RnoINT0145872 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000012594 | Sugt1
Description
SGT1 homolog, MIS12 kinetochore complex assembly cochaperone [Source:RGD Symbol;Acc:1307550]
Coordinates
chr15:61873335-61879939:+
Coord C1 exon
chr15:61873335-61873392
Coord A exon
chr15:61873393-61879848
Coord C2 exon
chr15:61879849-61879939
Length
6456 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TTCCACGTTTGTATTCCTAGGAG
3' ss Score
7.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTTCCAGAGCTTCCCAGATGCTCTGATCGACGGGGACCCCCAGGCGGCGTTAGAG
Seq A exon
GTGAGTGAGCTCATTTCTGCTTCTTTTGCACTGGGACTGTTGGGTTCCTATAGACTCCGCCTCTTCCCAGCATTACCTTCGTGGGACCAGAGCTACAATTTTCAATGTGTCTCAGTCCCTAGATTAAGATCCATTTCTTTGTCCCCTAGTAATCCCTTTGCTATAGATCTTGTCCCTCCTCTCCACAAGCTCCTGGTGGGGGTACCTCCCTCCTATTTATTTCTTGGACACATAGTTACCCTCCGTGATTGCTCTTATAATGGCATTTATGATCAAGGAAAAGGCGAAAATCGGGCTTGATGTATTATTTTTTACTTTAACAGTTATGTTTGCCCTTATGTGTCAGGTACTGTTAAGTGTCCTTAATTAAGTTTACTAAAGAACGTTTTCCCTTCTGTGCCTGCAACTTTACAGATGACTGCTTGTTCTTTATACAATTGTTTATTAAAACGTGTTTTTTACCTAGACTAATCTCAAGGTTTGGATCCTGAGAAGGCTTGGGATGTACTAGTAAATAAACCCTGCCTACATTTTTAATATTATATGAATTTCCTTTGGTTCATTTCAGGTGAAGTCTAGAACAAACTAGCTTTGTATGGATGTTAGGAGCGCTAGCTGGATTCTGGAGAGTTATCAGCACATATCCACTATGGTGGTACAGGCCTGTAATTCTGGTACTCAGGCGATGAATGCACTAGGATCAGAAATTAAAGGTCATCCACAGTAACTTAGTGAGTTGAGGCTAGCCTTGAATGTGTGAAACTCTGCTACACTTCAGAGCTCCATGAATCACTGGAAAAAGGCAACATTTTTATGTTCTGAGCCTTAGAGAAACCGCTTTTCTAGAGGCTAGCAGACTAGAATAGCTACATTGTTGCTTGAATGTTACAAGCTCCATTTTGTATCCTTAAGTCTACGGAATGGTCATCAGGTTTGAGAGCAAGGTATTATTAGTGAGCCTGCTGTTGGCGGCACACACCTTTAATCCCAGTACTTGGGAGTGAATTTCTTTGAGTTTGAGGCTCACCTGGTCTACCATGAGAGTACCAGGACAGCCAGGATTCCACAGAGAAACCCTGCCTCAAAAGAAAACAAAAACCAAGGCATTAGTGACTTTGAGATTAGGGCTACAGAGGCAAATATTTTTTTATATTTTCTGCCAAAGGAAATAAAAACAAAATGGAGAGTAGGGGGAGGCCTGAGAAAGGAGGAGGAAACAAAAAATTATTGAAAGCTTATTGAATGCTGGGTACAGATCTAGGCTGCCCCGGAAACCCTAGGATCACTGGCAGATGCTGTTCCTTCTAATGTATTCAATGTGGTACTCTACAACCTCTGGCTGCCACACATTCTGGACTTTGAATGAAAACGAGCACCAGTGGAACATGGGCACAAGGGTAAAAAGCTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATATCTAAGTTATATGGTAAGCTGTACCTGTGAGGGACTGAGAGAAGTGTAGAGGCTAGCATTGACCTTGACAAGCTGATAGGCATCACTGAAACCTGTTAATAGAAGAGCCTACATTCCTTTTGCCAGAGATAAGGAGAAAGCTCCTTTAGCAAGTAGGAACTATCTTCAGGCCCTTGAAAGAGTGCTGGCTTTTGTCTAAATGCCAGACTTGGGGAAAGGAGTTTCTTGGGGGGGACTGACACTGTTTCTGGTCCTGCTTTGTTTTACTGTATTAATGATACAGTAGCCAGACTGACAGTTGAATCATGTCACTTTCCTACTAGAACTTTCCATGACCTTCCCTCATACTGAAGGTCCAAACAACTTACAATGGCCAGCAGGGTGCCTGGTGCAGTGGACATCTTGGAATTTCTTTCTGTAGAGCTACACTGTTTCCGGTGCTTCTGCTGCTTTTGCCCCAGATACGCTTGCCCTATATCTTGGTTTACCCGGGGATGCCTGTTTCTTTAGATTTCACCTGAAATGATCCTGCTCAGAGGAACTAGTTTTTCTGTCTAAATCAGGCCTGAAAATAGCCTCAAGACAGCAGGGGTTTTGTGTATCTTGATTCTTTACTGCTATGTTCTCAGGGTAGCACTTGGGGCTCACGATGGGCAAGCTTTCTCCTGCACGGATTCTTGCACACTTGTCATTAGCTACATTTTTACTCAGTAGGGAGTTGAAGTACAGCATAAAAAGGTTAACTTGCTCAAAACAAAGAAGCTTGGAAGCAGCAGGTTTCTGGTTTCAAGGGATTAAGGTCATCTGGCAGGGAGAGGACTGGGCTATATGATACCCCAACTAGTAGCTACTTGGAAGCCACTTTGTTGAGGGCACAGGCTGAGATTGATAAACATGTAGTGTGCTGACATTTTTCTCTCCAGCAGTGCTTAGTTAAATGGACTGATGTTTCTATGCTTAGACCCTAGCTAGGTAACTGTAGGGAAAAGAAGAGGAACCGGATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGGTTCTTTGAACCTTAGCATTTTTAAAGGGCTTAAAAACTTAAATATTTAAAAATTTACTAAGAGTTAGTATTAATTAAAAAAAATTGTTTTGAAGCTTTGCTGGGGTTTGAGCCCAGGTCCTCATGCATGTTAAGTGCATGGTCTGCCTCTACACCTATTCCTACAGCGCCAGCTTCAAAGTCGTATTTGTTACTGAGGCAGGGTTTCACGTATCCTAAGCTACCCTCAAGTCATATGTAACTAAGGGTGACTCTGAACTTCTGACCCTTATGCATGCTAGGATTATAGGCCTGTGACAGGGATCAAACCCAGGGCTTCATGTATGCCAGGCAAGCATTCTACCAAGTGACCTACAGCCCAAACCCATCTAAAGTCTCAATTTTAATGTCCTACATCCCCCTCCCCCAATTATTGTTCGGTTAGTGGTGTGTTTCTCACTGTGGTTTTTGCTTGCCCGTTTCTTGTGGCAGTGGAATTGATGCTGTTCAGTTGCTCTACCACGGGAGCCACAGTACTCATTTTCTGCACGTGTATTTTTGGACTTGTTTACAATAGGTTTGGCTTAGGTCTGCACTAATTCATAGCCTTTTGCTGCTGTGATTCAAGTGTTGGCACCAGAGATGTCGCCTCTTGAGGTGCTGCTTCCATTGACTACCATGCTTCTGTAGGCAGCAACTCTTGAAAGAGAGTGGTGCACTAAAAGCATGCTAACTAAGATCGTGAGTCATTGTCTTAGTGGTTTGTTTGGGGCTTTATTATACCTGGCTTATCCATAAATCACGTTTTATTCATTGCAAATTTGTCATTTTAAGTTTGACTCTCACTGTTTTTTGTTTGTTTGTATGATTGTTTTGGAAACAACTTTTTCGTTACAGCCTTTCCAAGTCTGCATGTTTTATGAGACTGAACTATTATTACTAAATTTGTTTTTCTTAACTAACAATGGATTAGTGGTTTTAAAGAACATTTACGAGTGGCTTGAACTACTGAGCCTTTTACTTGACTTTATAAGAAGAGGAATCAATAAGCTGCCTGTGGCTCATGCCTGTAATCTCAGCACTTGGGGCTACAGGAGGGGACAGCAAGTTTGAAGCCAGCCTAGGCTACATAGTATATCCTACAGACTATATAGTACATACATGGTAATAACTTTTTTTTTGACTTTTTGTTCTTTTCAACTTCTTTTAATTTTAGTTTAAGACACAGAAGCCCAGGTTGATTATGTGGGCAAGGGTAATTTTTGAACTAAAGGTCCTCCTGCCTCTCCTTTTCTAGTGTTGGAATTATAATCTTATGCAGCCATATAGCACCACCATGCTGGTTTTTATGTGGTGTTGGGGATTGGAAAGGGGTTTTGTCAGACCACAACTAGACAATGTGCAGACGGGGAGAGACACTGGGGCCTGCAGCTAAGTGGGGTACTTTTATCCAACCCCTTTCTGGAAGGCTTAGGATGGGGGGCTTAGGGGAAAAAGGAAGCTGGAAGGGAGGCCAGAGGTGATGGATGACTCCAGGGAAACAGTGCCTTCCACACACAATAGGACAAGTCACATAACAGCTCATATTGGAGCAGTGTGTTCAAGACTTACAGGTTCAAGCACCGAGGAGAGGAAATGGATGGGAGGCCCTAGTTCTAAGCAAGAAACTGTTGGCAATTTGTATCTGCTGGCAAAGGGAAATCCGTTTTCTCCAGTGTAGTCACTGCTTATATTAACTGCACTCCAGGGCAAACTCAGGAGTAATCCATCAGTACAAAGTGAACTCCATGGTTTTGTTTATTTGTTTAGAGACCATAAAGTTAGGTGGATAGGGAGGTGGAGGGGTCTGGGAGGAGTTGTGGGAAGGTTAAAAACATCAAAGTACATGAAAAAAATTCTTAAGAGGAAAAGGGAGGGGGGTTGTATTCAGTATGGAAGTTCTCTGCCTACTGAGCCACATTTATAGCCAATCAAAAGGGCTCAACCTGTTATCTGGTTTATGTGTTATATAATGTTTCTAAAAATACTTTTTTGAATTGATGATCTTGACATCAGTATAATCTGTAATAACCTTTCGATCATAATCCATTTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTTTCTAGACAAGATCTCTCTCTGTAGCACTGGCTGCCTAGGGATTCCCGGTATAGACCAGGCTGGTCTCGGGCTGAGATCCCCTACCCCTCTGCCCCGCCCCTGCCCTTACACTGGAATTAAAGGCATATGTCATTATTCTCAGTTTATTTGCTAATCTCAAAGTTTTTTAAAAATTAAGTAGAAAGATTTACTTAACGTAGAGATTTCAGAATACTAGAAAACATCAATACAGGTGGTAGGGAGAAATGCTTGGAGTAAAATGATCTTGGGGGTTGCTACTGTTTTGTGTAAGTTCTACTCTGGGGTTTCACAGAGCTGGATTTGAATGTAGTCTCTTGCACTGGTTTGTCCCTAAGGAAGTTAGAGAAAGAATTTACTGCGTGCT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Seq C2 exon
GAGCTGACGAAGGCTTTGGAACAGAATCCAGATGACGCACAGTATTACTGTCAGAGAGCTTATTGTCACATTCTCCTCGGGAAATACTGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000012594:ENSRNOT00000017086:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.161
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134141=TPR_11=PU(21.1=60.0)
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=FE(52.6=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]