BtaINT0134539 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000016762 | SLC25A12
Description
Bos taurus solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, Aralar), member 12 (SLC25A12), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001101194]
Coordinates
chr2:24738893-24751040:+
Coord C1 exon
chr2:24738893-24738977
Coord A exon
chr2:24738978-24750958
Coord C2 exon
chr2:24750959-24751040
Length
11981 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TATTTTCTTCTCCCCCACAGCAA
3' ss Score
9.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGCTTGACTTTGGCAGATATTGAGAGAATAGCCCCACTGGCTGAAGGAGCCTTACCTTACAACCTGGCAGAACTTCAGAGACAG
Seq A exon
GTAGGAGGCATCTCATAAACAGAATCATCTTCAAAAATGCTAAAGTAGTATGGACATGACAGCCTGAACTTTCTGAACCTATGGAAATGAAAACATGATTTACAGAAAGACTTTACTTAGCACAAAGATTATGTTTATAAAACTGTTACCCCCACCCTTATAGAGTATTCTTATGGGGCAGGTAGATTTATGTTTGTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTCCTTCTTTTAGCTTTTTAAGATAAGGAAAATGAGAGTGTAGACACATATGGGCTTAGCTTCCCTCCCCTAGAGTAGCAGTCTTTTCCGTTCATTTGTCTAGTGATATTTAAAGATTAGTGTGAAGTTCAGTTTGTATTATCAAACTGGTATTTATAGGGTTTTTAAAATACAAGACATTCCTCTACTGAAATCAGTCTTTGAGAATCTTTCACTATAGTGTCTTATAGATTACAACAATAACACTCTTTGTGTGTCCAACTCTTTGTGACCCCATGGTCTGTAGCCTACCAGGCTCCTCTGTTCATGGGATTTTCCAGGCAATAGTACTGGAGTGGATTGCCATTTCCTTCTCCAGGGGATCTTCCCAACCCAGGGATCGAACCTGGGTCTCCCGCATTGTAGACAGATGCTTTACCGTCTGAGCCACCAGGGAAGACTCTAAAATACAAGACATTCCTCTACTGAAATGAATCTTTGACTGAGAATCTTTCACTATAGTGTCTTATAGATTACAACAATAACACAGGAAAACTATGTAAATAATGAACCAGAAAGAAAACCTTGATTATTATTACATTTTTGATAATATTAGTTTTTTGTTTATGTTAAGAGTGATAAAAACAGTAAGTTCTGAGTCCTATAAAGTTATTGCAGCCTTATTTCTGGTTTGAAAAATACTCTGTTAGGAAACTAAACTCCATGATATTACCTTGAAGAGTGGAATTGAGCAGATTTTTAAAAAATCTTGTTTTAAACTGAAACCCTATTTCTGAGGCATTTGGAAGAAGCCTCAGTTGCAGTGGTGGTCATATAGTTTTGGGGCTGGGGATGAAGGTTATAGGAGGGCTAGTCCTTGTCTAACAGACATGAGACCTGTTCCCTTATGATTCTTTAGAAGACTGTGATGCACTATGAGGCTAGGAGACGTGGGGAGGGTGAAGGGAGACGGGGGCTGGAGGGGAAGAAGACAGGAGATGAGAGAGGAGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGCTACATTGGCATACCATGGAAAAGGCTGCGTCTATTTTGCTGCTACCACATTGATGAGTAGCTAGATGTGCTAGCAAAACATCAAGGTATCTGAGTGTGGTTCACTGTGGGAAGTTTCAGTAGCAAAACTTTCTTCTGTTTGAGCTCCATGGAATGATGATTCTGCCTCGGAAACAAATTAGAATGTTCAGTTTTACTCTGTGTAATAATCAGGAACTTCATAGGTATTATAAGATCTAATTTAAAGGTTGCTAAGAAATTTACAAAATAGGATTTTAGTTAAAAGTTTTTATAATAGTGCTATAGTCAGGTAAGTAAATTGAAAATGGAAACTAATTGCTTTTATATCTACATTTTATGTTAATACTTTGCCTGGGGTATAGTAAAGCTTCCTGTAAATTAAAATATATCAGTAACCCACTGAGATTTAGCCTCTTTAGTAGTAAAAAGCTCTTATTTGCTGCCTTCAAAGTTTATTTTTGTTATAAGTTCTCAGATCCTTTAAAAAAAAAAATAGGTGGATTTATTCCAATTCATTGATTTATAGTAAAATTTAATAAAATTATTTAAAATTTGGAGATGTGTTAAAATATTTAAAGAGCTCTTATTGAATATAATTTTATATTTTATAGTACACATTAACGTTCGAAAAATTTCATTTCAAAAGGAGTTTTTTTTTTACTGTTATATGTCTATGAATAAAGCTTTCCTTGGGGGGTGTCCTTAATAATTGTTAACTGGGGAATATCTCATTTAGCTTATTAAAAACAGTGTAATGAATTAAAAAACCCAACCCATTTCCTCCTTTTTCAACCTTTCTGGTGCTCTTCTTCTTTTACTGGCCTTTCTTGCCCCTAGCTATTTTGCTGGAGGCCATCAATGAAGGTGGCTTTTGTAATCTTTGGCGCCCTAAGTCTGCGTTGCTCATAGTTCTGATTCCTTAGGAAGGTGTTGTAATTCTGCTACTGTTGGAAATTTTCTTGAAGACAGATTAGATTTGCCTGCCTGCAGTGGCAGCGCTGATGCTCAAAGCTCTTGTCAGTTACTTAGAAAATGGGCAGTGATAGAAACCACCATTCTCTCTTGCTGTGTTTCTGATTGGCATCCAGTGTGGTGGTGGTGTGCCTTCTCTTCCTTTTCCCTCACTGGTGAAGGGCATGGGGACCTGCAGTCTCCAGAGAACAGGTAGACATCCTGGGTGTACTTACATTGGTCCCAAAGGAGGACGCTCAGAGCCTGTGTTGTTGATTTTTCTGTCACATATCAGATAGGGTGGTCTTACTGCTGAGGGGTTGGGCTTCCCAGGTGGCACAGGTGAAGACTCCACCTGCCGATGCAGGAGACGTTAAGAGATGCGGGTTTGGTCCTTGAGTCGGAAAGATCCCCTGGAGGAAGAAATGGTACCCCATTCCAGTATTCTCGCCTGGAAAATTCCATGGACAAAGGAACTAGAAGGCTACAGTCTGTGGGCTTGCACAGAGTTGGACATGAGTGAACGATTGAACACACACACACATTGCTGAGAGTTTGGAATAAAGAAATAAAAATGAAGATTTAAAATCTGTTTTTTTCTTGTAAATCATTGTAAAAACAACACATGGAAAAAACTCAAGTCATAAATAATTTTAGAATTTCATGGAAACACATACATGAATATTATTTAAGAGGGATTCAAATTAATATCCCTAGTTACAGCCATTGTAAAATCTGATCTTTACTGTCTTTGCTATCTGGTGTAAGTTTCTATGGTCCTCGGTTTCTCCTTTAGTAAAATGAGTACCTGCAGATCTAAGAATCCTTCAAGTTCCTGCATCCTGTAAAAATTATGTGAAGCAATGGATTTTTTTCTTTTTCAAAAATTTTAATGTATCTCTGTTTTTCCTTGTAACATTAAAAGCTTTATGAGGAATATAGGCTAGGACCTCAGTAGAATAATATAAAAATATCCCTAAGTTCTTACAGCAAACAAAGTAATAAACTTCCTGCAGTTTTCAATCTAGAAAAAGCTTTTCTTAGTAAAATTATTTTAAACTTATTACTATGAAGCATTCTAAGGTAGCCATATAGACTGAAATTTTAGTGATTTGTTTTTAAAACTTCTCTAGACCGCGAAATCACAGTAGTGCTAACCATAACTATGTCCATGTTACTTCGAGAAGACACTTTTGATTCTCTTTTCCTATGTTATCAAACTAGAAGTACATAATTATTTAGATTTTGTATGTAGAGTATTTCCATATAGGAGTTTTCTTGAAACCTAGACAAAAAACAGGAAGAATGGCATGTTGTGTGATCTCAGCCTGTGAAAGTTATGAAAACACATGTGCGTGATGGAGGATCTCCAAGCTCAGAAATAAAAGTTATGAGAGAGACAGAGTTTAAGAACTTGGGCGCTGATTAGGTAACATCTTTCCTGTCTCAGTTTCATCATTTATTAAGTAGAGAGCATAGTATCCATCTCACAGGATTATTGTGAGAATTACATGAGGTCATGTGCTTATACCTACTAAGTATGCAGTACATGTTAACTGCCATTATTGTTGTGGTGGTAGTTGTTAAATATGAGAAGGCTATCTGAGCCAACTCCAAGTTGAACTCAAATACAGATATGACACAACTCCTTCGTTCACCCTCATCTACTTTCCTTAGAAGAATGGCAAGTGAGGAAGAATTATATCTTGTGTCTTCTCCTTTATTGCCTGAAATGTTTCACTTTTTAAAGTTTTGTGCTGGCTGAAATTCTGTATTGTATTTTTTTTAATAATTTTGATTGATGGATATAATATACAAAAAAAATTCCCACCCCACACCATACCCCAAAATCTATTCCACCTGGGGTGTTCTAAACTTGAAAGATAAAAGCTTAGAGAAGATAACATAGGAGATTATATTCATAATCAAAAGATAAACAGATTTTTACAAACAGGGCATAAAATACTTATCATTAAAAAAAAATTGAACTTCATTAAATTTAAGAACCTTTGTTCATAAAACATATCACCAAAAGGATGAGAAGACAGGCTACACAGAAGAGAAAGAAGATATCCAAATGGGGGAAGGAAGGCAGGGAAGAAAGAAAGGGGGGAAAGAAAATTCTGTATCATTAGTAAACAGAAAAAAATACATAGTAAAACTACAATTAAATGCCATTTTATACTGTCCAGATTGGCCAGAATTACATCTGACCATGGCAAGTGTTGTTTAGGAGGTGGAGGAATAGAGATAACCAATGAGAAAAATGGAAATTTTCATTTGATTAAAATGAGTTAAATAAAAGAAGGTGGGTTGCAGAGAGAAGAGAATGTGACGTTTTTGGACCATGAAGCGCTTTAGAGATTAAAGACCAATATGAGAATACGTAGACAACTTCTTTATTTTTTCTTTACTGTATATCACATAATTTCTTTTTCAACTATATGGGGTAAATTTTATCTATGATGGACCTGCTTGGGAATATACATACTTTTTAAAAGTTTTGTTTCTATGGGAAGTTATATTTAAGCTGCAGCCCACTCGCACAAGAAACTTTTGGAATACAAGATGGCTTGGGTTCTGTCAGAACATTATTAGAATGATTTCTCCCTCTGTTTCATGTATAGCATTTCTTAGACATAGGAGTTTGTGTATTTTTCATTCTAATAGACCTTCTTTAAAACTTTGGATAGCTGCTGTGTAAATAGAAACATTATAATCCAGTTATTGATTCCTCTTTTTTTTTTTAATTTATCACCTATCAACTGTGATAATTTTACCATAAATTGAAGTCTGT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Seq C2 exon
CAATCTCATGGTTTAGGCAGGCCTATCTGGCTCCAGATTGCCGAGTCTGCTTACAGATTCACTCTGGGCTCAGTTGCTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000016762:ENSBTAT00000022292:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0015322=Mito_carr=PU(14.3=50.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]