCCAGGACACTGAATGTGAGTCTTCTCTGCCTGAATCTAGGTTGTGGCTGCTCAGTTTCTAGGGCCGTTTTCTGACAGAACATGGCTTTGGAAGGAAGTTTTTGTTTGTGTTCTGCAAGCACTGCTTTTGTAAGACTTCTCTTTTAT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Seq C2 exon
GGTGCTGTGATCACACCCACCATGGACCACCCCATGTCAATGCAGCCAACCAACATCGTGGGTCCCCTGACGCAGCAGATGAACCATCTTTCCCTGGGGACGGCAGGAACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000025881:ENSRNOT00000036642:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.044 A=NA C2=0.749
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]