RnoINT0147584 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008859 | Tank
Description
TRAF family member-associated NFKB activator [Source:RGD Symbol;Acc:628859]
Coordinates
chr3:47439076-47475131:+
Coord C1 exon
chr3:47439076-47439158
Coord A exon
chr3:47439159-47474983
Coord C2 exon
chr3:47474984-47475131
Length
35825 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATC
5' ss Score
7.05
3' ss Seq
GATGTTCTGATATTTTCCAGAGC
3' ss Score
8.3
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGCTGGCATTCGTACCATCCTTTATAGTGATGCTACAGGACAAAGAGGAATGGATAAAAACATTGGCGAGCAACTCAATAGAGCATATGAAGCCTTCCGACAGGCATGCATGGATAGAGATTCAGCAGTAAGAGAGCTGCAGCAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008859:ENSRNOT00000011794:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.388
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]