MmuINT0147228 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000021733 | Slc4a7
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 7 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443878]
Coordinates
chr14:15535539-15561797:+
Coord C1 exon
chr14:15535539-15535794
Coord A exon
chr14:15535795-15561715
Coord C2 exon
chr14:15561716-15561797
Length
25921 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGG
5' ss Score
10.17
3' ss Seq
GGAGAATGCCTTGTTTTTAGGGT
3' ss Score
3.74
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTCCAGATGAAGAAGCTGTTGTGGATCTTGGCAAAACTAGCTCAACTGTGAACACCAAGTTTGAAAAAGAAGAATTAGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000021733-Slc4a7:NM_001033270:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.882 A=NA C2=0.893
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: