MmuINT0147180 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000060961 | Slc4a4
Description
solute carrier family 4 (anion exchanger), member 4 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1927555]
Coordinates
chr5:88886818-88934822:+
Coord C1 exon
chr5:88886818-88887324
Coord A exon
chr5:88887325-88934748
Coord C2 exon
chr5:88934749-88934822
Length
47424 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TTTCTTTTCTATTACTATAGGAT
3' ss Score
9.78
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATGGAGGATGAAGCTGTCCTGGACAGAGGGGCTTCCTTCCTTAAACATGTGTGTGATGAAGAAGAAGTAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000060961:ENSMUST00000148750:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.125
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types