BtaINT0129707 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012966 | SCRN3
Description
secernin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30382]
Coordinates
chr2:22400874-22410621:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
8998 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTATGA
5' ss Score
8.54
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3' ss Score
7.89
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012966:ENSBTAT00000017239:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.131 A=NA C2=0.036
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]