BtaINT0131705 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000024822 | SETX
Description
senataxin [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:445]
Coordinates
chr11:102409097-102417098:-
Coord C1 exon
chr11:102415983-102417098
Coord A exon
chr11:102409197-102415982
Coord C2 exon
chr11:102409097-102409196
Length
6786 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
GCTTTTTTTGCTTTGCTAAGGTG
3' ss Score
5.88
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACAACACGAGCAGGGCCACGTGCTGCACAGAGCTCCCCCTGTGCCAGAATCAAGTAAGTCAGATTACAGTCATGGAGGAGCCGAGGTGACTGCTAACAATAAGGGAAAACAGTTACTAACATGTCAGTCTTCTGAAACAGAACCCGTGAAAGCAAACCAGTGTAATCCTGTCATAGTAAATGGAAGAATAGCAACAAATGAAGTCATTGTTCCTACCTCAGAGGACCTGTTAGACAGAGGTGACCTAACAGTTCATCATTTAGAGGTGGCGACTTTGAAAGAGGGAGAGCCTCAATTCAGCAGTGACATAGAGGAAGATGATATATTCTTAACACAGCGTGACCCTGAAGACATGGATTTATGTTCACAAATCGAGAGAGAGAATGATAAACTCATTGAAGTCATTCATGGAAAAGATACAGTGCAGGGAGAGGAAGAATGTGTGAGTCAGCCTCAGTTGGAATCTTTGAGTAGCACAAAATGTAAGTACAAAGATTGTGTTGAAACTCTGAAAAACCCAGGTGAGTACTGCTCAAAACACTCAAAAACTAAAGCCACAGATGAAGATGTATTCCGTAAACCTGGCTTGCCTCTGTCTGCATCAAAACGTTCGAGACCTTCCACGACCAAGGTTTTTAGTTCAAGCAGTACTTCACGGATTGCTGGTCTCTCCAAGTCTTTGGAAAGTACCGCAGCCCTCCCATCATCTCTGAAAAATAAGTCAAGTGGGGCACAGTCTGTTCTTAAAGGACCACAGCCACCCCTTACGGTGTCTCTGAAGCCAGTGGCTGAAGTGAAAGGTCTGTGCAATGTTTTCCCTGCTCAGACTCCAAATAACTCCAACAGGCAAGTTCTGAGAGTTCCATTTGGGGAAAGCAGACCTTTTTTGACTTCCTCTCCAGTAAACATTCTCACGTCGTCACAGTCCATCTCTGATACTTTTGTAAAAGAGGTCTTGAAATGGAGATATGAGATGTTTGTGAACTTTGATCAGTGTGGGCCCCCGTCGAGTCTGTGTCAGTCCATCGAAAGACGGGTGCCTATCAGGTTTCAAGACTGTGGAGATTATTTTAATGTGTTTTTCCCTTTGATGGTCCTGAATACTTTTGAAACA
Seq A exon
GTAAGTATGTATTTTAATCATATACATCTAGATTTTGAAATTGCCTTTCTTTACCATGCTAGGAGAACAGCTAAAATATAACTTGTAAATGTCATGTTGAACAGACGTTGTGCCAGACACTGTTCTAGATGCTGGTCATACAGAGGAAATACCAATACTTTCCTAATCTCTGCCCTTCTGGAACTTATGGACACAGTCCAGGGGTGGCAAAGGAGGAAATGTTTTTTAGTGCAAAAGAAAGGGAAGACTTCTCAGAGGAGATAGTCTCCCATCTGCATTTAATTATGTTTAAAAAAAATTTTTTTTAATTGGAGGATAATTTACAATATTGTGTTAGTTTCTGCCATACATCAACATAAATCTGCCATAAGTATACATATGTCCCCTCCCTCTTGAACCACCCACCCCATCCCACCCCCTCTAGGTGTCACAGAACACTGGATTGAGCTCCCTGAGTCATACAGCAAATTCCCCCTGGCTGTTTTACATATGGTAATATATATGTCTCAGTTCAATTCGTCCATCCCTCTCTTAGCCCCACTGTGTGTCCACAGCTCTCTTTATGTTTGTGTCTGCAGTACTGCCCTGCCAATAGGTTCATCAGTACCATTTTTCTAGATTCCATATGTATGCATTAATATTCAGTATTTGTTTTTCTGACTTACTTCACTCTGTATTCCAGGCTCCAAGTTCATCCACCTGATTAGAACTGACTCAAATGCATTTCTTTTTATGGCTGAGTAATATTCCATTGTATATGTACCATAACTTCTTTATTCATTTATCTGTCAGTGGACATCTAGGTTGCTTCCATGTCCTAGCTATTGTAAATAGTGCTGCAATGAACCATGGGGTACGTGGGTCTTTTTCAGTTTTGGTTTCCTCAGGGTATATGCCCAGTAGTGGGATTGTTGGGTCATGTGGTAGTTTTATTCCTAGTTCTTTAAGGAATCTCCATACTGTTTTCTGTAGCGGCTATATCAATTTACGTTCCCACCAACAGTGCAAGAGGGTTCACTTTTCTCCACACCCTCTCCAGCATTTATTATTTGTGGATTTTTTGATAATAGCCATTCTGATCAGTGTGAGGTGATAGCTCATTGTAGTTTTGGTTTGCATTTCTCTAATAACAAGCAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACTGACTCGATGGACATGAGTCTGGGTGAACTCTGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCGATTCATGGGGTCGCAAAGAGTCAGACACGACTGAGCGACTGAACTGAATAACAAGCATTGTCGAGCATATATTCATGTGTTTATTAGCCACCTGTATGTCTTCTTTGGAGAAATGTCTGTTTAGGTCTTTTCTCCCACTGTTTGATGGGGTTGTTTTTGTGCTGTTGAGCTGCGTGAGCTGCTTGTACATTTTAGAGATTAATCCTTTGTCAGTTGTTTCATTTGCAGTTATTTTCTCCCATTCTGAGGGTTTGCTTCTTCATTTTGTTTGTAGTTTCCTTTGCTATGCAAAACTTTTAAGTTTAACCTAGGTCCCACTTATTTTTGTTTTTATTTTCATTACTCTTGGAGGTGGGTCAAAGAGGATCTTGCTGTGATGTATGTCAAAGAGTGTTTCTCTGAGAGTTTTATAATTTCCTCTTAAGAGTTTTATATACATAGGTATACCTGTGGCTGATTCATGTTGATCTTTACCCCGTCTTCTTAATCTCTTCTGCTTCTGTTAGGTCCTTGCTATTTCTGTCCTTTACTGGGCCCACGTTTGCATGAAATGTTCCCTTGTCATCTCCAGTTTTCTTGACGAGATCCCTAGTCTTTCCCATTCTGTTTCATTTTGCATTGTTCATTTAAGAAGGCCTTCTTATCTCTCCTTGAAATTCTTTGAAACTCTGAATTCAATTGAGTATGTCTTTCCCTTTCTCCCTTGCCTTTTGCTTCTCTTCTTTTCTCAGCTACTTGTAAAGCGTTCTCAGACAACTTGCGTTCTTGCATTTCTTTTTCTTTGGGATGGTTTTGGTCATTGCCTCCTGTACAGCGTTACGAACCTTTGTCCATAGTTTCTCAGGCATTCAGTCTACCAGATCTAATCCCTTGAGTCTATTCATTGTCACCACTGTGTAATCATAAGGGATTTGATTTAGGTCATACCTAAATGGCCTAGTGGTTTCCTACTTTCTTCAATTTAAGCCTGAATTTTGCAATAAGAAGCTCATGATCTGAGCCACAGTCAGCTCCAGGTCTTGTTTTTACTGACTGTATAGAGCTTCTCCATCTTTGGCTACAAAGAACATAATCAGTCTGATTTCATATTGACCATCTTGTGAGATGTCTTCATCCATGTGTAGAGTTGTCTACATACATGTGTAGAGTTGTCTCTTGTGTTGTTGGAAAAGGGTGTTTGCTGTGACCAGTATGTTCTCTTGACACAACTGTGTTATCCTTGCCCTGCTTCATTTTGTACTCCAAGGCCAAACTTGACTGTTATTCTGGGTATCTCTGGACTTCCTACTTCTGCATTCCAATCCCCTGTAATGAAAAGGACATCTTTCTTTCTGGTTATTTCTAGAAGGTGTTGATGGTCTTCATAGAACTGGTCAGCTTCTTCGACGTCAGTGATTGGGTCATAGACTTGAATTACTGTGATGTTGAACAGTTTGCCTTGGAAATGAACTGAGATCATTTTGTCATTTTTGAGATTGCACCCAAGTATTGCATTTCAGACTCTTTTGTTGACTGTGAGGGCTATTCCATTTCTTCTTAGGGATTCTTGCCCACAGTAGTAGATAAAATGGTCATCTGAATTAAATTCTCCCATTCCCATTCATTTTAGTTCACTGATTCCTAAGATATTGATGTTCACTCTTGCCATCTCATGCTTGACCACGTCCAATTTACCTTGATTCATGGACTTAACATTCCAGGTTCCTACGCAGTATTGCTCTTTACAGCATCAGACTTGACTTTCACCACTAGACACATCCACAGCTGAGCATTGTTTCCACTTTGACCTAGCCTCTTCTTTCTTTCTGGAGCTATTAGTAATTGCCCTTTGCTCTTCCCCAGTAGCACATTGAACACCTTCCAGCCTGGGGAGCTCATCTTCATTTATCATATTTTTTTGTCTTTTCATATGGAAATCAGCCCTGGGTGTTCACTGGAAGGACTGATGCTGATGCTGAAACTCCAATATTTTGGCCACCTGATGCGAAGGGCTGACTTATTTGAAAAGACTGTGACATTGGGAAAGATTGAAGGCAGGAGGAGAAGGGGACGGCAGAGGATGAGATGGTTAGATGGCATCACCGACTCAATGGATATGAGTTTGGGTAAATTCTGGGAGTTGGTGACGGACCAGGGAGGCCTGGCATGCTTCAGCGCATGGGATCACAAAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTGAACTGAACTGAACTGTCCATGGGGTTTTCAAGGCAAGAATACTGGAGTGTGTTGCCATTTCCTTCTCCAGTGGACCATGGTTTGTCAGAACTCTTGACTCAGACCTGTCTATCTTGGGTGGCCCTGCATAGCATGTCTAATGGCTTCATTTAGTTACATAAGCTCCTTTACCACAACAAGGCTGTGATCCATGAAGAGGCCAATAATGTTGTCTGCCAGAGGTTCACATAAAAAGAGCTGTTAATAGAAATGTTTATGATGAAAGGATTTGTTGTTCAGTCGCTTAGTCACATCCAACTCATTGCAACCCCATGATAGCATGCCAGGCTTCCCTGTCCTTCACTATCTCCCAGAGTTTGCTCAGATTCATGTCCATTGAGTCAGTGCCATCCAACATCTCATCCTCTGTCACCCCCTTCTCCTCCTGCCCTCAGTCTTTCCCAGCATCAGTGTCTTTTCTGGTGAGTCAGCTCTTCACATCAGCTGGCCAGAGTATTGGAGCTTTAGCTTCAGCATGTTAACTGTACATGCTCCTATTTTCTATTTGTTACCCTTGTGGTTTATTCCTGTTTTTATTGTCCCTGCTCTTGTGGTTTTAATTGAGCACTTTATATAATTTTATTGTCTCTCTATCCTTAGAATATCAACAAAATTTTTTTTAGTGATTGCCTTAGAGCTTGTAGTATATATTTACAACCAAGTCTGTGTTCAGATAACACTTCATGGATAGTGTGTCTGCCTTACAATAACGAAATATTCCTGATTTTTCCTTGGCATCCAATGTATCACTGCTGTCATTTGTTTCACATACACATAGGCCTCCGTTAACAAACACACACATACATAAGCATCCATAGTTTAATACGTTGTTGCTGTTATTTTGAATAAGCTATTATCTGTTAGATGAATTAAAAATAAGAAACAAAAGTTTTAATTTTGCTTCACGTATTCATTCTCTGATGGTCTTCCTTTGTTTATGTAGATTTGAGTTCTGACCTATATAATTTTCCTTCTCTTTGAATATCTTTTAACTTTTCTTACAAGATAGGTGCAGTGGTGACAAATGCCCTCAAATTTTGTGTGAGAAGATCTTTATTTCTCCTTCACTTTTAAAGGATAATTTTGCAGGATTCCGAATTCTAGGTTGGTAGGGTTGTTTTTGTCTCAGTCATCTTAAATGTTTTACTCCCTTGCATTTGTCTGAAGAGAAGTGGGATGTAGTTCTTAATCCTCTCTGCTATAGAGAGGGGGTTTTTCCCCTCACTGGCTTCTTTAAAGATTTCTTTCTATCTTTAATATTTCAAATTCCTAAAGTGTGAATATGATATGATATGTTTCCTAAAGATGTAGTTTCTGGCATTTATTCTGCTTGGTATCTGAGCTTCCTGGATCTGACATTTGGGGTCTGATATTAATTTTGGAAAACTGAGTCGTCATTGTCTCAAGTACTGCTTCTTCCCCACCCTCCCTCCGCCTCATATCCCCAATTATGTGTATGCTGCAGCTTTTGGCATTGTGGCACAGTTCTTGGATATTCTGGGGTGTGGCTTTTTTCCTCATTTTCTTTGTTTTT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Seq C2 exon
GTGGCACAGGAATGGATCAGCTCTCCAAACAAAGAGAAATTCCATCAGTTACATTTACGAAAATTTCCTGGTGATTATAAAAAATACTGGGAGTTTGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000024822:ENSBTAT00000042924:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.465 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development