RnoINT0138541 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005957 | Slc4a7
Description
solute carrier family 4 member 7 [Source:RGD Symbol;Acc:621208]
Coordinates
chr15:11890229-11912916:-
Coord C1 exon
chr15:11912671-11912916
Coord A exon
chr15:11890311-11912670
Coord C2 exon
chr15:11890229-11890310
Length
22360 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGG
5' ss Score
10.17
3' ss Seq
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3' ss Score
3.74
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTCCCGATGAAGAAGCTGTTGTGGATCTTGGCAAAACTAGCTCAACCGTGAACACCAAGTTTGAAAAAGAAGAATTAGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005957:ENSRNOT00000008759:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.898
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]