BtaINT0143297 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002137 | SUGT1
Description
Bos taurus SGT1, suppressor of G2 allele of SKP1 (S. cerevisiae) (SUGT1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046203]
Coordinates
chr12:11165463-11171895:-
Coord C1 exon
chr12:11171835-11171895
Coord A exon
chr12:11165554-11171834
Coord C2 exon
chr12:11165463-11165553
Length
6281 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGA
5' ss Score
7.66
3' ss Seq
CAGCATGTTTGTATTTGTAGGAG
3' ss Score
5.41
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGTTGTTCCGGAGCTTCTCAGATGCCCTCATCGAGCAGGACCCCCAAGCGGCGTTAGAG
Seq A exon
GTGAGACAGCCTTTGCCCCCGGGCAGGCGGCCGCGTCGGGTTCCTCCCGGCTCTGTCTTCCGGGGGTCGGGGCCGCTGCTTCTCCTTTGGGTCAGCCCCGATGTTGACAGCCTCCGCCCCTTCTTTTTCTGCCCCGCGGCGGCCTGGTTATATTAGATCCTTCGTCTTGTCCCCTTTCCACCCCTGGTCCCTTTATGCATCCTTGGAGCTCCTTAGCGTAACCTTCTTCTGTCTTAGGGGTAGAGCTAACCTGCATTGTGGGCCTCAAGGGGCATGTTTTTTTTTTTTTTTAATGGCATTTGTGACTGGAACAAAAAGTGAAATCTCAGCTCGATGTTTGTTCATTCGGGTTTTCGTTTGGCGGTCATCCTTGATTATTTTTATGTACCAGGTGCTGAGTGCCTGTCTGAACTCACACCACTAGGACAGAAACCTTTCCCCCTTGTGTGCCTGAAAATCTCCAGGTGTCCCTGTTTCTGTTTATTATTCACTCATTTGTTTTATTTCTCAAAACAGTTTCTTGGCGGGGGTGGGGGTGGGGGGGCTGCTGTGTGGAAGGCACTGGTTGCTATGGATTAAAGTCTTAATTTATACAGTTAAATGACTTACAAAGCACTTTGTGTGCAGTGAAAGCTTATAAAGCTGTAAAGGAATCCAAAAGAGTGAGTTAAGTAATAATTTGAAGTAATACAGAGAGCCCAAGCTAAGAATACATGATGCAGTGGGTCTCAAAATTAGCCAGGGGTTTCTTGTTTTGAAGCTTAAAAAGAGAGGAGACTTTGTTTTGCTGTTCTAATCTAACATACGTAAGGTTAGGGTTTTGAGGCAAGAGAACCTTTCTCTTGGCTGTGATTTCTGAAAGAAATTGACTCATGGTTAGTAGAGGAGGTGACATTTGAGAAGAGGCACGAGGGAGTGAGCTTGGAAGCTCTGCAGAAGGATTATTTCGGGCAGGAAGAGGAGCCAGTGTCAAGATCCTAAAGTAGGAGTGAAGTAGGTCTGAACAGGGAGCAGCAAGAAAACCCGTTTGGTTGAGTGGGATGGACGTAGTGAGAGAGGAGGTGGAGAGGAAGCCGGGCGGAATCCATCGGTGCTTTTTATCTGTAGCTTGGACTATGTTTTGGGGAGGGTGGGATATGAAGACCTTAAAATGAAGCAGTTGATTACACATGTGCTGGGATGTTTTCTAGTGATTCTTGTGGGGTCACTGTTAGAATAATGTACCAGAGGCACTGAGAGTTTTTCTCTACAGTTCCTTATTTCAGCTTAGTATCTGTATTAAGAGTCTACATTTGTGTGGTCCTCTTAGGCCCTGTGCCTCCTTTGGAAATCTAGTTTATATAATAGTTGCTATTAAAAAATATTAATATAATGGATTCTTGGTCATTTTATATCTGACTTATTTTACTTTTAAAATTACGTATTGACGTGTGGTATGTAACACGAATCTAAATTACTTCCCAGCCAATGATTCCTCTTACCCATCTGTTCTGAACTCCATCACCATCAGTTAGTTTTCCTTGGATTTCATACAAACAGTATCATATAGTATCAAACAGCATCATACTTCGTTGAGTGTAGCTACTCTGTCTTGCTTTAAACATTATGTGAGATACATCCATAAGTTTGTGGGAAGGGACAGTTCTTTTTCATTGCTGTGTAGTATTCTACTGTATTAATATAGCACTGTTTAACTGTGGACATTTGGGATATTTCTAGTTGTTAGCTAGTATGAATAAAACCACTGAATTTTCTTATACATGTATTTTGCTGAACACATGCATATCCTTTGTTTTAAGAGTGCAATTTTTTTTTTCTTTCTAGGAGTGAAATTATATAGTATAGGTGTGTGGTTAGCTTTAGTACATTCGTCCTTAAAGAGTGGTTCTTGGACCAGCAGCGTTAGCATCACTTAGGAATTCCTTAGAAATGCAAATTCTTGGATACCCTCTCCCTCAGATTTTCTTTTTCTTTCCTCTTGGGGCGGGGGCCACTACGTGATGTGGCATCTTAGTTCCCCAGCCAGGAATGGAACCCATACCTGCTGCAGTGGAAGTGAAGACTGCCAGGGAATTCCCCACTGCAGATTTTCTGAACGTACTAATGGTTCCTGTAGGCCAGTACTCCTTACCCTTCCTTTTTACAGAAGGAAACAGACCCAAGGAAATCCAGGTGATCCGTCACAGAGATGTGTACAGCCAGGGAGAGGCAGAATAGGGGCCTGAGGACAGGAGATTCCTGCTCTTAGTCTAGTGCTCTCGTGGTTTCCAAAAGTGTAATCCCCAGACCCTCTGCAGGAGCATCACCTGGAAATTTGTTAGAAATGTGAATTCTCAGGACCTGCCATGGACCTGAGTCAGAAACCCAGAGTGGGGAGGATGATTGTGGTAAGAACCAGCCTGTGTTAAGACGAAATGTCCTTTTTAAATCTTGAGATGATCTTCTCACTGAGTTAAACAGGTGAATGTTAATTACTAGGTAATTGGTAATAATGAGTAGGGCTGGAACCTTGATGAGAAGAGTCAGTTTCCCTCTTGCTTTCCCCAAGGGCTGGTTTAAAGTAACTGTTTTGAAATTAAGGTCATTAGATATTATAGGAGTTAAAATGTCACATTTTTATATAACACCATCCTATTAAGAATAAAGAGAAAGTATATAAAGCTGATGACATGTTTCATTAAACAGTGTATATTAGTGAACAAGGCTGTACTGGGAGCCAGCAATCTAAAGATGAAAATACTGTAGTGAGGGCATTTGCAGTCTAGAGGAGAGAGAGAGGCAGGTCAGCAGGTCATTAGAATATAAGATAAATGCTCTAGTGGAGTGGTATATAAGGTACAGTAGAATAGAGGCCACTGGGGAAGTGAAAAAAAATCTTTGCAGAGGAAGTCTCAATTCAGCAGAGAGAGAAAACGTTTATGTGGATTATAAGGATCTTTTGAGGCCCAATATGAATGGTGCTTAAGAGCACTGGCTCTGGAATCAGACTGCTTGGGTCTACCATATCTTGGTTTCAGAAAAGTTCTGGCTATCACTCTTCTTGATCAGACTTCCTGTCTGTAAAATGGAACTAACTGGGTCCACTGGAAAGGATGATTATAATGACAAGTACCGTAAGGTCCAAGGGTGAGGCCCTTGAGGTAGGCATCTTGGAGAGCCTTGCTCTCTAGGTTCTCACCCCACCGGCTCTCTTCTGTTACTCAGGTGTGTCTGACTCAGGCCTGGTGCAGTGCCTTTGGACTTGCAGCAGTTCTTTTGCCTAGAATGTCCTCTCTATTGACTGTTTATTGTTTTGCTTAGAAATGCTTGTCACTTTAGATTTCATCTGAAATGTCACCTTCTCAAGGAAGCTGTCTTTTCTGACTACTTTATCTGAATGAGGCCGCAATGTAAGCTTCAGGGGAGCAGGGGTTTTGTGTATCTGGTTACCACTGTCTTCTAGGTGTAGTGCCTGCGATGTGGTAGGCACTCAGATGTATTAAATGATTCCTACTGTAATTCTCGGAACAGCTATGCAGTGCATTTTACTAACAAGGAAGCTGAGGCTAACTTACTCAGGTTATGGAGTTCAGAAGCAATGAGTCTTGGGTTCAGGGCATGAAGCTGATCCTCTGGAGGAGTGGGTAGGATTGAGGTGTATGATATAATTAAATGTTTGTGAGCTGACTTTGAAGTAGCTGACCACAGATAGCTTTGTTGAGGGCATAGCAGGTTGGAATAAAACATTCCAGTCCTACATGATTATGTGATTTTTCTCCAGCACTGCTTTTTAGGAAGGGAGAAGGCTTGGTATTCTTGTTTATCCATGATTGGGGATTAGGTGTGACTGGAAGAAAGTGGAAAGTGGAGATAGCATGAGACACCTAGAGCTAAAGGCCTTTAGACCTTCGGTCAGTCTGAGCAGTCTGCTTTTGCTTTTAATCTTAACAAGTTACCTTTCTGGTTAGCATTTTAAAAGAGCCTAAAGCTCTAAAGATTTGGAAGTTAGTTTTCCAAGATCGCAATCTTAAACAATGTTAATTCCTTAAAAAGTAGTTTTCCCCCTGTAGTTCTGTGTTATCAGGGTACTTACTTTCTTTACCATTATCTTGGTAAAGATTTCAGTGTAATTATATTTTACACTTCAATAGATTTCATTACTTTTGAGAACGATAAATTGCTCAACTATAACAACTCATGTGAGAAATACTGTATCTTTGGATATGTTTCATGTAAGTCTGCGTTAAAAAGCCTTTTTGCTGCTGTGATTCAAGTGTCAGCACCGAAGTCCTTGCCTTTTGTGATACCTGCCTTCAGTCAGCAGCCAGTGAGTAGCAGCTGTTGTCACAGAAACAGTTGAAACACTGAAAACGCGCCCCAAGTCAGAGGTAGTTCAGACAGCACAATTATTTTAACTTAACCTTTTTTGGCTTTATTATATTGTATATTCCATATTCAAAATAAAAATTTATTGTTGTATTTTATTCATGACATACAAATTGGTGTGTTATAAAGTTCAGTTTGTGTTGGGTGATTTGGGGTAACTTCTTTTTTTTTATTAACACCAAAGTAAGTCAGTTGCTTATTTAACCTAATCACCCTAATTGCAACAATTGGTTGGTGTTTTTAAAGGTCATTTGCAAGTGGGTTGTTCAAAATTCCAAAGTTTATACCTGACTCCTTAAGAAAAGGAATATTTTATGCATCTGTGAACCTCCAGTGTCTGGCCTGTGTTTATTCCAAAATATATGTTTAAAAATACTTTTTGAATTGATGAGCCTGATGTTATTATAATACGACAGCCTTTTTGACCTATAGCATACCTGTTCTTGGTGAGGAGAGGTTGGAAATTTGATTTTGGGAGTAGGTACATAAGAAGCCATCAGCTGTGTTCCAAATTGTTTGAAAGTTTAGTGCAAGGTGGTGTTTTTAGCTTAAGTATTTCATTAGGAACTGTTGTGTTAATACAGATGTTAGATGGTGTGTGAAAGAAACTTGGAGTAAAGGAATTTTACCAGGAG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Seq C2 exon
GAGCTGACTAAGGCTTTGGAGCAGAAACCAGATGATGCACCGTATTACTGTCAAAGAGCTTATTGTCACATTCTTCTTGGGAATTACAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002137:ENSBTAT00000002771:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.140
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134141=TPR_11=PU(28.6=85.7)
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=FE(47.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development