BtaINT0145059 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000006654 | TANK
Description
TRAF family member-associated NFKB activator [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11562]
Coordinates
chr2:35299975-35342975:-
Coord C1 exon
chr2:35342937-35342975
Coord A exon
chr2:35300123-35342936
Coord C2 exon
chr2:35299975-35300122
Length
42814 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATC
5' ss Score
7.05
3' ss Seq
ATTGTTTGATTATTTTCCAGATC
3' ss Score
8.15
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000006654:ENSBTAT00000046172:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.218
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF125063=DUF3713=PU(34.7=78.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]