BtaINT0129705 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012966 | SCRN3
Description
secernin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30382]
Coordinates
chr2:22411509-22422817:-
Coord C1 exon
chr2:22422605-22422817
Coord A exon
chr2:22411672-22422604
Coord C2 exon
chr2:22411509-22411671
Length
10933 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
CTTAAAATTTATTTCCTTAGGAA
3' ss Score
8.16
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAACATAACTTTTGAAACAATGGTGGAAATTCTCCGAGATAAACCAAGTGGCATTAATATGGAGGGAGAATTCCTGACCACTGCAAGCATGGTTTCTATTTTACCTCAAGATTCCAAACTTCCTTGCATTCACTTCTTTACAGGGACTCCTGATCCTGAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012966:ENSBTAT00000017239:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.014 A=NA C2=0.018
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0357710=Peptidase_C69=FE(26.7=100)
A:
NA
C2:
PF0357710=Peptidase_C69=PD(6.8=32.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]