GgaINT0101739 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011405 | SLC4A7
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11033]
Coordinates
chr2:39069770-39102309:-
Coord C1 exon
chr2:39102262-39102309
Coord A exon
chr2:39069852-39102261
Coord C2 exon
chr2:39069770-39069851
Length
32410 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAACG
5' ss Score
7.77
3' ss Seq
GTGTTTTCTTTCTTCTTTAGGGT
3' ss Score
13.32
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGAAGAGGAGCGGGCCGGCGAGCAGATGAGACCGTTGCTCACCACG
Seq A exon
GTAACGTGGGGGGAGCGGGGGCGCGCACAAAGGGCCGCCGCGGGGCCGCGGGGAAGAGGAGGGGGCGGCGGGGACCCCTCGTTTGCCTCCCGCCCCTCGGCCGGGGAAGGCGGAAGCGGCGCCGCCGGTACCGGGCGTTCGGGACGCCGCTGGTCGCGGGGCGGGGGCCGCAGGTGTGCCGCCCGCCGGCCTCGTGCGCGGCGCCCTCCGCACCGCATCCCCTCCCGGGGCAGCGGGAGCCTTTGTTCCGCCGCGAGCGGCCCGGCCCCGGCCCCCGGCCTTTGTGAGGCGCCCGCCGGGCTCGTGTCTCGCTCCTGCCGCCGGTGTTCCTGGCGGCGGGGTGCCCCTCCGCGTGCCGCGGGGCCGGGCCGGGCGCCATCCCGGCGGGGCGCGGGCCTGGGGGGCTCGCGGGGGCGGATGGAGCGCCCGAGCTTGGGCTCCTTCCTTCCAGGGCCGGCGGTGAGGCGAAGCAGACATTTGTTGCCTTACTTCCTGTGCTACTGAAAAATACATGTGGTTCCCCAGTTGTAATTTCCCCTCCCTTCGGATGACTCAAGGTCTGGATTTTGTTAATGAGCCTCTGTGCCCTTGCTTTGATATCCTCCTTCGAGGCCCTTTCCAAAAAGGTGTTGCACGGCGGCATCTTTTCAGTGCCTGAAGAGGACAGATGTGAGTTCAGTGACACAAAGAAGGCAGCGACGGACAGAGAAATAGCGCACGGAACTGGCCGGTTTTCATCTGCCCGCAGCTCTTCAAGGAGAGACTTGAGTCACGTTTGACAAAACCGGCACTCAAATGAAGTGCTGCCTTCCTGTGACATCAGTGTGCTCGGTGCCTTTCCTTTGTTGTAACGGAGCTCTGGGAACTCCATCTCTCAAAGGTCCAGGGTGTGCATCTTCTCTGTGCTCTTATCAGCTTTGCGCGGTGGCTTCAGAAATCAAATCGCGCATCTCTTAACACTTCTGTAAATCTGTTCCGGACCGTTGCTCCGTCGTCTTGTTGCTGCTGCCAGAATAGCATATTCCAAATTTGTGGCCACTTGTTTAGGGTAAATCCATAGTGAAAGCAAACAGCTGGTGCCTTTAACCGTGTTAAAGCTGCCTTGCCTCTCTGTAGGAGGTACTCCTCAGCTGGCAGTAGAACGCTCCTGTCCAGTAGGGAGATAGGAGGCTGTATGGAGCCCATTGCAAAGCCGTAGGGGCTTCCAGTGCATGAGATTAATGTGAGAGATGGTACTAATTACCCTCAGGTGAATCCTAATGAAAAGAGGATTACAGACTTCATGAAAGTCAAGGTGCCCCAGCACATCTTTGTCAGGCCCAGCAGGAGTCACCTAGACTCTGTTGTACTAGAAATTAAGGAGGAGCTTTCGGGTCAGCCACACGAGCTGCTGTACTGCTGCAACTGCTTTTCATGTGGACCTTGGGAGCTGAGGTGTTCAGAGGAGAGGTCCAGGATGGTTTCTGTGTATCAGCAGGGGCTAGCCTGGGTGCAGAGGGGTATTTGGGAGGCGACTGCAATTGGGAGTGAGTGAAATGGTCAGAAAGGTGGTGAGAGGAGGACAGAAAAAAATTTCTAGGGATGACTGATGAAGCACATGGCTTAAAGAAAGAGCAGGACATATGCTGATCTTTTAGCAGTTACGTAGTATAGCAACACAGCACAGGATTTGTTGTGATTTTTCTGTGTGAGAAGTAAGATTATATAGAATCAGTAAAGTTGGAAAAGTCCTCTAAGATCATCTAGTCCAACTGTCAGCCCATCATCACCATGCACACTAAACCATGGCCCTGCTATGTACCTGGAAGCTTTAGTATAACACTACTGACTCCCAAATATGAGTGCTTTTGACTGTACAGTGTAGTTTTTCTAATCCTGTGCCTCTGTTACTGCTGCTAGCAGGGCTTGCTGAAACTGCTTACACATGTAAGGCTTTGTAAGGAATAAATATCTTTGAAAGGTGACAAACTCTGTAGGAAGTGTGAATCAAGTGCCAGGTCTTACAAATGCAGAAACACAATCAAACAAGTAGCTCCTTCCTTTTCCGTCCTCTTCCACTTTTTGATAAGTTAGATGGATAGATAAAAGGCAACTTTGGTGTTTCTTGGGTGGATTAGCACCTCTGTCAATCAACCCCCACCTCTCCCATGGGACTTTTTTCATCAGCAGCATAAAACACCTTTTAACCTTGCTTATTTTATATTACAGGTCCAGTCCCAAAGATGAGAATCACCATGTCCATAGGATATTGGTATTTTGAGGAGGCGGCATGGTGGCAATGTGTATACAAGAGGTGGAGGCAACACAATTTCCTGCTGTAGTTACTATGACCTGAGAGAAACTGTTGGTCAGAATATCTGGTGTGAATAGGGAATACCATAGGAAAAAGATAAGCAAATTAATAAATCCATGGTTCTTTCATACCTTACATACTGTAAGCTGCTCTGCTCCCCTCTCCGCATTGTTACTGGAAAAGATACACTTAAGGGCAATAGGACATATAGGTCTTAGATGAGAACTGACTGAACAGGCTAGGGCTTGTCAGCCTTGTAGAGATAACTTGGAGATGGGATAATGGTATGTTGAGGCTCTATGAAGTTACTGTGGAAAAAGCAGATGGAGGGGGAAGAGAGGCATGCGGTGTTAAACGAAGCCAACAGGAGCTAGGTTCAGAGCAAACAAAAGGAGGTGGTTCTTCCACTCATTGTAGGGATTTTACAAGTACACTTGCTATATGATTTGTATACAAGAGGATTTTGTGGACTGAAGGGTAGGTTAGACAGTAAAAAAATGTGGGAACTTTTTTGCTCAAGTGATTGTGACCCCTTTATGATATGCATGATGCAGTAAATGGTAGACCATGCATTATGGCCGAGTAATGGGTGCTGTAGTTGTGTTCTTTTTGGCTGTCCATGACATGATAGCATGACAGAATGTGGTCTGCAGGATAGTGCTGAAGATAGCTTTCACATTTCTCTGCTTTTCCTGACGTGACTACATGATTGGCTACCACCTTTGCTTCTCAGCAGCTCTTTATGTGTATTATCAGGTGGGTTTTAGTCTTTACTGTTCAACAGTGATCATGTTTCAGTGGTAGCTTCAGGCTTTTACTTTAGGCTTCGCTTGAACGCTTATGAGATACAGCTCACTTCAGCAACATGCATAATCACTGCAGTGGAGTCTGCCCATTCCTTTATCCCTATGCTTTTTTTTTTATAGTGCAACAAGATAGTGTTTGGTACTCCAACTTTTCTCATCTGTGATAAAACCCTTGAAGGCTTAGAGCGATATAGGGTAACAAAGATCAGAGCCTCTTCAAGTGAAAAATATACACAAACTGATGAAAATTATCCTATCAGAATCTGCTGGTAATTACAATTCTGCAGCTTTATAATGAAAGTACAGATTGTGTTTTCTTTTCAAGAAAAACGTTAGATACGTTTTCATGAACACATTTTGGGGAGAACCAGGTGTTTGGTGGCAGCTGGATTGGAGTATGTGGCTTTGGAACCAAGCTTTGGTGCAGTTACTGCATTTCAGATAGCCCAGTAACTCTGTCTTACTGGGTAGTAACTGAAACAGTTCCCTTTAAAAAGTGTTCAAAGTTTCAATGTACCCAAGTGGTTCTTTATGCATAAGAACGTGAGTACCATCAGTACAGTAAAACAAACTTTGATGGGATTGACTGCTTCATATCTTTACACGTATCTTGTACGGCTGTTTTACAAATGAGCTGATGCAGAAGTTCTCTCTTGGTGTGATTGCTAGTCTTCCCATTTGACATGTGGCTTTTGTGATGGTAAGTCAAATGACAGGTCTCTGGAGAATACTATGCTGGTAGATTTACATTTTTTTTTCATATTAACACAGCTGGAGATGGTGCTTTCTCATTATGGCTAGACGAGGGTAACTGAGGGCATGTCTGTGCTGCATAACTGAGCACAGTGCGGGAAACTCTCATCCCCTGTGAGTCTGTGGCATCTGGTTGAACACGTGCTCTGCAGGAGTTAAACCAGTACGGTTACACTCATGTGGTGATGTCCCTGCTAAATAACCCTGCCCAGAAAGAGTATTGTTGGCCTGATGACCTTCCTGACTTGGGTCTATGACTTTGATAGGCAGACTGCTTTTCTGTATTGTGCTGTTTGGATGTTCTAGGTTTGGTTAAGGTGTGTACAGATTGCCTACAGGCCCATATGGTGCAAGGCTTGTGATCATTTCTGGATTAGGAGTGCTGTAAGCTGCTATTACCTGTATATGCTGTCAGCCTTTTTGAGTTCTTAGAAAGTTACCTATGGCTGCCCCAGACTTCAGAGCTTTCATTAGGCTTAATTGCTGTAGATTTGATTTGTTGTCCAAGATGAGCTGCAGAGTACAGTAAGTGTAATATCCACGTGATTGAAACATTGTCTTGGGTTTGGTATAGCATATTCTGAAATGATAAAGTTTAGGAACATTTACATTTCACAGTATTTACTGAAGTTAAGGCAGTTGGCTAGCTAATACTTTGAAATAATGATATGAATGAATAGGGAGGTTCAAATACAGGTTCCATAAATCAGCAGGTTGAGAAATGCTCCACAAATTGTGCACCACACTTTATCAGCAAATGTCTGAATGCAAAGATGAATATTGATTCTTTGACAGATGTTTTGAAATACGTATTTCTCAATTTGCTGTTAGCAGGAGGTGGGATGATCAAAATACTAGTTTTAAAGAGTGCAGCATTTGCATTTAAAACAAAAAAAATCAATCCTGACATCTTAGAATCTCCCTCTTTTTTTTTTTTGTTACTGGCAATAAACGTCAATTATGCAAGCATCCCAAATCTACCTCGTCAGCATATCTCAATGGTTATTAGTAGGGATTATCTGTTCAAGAGTCTGTGTTGGTGCTTGGCACCCTTTGAGTTTGTGTTTCCCTGGGAATTAAAATTTGTTCAGTTTCTGTGGCAAAGGAAATGTGTATTTTAACCACTAGATGGAGCCATTTTATTTGCA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Seq C2 exon
GGTCATGATGAGGAAGCTGTCGTGGATATGGGCAAAATCAGCTCTACTATCAATACAAACTTTGAGAAAGAAGAACTAGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011405:ENSGALT00000018603:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.893
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]