BtaINT0136100 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002348 | SLC4A4
Description
Bos taurus solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 4 (SLC4A4), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174605]
Coordinates
chr6:88518483-88528199:+
Coord C1 exon
chr6:88518483-88518555
Coord A exon
chr6:88518556-88528130
Coord C2 exon
chr6:88528131-88528199
Length
9575 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TTCCATTTTTCCCATCCTAGTTT
3' ss Score
7.3
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAACAAAGAGTCACTGGAACCCTTGTGTTTATTCTGACTGGTCTGTCAGTCTTTATGGCTCCCATCTTGAAG
Seq A exon
GTAAATATATAAAATACTTGCCTTGTCCTCCTTCTCAGAATACTGACAGATAACTGGGTATGTGAAGAGTAGAATTCTCCAGGAAGTATCAGCGAGTTTCTTACCACATGCATAACACACTGAATGAAGCAGGGATCAGGTAGAATGAAGACTTTAAAACCTTTCATCTTGATCTCCTCACTCCTTCATTCCTTCTATTATTATTATTGTAGTAGTTTGGTTGAACCATATTAAATTACCACTATTCAAATTTTTTGACCTATGGCTAGGGCAGTTTCATATAGTTCACTTACTACCTGAACTCCACTCCCAACATTTTTCACTCTCCTGGTCTCTCTGCATCTTTTCCTCCCATCACTTCCCATTTACTTGTCTTTAAATCATACCCTCCCTTCCCACATTAGACTCCTGGATAACATGAATGACTCAGGATGATTATTTTGTAATTGTTCTCTTATTCTTAATGATTGCTGACTGTTTCTGTTTTCTTCAAATCACAAGGCCTAATGTCCACAAAGAGAGACTGAAATTACTGATTTATAACTGGAAAACTTTAGAAATGAACTTTTGAGGAATAAAAATGATAGGTTATTTAGAAAGTTAGGGTCAATATGCAGGTTTGATTGATGGGGTGAATGTCTCTTTAACAGATAAATATAAACTGTATGTGAAGTGGAGATGGTACTAAAAAGCCTATTTAGAAGTGGAGATGGTACTAAATATATATATATATAAAACATAAGGTTTCCCGTTTTCTTTTGCAACACAAATGTTTTATTCTTTTTTATTATAGAAACAGTACTTGCCAGTGATTGATAATTTGTATCTTATGCTTGACATTACAGTACAAAGCATGAATATCACCTATGGACCTAATAATAGCTGTCAATAACCACTGTTAGCAGTATCCTTCCAAATTTTTCTCTGAAAATTTTTGTTTGCTTTTAAACAATTCTAATTTTTAAAAAGGTTTTTTAAATGCTTATTTAATTATACAAGTAATGAAACAGTGCATTCTTGTAAAGAATTCAAACAATACAGAAGTACAGGGAAAGGCAAAACTTCATTTCTTTCAAGTTCACACATTTATATGACAATTGCCAACTAGATGAATTCGTGGAACGTAGAAATATGATCTCAAAGCTAGGACGGACTTAGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCATGTCCGACTCTGTGCTACCCCACAGACGGCAGCCCACCAGGCTCTGCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCCTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAATGAAGTAGCTCAGTCGTGTCCTACTCTTAGCAACCCCATGGACTGCATGCAGCCTACCAGGCTCCTGCATCCATGGGATTCTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGTTGCCAGGACTGACTTTACCTTCGGAATAATTAGATTAATGCATACAATATGCACAAAACAGTTTGTAAACAGTAAAATAGTTAAGTTTTCCTCTTTTGCCTTTTATTTCCACAATATCCGTTAACTCATGTAATTAATTTTTGACTGGAATGATGAAGGAATATGTATCTCATGTACTGTGTGGGGAAGTAAAAGTAACTGCAGGGAATTTGTTTCTGGTTACATAACAGAGGACCGTAAAAAAGGGCAGGTCTTATGTTCTGTGGGGACAGAGGGAAATCTATTGTCACTTTGCCAGTGCAGAGCAAGTTGTGGGGGAGATTTGAGTTGTTGTGAGTTTCATAGCATGAAATTCTCTGCTGAAGTGCTGTGTGTCCTCTGTCGCCCCGTAGACCCCAGCACATCAGCCGGTGGAAAGTCTAATGACAGGTTTTTCCCACATGGCCAATGGATATGGTCATGTGGACAGGTCAGCTCTTAGATCACTGAAGCCTCAAGTTGTGGAAGGCTGTACTAGGAACTTGCCCCTGGAACCCCTGAAGGTGGACTCGCATCATATGACACATCTGCAGAGTTTCTTTTCTAGGATCTGTTAGTACGTAACCACTAGTGAAAATAAGTCAAAATGTTCCCGTCAGTTCCTATGTACTCATCACCACCCACTCTTTTTTCTTTTATTTTTATATAATTTCTTTTCATGAATGCAGTATAAAATCCTAACTCAAAAAAGTCAGATGTGTTTAAATTTTTTTGTTTGTTATAGCAGATTGGCTTTATCTTGGAGAATCTGTCAACTGAGTAATCATGCCTGATTCCAAAGGGACACAGAGAACAGTGTATAAACTGCTATTTTTAGGAAGAAATGCAGGGTCTCTTCCTAACTCTTTTCTCACCCAAATATGGCTGTAGAGACGTTAAAGCTGAAAGAACTTTATTTCTTCATTTTATGCTGATTCTTTTTGCTCCTGGTTTGTAAAACATGTTACTATCTACAGGAACAGATTACAATGCAGAGAAAGGAGTGATATAGGTATAAGGGATCACTGAGCATAAGCTTGCTTTTCCTTTGACCTTCTTTAAGTACTCATGTTCTGGCTCCCCCTCATTCGGGTACTAGTATCCATCAGATAAGATCAGATCAGATCAGTCGCTCAGTCTTGTCTGACTCTTTGCGACCTCATGAATCGCAGCACGCCAGTCCTCCCTGTCCATCACCAACTTCCAGAGTTCACTCAGACTCACGTCCATCGAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCTAATCCCACCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAGTGAGTCACCTCTTCGCATGAAGTAGACAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAAATCCCAGGGCTGATCTCCTTCAGAATGGACTGCTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTTTCCAACACCACAGTTCAAAAGCAGCAATTCTTTGGCGCTCAGCATTCTTCACAGTTCAACTCTCACATCCATACATGACCACAGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGAACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGTGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGTAGTGATTTTGGAGTCCAGAAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTGTTTTCCCATCTATTTCCCATGAAGTGGTGGGACCGGATGCCATGATCTTCATTTTCTGAATGTTGAGCTAAAGCCAACTTTTTCAGTCTCCACTTTCACTTTCATCAAGAGGCTTTTGAGTTCCTCTTCACTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGATATTTCTCCTGGCAATCTTGATTCCAGTTTGTATTTCTTCCAGTCCAGCGTTTCTCATGATGTACTCTGCATATAGGTTAAATAAACAGGGTGACAATTGTGGCTATTTCCACCTGGCAACTTTGGGTCAGTACAAAGGAGTCAATATGAGAATCAGTGAAAAGTGAAAAAAGGAGTTCAACAATCATTTGTGCCAGGCAAAATTTTGCCCAAGATCTGGGAAATGAAATTGTCTTGTTAATATAGTTTCCAACGTATTGTAGGAAATGTAGATTTAAAAACAAGGGTTCAATAGTCTAGCATTGACTATTGCAGTTCATTACTTCAGTTAGTGAGGCTGTTCCTTACTTCAGGAACCACATCTGAACAGGTCAGCCAGTTTCAGATCAGGTGCCCTTAGCACTGAAGTTTGCTAAGGTGCATGCATTTCACTACAGGAACCTTGTTAGCTCATTTGAAAAGTCAACACAGGAAGAAACAGATGTTGAGAGTAGTTTAACTGAAACCTAAGTTATGACTGAGAAAAGTCAAGATTAACAATTAACCTCAGAAGTCACTTAGAAAGTGGTATTAGCACCTAACTTGGAGGAGGCAATGTGACTATGTATCTATATAACCATGTGTTTTAACAAAACACATGACAACTTTAAGGAATGGTTTTACTTCAAAGAGCTGCCTTTGAAAGGCAGATCAAATGAATGAAACAGAAACATGTGAGTTTTAAAAATTTCCTCCCAACTTTCCTCCCAACTCCCAGGATCCCTCACAGGTTTGGTGACCTCCGATGATGCTAGCTGTATTTTCTGCCATGCATTAAATAGTCTGGGTAGTCGTTCCCCATGCCTATGTAGGCAGACTTACTGTGAACATTGATTACTTTGAAGCTGATGACTTCTGTTTTGATCTCTTTGCCACACTCGGTCTTTTTACAGAGAAGAATGCAATGCAGGGAATCATAATGTACTAGCTTTAAGTTCTGGAGGACACCCCTTGACCTTGGCCAGCAACCAGTGGTACATGCTTCACATCTCACCACTGGCTCAGTACAGAACTGCTTAGAAGCAGGAATAACCGACTTCCCAGGCTGGCTAGACAGTTTAGATCTGTGTTTCTGCAGCGGAAATACTGATGTTAAGCTAGTGTTCTGTATGGGGAGATGCAGGGAGACCAAAGAGCAGGAAGAAGATGAAAGGCAGTTTCTGCAGCTTACTTTTTCCATTCTTCTGACAAGCCTAAAGCAATAAAGATCAAGAAAAGTTCACTGCTATTTCTGTTGCCTTTGCTTGAATTAGTTTATCTTTAACATGAGGAGTGACCAGAATTTATCCTTCAGATTTGTTCAGTGATCTAGGATGTGGAGGAGAGCATTTAAATGGTATTTGACAAACATTTGTTGAGCTCCTGCTATATGCTGTACACTCTGCTCAGTAACAGGGAAACAAGGAGAAGTGATAATGTAGATGATGATAAAGATGATTGTATTCATAGCTCTCATTTATTGAACTTGGACTTGGACTAAGGACTCTGCACAGACTTTTTATATTTAGTTCTCCAATAACACCTACCAAAATTATACTTACTTAGGATTTTTTTAATCTTAAAAAAGGTTTTAATTGAATTTATTCACCAAGCATATAATACACAGTTACTATGTTGTTAA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Seq C2 exon
TTTATTCCCATGCCTGTACTCTATGGTGTGTTCCTGTATATGGGGGTAGCATCTCTTAATGGTGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002348:ENSBTAT00000003032:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(4.6=100)
A:
NA
C2:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(4.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]