RnoINT0138503 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003134 | Slc4a4
Description
solute carrier family 4 member 4 [Source:RGD Symbol;Acc:68936]
Coordinates
chr14:20494045-20503300:-
Coord C1 exon
chr14:20503228-20503300
Coord A exon
chr14:20494114-20503227
Coord C2 exon
chr14:20494045-20494113
Length
9114 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAG
5' ss Score
9.06
3' ss Seq
TCCACTGTTTTCCTTCCCAGTTT
3' ss Score
9.61
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAACAACGAGTCACTGGAACCCTTGTGTTTATTCTGACTGGCCTGTCAGTCTTTATGGCTCCCATCTTGAAG
Seq A exon
GTAAAGATATAAAATAGTCACAGCTTTCTCGTCTTTGGAACATTGATACCTGGACACATGGGTGTGAAATGCTTGCCACATTCCATAGCACCTGGAAGCAGGGGCCAATAAGGAAAGAAAATTTAAAAATACGTGCCTCGATTTCCCAACAAATTCCTTACTTCCTCCCTCACTATTATTTCTGCAGTTACTGGTTTGAACCGTCTGACATCCCCAATGTTGAAGTCTCTCCTGACCTGTAGAAGGGCGGTGCCATGCATGTCTATCTGATTAGTCTTCCTCTCCATGCCTGCTTTGTGCTTCCTTTGTCTTTTATCCATCCCATCTACTTGCTTGTCCCTAAGTCCCTCCCCTTGCCAGACACCCAACAGGTCATGGTTAATTTCTTTGCCCTATTTTTAACAATAACCATGTTTCTGTTTTTCCTTGAATCAAAACGCTTATTAACTCCGAAAGGGAAATAAGAATAAAATGACTGATTTGTCGTTGGAAAACTTTAGAGATGAACTTTTGAAGAGCCGTTACATGGTAGAACATTTACGAGGTTACACATCAGCATATAGGTTGATTGACAGCATGGGCATCTATGTAGACAGCAACATGCATGCAATGGCCCCTTTAAGAAAAAGAACCACAGAGGAAGTCAATGCTTTTGCTCATTAAGCTTCCTGGTTTTGTGATATAAGCCAGCTTCTCTCTTTTTTTTCTATTACAAAAACATCCCTAACCAATTATTAGTTATTTGCACCTTATCTTCTGTACTACTGTGTGAAGCACAAAATTTCACACAGATCCAACAACTCTGAGCAACCCTATTAATAATACCTTACATTTTTCCAACTGAAAAACTTCATTTTTAAACAATATAATTGTGCTGAGCAGTGGTAGCAAATGCCTTTAATCCTGGCACTTGGGAGGCAGACAGAGGCAGGTGGATCTCTATGAATTTGAGGCTAGCCTGGTCTACAGAGTAAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTGCACAGAGATATCCTGTCATGAAAAACAAAATAATAAACAAACAAACAAATGTCAATGAATCCTTTTGTTATACAAGTAATAGAGGGATAGCACACGAGTCTAAAACAGTTGCTGGATGGAGTAGTGAGTAGCGAAAGCTCTCTGTTTCTTTCAGATTAGCAAGTCTCTATCAGTGGCCAATCAATGAGATATAGAGGAGGCAGCTATAACATCTGAATATGGAGACTCACTTTGCCTTTTAAGTAGCTAGACTCATCTCCTACAGTTGGTATGAAATAATTAGAAATAGTTAGGGCACTTGATTATCCAACTGCTCACTCTGGGTTTCCATGGTTTCCATTATCTGGTTAACTTCTGAACAGAGTCATGAACACTGGTGCATCTCAGGCAGCCCACAGTCAAACTCAGGTTTAAAATGGTGTCCGAGAAGTTGTTTCTGGCCTGTGTCCTATAGGGACAGAGAAAAACCCTTGGTCAGGTCTATCAATTCAAGGAGGTGGCTTTATGTGCAAGGCTTAGTGGGTTTGAAGCACTCATTGCACATTCTACCCAAGGCGATAGGAGTTTCTGTTTCCCTAGCAGGGCCCAGGATATGATACTAGTGGAGATGTTTAGAGACAGCTTTGTCTCAAAGGCAGTGAGACTGGATTTAGAGAGGTCACTGTGGTCAGTTAAGATCCTGGACTGCAGGAAGCATCAGTCCCCTCCAGGTAGGCTCATGTATTGTTACACTGCTTCGGTGCAGCCTTGCTTTTATGGAACCTTCTAGAGAGACGTATCTAAGGAGAGATGGGCAGGCAGACATCCTTTCAGTCTTTAGATTTACACCCCATCAGCCAAATTTCCATTTTGTCTTCTAGATTGTTCTCACTAAAACAGTATAAAACCCTGCTTTGGAAAGGGAGTTGTATACAAACTCCTCTGTTTGTATTACAGAAAAACTGGCTTTAATCATGGGGAGCCTTCCAGTGGTCGTGCATGGTTCAGAAGGGACAGATAAAACAACTACCATGTAAATTGCCACCTTTAGAAAGACTGACAAACTCGTACCTGGTAACAGGTCTTCCTAGCTATTCCCCACCCTGCCCCCAAGTAGAACTGTGGAGGTGTTGAAGAGAAACGCCCTGGGGTTTTTGAAGTGAACCCGTTTACCCCACATGTATGTGGAGCACTGTAATGTGTACAGAACAAGATCAGAGCTCATGGGCAGAGCTTGAAACTCCCCTTCGGCTGTCCCGTTCCTGCCCGTGCCTTGGCTTGCTTTACTGGGCCGCCAGCTTGCATCACTCCGGCTGTTTCTATCTGGCAACTTTGATTAGCCTGAAGAGTCACCGCCTCCATTAGTGAAAAACGTAACTCAGCACACATTTTTATTTAAGGCGGGGTTCTTTCTAAATTCAGGGGGATGAAATTGTTTTGCTAGTCTAGCTCACAGCAGACTGTGGAAAACCTTACAGATAAGCAGTAGGAATGAAGCAGCCTTTGTTCAGGAGCCTCTGTTCCTCCCTTGAGTATGTTAGTCCTTCCCTACTTCAGGAATCACATCTCCCAATAAGACCTCCATTTCAGATCCTGCGCCCACCCCACTGCCGATGTTCGGCAAGTTGCGTGCTTGGAGCAGAGATGCCTCGTAAGCATTTACAAAGTCAATACGGGAAGAAGCAGATGTTAAGGGTACAGTTTAACGGGAATGTAAGCCATGGCTAAGGAAAGGGTACGATTAATAATTAACCCACAAATTCACACAGAAAGTGGTGTCATGGGTTGACCTCCATGTGACTGTGTCTTTTTTGTTTTCTAAAGCAACAGATGACAAGTTCAGGGAATAGTTTTCCTCAAGACCCTGCCTTTGAAAGTTAGATCAAATGGATGGGAACAAGCGATATGTGCGACTTCTTTTTTTTTTTTTTTAAATGAAATGGTTCAACTCCTTCCCTGCCCAACTCTTTCTCCTTACAAGTTTAATGGTCTCCGATGAGCTGAGCAATTTTCTTGCATGCATGAAGCATCATAGGTGGTTGCTTACTTGTGCAAGGATCCTTTGAACGTGAAGTTTATGGCCTCTGTTTTGATCTCTGTGCCGAAATCCGCCTTTCATGTGGAGGAGTGCAAGGAATTATAGTGTGCCAGCTTTAAGTTCATGAGGGTACCCCTTGACCCCGACCAGCTATAGTCAACGATGCCTCATTGCACCAAATCACTTAGCTGCTTAGCACGAAACCGATGGGAAGTAAGAGTAACTGGCTTCCCAGGCTGGCGATGTGGCATTCCCCGAGTTTCCACAGTGGAAAGGCTGCCGCCGGTTACTGCTAGCATTCTCCTGTAAGTGGCAATCACAGAGATGAAAGGCCGTTCCCTGAGCTGACTCTCTGTTTTCCTGGCAAGACTCAAGAAGTAAAGATCAAGGAAAGTTCACTGCCGTTTCTGCTGCCCGTGCTTGGATTAGTTTATCTTTAACGTGAGGTGTGGCCAGAAGTTATCTTTAAGACTCGGTTAGTGCACCAAAGGGTAGAAGAGAGCCTTTAATTTGTACCTGGCAGATACTTGTTGATCTCCCACACAGACCTGACCCAGGGAAGCAGGTAAAACATGGTGCAGATGACGAGTGTGAGGATAAAACCGTAGTCTGTCGAGCTTGGCCTCAGATTCTAGAATCACTCCAGATTTTAAAAATATAGCCAGCAGTACCTGTGAGAACTATATGAATAATTATCTCTACTCTAGAGATAGGAAAAATATGAAAAAAGTCACTAGTCTTCAATAAGCATAGACTGGAGAGGCAAAATTTGAATTCTGAAAGGTCTAGTATAAAACGAATCCTATAACCTTGTATAATGTGTGCCCATCAAAATAAAACGCGGTACTTAGCCTTCAAAGAATCTCTATTTTCTTTTTCCATAATATTGTCTTTCCCAGATTCTTTGATCTCATTTGGAATACTTCTTATGTGGGAAAAGTTGTGCAACTTTCATAAAGTCCTCTTCGGACCTCATCCCAGTCATCTGAGAACCACTGGCTTCTTTATCAGCAAAGACTTTTAAGGCTTAAGAGAGTTAGGGCATTGTGTTAGTAACATATTGCCAAAACCAGATTAGCTGAAAGTGCAGTGTATTAAAAATTAAATAAAACAGGACTTCAAGTCAGCCCTTTCAGCCAGCTCTCCCTGTCCCCCAGCCATCTCTTCTCCAAACCGCCCCCCCCACACACACACCTATCACTGAGGGAACAGAAAGACCAGTGGTTGGGGATGGCAGGCAGTTTCATGGTAAGGATGGCATAAGTTCTACATTTATCATTTGTTAGTTGCTATGTTATCAATTAATTGGTGAGATGTTATCTAGTCTTTATCAGAGCTTTCTAGGTATGAATGCTCAGAGTATGAGAAACAAACAAGTTGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGTGCAAGGCCCTGGGTTCAGTCCCCAGCTCTGGAAAAAAAAAAGAAAAGAGAAACAAACAAGTTGTCTCACTGATCTATAGCTGACAGCTAGAAGCCAAACCCAGGTCTGTTCAGCTTGTTATCCATGTCTTAATCGGGACCATGCTTTTAGCTTTAGGCACATGCACACATATGCATACATACCCACACATCCCCCCCTCTACATGCACCCATATAAGCATACGCACCCACACTTGCTTTGACCATAAAGCCATCGAGAGATCTCAGTCCTTACTGAATTCGTATCCAGTGTTGGACAAGTATAGCTTTCCCTTTTTATCAAATATCCTTTTCACATCCTCCCTTCTGGGAGTTTTCTAATGCTATTGACAAGTCACCAGAAGATAAAGTGGGAAACTATAAAGATATATGATCAGAATTCGAAAACTTGGTGACATATTTAGATATTAAGTCTTATTGTGATTTCACTTCACTTTCATTTTCAATATGATTATAGGATCGATCCTTTAACCTTTTCATTTTTAGTGTTTATTAAATGTAACACTTCTTTGTAATTATCCTTCTTTGGCTTCCTGGGTAT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Seq C2 exon
TTTATCCCCATGCCTGTTCTGTATGGCGTGTTCTTGTATATGGGGGTGGCCTCACTGAACGGTGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003134:ENSRNOT00000004391:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(4.6=100)
A:
NA
C2:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(4.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]