BtaINT0136139 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018227 | SLC4A7
Description
Bos taurus solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 7 (SLC4A7), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001098926]
Coordinates
chr22:1836429-1877841:-
Coord C1 exon
chr22:1877794-1877841
Coord A exon
chr22:1836511-1877793
Coord C2 exon
chr22:1836429-1836510
Length
41283 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAACT
5' ss Score
5.86
3' ss Seq
TGAGAATCATTTCTTTTTAGGGT
3' ss Score
6.62
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGAGGCGGACGGGACCGGCGAGCAGATGAGACCGCTCCTCACCCGG
Seq A exon
GTAACTGGCAGGATGCTGGCGGCGGGCTCTTCGGCGGGGGCGCGGGACACGGCGGACAAAGGTGGGGGCGCGGCGGGGCGGCCGCTGTCCCGGGTCCGGCCCCGCCGCCGCCGCGGCCGGCGCGCCCGGCCGCCCCTTTGTGTGGCTGCCTGGGGCGGGGGGCGGGCGGGCGGCGCTGGGGAGGCCGGAGCGGGGCCGGCAGCACGTCCCGGGGGCCCAGCAGCCCGGCAGGCGCCGCCTTCGCCCCGCGGCGTTCGCCTCTCCCTCCCGGCCTTCTCTCCTCCCGGGGCTCGCTTCCGATGATCTCGGCGCCGGTCAGACCCTCGGAAACCCACCCTCCCCCGGGAGGCGCGCGACCCCACCTGGCGACGCCGCAGGCCGCGGTGAGGAGCTGGTGAAGCTCCCCGTCTGCCCACCGCCCGCAAGCCGTGCGCTTTGTTTCGGGACTTCTCCGGCCGCGTGGACGAGCCGCCCGCCTTTGGCGGCCACGGTTCCTCTCGCAGCTGATCTGCCCGGTGCGCCGCTTCCACTTCTGGCGAGAACCCGAGTGCCCTCTTGCCACCGGCCAAACGTGGAGAGGAAGGTGTTCCGAGCGAGCCCTGCGCGCTACTCCTTCCCAGCAAGAGCGCGTTTACGCTGGAGCTCGCAGTGGTCTCGGGTGAGCGGCGGTCGGGGGTGGGCTTTCAGAAGTTTTGCCTTCAAGTTTGGGATACCCGACGGGCCTAGACTAGAGAAACCGACTTCCTGCTTTCGTGGGGGATGCACAGGTCCCCACGGCTGTGACTCAAAGGGCAGAGAGGTGTTAGAAATTTTCCTACTTCCAGCAAAGGAGGAAAGGTTGCAGTGAAAAATTTTCCAGTCTTTCACAACTAACAGGAAAATTGCTTTTCATGGTATTCTTATTCAAGAATTTCACTTATTCCACCCCCTTCCACCTCCCCGTCCTTTTAGAGATTGTAAGGCCCTGGAGAGTAGCCACTCATCATTTCAGCGTGTTCACCTATGCCTTCTCAAAACATGGAGAAAACGTATCCAGACAGTGAAGTTATTTAGCAGTGGTTTTTGGAAGATCACTGGCGCTGATGGTAGTAGAATCCTGGAAACTTGTCCGTCCTAAGGAATCTATTGTACTTCTTTGTGTGGCCTTTGAATAAGCTCGTTTTAGATGTATTGCTTAGCACCTCTAATAGCATGTATCAGATGCACTTGGCTGTTCTTAAATTTATCATTTCCAGACTTTTAGTTCAGAGCGGTAAAGAGCCTCAGCGTTTTCTTAAAGCTGGAGAGAAACTGATGTGTTCTTGAATATTATCTTCTTAGCCAGCAAAGGAAGCCTGTGATAATGCATTGCCTTACCAAATCCTTCATTCATTGTGATAACACTGGGAACCCATTCTGTAATATCCAACGGAGACAGAAACAGCTCTGCTCAAGTGAAGGGAGACAGAGGACAGGGGGATTATCAAACGCTGTTATTAATGACTTGGCAGGGGAGCACTTTGGAAGTGTATGCCTCCTAAGCCTTGGGAAGAGAAGACTTGGCTGCAGTAGCCATATACACATTGATAATGTAAATCAAAGATGATAACCTATCACAATCTAAAAATAGAATGAGAGGGCAGGAAAATTGTTGGTTTAAGTTAGTAGAGAACACTGTTACTTGAAAACTGGGAAGAGAGGAACTGTTTGCATTGACAGAGTTAACGCTTTCCTCATCGATTTTCCTCTGGTAAATGAAAGTTGAAAAAGTGGAAGCTTATATTTGTCAGTTGTAACTTCTCTAATGCCTAACCAACTGCTTAGCATAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAGAATAAAATGATTATTCCTAAAATGCCATCTTAAGTATGTAATTATGCAAAAATTTTTGAATGAATTGATAGCAGTTTATGTTACTCTGAAACTGGAGCCCATCTGTTTCATAACTTAGGCTCCAAGCTTTCTTCTCTTAAAATTCTATAATTTTCATTGAGTATGGTTTTGGGATACAGAGGAAAGTCATTTATCTTAATAGGAAAAAAAAAAAAGCAATTTTTGTTTTGCTTGTGTGCTCAGTCGTGTCTGACTTTTTCTGCAACTTTTGTTTGCTTTATTAGAAAAACTCATCATCCTGTTAGATCCTGTTACAACAGATAGCACTGTTAGAAGGTTCCCAGGTTTTAGCAAATGTTCTTCTTGTAAACAGTACGTGATTTAACAGAATTCTGTTACTTGTTAGCTAAGTTCATCCAATTTACAGCATTTCGATTAAGTATCTCCTAGGTACAGGCACTGCGGATGCAGTCAGACAAGGTGGGCAGAGCTCTAGTCTCAGTTTATTTTGGCAAGTGTAGTGAATACAATGGTAGTATTTGCTTTCGTGCTAATTCCATCAGTGAGTGCCAGTTAAAATACATTCATGAGCCTGTGAGAAATACTTTTAGGAAAGCAGTTGTTAGTAGAAATGAGAGATATTAACAACCTGGTATGACTTCAGAGGTGATTGGTAGTAGAGGTGATTGACAGGTCTGTAAGTGTGCAGTCTCTGGGGAGCTCTCTGGATAGCTCTAGGGATATCATGCACCCCAGGCACATGATAAGGCTTTCAGTTCCCCTTTGGCCTTGTAGTTGGTGTCTCTGGGTCGCCATCCGTGGAGGTGTGATAAAGGGAGAAATAACAAATCTGTCTTCAGTTCACCTGAAACCGTAGGACACTGGAGTTGGATTGAATTGCTTTATGTGGTAGCTGAGCCTGGTAAGTATACTGGTTTTCTCCTAAGAGAACTTAAGATATGAAAATAGTGTTTTGTTACACTTGACTGCAGTTACTTGCGTAGGTTGAAATCGAAAGCCAGAGTAGGGTGGTGTTGAAGGAACCTGGTGTGTTGTTTTAGTGGTATGTGGTGTGCTAAAACCTTGGTACTGATACTTGTCAACATCCTGTAACGGGTTGTTTTTCTTCCACTTTCCTTTCCTTTCTTTCTTAGTGTATTTTGTACAGATGTGATCTTAAATTGGATAGCATCTGCAGCTCACAAAATGGGTCTTTTATATCAAGGAGCATACAGGTGATTCATAGGGTTAAAATGATAGATTATTCAGTGCGGCTTTTGATTTCCATGATAGCTTCCTCTTACTGATTACTACTTCTTCTGTAGTTACCACTTTTATGCATACACTGTTTTCAGTTTTACAATGAACATCAGTTTTTATATGTGTAAAGATCAGTCAGCTACTTCCCCCTCTTTTTTAAGCCCTCCTGTGAACATGAGAATTTTTGGTTCCTTTACAAACTGGGTAGCTATACCAACATTATAACTTACAGTGAAGGTTGCCTCTGTTTTTGTTAGCAGTCAACTTCATGTATTTTGTTGAGTAATACTCATTGAATTTTACAAGTTAGGGAGACTTTCAGGATTATTTGTAACCGCACCTGACCCTTGAACAGCACAGAGATTAGGAGTGCCGACCCTCCATGCAGTCAAAAATCCTCCGTATCTGCAGTTCCACGTCCACAGATTCAACTGCCTGTGGATTGTGCAGAACTGTGATATGTATTTCTTGGACAGAAATCCACATGGATTGTTCAAGGGTCAGCTGTATAATGATGATACACCATCAAGGGATCTGTGGTGGCGTGGTGTCCTGACAGTATTTGGCGGTGCTGCTGCTGGCGGTCTGCTGAAGGCAGAGGGCCAGCAGACTAGACTGGAGACGGATTCCGAAGTTCCTGACTCTGCTTCCATGGCTGAATGCTTTTCATTGACTGTTTAAAACCAGAGTGGCCAAACATGTTTTCAGTGCTTGCTTTATTTAGGAACATAATGAGATTATGATATAGATTTGCATTTTTATCTGGAGCTGATATGCTGGTACAGAAAAGTTCTAGTTTGGCTATTTCAAGCATATTTTTAAGTGTTTCAAGTTTTCTTTAGCCATAGTGTGAATTTTAATACGTTGATTTAGAGCAATAAATACTACAGTGAATGGTGAAACACAATTCTTTCATAACAAAGTAGAAGAAGATGCACTAATATTTTAAATATCCTTTCTTTTTCTTTGTAGAGTGTTGTGCCGACTAGTGTCATTTGGGTCTCATCCTTCTCACGCGTCAGGCAGTGTAGCGTTCTCCTTCCTGGATTCTAGGGCCGCATTGCTCCTTTTTGTCAGATTGCTCGATTTGGAGAGCTCTTGACTTGTATATCATCTCTCATTAGGAACTTGGGAAGTGGATGTATCTTTGAAAATGGATTCATAATGTGCAAGATGCCTATACTCATGCAGAGCATGAGAAGGGAAAAGATGACACTCAAAATCATTTTTTCTCAATTTCCCGTAATATGTAGTTAACACTTGATGCTTTTGTGTTTGGTACATGTTCTTTTATATACAGAATATTTTCAGCCTAATACTACTCTTTATTCTGTTAAAATACTGACAATACTTACACAGAATTCCTCTCACTTTAGGAATTAATATATTCAACAATAACCAAAAAAAAAAGGGAATAAAACAAATGTATGCATAGTGGGCTCTCTTCCCTTTGAGTTCCGTAGTAGTAGTGGGGCTGTTTCTGTTCAAATAAATCATTTAGAAACAAATTTTTGATAAGAATTTAAATTAGAAGTTCCCATTTTACTATGCTTTGGCCACTGGGTTACTGATCTAGAAAACATGTCTTTTTCAAAATTTTAGCACTTTTTAATACTTGCCTTGAGTGGGTGGGGTTCTGGGGGGAGGAAGTGTCAGGGAAGGGAGGGCAGAGGGTATTACAGGGCTGCGTTTGTCTAAATTGCAACCTTAGCATCAGGCTTGATGAGAGGAGCTTGGGCTGGGCTTCAGCCTCTGCTGGTTCTCTCCTGTCGGCACCCTTCTGAATCACCCTCAAACCAACCGTGGTGGCCTTGCCTGTATCACCTTTCAATGTAATATTAATACCTCTTCTCTCCTAATCATTTCTGCTGCTAGACTGTAATCATGCTTGGGAATTCTTTGCTCTAC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Seq C2 exon
GGTCCTGATGAAGAAGCTGTTGTGGATCTTGGCAAAACCAGCTCAACTGTGAACACCAAGTTTGAAAAAGAAGAACTAGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018227:ENSBTAT00000065868:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.907
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]