HsaINT0146151 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144306 | SCRN3
Description
secernin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30382]
Coordinates
chr2:174424475-174429575:+
Coord C1 exon
chr2:174424475-174424649
Coord A exon
chr2:174424650-174427712
Coord C2 exon
chr2:174427713-174429575
Length
3063 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATGC
5' ss Score
9.12
3' ss Seq
TTATATTTTTAATTGTTTAGGAA
3' ss Score
8.27
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTGTTTTTAAGCCTTTCATATTTGTGCCACATATTTCACAACTATTGGATACCAGTTCACCAACATTTGAACTTGAAGATCTAGTTAAAAAGAAATCACATTTTAAGCCTGACAGAAGACACCCACTCTACCAAAAACATCAACAGGCATTGGAAGTAGTAAATAATAATGAG
Seq A exon
GTATGCTAGATTATATTCTTTGTTATATCATTAAGTGTAAAGTTAGATTCAATCCGTATTTTGAACTTTGGAGTATCAGCTTTCCTCCCTTCTTATAAGAAATAGTTTTAGGAATAGTTTAGATGCTCAGACTATAGTAGAGCTGTATTATTTTTATCTTTGGTTATGAATACATGTATGTGAATCTTGTAGAGAAACTTAGTACATTAAACATAATAATAATAGCTAACATTTGTTGAACACTTACATAGCACTTTTACATGAATTATTTTATCTAATCTTCACAACCACTTTATGAAATGGGTACTATTTTGATTCCCACTTTGCTGATAAAGTATCTGAGTCTAGGAGAGTTTGAGTAACTTGCTTAGTATATATCCCACACCAAAAATTACAAAGCCTCCAAAGAGCGGTTGACCTGGTTTCTTAACGTAATGTTCTTGATGATACAGACCCAGATTAAAATTAATTGAAAGTGACTTAAAACCCCAGAGACTTAAAATAATAATGAGTTTTAGTTTTTAAAAAGTGATACATCCTCATTATTTTAAAATGTAAGCATTATATAAGAGCAATATATCACTCAAAATCTCTTCTCTAGAAATAAGGATTTATTTTTTTCTGGTATAGATAGATAGGTCATTTTATAATGTCTATACCTATTCAGCTCGCTAAAGAAAAATAATGGATAAGAAGCGAATAGAAAGGCTGCCTAAAGCCATCCATCTGTTGACCCCCTGCAATGAAAGAAAACATTAACCATCTTAAATCTTTTCTCGTCTGTTTCTACCTCCTGGTTTTTCTTGCCTGTAATTCCTTTTACTTTGTCAAGGCATATACATTTACATTCTGTCCACACTGAAACGGATTAAATGAATTTTCCTCCAGGTAATAATTTATTTATTTTTGTCTGCAGTGTTGGCATTGTTTCTATGCCTTTTTTTCTCTCACCTATTTCACTTATGCTCAAAGCAACAAGCTCTGCCAGACTTCTTATTTTTATTTGAAAATTTTTATTTAAATTTTTTATTTTTAAATAAAAATTCTAAAGCTGTAAGTATTTTAGGCTTTACTTAAAAATCATAAGATGTCGATTGACAACTTAAAGTAGTGGAAAGATAATGGAATTTGAGGGAAGAAGAGTAAAAGAGCTGGGTTCTGGTCCTGGCTCTGTAAATAACTACTTTTGTGTGTTAGGGAGAGTCAATCCTATTGGTAGTTTTAATTTACATTTCTTGATTACTAGTAAGATTAAAAGCCTTCTCCTATGTCTATTGGTCATGAGTATTTTATTTTAAATTACTTGTCTATTTTTTCCCTTAGGCTATTTTTCCATTGATTTTGGGTTATTTTTGTTTTTTGGTTTAAATAGGTAAAAATATGTGAATATTAACTGTTTGTAATAAGGCGGAATTTTATCCCAGTTTATTGTTTGACATTTAGCTTTTTTGTCAGACAAAAATTTTAAACTTAGTCAATTATATTTATTAGTCTTTTGCTTTAAGGCACCTTGATTTCATGTTTCAAAAGGCCTGCCTCACCTCAATATAAATATAACTTCTAGCATATATATGTTTTTTAAAAATTTAGTTCTTTAGTCCATCTGGAATTTACTTTTGTGTATTTGATGAAGTAGGGATTTTAACTCTGTTTTCCAAAAAGGTAACAAATTATTCCAATACCATTTATAGACAAAATCCATTTTTTTCCCACTAATATGAAATGTAGTGTTTCCTCAGAAAAAAGCTGCATACAATTTCATACTGAAGTCCATGTTAAGGTTATTTGTTTTGTAGAGTTCTACCCCATAATGGTTCAAATTTTAAAAATTATGCTCACAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGTAGATCAACTTAGGTCAGGAGTTTGACACCAGCCTGACCAACATGATGAAACCCCGTCTGTACTAAAACTACAAAAATTAGCCAGGCTTGGTGGCGGGTGCCTGTAATACCAACTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGGGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGACTGTGCTATTGCACTTTAGCCTGGGCGACAGAATGAGACTCCATCTCCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAAACAAATTATGCTCACTTTCTAGTAACTTTTTATTTATTTATTTATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCCCTGGTGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTTCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGTGCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTACCATATTGGCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCATGGCCTCCCAAAGTGCTGGGGTTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCTGGCCAAGTTTTTTCTTACATACTTTTTCTTTAGATAAGTACCTTATAACTGATCATGGTGATTCATCAACAATTTAAAAATTACTTCTTTCTGTAAGAATCATAGACCTTTTTTCTCCCTTTATTGAATAAGGATGAAGTCATAGAGGAAATGTCTTCTTTTGGTTGATTTTTTCCTGAACATTATTGTTCTATTGTATTAATCTGATAATATTGGTTTTAAATGTAAAAGATCAAAATTGATAAAAATATTTCAGCCTCAGTTTTCAGCAACCTTCCACATACACAGTTCATATGAGATTTTCTATTGTCCTGTTGTCTTTTAGGTTTTTTACTTATAAACTACTCTTATAATTGTTTTTGTCTTTTCTACTAAAAATAATTTGGTATTCATGCATTAACTCAATCTAGAGCAATGATTTTCCCAAAGAATTTCATTTCATTCTTTCTGTCTCTAAAGAACAAGAAGGGAACCAAACCACAATCAGAAGCCAGCATGAACAAACCTTATTTGTAGAGATGGGTTGAATTTGGTTAGATTTATGTGTATATGTATATGTGTTTATCTTTATATTTTTAATTGTTTAG
Seq C2 exon
GAAAAAGCCAAAATAATGTTGGACAACATGAGGAAACTGGAGAAAGAACTATTCAGAGAGATGGAATCAATCCTTCAAAACAAGCATCTTGATGTGGAGAAAATTGTTAATCTCTTTCCTCAGTGTACAAAAGATGAAATTCAAATTTATCAGTCAAATTTATCAGTCAAAGTTAGTTCTTAGTGATCATATGGTCAGCTAATATTAGTTCTTAGTGATCAGTGGTCAGTAATCTTCAAAGTCAGAATCTATCACCTTGGTAAATTATATAAACCTAACTTGAGCAGATCTGATTATTCTTGGATAGTATTCAAGTGGTATCTTGACTATTAAACTACGTATAGTGTTGCTGAAATAGAAAGAAAACAGCATTGGAATTGGATTCATGTATCGTGGGATACAGGTGTTATTTCAGGTGATGTACTTGCATTATTTTCTTTAGCCATAGTAACTTTTTGTCACAATAACTAAGTATTCAATTATATATAAAGAGTGAAACATTAAAATGACGCATGGATTTATATTTATTATAATTATGTAGTACCCTCAAATCATTTTGTCAGTTACATCAAGAAAGCAGATTTTTCTTTAGTCATGAAAAATATCTCAAGTGGTAAGTTGTTTGTGCTTTAGGCAAACATTAACCAGCTCTAACAAGAAAAATGTCTAGATTTACACATTGTCAATACAGTATATTAGTTCTGCAAATGCACTTTTGTTAAACTCAAACATGCTCTTTGTCAAGACTTGGCTAACCAGTGAGCTTGTAGCTCTGATTATCTAGCATTTTTAGGGTCATTCTCCTTAATAGGCTTTTATGTTAATAAGATATATTTTTAGAAGAGCTTGTTTGGGAGATTAGAGAATAAGATAAAAGAACCAAAACCTTAGGATATACTGTTTCTGGGTCTGAAATCTCTCTCATTGTTTACTTCTGTTCACTCAGTGAAAACAGAAACAAGAATGAGGTAGTGGCAATGAAATAGAATTATTAGTATATTATGAACATTATAACATTTTGAACACTATAATGCATTATATATTATGAACTTTTATGAACTTTATACATGAGTAATAGCTTCCTAAAGTTTATAAAACATTGTTTAGGTTACATAAAGATTACCAAGTAAGACTCAAAATTGCAAATATAAACAAAAGAAAAATCCAACTGAAAATAACACTAAGTATTTTTGAGTTCCTAGAATGTCCATTTTGGTATTTGGTTACATTATCATATTTACTAGTCACTATCAGCACAATTAGGTTAATAAAGAAGTGGGTCATTATATTCAAAGAGTGCTCAGGAAGTTATGTGTTCAAAGTTCTCTCATAAATACCATCGTCTGCCTGATACTGCTCTTGTCTAATAGAGGGTTGACATTACAAAAGAAAAGATGTCTGACTCAAGAACTCAGTTGATTCTGTTTGCCTTAAGTTTGGTTCAGTGATAGGCTGTCTTCTAACCCCTATACTCCTCTTCTCTCCTTTAATAGATGAGGAAACTAAGGGCAAACAGTTCGTTACACTTACGGGAATCTTATTTCCCTCTCTAGGGGCAGCATGTTTTCACCTTCTCCTTTGCTGCCACCTTGGCCTAAACTAGCACCGTCTTTTAGCTAGACCATTGCGTTAACTGTTCTCCTACACCCATTTTTGTTCTTTATTTCCACCCACATGAGTCACTGCAGCCAATCTATTACAAATTTAAATCTGATTATGAATTCCCCTCCTAAAACTCTTTTTTAAAAGAGACTTTATTTTTTGGAGCAGTTTTAGGTTCACAGCAAAATTGAACAGAAAGTACAGAGTTCCAATACAGCCCCTATCAGCATACATGCATAGCCTCCCCCACTATCAACATCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144306:ENST00000272732:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.136 A=NA C2=0.017
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development