Special

HsaINT0138682 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
RNA binding motif single stranded interacting protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13427]
Coordinates
chr3:29899705-29936196:+
Coord C1 exon
chr3:29899705-29899755
Coord A exon
chr3:29899756-29936085
Coord C2 exon
chr3:29936086-29936196
Length
36330 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
GACATTGTATATGCTTGTAGGGT
3' ss Score
5.81
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCAGAGTACTTCATGGATGCCTCATCCGCCATACGTTATGCAACCAACA
Seq A exon
GTAAGTGTTCTCAGTCACCTGAGGCTAATATTTCTATTATCCAAGTACAAGCTTTTGGAATGCATAGAAGCTTTGGGGTAAAGCTTTTGTTATAATATGTAACTCGTTCAGGCAGCCATATTCTCCAGATAAAAAGCTGTTCCTGAAATTCTACAAAAGCATGTACAATAGATAGCTAGAGATCAACATAGACATAGAATCAGATAAAGAGAGAGGGTGAAAAAGCAAGAGAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGTGCCTGGAAACTTTATTAGAAGAAATAGCAATCAACCATTCAAGCTGAGTCTACCATTTCTTATGCATGAGGAATTTCTGCTTTATGCAGGAACTCAGAACTCCGGACAATTAAATTTATTCTACAAGGAAACTCTTTGTTTCCCTTCTCTTTCTGATATGCTTTTCTTTCTTTGGCCACAGTCTGATATGCCTTAGGGACAATTTGGAGTATCATAGACAAGTTTTGACTTGAAGCAATATATTTCAAATATGAAGGTAGTTGTCTGCTAATAGATGAATTTATATAGATAGATGGCAAGGTGTGTAAATATTTTCATGTTAATTAACTATAGCAGTTTTCTTTTTCTATAGTGGAAATTTTCTCTCTGCAAAATATTCAAATTCTCTTTTTTACTTGCTAGATTTCCCATTTTATGGCACAATATTACATCAATTCCAAGTGAAAAGTATGACGTATTACATTAGAATCTAGACTGAAGGCTAATGATTGCATTTATCTTTGCCTAAGTCTTCCAGGGTTTCTAGCTCTATAGAAGTGCGAGATAGAGATTTCAATAGCAACACACTCATGAGGGTGTGAGGCAGGGGAAAGAGCCCTAGACTGGAAGTTGTGTGACAAGGTCTCTGGTGACTCTTCTGGGTATGCTCTCTGTGCATTTGTTTCCTTTTCTGACACTATATACTTAATAGTGCTTTTGTGAGGATCAAATGAGAGATCACATGTAAAAGACAATGTAAAAAAGTATACATGCTATGCATTATTATTATCATTGTCCTCATTATTATTGAATGTGTTCATTATACAAGGAAGAAGCAGTGCTAAATTTTAACCCCTTTAGAAGATAAATGTAAGTAAGTTAGTATACATTAAACACCAGGGAGCTAAATACGCAGACATCCATTTCCTGAACTCAGAAAATTAGAGAATCTGGCTTTCATATCTGAGCAGGGTCCATTTTATTTTTTTAAATAAGGAACTTTTCATGTTGCTCCAAACATTTTGATAGTTTTTTATTTAAAGAATAAAATATATGTAGTTTACCACAGCAGAACTTTGTACCATATTTTGCAAATCCCTTTATTTACTATTATTTACACACCTTGAGGGCTTTCTGAGTTCATCTAGTCTATGTTCTATAAATCATACCACTATGCAACAAATCCAGGCTACACTTTTCTGTCCAAGTCATAAGGTAAAATTCAGTTTGTGCTGCCAAAGCAATACATAGCATAGCAAAGACTGAGCCAACGGAGGAAAAGGAAAGAAGTCCTGCCAAGTTCTCAAAAGGAGACTTTCTGGAAGGAAACAACCACCTTCTAAAAAATGTGTTCATCCGTAAAGCACTAATACTAACTTAGTCCTCATACTGAGTTTTAACACCATCTCTTTGTGGCCAAAAGGAGTGCACATCTGGCAAAATCTGAATATTTTACCAGATGTCAAACTATGTAAGATTCTTCAGTACTTCCAGATCTATTAGGGGCAGGGAAGATGGTTGTATGGGACTTTATTTCAGCTGTCACTCAGGACTTTTACAAAGCTTTTCACACACCTCCTTTTCCACCCCAGTACAGCTTCAGCCTCGTGTTCGCATGTATTATTTCTGTGTGTGTATTATTAGTGTGTGTGTACATGTGTGTGTGTACTTTAATTTGTCCTTTTAGATTTTCCTTGCTGTGGCTACTACTCAGAGCTGATATCGTATCACCTCCCATGACTAAATTATGCATCGTGCTTGAGCTTAGGCCACTAGGTTTAAATGTAATGTTTATGGCTGGGGTGGATTCCTGGAAAAATAGAAGTGGCTGGGCCACACACCACTTTGCTATCTTTTAGATGGAGAAAAGGGCAAAACAGTATCATGGAAACACAGAGTTTGTACCATCAATCATTTCCCTGTAATAATCTTGTTGGCTGTCCATATTACATAAGTAACTTTACCCAACTGGCTTTAATTTTATCATCAAAGTGAGGTTAAGTCACCCTATGATACTAAAATATAAAAATATTCAAGCCATCTTAGACAACAAATCAAAAAACCTGAATCTGAGAAGAATTAATGAGGAACTTGATGATTAACAACATGGATTCTTGGTTGAGCTCATTAGGACAGGAAACCCATTTTAGCAAGGGGGTATTGAGCTATTTACATAAACTTTCTGAGCCACAGTTTCTCATCTGTAACATGGACATAATAATACCCAAATAATTATGTTTTGTTCATTAAATGAAATAAGGCATTAAAGCTCTTAAAATAATTTCTGGAAAAGAGCACTCAATAAATTATTATTATTTAATTATATTAGTAGACTTCTCATTATGCTTTAAATTATCCCAGTTTTATCAAATGAGTGTTGTTATAAGCAGAAAGTTGAAAGTAAGCAACTTTGTTGAGAATCATCTATTTCTACCACATTCATAGTGCTAATTACCTTACTTTGCTAATGAGTTTGGTGGAGAAACTCTGTGGCTATAAACAAGACAAATTGCTTACATTGGTACTTATTTCACTTACTTTCTAAACATTCAACACCTAAAACTTAAAAAAAAATGCCCATTGAGAATCTCCTTTTTTCAGTAACTGGAGACTACCTTACAAATAAATTCAAGGTGTCAAAATCTATGTCTCAAATATATTGCCCATAATTCCAATTTGCTTGCAACTTTTCTTCTCTGTCACATTTTCTCTTTCCTCACTTTATGATAATTTCATGCATGAGGTTTCATTGTACAGGAATATACCTCCCCTATCACCAAGCGTGTACACTGATTCCTGAGTTGGAGCCAGATGTATTGCCTAGGCTAGAAGCCCTTCGGGTTCTCTCTCAGGCTTGACTTAAAGGGCTCTAATGTCTCAATCTGGTTTGTATCTGAAAACAGTGCTTCCGTAAAGTTCTAAAGTAGAGCGCAATGACCTTGATCTCTTTGCTAAGGAGGATGAATGGGTAAACTGGAGGGGCAACAACTGGTAAGAGAGAAATGAAATGGCACAGAGAACTAAAGGGAACAGTAAAGGCATGAAAGAAGAATAGAAAACATAAGCATATAATTTCTAAAGTTTGCCATTTAAGTTTGTTTCTTTGTACATTTAATTTTCTAAGTAATGTGCTTGTAGATTTAGAAAAAAAATACTCTGGGAAGAAAGGATAGATGTCTCTTTGCATGGATTATAATTCTGATGTTTTGGAAAGAAAAGAGATTTCTGTTACTGGACCCTGGGAACTTATTGGATCTCCTGGAAAGCTGTCAAACCCCACGTAGAGAATCAAGAGCATTTCTGTTTGCCTTTTGTTATTGTTCACCTGAATAGACTCTGAGAAGACAGCACTGTTAGACTAAATTAGGAATTCCCTTTTTTCTGAGAAGTAAAAATGCTGACTTTGTCAATGTAGTTGGTTATTTGCTTCTGCTTCTCAGCACAGACGTCTATACTGCATGCTGAAATCTCACCATTGCACTAACAGAATTTTAATAGTTGATGGATTGCACCAAATACCTACTCTACAGAGCAGTATGTTACATTGCAATGTCATATGAATACACAGTTGAAATTGCTGTGTTCCAATACATTGGATATTTTGTTACATCTGTTATTACTGACAAGGAGAAAAGATGATAATTTTCAAGAGGAAGCAGAGTTCCACTTTCTTAAACTTTATTTAAGCTCATTTGAAGCATAAATCTTCTGTTCTTGATATGGGTAGTGTTATATCATCTCAAGGAGAAAGGTCAGCTTTCATTTTGACTTAATTACAAATTGGTTATCTAATTACAGTATTCTAAGAAATGCAAGATGCCCTTATTGAATCAATACATGATTTGTTGCCATGGCAACAAATGGCAAAAAAGTTGCAAGCAAATAAAAAATTATAATCGTTATGATTAATGAACCCTGAGTTTTCAGCTAAAGAGAAAATATAAACTTCTTCTTTACAACCAGGCTGTTTAAGAAGCCCCAGAATACTTAATTTGGTCATTCTTTGCCCTTAAACATGTAAGGCCTAAGGCCTAGTTTTAGAGTTGTGTCCTTCAATTTTGTAGGTGTGTGTTTTGAGAAGGCATTATCACCAAATTTGCCCTAATTACTGTAGAAAATAGTCCTGGCTTTGCTACCGTTAAATATAACTTCAAAATTTTACGGTAATTTTTCAAATATAATCTCAGCAACTTTAGTAAAATAACTTTAAACAATGAAATGCAAGGCTTATAATTCAAAAGAAGTGTATAGAGTATAAAAGATTTTCCACCTAGGATCCCTTCATTCATCATTTCTATTCTCCGGAAATACACATTGTAAACAAAATCAGATATTTCTATCCAGTCAATTTTATATGCATATGAAATTATATATTTGCATGTGTGTAAATGTGTATTTTTAATATAGAAACAATATTACTCTACAAATGTTGTATTATGATTTGCTTTATTTTTCCTCAATAATAAAATGTTCTGGATGTCAATAAATATGAGCCATATATAGATCTATATCAATTTTGCTAACAGCTCCATTGTCACTACTGTATAAATGCACCAAAAGGTGTACTTTCTTGAAAACTCAAGACAGTAATATTACACCCTAGTGAGAAAACGTCTGTCAGATAAGTTGCTGACACAAAAGATATTTACATTTTAAAATTTGATATACATTATTTTCAAATTGCCTTTTAGATAGCAGTTTTTCTTTCTCCATAACCTCAATTAAAAGCAGGTAATCTCAAGTTTTAAATATTTTGTTAATGTGGTAAA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Seq C2 exon
GGTGCTGTGATTACACCAACCATGGACCATCCCATGTCAATGCAGCCAGCCAACATGATGGGCCCACTGACACAGCAGATGAATCACCTTTCGTTGGGCACAACAGGAACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144642:ENST00000383767:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.223 A=NA C2=0.829
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development