BtaINT0136088 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002348 | SLC4A4
Description
Bos taurus solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 4 (SLC4A4), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174605]
Coordinates
chr6:88182303-88235095:+
Coord C1 exon
chr6:88182303-88182521
Coord A exon
chr6:88182522-88235021
Coord C2 exon
chr6:88235022-88235095
Length
52500 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
TTTCTTTTTTATTACTATAGGAT
3' ss Score
9.69
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCGCGCCGACAACTTCCCGCGGTTCGGCCCCGCCGCGCCCCGGGCCCGCGCCTCCCGGGATCCCGCGGGCTCCCGGTTTCCAGCCCCGGCGGCGCGCCGGGCAGCGTTTCGGAGGCGGCGGCAGCGGCGGTGGCAGCGAAGGCGGCGGCGGCAGCGGTTGCTGCAGCTCCACACTCAACCGCCAAACTGGACGAGCGACGGAAGCCGGACCCCAGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GATGGAGGATGAAGCTGTCCTGGACAGAGGGGCTTCCTTCCTTAAGCATGTGTGTGATGAAGAAGAAGTAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002348:ENSBTAT00000003032:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.120
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]