MmuINT0139978 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000008226 | Scrn3
Description
secernin 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1921866]
Coordinates
chr2:73169040-73175864:+
Coord C1 exon
chr2:73169040-73169214
Coord A exon
chr2:73169215-73173767
Coord C2 exon
chr2:73173768-73175864
Length
4553 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
ACTTTTATTATTTTCATTAGGAA
3' ss Score
7.8
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTGTTTTTAAGCCTTTCATATTTGTACCACACATTTCACCACTGTTGGATACAAAATCACCAACATTTGAACCTGAAAGGCCAGTGGCAAAGAAGCCATATGTCAAGCCTGACAGAAGACACCCACTCTACCAAAAACATCAAGAGGCCTTGGAAATGATAAGTAACAGTAAG
Seq A exon
GTATGGTTAGGTTATAGTATTTATTATATCATTAAGAATAGTTTAAGATGTACTTCAATTCATATTTTGAATTTTCGAGTGTTAGCTTTCTTTTTGTCTTTCATGAAGAAAATAAGATTAGAAATAGTTATTCTCAGACCCACCGATGGGACTATGTAGCTTTTCATTTGGTTAAGTGCATGAAGCAGTGTGGTAGGGTACACCTTCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGATAGAGGCAGGTGGATCTCTGAGTTCAAGGACAGCCTGGTCTATGGAGTGAGCTCTAGGATAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACCAGGAAAGGGTAAGTATGTGGGCTGCATGCCTTTAGTCTTAGCACTTGGGAGGCAGAAGCAGGTGGATCTCTGTGTGTTGGAGGCCAGCCTGGGCTACAAAGAAAGACCCTGTCTTGAAAAACAAAAACAAAGAGTATGTATGTTGACTCTTAGAAAATTTTAGAATTTTGAACATAGTAACAATAGCTAACAATCACTGAACACTTATTATATATAGTTTTGTATGCCTCATTTAATCTTTATAGCCATTTTATGAGGAAGGTATTAATATTATTATTTTATTATTCTGATAAAGATTCTGAGGCCAGGGGAAGTTGCTTAACTTGTTCAGTATACATTTCACACCAAATACTACAAAGTCTCTGAAGGGCACTATACCTGGTCTTTTTATATAATGTTCTCAATCCCACAGCCCCACATTAGAATTACAGTGATTCAAGGGGCCAGAAGTCAGGCAGAGCATGCTTATCTGGCATATCTAAGTCCCCAGACCCAAAGTACTGCCAACAAGCAGACACAACTAGGAAAGGCAGTCCATTTCTGTAGACTTGAAATAAAGAGCTGAGGTTTTTGTTTGGGTTTTGGCTTATAGTTTTGAGACATTGTATATTCCTGACTAGCCCAGAATTTGCTAAGTAGACAAGAATGGCCTTGAACTCACAGGCATCCACCTGCCTCTGCCTCCTAAGTGCGGAGATTAAAGATGTGTGCTACTATGCCTAGCTAGGTTTTTGGTTTGTTTTAATTGTTACTATAAGAATAATAGGCCCTCATTATTTTAAAACTTGAAGCAATTTTAAAAAGCAATATATCACTTGAAATAGCATCTCCAGAAATAGATATGAATTTATTTTGTGGAACAGATCTAAAGGTAATTTTCTTTAAAAGAATTATTTATTTATTTAATGTATATGAGTATACTGTCACTCTCTTCAGACACACAAGAGAACATCAGAACCCATTACAAATAGTTGTGGCCACCGTGTGGGTGCTGTGATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCACCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAACCCTCAGAAGATAACTTTATAATATCATACTTCTTCACTTCTCCCTAACATTTCCCCCAACTATAGAGATAGGAAAAAAAAAACAAATAAACAAACACCCCAAAAATAAAAGGGAATGGAAGAGCTGTGCAAAGGCAGGCAGTAAGTCACTCTATAAAGAGACCAGCCATCTTGTGTGCTTCTCCCCTCTCCCTGCCTCCTGTTGACTGCCCTTCCCACCATTGTCCCCTTCCCACCACTGTCCCTGGCCCTCTTTGTACTTTCTGAGACAAAGGCTCATTAAGTTGCCCAGACTGGTCTTGAAGTCAGTCTATAACCCAGGCAGTGCTTGAATTTATGATCCTCCTGCCCCAGCAGCTGAAATTCTAGGCCCTCTGGTCCTTGGTGCTTTTATTTGTTCTCCTTGGCAATACTTGCAGGAGCCCCTGTCTGGTGCCTTGCTCCACCCACACACCCTTCATTGCTCATGACAGTACTCAAGGGTTCGTAGCCTTTGCCCCATAAACTGCTCCAAGGAGGTAGGCTTTATGGCAGTTTCAAATATTTGATAAACTAAATTGAATTGATTTAAAAGCTATTACTGGTTTAGACTCTAATGAACATTATGGATTGACATTCTAAAATAATGAAAGATAGAATTTGAAGGAAGTGTCACAGAGCTGGGGTCTACTTCTACCTCTCAATAACTACTGTGCTTTAAGGAGAGTCACTTCTATGATAGTTTTAATTTACATTTCTTGATTACTAGTGTGGCTGGAAATCTATACGTATTGTCATATTTTCTCCTCAGAGACTTAGCAATTTTGTTTTTCCTTAGCTTATTTCTCAGTTAATTTTGAGTCTGTCTTTTGTTTTTCCTAGAGATATAAATGAATTCAAGCACACACACACACACACACACACACATTTATATATTTAAAGACAGGTTCTTGCTATGTTGCCCAAGATGTACTCTCACTCTTGAGTGTAAGTGGTCCCCATGCCTCAGCTTCCAACTGAGACTACAGTTGGATGCCACCATTCCAGCTTATGTCACTTTTTTCTAATGTTACTGGCATTAAACAGTTATGTCAAAAAATTTTTTTATTTAGTTAGTTGTATTTGTTTTCTTCCCTCCCCCACTTCTCCCTCTTGCTTCGCCCCCCCACCCCCACCCCACCGAGTCCAGCCCATAGTTTCTTTATTTGTTTCTCATTAGGAATGGTTGTGAGCCACTATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCATGACCTCCAGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTACTGAACCATCTCACCAGCCCCTATTTGTTGTTTTCTTAAGGCATCTTGATTTCATTCTTCAAAATACTTGCCTTACCTCATAATAAATGCTTTTTCTATATTTTTCTCTGGGTTACATCTGGTTTTTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTATGTATATGTGTGTGTGCGTGTGTTAAATTAGAGGACAGTTTTCAGGAGTTGGTTCTCTCCTTTGATCATGTAGGTCCTTTACCCACTGAGCCATCCTATTGTCCCACATATGTGTACTTTTTAAACAAAAAAAAAAAATCAATTCTCTGGAACTGTTGAAATGGCTCATCAGGTAAAGCACCAAGACTGATGACTTGAGTTCAGTGCTCAGTACCTGCATGCTCACAGGAGAGAACCAGTTCCTACAAGTTGTCCTCTGACTTCCAAAGTATGGAGGCTCACTCATACCCACACACATGCGCATAAATAAATAAATAAATAAAATTTAACAACATTTAGCTCTCTAAATCATCTTGAATCTGTTTTATAATCAGGAAGGCAGGAATTCTCAGCTTATTTCCCCAAAAGTTGATCAATTACTTAAATATAGTTTATTAACAAAGTTATTATTACAAAACACAGTGCTTCCGGGGCAGGGGGACTGCATGCAACTTCATGTTGGGAATCACTGTTTCGTGGTACTCTGTCCCATAATTGTTCAGAAGTTTTAAATGGTGCTTGCTTGCATATGGTGTCTTTCCTCTAGACTCAAAAGTTGATGACACGGGGCTGGAGAAATGGCTCAGTGGTTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGAATCCAGTGCCCTCTTCTGGTGGGTCTGAAGACAGGGACAGTGTAATCATATATATAAAATAAATAAATAAATCTTTTTAAAGAAGTTGATAACTTTTTCACTATTAAAAATTACTCCTTTTTCGGTTGGAAGCCTGGCTTCAGAGGTGGAGCCTTTGCCTTGCATGTTCAAGGCCCTGGGTTCAATCCACAGCAGCACACACAGGAGAAATGCTTCTTTTTCTGGGTCCTGGACACACCCCGGCTTCCCATAAACAAGAAAAAAAGGCTTTATTGCTTTTCCTCTTGAACATTACCTTTTTGTTTCCTTCGTGTGAAGGGCATTTATTTGTTTACTGTCTTGGTTACCTATAACATGTTTTCTCAGTGCTAGGCGTTGGACGCAGGTCCTCAGCATGTCGGGCAAACAGTTTGCCTCTGAGATGGACTCCAGGCCCAGCCCTGATAGAGCTGGCTTTAAATATACAAGCTCCAAAGCCACCAGAGCATCTCAGTCTTGACTGTCCGCACGCTTCTTCACACCCAAGTGAGCTTGCAGTTGCCATGTCCTAAGCTGCCTGTTCATTGGTACCATGTGGTTGTTCTTGTATTTTCAGCTAAAATAACTATTTTGGTATTTCTGCATTAGCTGAATCTAGAGAAATGATGTTTTTTCTCAAAGAAAATTATTCTTTTTCTTTTTGTTTTATTTATCTCTTTTCATTCCTTTTGCATCTACAGAATAGAGAAGTAGGGCTGGCGAGATGGCTCGGTGGGTAAGAGTACTGACTGCTCTTCTGAAGGTCCTGAGTTAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCACCCTTAATAAGATCTGGACTCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTATTTATAATAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAGGAAAGTAACTAAACCAGTAGAAACCAGAATGAACAAATCTTGCCAGTGGATTGGATTTTGTTAGATCCATATATGCATATTGACTTTTATTATTTTCATTAG
Seq C2 exon
GAAAAAGGCAAGACAATATTGGACAAGATGAGGAAGCTGGAAAAAGCAGTATCTGAAGAGATAGAATCAATCCTCCAGAGTGGACATCTCGACGAGGAGAAAACTGTTAATCTCTTTCCTCAATATGTGAAAGATGAAATTAAAATTTATCAGTCAAATATTAGTTCTTAATGGTCATTTAAGTGGTCGAAAATCTTCCTCACTGCCCTGGTAATGATATAGAGCTATGCTAAGGAGATCTGATTATTTCCTCATAGTATTAGGTGGTATTTCGACTGATAAACCACAGTAATTAGTATTTGGTTGCATAAAGCATGAAACATAAACATGACGCATGGGCTATGCTATCATTCTGTATTATTAAGAAAGCTCAAGGCTTTCTTTTCCTTAAGCAGTGGAAAATATGTCAAGTGCATTGTTTGTGCTTTAGGCAAATAGTAACCAGCTTTAACAAGGCAGAGGTCTAGATTTACGCTGTTTGACATTGCCACACAGTCTGCAGAAGCCCTTTCATTAAACTCAAAAGTGACCTCTGTCAAGATTTGGCTGAGCAGCAAGCAAACTTGTGGCTCTAATTGTTTGGCTTTTTCTCTCCCTCATCCCCTCAGAAGCTATTTTATTAGTCTTTTTCTTATCTGGGTAGATTTTCTTTTCCCAGAATGCCAGGTATTTGGATCTTCCAGTAGGTCTTTTGGGATTGGCTTCTTCAATACACAGCTTTCACCATGCCTCTGTAAGCCATGATAGCTCCTTTCTTCTTAACATGAATAGTGCTTTCAGTTGGGTGTGTCACTACCAGAAAGCCTCTTGGCTGCTTCCAGATTTTGGCAATTGTGAGTAAGCATCCACGTGTGAGTTGCTGCTAGCTCTAAGCGTTCAGCCCATGTCAGATGGAACTGAGGTACTGCAGAACCTGTTGTGTGAGTGAGAAACCACCACCGTTGTCTCCTACACCCTGTCGCAGCACTGTTGTGTCCTGGCCAACTATCGAGTGTCAGGATTTAGTCATTCTGAGTGCAGCTTCTCACTTAAGAAGGTTACATGGATTGAAGCTTTGGCCTTGCACTTTAGTTTTCAGTTAATCTGTAATTCCACATGGCATTTGATACTGAGTTTCTTTTCATATGCTTATTTCCCATTTGTATACCTTCTTTGCTGAGGTGTGTAGATCTTGGCCATGCTTTTTATTTACTTATCTTACTAAGGAGTTTAAACTTTTTTCTCTAATTTAAAATGTTGATTTCATGTGTATGAGTGTTTTGCCTCCATGTATATCTGTATGAAGCACATGCCTGGTGCCCTCAGAGGGTGTGAGATCCTCTTGAACTGGAGTTATAGATGGCTGTGAGCCATCGTGTGGGTGCTGGGGACCAAACCCAGATCCTGTGCAAGAGCAAGCACTCTTACCCCTGAGCCATCTCTCCAGCTCCTCCCAGCACTCAAGTCTAAACCTCTTAAGAGCTCATTGTTCTTAGGGTAAAGTCCTTAACAAACGGCAGCAACAGATACTCAGGTTCATCATCTTGGCCTCCCTTTCTTAGGAGTAGTTCTTTTTAGTCTTAGAACTTGCTGAGTGAGTGTCTTAGGCGTTTCCCTTCCATAGAATCAAGATTATATGTGGCTCCAAATTAGTCATACATTTAATTATTTCATAGTGGAATAGAAGTTCCATGAAAGCTCATTGTTCAGTATTATATTTGGATGCTTTGATATTATATAATATTTGCTAAATGAACATTCAAATACCAGTGGAAAGAATTTAGGGAAGTGGGATATCATTTGAGATGTAAATGAATGGAATGATTAATAAAAAAAAGAATTTAAACAGGTCTTTCTACAGAAATGTAAGGTTGAATAAATTAGCTAGCTAATTTATCTGTATAACTCAGTAGCCACTGAAATTTCAAACCCAAAAAATACAAGGATTATATGGATATGTGAGTTAACTTGTAGAGATTTTCACTGCAGGATACTCATTGTGGGATACTCAGTGTGGATACTCAGGTTGGTAGTTAATGCCTTGGAGTATATTTTAGAAATTTTAATGTTTTGTTAAATTTCATCTGTTGTAAAAATAAAAAGTAATAAACTTATTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000008226-Scrn3:NM_029022:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.610 A=NA C2=0.071
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: