Special

HsaINT0163650 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
TRAF family member-associated NFKB activator [Source:HGNC Symbol;Acc:11562]
Coordinates
chr2:161993466-162036272:+
Coord C1 exon
chr2:161993466-161993574
Coord A exon
chr2:161993575-162036124
Coord C2 exon
chr2:162036125-162036272
Length
42550 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATC
5' ss Score
7.05
3' ss Seq
TTGATCTCATTATTTTGCAGACC
3' ss Score
10.35
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTGAGCAGCATTGTTAGAGCCTGTGGAAAACACTTTACAACTGTGTAACTGTCTTCATCTTTACAGAGGAATAGTCTACAAAGGAAGACTTGTAACCTGGAGAAGAG
Seq A exon
GTAATCTAATTTCAATAGTTCCTACTGATTCTTAACCTAGGAAAGGGGCCTGGATGTCTTAAACTGAAGTGTTGCAGATGTGTTACCCTCTTACTCTTGCTATGTGAGTAATTTATGACATGATTCAATAATGCCTTTGTAGTTAACGTCATAGTTAGAAATTTGGCCTTTAAAAAATGGCTGGACGTGGTGGGTCATGCCTATAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTAAGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTTGAGGCCAGCCTGGGCAACATAGTGAGACCCCATCTCTATTTAATAAATAAATAAGTAAATAATGGGGTCCCTAGCCAAGACCAAGGAAAATTTTAAATTTTTTTTAATTTTCTTTCTAACTTTTAAGATAGAATTTATGTCTCTACCTCAATGATTTTTTTAAGTTTATATCTGGAATGAGAGCCTTCTCCAATGAATGATTTTTATAACATAATGTTGACATTATGCTGAAAGATATTTGGCTTAAGTTGTTCATAACTTACTAGGCTGAAAAGTAAATTAAAGTAAAAATGTATTCATACTTTTTTGGTTATATTTTTAAAAATCGATCCTGGCCTGATCCAGTGTGTCTATACAAACATTAACTCAAGGCTGGGCATGGTGGCTCACTCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCCGGCAGATCACCTGAGATCAGTAGTTGGAGACCAGCCTGACCAACATGATGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTACATGTCTGTAATCCCAGCTACTTAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAATGAGCCAAGACAGCACTATTGCCTAGGCAACAAGAGCAAAACTCCGTCTCAAAAAAAAAATAATAATAATGATTAACTCAAGTTTAGTATTTTTCTCATCTCATAAAAAGCACATGATAGTGAATATTTCATTACACTAAAGTGTTAATCTTATAGACAATGCTGCATCTCCTTGGACCATTTAAACTTACACAGTTATAGTAAACTAGTCTTATTCTATTATCAATTAGCCCTCATATTTTCACAACCAAAAATGAACATTAAATACCATGTAATATTTCATTAAGTTATTTTCTTAAGAATAATCATAGGAAAAATGACAGCTCAAAAAGATTAAAAGTCAAGAATTATTATCACTATTGTTACATTATTATAATAGCTGTCATATTCAAGCTTGTAAGTGGCAGAACCAGGGCTTAAACATAAATTCATATCACCTCTTTATCCAGGGCTTTCTGTTACTACTGCCCTGCATTCTTATAATGTTAAAATAATATTTGAGAGATGTCATATCCCAAAAGATGGAGATTCTTATGATAGAAAAAGGAAGATGACTTGGCCATGTTCACGCAGCAACCAAGTCATTTTTAGAAGCTAGGTCTTTCTTCTCACTCACCCACTCCCATCTCTTCACTCCCTCCAGGATACACTTCCACATGCATACAGGTGGGCACACTAGTGTGCCTCCAAGCAGTTAGCTTCAGAGCCGGAAGAAGATGTGGGGTTGTATACCCAGTCTAACCTGCCTTCAGGTTCTGCCCAGCAGCCAACTGGGGACCTAGAGCAATGTCTAGTTACTTCTTTTAAACACTTATGACATTGAGTCATAGAGATAACTAACTAGATGATTAAAAATAAATAAAGCTCCCCTGAAAAAGTTCTGATTAGAATTTCATGAAACTTATGCACTAATTTGAGGAAAGTGATCATCCTTATAGCATAGAAACTTCCTGCCTGAATATTCTATTAATATGTCTTTAATGTATTAAGGCCTCAGTAGACATAGAAGTTCTTTATTTATCATTAAATGTATTCCAATATATTTTGTTTTGTCTTCTTGTGTGTGTAGTAAAGGTACTTGATAGGGATATTCTTTCCACTATATTTTCTAACTAATTATTGCTGGCTTCTTAATTTCACAAATTTATCTTTCATCTAGCAATTTTATTGATCCCTCATTTTTTCTAAATTACTTTAGGTAATTAACATGTGATGCCTAGACAGAAAAAAATACAATTATGTATTATCCCTTTTTTTCCTCACCACATTGGCCAGAATTTCTGGAACAGTGTTTAATAACAGAGAAGAGAGCAGTCAACCTTGTCTTGTTTCTGATCTCAGTGGGAATTTCCCTAGTGGTTAACATTAAGAATGAGGTTGGCTGTTGGTTTGAGATAAGTACATTTATCATAAAAACCAAATAATTGCCAAGTACCTTGTTTACTAGAGGCTTATTTAAATAAAAACAAAATAGAGACTTCATGTTAAACTGTACTCAATGTCTTTTTGATATCATTAGAGACAACTGTATGGTTTTTCTACTTCAAACTGTGTAGTGGTCTGCTGTTACACAAGAGAGTCATTGCATTTTTAAAAAGTCCATGTCATCAAATATTGTGATATGAAAATGATTGCTTTGGTAATAAAGGTAGATTTATAGTTATGAGCTATGATTTATTGTTGCTCCAATTAAAATAATAAATTGGTAGTTCAAAATAAACCAACCAAACCTACACGTTTCCTCTTTTTCTCTCCAATCCACATGCTTAGACACCTCTTCTCTATTATTTTGGCTTCATAATTCTGTTCCCAACTCAAACTAACAGAAAAAGAATGAAAACAATGTGACATAAGCCAAGTAACCCTATCCAGGCATAGCAGCCAAATAAACAAAGCAGCTATTCCTACGCTTTGTGCAAAAAGCCTTCTTCCTATTATGACAGTGCTAGCTGCAGACCGCAATTTAGTTACAACTGTGGTAAGCAAAATGTGTGTCCAAATTGATTAATCTTATATCCAACTTATATTAAGAAAATGTATGCTAAAGAGAAATGTTTGAAATTTGCTAAGAATTTTTAATATTCATATTCAAAACTAGAAGGTTAGTATTTTTGTTTTTATATTCATAAGTCTGTAAAAATTAGTCTATATTTTTATTTTCTAGAACATATCACTGATAGGTTTCAGTTTTAAAATGAGACTAGCTTAATAAAGTAAAATGATAAAAATACCAAAATGTTCCAAGTTCTAAAGAAAATTCAATAGGAGTTATCTGTTCCTTGAAATGTTTAAAGAAGAATCCATAATACTGTTGGGCCTTGGCATCCCCTTTTGAAAATAATTCTTTAAATGCTTACAATGTCTTCCATTGTTATTGATCTATTTGGGGTTTATGCTATTTTTCATGCAGCTTAGTTTACTTGCTTTTGCTTAGAAATTACTCTTTTTAAAAATTTTTCAAATATATTGGCATACATGGTATTCCCTTGAACTTTTTAAAATCATCTCCATAACTATGTGGATAACCCTTTTTCATGATGCATTTTGTCCATTTGTCTTTTCTTTTTTTTTCTGATTGGATGTCACAGAACTAATTTCTTGGATCTATTTCTTCTATAGTTAGCTCTTTGTAAAATTGTTTTTGCTTTATCTTTGTTAATATTTTCTCAATGCCTTTTTTAGACTATTTTAGTTTTCTAAGTTTGTGAGTTGAATTATTAGTTCATGTATTGTTATTCTTTCTTCTTTTATAATGAAAATATTTAAGGCTAGGAGTTTTTTAGTACTATTTTAACATCTTACAACTTCTGATACATTGCTTTCACATTTCACTGTCTTAAAGTTTTTAATTGAAGTTTTATTTCCTCTTTGATCAGATTTATTTAGGATAGTAAGGGTTTTTTTTTAATGAATAGTCTGTCTTTTTTAAAACCATTTTAGATTTAGAGAAAAATTCAGCGAACACTGCAGAGAATTCACATATACCACCCTTCCTACCCCCACCACTCACAGCATCCCCTATTATTAACAACTTGCATTAGTATGGCACATTTGTAACAATTTATGAACCAATATGGGTACATTATTATTAACTCAAGTCCATAGTTTATTCGGGTTTTCTTATTTTTTCCCTTTTTAAAATTGAGGTGAAATTCATATAACACAAAACTAATCATTTTAAAATGAACAATTCAGTGGCATTCAGTACACTGACAATGTTGTGTAAGCACCACCTCTATCTAGTTTCAAAACATTTTTACCACCTCAAAAGGAAACAGTGTACTATTAAGCAGTTGTTCTGCATTTCTGACTCCCCTCAGCCCCTGGCAACCACAAATCCGCATTCTGTCTCTGGATGCATATATTCTGAATGTTTCATATAAGTGAAACCAGACAGTGTGACTTTCTTTTTTATTATTATTTTACTTTAAGTTCTGGGATACAAGTGCAGAACATGTAGGTTTGTTACATACATATACGTGTGCCATGGTGTTTTGTTGCACCTATCAACCTGTCATCTAGGTTTTAAGTGCTGCATGCATTAGCTATTTATCCCTCCTTCCTCTTGCCCCTCAACCCTGACTGGCCCCAATGTATGTTGTTCCCCTCCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAACTCACACTTATGAGTTAGAACATGCGATGTTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGGATGATGGCTTCCAGCTTCATCCATGACACTGCAAAGGACATGATCTCATTCTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCAGGTGTATAAGTACACATTTTCTTTATCCTGTCTATCACTGATGGGCATTTGGATTGGTTCCATGTCTTTGCTATTGTAAATAGTGCTGCACGAAACATATGTGTGCATGTGTCTTTATAGTATAATGATGTATATTCCTTTGGGTATATACCCATTAATAGGATTGCTGGGTCAAATGGTATTTCTGGTTCTAGATCCTTGAGGAATTGCCACACTGTCTTCCACAATAGTTGAACGAATTTACATTTCCACCAACAGTGTAAAAGCATTCCTATTTCTCCAAAGCCTCGTCAGCATCTATTGCTTCTTGTTTGTAATAATCACCTTTCTGACTGGCATGAGATGGTATCTCATTGTGGGTTTGATTTGCA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Seq C2 exon
ACCTGTCATTTACTCCATCCTTTATAGTGATGCTACAGGACGAAGAGGAATGGATAAAAACATTGGCGAGCAACTCAATAAAGCGTATGAAGCCTTCCGGCAGGCATGCATGGATAGAGATTCTGCAGTAAAAGAATTACAGCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136560-TANK:NM_133484:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.286
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains