MmuINT0156885 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000064289 | Tank
Description
TRAF family member-associated Nf-kappa B activator [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107676]
Coordinates
chr2:61578585-61613798:+
Coord C1 exon
chr2:61578585-61578693
Coord A exon
chr2:61578694-61613650
Coord C2 exon
chr2:61613651-61613798
Length
34957 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATC
5' ss Score
7.05
3' ss Seq
GCTGTTCTGATATTTTCCAGAGC
3' ss Score
8.21
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGCTGGCATTCCTACCATCCTTTATAGTGATGCTACAGGACAAAGAGGAATGGATAAAAACATTGGTGAGCAACTCAATAGAGCATATGAAGCCTTCCGACAGGCATGCATGGATAGAGATTCAGCAGTAAGAGAGCTACAGCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000064289:ENSMUST00000112502:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.254 A=NA C2=0.386
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF067856=UPF0242=PU(36.5=93.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types