MmuINT0145469 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027010 | Slc25a12
Description
solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, Aralar), member 12 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1926080]
Coordinates
chr2:71298570-71308140:-
Coord C1 exon
chr2:71308056-71308140
Coord A exon
chr2:71298652-71308055
Coord C2 exon
chr2:71298570-71298651
Length
9404 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
ATTTTCTTCTTCCCCCTCAGCAA
3' ss Score
8.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGCTTGACTCTGGCAGACATCGAGAGAATAGCTCCGCTGGCCGAGGGGGCCTTACCTTACAACCTGGCAGAGCTTCAGAGGCAG
Seq A exon
GTATGAGCAGTCTGTGACTCTGTTCACCTTCAAAAATGCTGAAATGGGGGCGCTGGGTGAGGGGTGGGGGTGGGGGCTGGAGAGATCCCTCGGAGGTTAAGAGCACTGGCTGATCTTCCAGAGGATCCTGGTTCAGTTCTCCACACATGGCAGCTCACAACTGTCTGTAGTTCCAGTTCCAGGGGATCACACACCCTCACACAGACATACATGCAAACAAAACACCAATGTATATAAAAAAATAAGAAGAAATCATCAAAAACAAAACAAAACAAAATATTAAAGGCCCTAGAGACCCTAGCTCTGAGGTTCTGTTTACCACATTATCCCCCATACCCTCACAAGCTAATGCAATGTGATAACCAGGTTTTGAGTTTCAATTTTCTAGCTTGTTAAGATGAGGAAAGTAAGAGTCCAAAAGCTTGTGGGTGTGACCTCCTTAGCAGTCATTTGCCTAAAGCATCCTTAAAGACTAGTGTTCAGGCCACTCGGTGGGGTTCAGCTGATATTTATAGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTACAAAGCACTTCCCAATTGAAACAAACTATCAGTGTGATTGTGCCTAATAGATTACAAGGTGGAAAAAGAAAAGGTATCTGATTAGTAAACCAGACAGAAAATTTGTTTTCCTTTAATGTTAATTATAATAAAAATGAGGCCCATGTCTTGTAATACAGCTCCATTTTGGATTTTCTAAATGTTTTCAGTAAAAAAAGCCAGACCCATGAGATGACCTCCAAGACCGAATGGAACCATTTAAAAAAAAAACAAAAAAAAAGAAGCCTTGTTTTAAGTGGAAACCTGAACATGTGGCAGAGGATCACAGGGTCTTGTGGGGTTTGAGGTTTCGGGGAGCTGGCCTCTTCCTCCTGATGTCCCATTGGGCTTGGCCTTGAAATACCTCTCTTTCTCATTGTTCATTATGAGGTTTTGTGAGGTACTGGGAGATGGGGAGAGAAAGTGGAGAACAGAGGACGGAGACCAGTGGGGCCTACGGGGCAGCCTGCCAAAGCGTATGTATCTGCCTTTCCTTGTGGGACTTCTTGGTTAGCAGCCTTGGGTGGGCTTGCTGGCACTCTCCTTTGTTAGTCAGGTGAGTGAGAAATCAAAGCTCTCAGCCAGTATGGCGATGAGCACCGGCAACCTAGCACTCAGGAATCTGAGGCAGAAAGAGGGCCACGAGTTCAAGGCCAGCCTGAGCTACATGGCAAGATTGTGACTCCAAAAACCAATCAACCAACCAGCCATTTGGAAAGGTCTGCTAGGAGGTATTTCTTCTGCTTGAGCTCCATAGAATTGCTTTCTGAAATCAATTAGGATTTCCAGTTCCACCTTAATAATAAATAATATTTTACTCAGTTGAAGCAAAGGAAAAATGCAAAAGAGCCCTTTGGCCCCTTCACTTGTGGCCATGCTTTGTCTACACATGGAAGATTACTGGTTTCTGTCATGCACAGTGGTTTAGCTTTTTGGTTTCCCCTTGCCCCAATTTTTTGCTTTCTGTTACCTAAGTTTCTCTTCTCTTCTCCTCTCCTCCCCTCCCCTCCCCTCTCTCCCTCTCCCTCTCCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCACCTCCCCCCCTTCTCTCTCTCTCTCTTGTTTTGTTATTTGAGACAGGATAATCATGTAGTCCAGGCTAGCCTCAAAGTTTATTTCTATTGTAAGTTCTTAGTCCTTAAAAAAGATGGGTTTATTCAAATTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATTTGTAACATAAAAACTCGAGCCAGGCAGTGGTAACGCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGTCGAATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAAGATAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACTAACCAACCAACCAAACAAACAAAAAACCTCAAGTCATTTGAAGACATTGACATATTTAATGATTTCTTACCAAATTGAACTTTGTATTTTGTACTGTGCATTCCTAAAAATCACTCTTGAGTTTTGAAAAACTTAATTGTGAAAAGATACTGTGCAATGTTATGTCTCTATTATATCTGCCGTTGGAGATGTTGTTCATATCTGTTACTGGGGCTGGGGAAAAACTCAGTAGTAGAATGTTTGTGCAATGTCTGTGAGACCCTGATTCACAGACACCACAAAAATAAACAAGCATGCACACACTTGCAACTGAGAAACAGTTCATTTAGCTTCTTCCAAGTAAGTCAGCGTCCGCAGGGTGGCTTAGTGTATTAGTCAGGGTCCTCTCGAGCAGCGGCTCTCAACCTGTGGGAGCCTTCTCTATCGTTCTCCTCCTTACTATCTGAGAGAGGGTCTTTCCTAAACCTAGAGCTTGTAGTCTGAGCTAGGCTGGCTGGGGGGCTGAGGATGAAGGGAGACAGGAGGATCCTGGTATGTGAAAAATCATTGCCATTGTCACTAACATAGACAAGCTGCTCTGTGTCTGTTTAAATATGGCCTTGTTGGAGTATTGACACTCCCCCCCGACCCCCGCAAGACCATTGGAAAACACAGGTATCTATATTATGATTCATACTAGTAGCAAAATTACAGCTATGAAGTAGCAATAAAAATAATGTTATGGTTGGGGGTTACTACACCATGAAGAACTGTATGAAAGGGGCACAGCTAAGTTTGATCCGAGTTTGATTCTTAGAACTCACTTGGTAGAAGGACAGAACTGATTCCTGGAAGATATCCTGTGGCCTCTGGGTTTGCATGGTGTCATGTACACACACACACACACACACACACACACCATAAAAAATAAACAACAAAAAAGCCATTCACATTAATGAAATTAAAAGTCCCAACTCATGTACTCTGACTTCTACGAATAAATTAAGTTAAAATTTAAAAATTCTCTTTAAAAAAAAAATCCTACTTCAGCAGCTGGACACATTCCAGGATGCCCATCATCTCAGTACCAGGAGGCTAAGGAGAATGGTGCTCAGCCTGAGGCCGGCTGGACTGGGCTGCTCAGCAGGACCCTACTTCAAACCAAGAGTCTTCATTTCCTCTCTGGCCCCATTTCTGATGCTCATTTCCCCCTTGCCCACCATTCTTGTTTCTAGCAGTTTTCCAGAGGCCAGATCTGTGACTCACAGCTAAGAAGGTGATATAATTACAGGAGTGACTTTTCTTTAGACAGGACGGCTTGCCTATGTAGTGGCTATGCTGAGCTCCCAATGGAGCACAGAGACTTTCAGATACCAGGATCCTCCTGTCTCCCTCCTCCCCCCTCCTCCCAGCCCCCAGCCAGTCTAGCTCAGACGACAAGCTGTAGGTTTAGGAAAGACCCTCTCTCAGATGGTAAGGTAGAAACCCGTAGAGAAGGACACCTGATGCCAACCTCTGGCCTCCACATGACCTCACGCAATAATAACAACTTTGGTCACGAGTCTTAGTTTTGCCTTTTGTTGAAGAGAGAAATGCATACCTTTATCGTTCTCCTGAGTGTAGTCTTTACTGATCGTGAGTGCGAGTGTGGGAGATAGCTCAGCAGGTACAAAGCACCTACTGTCAAAGCCTGACAACCCGAGTTTGGTCCCCAGACCCCACTTAAAAGTGGAAAGAAAGAACTGACCAAGTAGTTCTCTGACATCTACATGTGAGACAGGGGTATGTGTGCACCCAAGCATCACACACCACCACCACCACCACCTCCACCTCCACCAACAGTGTCTTAGTTAAGGTTTCTATTTCTGTGAAGATACACCATGGCCACCACAATCCCTAGAAAGGAAAGCATTTAGTTGGAGCTGGCTTGGTTTCAGAGGTTTAATTCATTATTATCATGGCAGGAATCATGGCCACATAGTTAGACATGGTGCTGGAGAAGAAGCTGTGAGTTCTCCATTTTAATTCACGTGCAGCAGAAGGAAATTCCTGGCCACACTGGGCATGGCTTGAGCCCACCCCCATGGTGACATACTTCATTCAACAAGGTCACACCTACTCCAACCAAGCCACATCTCCTAATAGTGCCACTCTTTATGGGCCAAACATTCAAACACGTGAATCTGTGGGGGCCATTTCTATTCAAATCCCTATGAACAGTAAATAAAATTTAAAAGCAGATATCCAAGAATGCTTGCATTAGCATTAAGCAGTGGAAACACCTCAGACATTTACTGAGAGGAGCAAGGGATGCACGAATATGATGTGTGGTGAAAAAAAATGATTTTTCCCCCCTGCCTGTGACAGGGTCCTATTATGTTATACAGGCTAACCTTTGACTCATAGTCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAGGTGCTGGGATGAAAACGTGGTGTGCTTGACTATCCCATCTAGACAACAGTAACTTTTCGGGGTGTGGCAACAAAGTGTAATCTTCATACATGGTGGATGGGTGAATCTGGCAAAAGCCAGCCTTGGCTTCACAGCAGATTTGAGGTTGGCTTGGATTACATAACATAGTATCTCAAAATGGAAATAAGGAAAGAGAAATGTGTAAAAGAGTCAGAGGAAATGAGGACTCTTAGTTTGAAATAGGGTCCTTCTGAGCAGTGCAGGCAGGCCTCCTTAGCCTCCTGGTGCTGGGATGATGGGCTTCCTGGACTGTGTCCAGCTGCTGAAGTGGGAATAGAAAGGCTGAGGGAAAGAGAAGAGAGAGATTGGAGGTTTCTTTTGAGTTCTTAGGGTTGAACCTTGGCCTCCTGCATACTAGGCAAGTACTCTACTCCAAGCTATATTTGCAGCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACCCTGTCCCACCACTACTAGCCCTGAACTCACTTTGTAGCAAAGGTTGGTTTTGAACTTGGATCCTTCTGCTTCCATCTCCTGAGGGCTGGGGTTACAGCTATGTACTTCTACCCCTGTTTTATGAGTGCTGGGGACTGAACCCAGGGTTCATGCCAGCCAAGCATTGTACTGACTGAGCT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Seq C2 exon
CAATCTCCTGGCTTGGGCAGACCTATCTGGCTCCAGATTGCCGAGTCTGCATACAGGTTCACTCTGGGCTCAGTTGCTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027010:ENSMUST00000151937:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0015322=Mito_carr=PU(14.3=50.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
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Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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F:
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R:
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INCLUSION PATTERN[edit]
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- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types