GgaINT0077090 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011604 | SLC4A4
Description
solute carrier family 4 (sodium bicarbonate cotransporter), member 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11030]
Coordinates
chr4:49571259-49629417:+
Coord C1 exon
chr4:49571259-49571269
Coord A exon
chr4:49571270-49629343
Coord C2 exon
chr4:49629344-49629417
Length
58074 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TTTCTTTTTTATTACTATAGGAT
3' ss Score
9.69
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCATCAAAG
Seq A exon
GTAAAAGAAATCCACAGCCACAGCTTGTGGTCATTGCTTTCTGACCAGTCTATTACCAGTGTATGCTTCAGCTGTACACATGACTTAATTTTTGGTTGGGTGTTTCCGGCTTGTGGTTATGTGATGGGAAGAGAGGAAAAACACAAACTGGTTCTCTAGTATTAAGTTAAACAGTTCTCCAGTGTGTTTGGGACAGTGCATGTGGGATGAGCAAGTGTTCTCTGGGGAAAATAACTTGTGGGAAGTACCTCTAAAGCCCTTAGACCCTGAAGAAAAGTAAGATTAGACTTTTGGGTTGTGCCATGCCACAGAAGAAAAGGAAAACTGGTCCCTGCAGAGTTTAGAGTGTACTGTTAACAATGGGACACTATGCCTGGACTTCTGTTACAAAAGGCTTAGACACCCGTCGGCATTTAATTACAGCTGACTTTCAAAATAGTCCTTCTGTACGTAAAAGAACATTTTATTATTAAATATGCACTTACCTTCATAGACTCAGGAATTTTGAGTGTTTGAATTGGTTGCAGAAGCAATTAAGCACCTAAATCCCTTTTGAGATGAGATCATGCCAGTTCTTTTCATAACAAGGGTGTACAATGTTTATTTCTGCTTTTCATGGAACTGCCGCTTACAATTTTCTGTTCCTTTCTTAAATGGTCCTTTGACTCAGATAACTAAGGCTAATGTCTCTTGTTTTATTGCTACGGCACTGTGGCTGTTGCCTTATAATTATAAGGCACCTGGGAGGAATTTTAGTTTAACAGTGATCTTTCTTCAACATGTTGTTACATCACCCAAGAAAAGATCAGAGAGATAACCCTTTGCCCCAGGGAAATTAAAGAAGATAGAGCAGCCTAAGCAAGCTAAGCTATTTTGCAAAAAACTATGTGGAAAGAGGACCTCAAAGGAAGGTTAACCCCTAGGAAAAGAAGATGGACCACTAATCAACTCCAGATGTTGGAGCAGAAATGTCCCAAAAAACTTATGCTTAAGTGTAGGTGACCTGCTGAGACCATATGGCAAGGTAGAACAGTGACAGCTCATGCTGCTGTTCACAGTATTACTACGATTTCAGGTAACGGCTAAAATGCACTGTAATACTAGGTGTGTTCTAACTATATCTGCAGAATGACCAGAGCTTGGATAAAGCCGATTTCATTATTAGTTCCAGCTGCCAAGCAACTGAATAAGTCCACTATCTTTATTTTTTTTAATTTTTTTTTTCAAGTACCGTTTCACTCTTAAAAGAGAAGTTTTTGCCACAGACACTAGTATTATGATCTGAAAACCGTTGTGTTCTTCTGTCTCTGGGAGAGAATAGTTAAAATATTATGTGCTCTGAAGTCCTTTGGGATCAATAGAAGTTCCAAATTTGAAACTTCCTTTGATTTTGAACTGGTGTGGAAGTACCCTTGGTCAACAATAGGTATCAGACCAGGAGCATTCAGTGATGAAGGGAGCAGAACTGTTGGAAACTGTCTGGTTTTCTATTTTGTTAACTTTGTTTCTGGTCATTATGAAAGTACTTCTTAATGTGGGCTTAGATTCTTTGTTAATCTGAGCTGGATTCTGCAAAAAAATTGGCTGCTGTGAAATCATACAGTATAAGATGTCTGATTATTTTAAACATGAACATCTGTAAAAGTACAGTTTCACTAAGATGGTTGTCCTTCTTCTTGAAACTTCTTTTTCACGTTTTTTAACGACTCCATGTATTGATATGTAGCCCCACTGCTGATTGAAGGTGACTTAGGAACATTCAAGTACATGGCCTCATTATTGCTGGTATTTTTCACATTGAACGTGAAATACTCTCATCACAGTTTTATATGTGGTTCTCTCTTCAAAACTCTTGTCTAGAGACCACTGAGGAACTGTCCCTGCTCTTAGATATAGCAGCTGCTTGCCAGAATGACCTCTGTAGTTTGAATGTATAAGCCTTAGGAGTATATACAAGGGGTATTTGTAGCAAGGAATTTTGATGCTGTCTGAAAACAAGGGGCCCGTAAGATTTCAAAATGGCTATCATTCGTGGCTATCTGTCCTGGTAGGGATTAGTCTCTAGAGAAAGTGGATTTGTCTTCTAAGGAATTACCTGCACAACTGAAACAGTGAATTCAGGTACCTTTTCAATTCTGAGAAATCCTTTAAACTTGTAATTTATAGTTCTTCAAAACGTTGACTGAAGAAAGGGCCGCTGGGTGGTGCTGTTGTCTTGTGGTTGACCAGCATAAAAACCATGGCACTTCAGAGAGTTTACCTGAAACGTTAAGGACTTCGTCTAGAAAATCAATCTTTTCATAAGGTAGGAATCTGAGATTCATTCATGGTAGTGATGAGCATTTTATGAGCACTTTGTGTCACCTGCTTGAGAAGGGAAAGTTAAAAGTAGCTTGGCTTGTTAGGAGCATTTGGGAGGCCATGTTTATAATGATATGGAAAGGTGAGCAAACAAAAAATACCACCGCTACTTACCAGGGTGGAAACCCAAACCTGAAAAGCAGTAGGTAAGGAGTTGCCTTAAACAAATGTTTTTGTGTTTGATGAAGTTTTTTTGAGTAAGGTGCTCACCTGAAAATCCAAAGCACATTGAAGAATTAAAAAGGAATATCAAAAGTTATTTTAGGAATGCTATTTATCACAGAGAACAAGAGTGAGCAAGTGTGTGTGTGTGTGTATACCATGTATACATGTGTGTATGTCTGCACACAGACTTTTCCAGAAGTAAGGGATAATAAGTCTAAAATTAAGTTATATATATCTACAATTTATGTAGTTACTAAGGTAGAAACAGAAGCATTTTGGAGAAACGTGGTACTGTGCACTGTGAAGACATATATGGTCTGGTTTCATTCCTGTTTGTTGCCCTGGAGAAGAATTGCCAAATTTGAGCCTTGGATTTGCCGAGCCAAACAGGGATTGCAAAGTGAGATCATGGAATCAAACTGGACTAGTTGATGGTTTGGAGCCTTGCCCTGGAGGAAAGTGTTTTTGAGAAAAAAGTTTCCAAAACTTAGTTTGCTCTCATTCTGTGGAAAAAATGTTGGTCAAGATGTTTCTTTCTAAAGACTAAAGGTACTGTTGGTATCATTGCTTTCAGGTGCATAACCTCAGTCTTTTTTATTTTTTTTTTCTTTCTTGCTGGAAGTGAAGAAGGGGAAGACACTCCTTTAAAATCTACTGTTTAAATAAAAGTGTGCATGGGGATGGAAAGCACAAGTTAAGCATGTCACTGACTTGACTTTAGGGCTTTCTTGAACTTTAGCATCTGCCTCTTATCATTTGCTTACAGTAGGTCCTTTGCTAGTTACCTCTCTGGTTAGGAGGTTAAAAGGAAAAGTTAGTGACGTGCTGTTTAAAGGCGTGGAATTCTGTCAGAGGAAGAGATTAAAACTGGAGTTTGGAAGCGATCCAGTTTCAGTGAACTATGTGCAATTTCAGAAAGGAATAGTTTTTTCACTTTGCTGCTGCTCTCGTTATTATTATTATTTTAAAGAGTATTCATCTGTATACATATGCGTACATACCAGCACAAGGGCGTTTTGTCACCACTGTCTGAAAAGTTTTAGGATACTGAATGCTGTGACCTCTGGTTTATGAAAATCAAGTAACAGAATGAGTGAGTTTATGGACTGAGTTGCCTCTTGTTTTTTCTATTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTAATTCACCAGTTTGGGCGAACTATTTGCAAATGACTTGAATCCAAAGAGTGTTTGTGAAAGCTGAGAATACAAGGGTTAAATGTTTACTTAATTAATTTAGGGCTAGCTCATTCTCTGAGATAGAGTGCTTCAGATGCGGTCATGCTTCCAGTATTTGTTTTCTCAGCAAAAGCTGTGGAGGATGTCATTTGTGGCTGTTTTCCCCTCGGAGTTCAGGAAAGGGCTAGCTCTGCCTCTTCAGCTCACAGTCATGGCATTTCTGATGGAAAAATTTCTGACTCAGATTACTCAAAGTTTACCATGTTCATGTCTTTGTAAAGGTTTAAGAAAGTTTTTTTTTTTAGGTGCTAGTAATAGCCAGAAGGCTGATGATGTGTCTGAAACGAAGTGCTTAGTCTAAACCTTAGATGGTAGAAGGTACCACTTTCTTCTGCTTGTTACAGCATGCTGCCAGCTACTTTGCTTTCTTGGTGCTGCTAGAACCAAACGTGGCTTTATTCCACTTCCAGAGGAATGCTTTTTGAACAAGCAGCATTGTTACATATCAGTGTGTTTGGTTTCTCAAATGAGAAAATTTGTCTACCTGTATTCTTATCACCAAGTCTTCTGTGACCTTGCAGGAAGTCAGCACGTCTACCTACAAGGGGGTGCCTTAGAGTTGCTGCAGGAGCAAGCTTGAATATGGTGTTTTCAGAGTGGCACTGGGATAACAAAAACTGGTCAGCCAAGTAGAAATGCTGCTTTTATGGTAAGATAGGCTTAAATTTTAGTAGTGAGCTCACTGTAGCATCTATTGGCAGAATTTCAAATTTTTTTAAGTTTAGTTACACTTGAACTTCGTGCATGCAAAACAACGCTGAGAAAGTAAACCTGCTTTACTTGCCCCACTCCTTTTCCCTTCTCAACCAGGATGCACATTTCTCTCTGTCCCAGCAGCAGGGACATCCGTGCCATATAATAAGGTTCCCAGAGCTATCTGAATTGCTGGCTAGAGGGAGCTATGTGATGTATGACTGGTGGAGGAAGGAATTGAAACAGGATGTTGATCATATTTTTTTATTTCTTTTTGTTCTTGATCACATATGAGGTATGGCATAATGCTACTGAAAAAGTAGATGGCACTTCAGATTTAGTCATGCCTAATGCTTATTGTAGTTCTATTGTGAGATTCCAATAGCTTGCCAAACATGGCTGCTTATCTTCAGACAGTCGTGCCAGCAGAAAAGCAATCTGCCTGGCCCTGAGACACTAGGATGGGGAGAGTTGATGCGCAGACAAATTATGTGTTGATCCCAAGTGGGCAAGGGGTGAGGTGCCAGCC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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.750 A=NA C2=0.477
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]