BtaINT0141664 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000010357 | ST6GAL1
Description
Bos taurus ST6 beta-galactosamide alpha-2,6-sialyltranferase 1 (ST6GAL1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_177517]
Coordinates
chr1:80813842-80824920:-
Coord C1 exon
chr1:80824272-80824920
Coord A exon
chr1:80813940-80824271
Coord C2 exon
chr1:80813842-80813939
Length
10332 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGGGT
5' ss Score
5.56
3' ss Seq
TGTTTCCTTGTGGTTTCTAGATG
3' ss Score
9.4
Exon sequences
Seq C1 exon
GCATATTTTCCTGCTCAGAACAGCGTGGTTTCCTTGAACACGTCCTTCATTATGACTCGCACCAGCTTGAAGAAAAAAGTCTTCAGCTGCTGTGTGCTCATCTTTCTCCTGTTTGCCATCATCTGTGTGTGGAAAGAAAAGAAGAAAGGGAATTACTATGAGTTCCTTAAACTGCAAAACAAGGAATACCAGGTGTTGCAGGGCCTGGAGAAACTGGCCGTGAGCTCTAGTTCCCAACCTGTGTCCTCCAGCAGCACCCACAACCCCCAGAGGAACATCCAGGCACTCGGTGGTCCCAAGGCCAAGTTGAAGGCTACCTTCCAGGTGTGGGACAAGGACAGCTCCTCCAAAAACCTTGCCCCCAGGCTGCAAACTATCCGGAAGAATTATCTGAACATGAACAAGTACAAAGTGACGTACAAGGGGCCAGGGCCCGGGGTCAAGTTCAGCGCAGAGGCCCTGCTTTGCCACCTCCGGGACCACGTCAACATTTCAATGATAGAGGCCACAGATTTTCCCTTCAACACCTCTGACTGGGAGGGCTACCTGCCTCAGGAGGACATTAGGACCAAGGCTGGGCCGTGGGGCAGGTGTGCTGTGGTCTCTTCAGCAGGATCTCTGAAGTCCTCCCGGCTGGGCCGAGAAATAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGATCACGATGCAGTCCTGAGGTTTAATGGGGCACCCACAGTCAAATTCCAACAAGACGTGGGCACGAAAACCACCATTCGTCTGGTAAACTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000010357:ENSBTAT00000012565:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.085 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0077713=Glyco_transf_29=PU(24.4=30.5)
A:
NA
C2:
PF0077713=Glyco_transf_29=FE(12.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development