HsaINT0153429 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000080493 | SLC4A4
Description
solute carrier family 4 member 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11030]
Coordinates
chr4:71547648-71555208:+
Coord C1 exon
chr4:71547648-71547720
Coord A exon
chr4:71547721-71555139
Coord C2 exon
chr4:71555140-71555208
Length
7419 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
ATCCATTTTTTTCCTTCTAGTTT
3' ss Score
8.46
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAACAAAGAGTCACTGGAACCCTTGTGTTTATTCTGACTGGTCTGTCAGTCTTTATGGCTCCCATCTTGAAG
Seq A exon
GTAAATATGTGAAACATTCACCTCTTCCTTCTCAGAACACTGACATATAATTGGACATGTGAAGAGTGAAATTCCTCATGAGATATTTGCGAGATTCTCATCAGTTCTGTAACACACTGAAGCAGGGGTCAAGTAGAAAGAGAGCTTTAAATAGCTTTTGTCTTGATTTCCTTCTCACTCTTTCATCCCCTCCCTTATCCTTAGTTTTGCAGTTATTTGATTGAACTATATTAAATTAACAATATCCAAACTTTCTGATCTGTGAAAATAGTAGTTTCATGCAATTGAATCAGACTGATCTTCTCCCCCTCCTCCACACACACATTTTTTATTCTCCTTGTCTTTTATACATTCTTTCTTCTATCACCTTCCATTTGCTTGTATCCAAATCTTGTCCCTCTTCCCTCATTAGGCTCCTAAATAACATGAGTGATGCAGGATAACCATTTTGATATTTTTCGACTATTCTTAATTATTACTTTGTTTCTATTTTATTTGAATCAGATGGCCTTATAATTCACAAAGGTAAATTAGAGTAAAATTACTGACTCATAATTAGAAAGCTTTAGAAATGAACTTTTGAAGAAGAAAAATTATATGATATTGGTTGTTTAGAAAATTAGGGGTCAATATATAGGTTTATTGATGGGTTGGATATCTGCCTAGATAGATAAATGCAAACTGTATGTGACAACCTATTAAGAAGTAAACTAAAACTAAAAACTAAAGAAAGTTAGTGTATACCTCTTCATGAAGTTTCCAATTTTCTTTTATGATGCAAACATTTTATTTTTTTCAATCATATAAACATGCTTGCGAATTATTGATAGTTTGTATCTTATGCTTTATACTACAGTACAAAGCATGCAATTCACCCATGGACCTAACAGCTATAAACAACCACTGTTAACGATATCCTTCCAAATTTTCTCTTACAATTTTTATTTTTAAACATTTTAATTTTAAAGGCTTTTAAAATGCTCATATAATTACATAAGTAATGGGGCAGTACAATCTTCTGAAGAATTCAAACAATATAGAAGTACACATAGTGAAAAGCAAAAGCCCTCTGTTCATCTAAAGTTAGCAAATTTTATGTCAGTTGCCAATCAGATGAAATTGAGGAAAGTGGAACTGTAATATCTTTGATCTGTAAATAAGACTAAGATTGCCTTCAGGGTATTTAGACTGATGTATACAGTATGCACAAAATACTTGTTAAACAGTTAAAATATGTAATTATTCATCTTTTTTCCTTGGTTTCCACAATGTCAATGAACTGGTTTAATTAATTTCTGACTGGATTCATGAGGAAATATGTATCTCATCTTAGACAAGACATTAAGATTAAAAATAACCTCAGAAAAGTTGTTTCTGACTATGTACAGAGGGCTGTAAAAGAGTACAGAGCTTATGTTCTGCAGGGACAGAGGGAAACCTTTTGTCACCTTTGCCAGTGCAAAGCAAGTTATGGGATAAGTGTGAAGATGTGGTGACTTTCACAGCATTGAATCTGCTGCCAAATGCTTTATGTTCTTCCGTTATCCTATAGGCACCAGCACATCAGCTGGTGGAAAGCCTAATGACAGTGTTACCTTTTAGGCAATGGAACCTCATCCAGTGAGATCATTTTTAGAGAGTTCACTGCAGACAATTATGAGCCCATGTTGTGAGAAGCTCTCCTGGAAATGAATTTTCCCTGTGGGTTCCTTGAAGGTGGGCTCACTTCAAGTAGGTGCAGAGTTTCTTTTATGAGCTCTCTTTGTGCTCAGTCACTAGTGAGGGATAAATGGGCAGAATCTTTTCATCAGTTCTAATTTACTCATCGCCTCCCCCATTTTTCTTTTATTTTTATATTATTTCTTTTCATTAATACAGTATAAAATCCTAATTCAAAAAAGTCAGATGTGTTTAAAAGTTCCTTTTGTGTGTATATGTTACAGCAAATTGGCTTTATTCCTAGAGAATCTGACAGTTGAGTAATCATGGATGATTCCAAGGGGACACAGAGAATAGATACTGTATAATTACTATTTTTAGGAGAGATGCAAGACTTACATTTTCAACAACGCCTCTTCCTAACTATTTTCTCACCCTGCACCCAAATATGGCTGCAGAGGAGTTAAAGCTGAAAGTTCTTTTGTTCTTTACAATGATTCTTTTCACCCCTGATAGGCAAAGTGCCTTAGTATTTACAGAAACAGATTAGAATGAGAGAAAGAAGGCAGAGAGCTGTAAGAGATCAGTGAGCATGAGCTTTCTTTCCCTTTGACCTTCCTTAATTGATCCATACCTGGGCTCATCCTCATTCAGCTGCTAGTGTTCATGATTGTGGCTATTTCCACCTGGCAATTTTGAGTTACCCCAAGTAGTCATTGTAAGAATAAATGAAAAATGCAGTCCAGCAAACGTTTTTGTTAAGGTTTTCCCCAAAATGTGGGAAATGGAATTGTTTTGGCAATATAGTTTATAGCATACTGTACACAACCTATATTTAAAAACAACAAGAATAAAACAGTCAAGGATTCGCAGTTGTGATTCTTTACTTCAGTAAGTTAGGCTATTCCTTACTTCGGGAATCACAACTCCTGATAAAGTCAGCTACTTTCAGATTATGTACCATTGAGGTTTGGTAAGTTAAGTGCGTTTATCACAAATCCCTTGTTAGCTCATTTGAAAAGTCAATACAGGAAGAAGCAGATATTGAGGGTACAGTTTAACTAAAACCTAAGTTATGACTAAGTAAGAGTCAAGATTAACAATTAACCTTAGAATTCACAAAGAAAGTGGTGTCAGGGGTTATGTTGGAGTAGGAAACCTTTTTTCCTCCCCTTTGTGACTATGTGTTTTTTTAGAGAACCAGAGGACAACTTAAGAGAATCATTTTACTTAAGAGTCTGTCTTTGAAAGGGCAGATCAAATGAATGGGAAAAGAGAAATGTGTTACTTTTACTTTTTAAAATGAAATGGCTCAACACCATTTCTGCAAACTCCATATATCCCTCACAAGTTTAATGGTCTCAGATGATCCTAGTAATTTTCTTTCATGCATTAAGCAGTGTAGGAAGTTGTTTCTCCTGCCTGTTTATGCAAGCTTACTTTGAAAATGAAGTTTTTCATTTTTATTCTGATCTCTTTGCTGAGGTCCGTCTTTTATGTGGAAGAATGTAAGGAATTACAGTTTTAAGTTCACGAGGATACCCCTTGACCCTAGCCAGCAACAGTCATACATGCCTCAAAGCACTGAATCTAACCACTGATTCGGTACTGAACTGTTGGGAAGCAAGAATAACTGGCGCCCCTGGCTGGTTAAACAGCTTAGTTCTGTGTTTCTGCAGCAGAAATACTGCCTGGTAAGTGAGTATTCTGTATGGGGAAACTAGAGGAGGCTAAAGAGCATCAAAAAGATGAAAGGCACTTCCTTGAGCTTACTTTTACCATTTTTCTGGCAAGTCTGAAGAAATAAAAATCAAGTGAAGTTCACTGCTACTTTTGTTGCCTTTGCTTGAAATAGTTTAATTCAAGTTAATTAGGAGTAGTCAAATTTATCTTTAAGATTTGTTTAGTGTTCTAAAATCAGGATAGCATTTAATTTGTATTTGGAAAATATTTGTTGAGCTTCTACAATATGCCACAATATGTCACTTTGTTCAGTGCCAGGGAAAGCAAAATGGTAGAGATGATGGTAATGGTGATGATGATGATGATAGTAGTAGCTACCATTTATTGAGCTCGGCATTTGATTAAGGGCTCAACACAGATTTTTAAAATTTAGTCCTTCAATGAATGACACCTACAAAAAATTGTCTCTCTTTTACACATAAGAAAATTTATTAATGACTTACCAGGTTACAAAGTTCGTAAATAATAGAGTCAAAATGTGAATTCAGGCAGTTCTGACATGAAAGCCAATCTCATAACCCTCAGGGTTTACAACCATTTAAAACAAAACATAGTACTTGCTCTCAAAGAACTCATTCACTTTCATTTTCCATGAGATGATCTTCTCCAGCTTCTTTGATCCAACTTCCAGTCCTTTCATGTGCAGATAAATACAGCATTTTCACAAACTCCTCATCATACCTCATTCCAGTTTCTTCAATGACTAGGAACCAGATTGCAAGTCAGTACTTCCTTATCAGCTTAGATTTTCAAGATTTAAGGGAATTAGGATATTATTTGAATAACATGTTTCTGAATATAGTTGTTACTGCTGAAAGGGCAATATAGTAGAACTTAAATAAGACCAGGGCTTTGAATCTGACCTTTGCAGCCATTCTTCTGGTCTGTACTCCTGCCATTTTCCACCCTGACCACTGAGGACCAAGGAGAGTTCTGCTGGGCAATTGCAGCAGGCTTCTTGACTTGCCAGTCAGGTCTTCATGATAATTATGACATTAATACCTCATTTATCATTTATTATCTATTCAGAATGAGGCCCTGGACTAGATATTTTATGTGATATACTCTTTATCATACCCTCTTTTAAATGAGAATACTGAGGATAAGAAAAGTTAGTAATTTCTCAATGTTACATAAGTAGTAGGGCCAGAATTTGAAACTAGGCCTGTCTGACTTTTGTGCCCATGCTCTTAATCAGGATCTCGTTCTGGATTGTACATTCACATGTACACACACACACACATACACACACACATACACACACACACATACAGTGACGATTATTCTGCTAGAAGGTCTCACTGCTGTACTGAATTCTGGTTGGACAACTACACTCTACCCTTATTTTTAAATTTACCCTTTTCTCGTTTACTCTTCTGGGAATATTCAAATACTATCAGCACATCAAAGGGAGGTATAAGTGAAAAAGAGTAGAACTGCATTCACCAGAATTTGAAAAATTTGGTGACATGGTCTGAGTATGTTAACTCCTATTTTGATTTTATCTCAATTATTCCATCTGCTTGTAGGGTCAATACTTGATTTCATGTATGGTAATCTTATTTATAATTATACTTTTGTGCTTTCTGGGTATGATTGGTTATCCATAAAATTTCCTTTACATAATTTTATCATTTGGCAATTCTTGATATGCCTGTATGGTATACTTTGTGCTGTTTATGTTTTAATTACTCCTGTCTTGCTTTGTAAAAATATCTACCTACTATTACTATGTAAATTATACTGGTTTAACTTAAGATGGAGTTCCATCTTCTTAAAATGCATCTTCTCTTTCCTCCTTTGAGAAATTTCTATTGCAAGAAATGATTATTTTGTGATGAATTTTTAAGGATTGACCTCCTGTGACCCATGAACTAAATCCAATAAAAAGTATCCTCTAACCCAATAATTCTGTCAAGTTTCATCAAGTTTTCCATATTGGAAGATTTTTATTGAGATGTTGCATTATCATAAGGAAAATGGCAAATTTCAAAAGACATATTTTTATCACATTGAAGTTGGCCCAAAGTCAACTTAATAGCCTTCTTTATATGTATTATTTCCTTTTCAACAAAGAATAACTGTTTAAAAAACATCTTCATATCTAAAGCTATTTTTCTACCCACAACCCATGCCATTCTATGTTACTGATACCTTCTGATTTTATTTTGTGGTAGATTTGGTGATATCTGTAATAATAAATTCACAGAGAATGGAACTAAGCACCAAGGCAAAAGTGTCCTTCACTTTGACATTAGAACCACATTAGAAAAAACATTTAGCTAAGCCTAGCTGAGGGATGAGGATGAGGCCAGGGATGGTCCCTTTGTGGTGGCTTTCTTTCAAGCAAGAAAAATGCTTTACCCAGATTAAAAAGGAACTACTGCAGGAATTCTAACTAGTTTTCCATGGTTGAACTATACTTCTCTTTTCCCTTCTTACTTTTCTTTCCTTCCAGCTGCCCCACCCCCACCACCCACCAAATTGAAAATGAAATGACAAGAAAGAAATATGGGAGATGTTTAAAAAATGAATCAAAGCTATGCAATGATCCTTCTCTTAGTTTTTTTACTTTATGGTACATTTATACACAAGAATCACAAGGAATAGAAACATGCACATTGCAAAATAAATGAAGGCATGTGTCAGAAATAAAGAGGCTTGAGTGTGATGTGTTCACCTCTTTGTGGTGACTGTTAGGTATTACAGCTTCCCCAGCAGGAACATCATCCCTCCTACCCCCGTCAACATTCTATGTCACTTTTAGTTTTTTCTGACATCAAGAGCAAAATTAGCTACATTAAAATTGTTAGTCTTTTTTTGAAGAAGCATTTGATGTTTTGTATATATAAATAAGGATATTTATTTCATATAAATTTAAGCATCCCTATGGCTAGCCAATAAAAATTGGAAATATTTGTTACACATTTTAGAATTTACTCATTCTCTAATAGTGGCCAAAGAGTCTCAGATATGGAACTACTTTAGGCAATCACAAGGAGAGGCTGATAGAAATTGTGCTTCACTTAGTACGTGCAGTATTTTTAAAATTACTCTAAAGCCATACTATGTTTTCTGGTTACAATAGCCTCCTTTATGTGGATTTGGTAAGATTGGCCTTAATTGACTTGCGGTTTTAGTATTTTAGCTTTGAAAAATCCTGAAATTACTTGAACTTCTTTTCAAATTCTAAGGTTGAGAACCTTTTGTTTTTCAAACAGAAGACTTCCCAGAAACAGAATCATCCTTGATTTGCTTAGTTTCCTCAGTACTAGGGACATTTCAAAGGTCTAGGAATAGATACAGTTTACAGACATCACTTCTCCTTGTTAAAACACTTTGTATTAATATAAAATATTTTTTGCTAATGCATGAAAAGGTATTAATTCAGTTTTAAAAGATGTGTATTAATCCATGTGTGTAATTAATTGCTTCCAAGTGCTCCAAGGTCCTTTCAAGCAGTTCTCTTTAGTTAGTTCTCATAATATTTGCAAGAAGCGAGGGGATAGTCTTTTGATGTTTATTTTATTGAAAGAGGCATCTATATACCAAGCTGATAGACTATTTGGCAAAAATTATTAAGGACAAAAATGAACAGACTATATTGAAAGGAACTTGATCTCAAGAGTGAGGCAACCATCTATTAATACCTCTGTTTCTGTCTACCTCACAGTCCATAGAAGCATCTTGTTTACATAGTTATTCCTTTTCAGGGTGAAGGGAAACATAACTTTTCCTCCATTAATTAAAAAAAAGTTATTAGTAAGGTCATGCATGCTCACTAAAAAAACAAGCATCCAATGAAAATTGAAAGTCCATTATACCCTTCTTCATTTATTTCTATTACAAAGAGTTTAGAAGTTCATCAATTGACTAGTAAAGCATACTAGTTAGAGGTCACTAAGTTATTATATCCTATATTTTAGTTTTAGATTTAGCCTTTATTTAAATGATTCCTCTTCATTCCTCTTTTTTCTTGTTATCATTTTTAAGTTGTATCCATTTTTTTCCTTCTAG
Seq C2 exon
TTTATACCCATGCCTGTACTCTATGGTGTGTTCCTGTATATGGGAGTAGCATCCCTTAATGGTGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000080493:ENST00000340595:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(4.6=100)
A:
NA
C2:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(4.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains