Special

HsaINT0163650 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
TRAF family member associated NFKB activator [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11562]
Coordinates
chr2:161136908-161179761:+
Coord C1 exon
chr2:161136908-161137063
Coord A exon
chr2:161137064-161179613
Coord C2 exon
chr2:161179614-161179761
Length
42550 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATC
5' ss Score
7.05
3' ss Seq
TTGATCTCATTATTTTGCAGACC
3' ss Score
10.35
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCTCAGTGGAAGTTCCCACTTCAACATAAGGGAGAGCTCTGGACAGTTTGAGCAGCATTGTTAGAGCCTGTGGAAAACACTTTACAACTGTGTAACTGTCTTCATCTTTACAGAGGAATAGTCTACAAAGGAAGACTTGTAACCTGGAGAAGAG
Seq A exon
GTAATCTAATTTCAATAGTTCCTACTGATTCTTAACCTAGGAAAGGGGCCTGGATGTCTTAAACTGAAGTGTTGCAGATGTGTTACCCTCTTACTCTTGCTATGTGAGTAATTTATGACATGATTCAATAATGCCTTTGTAGTTAACGTCATAGTTAGAAATTTGGCCTTTAAAAAATGGCTGGACGTGGTGGGTCATGCCTATAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTAAGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTTGAGGCCAGCCTGGGCAACATAGTGAGACCCCATCTCTATTTAATAAATAAATAAGTAAATAATGGGGTCCCTAGCCAAGACCAAGGAAAATTTTAAATTTTTTTTAATTTTCTTTCTAACTTTTAAGATAGAATTTATGTCTCTACCTCAATGATTTTTTTAAGTTTATATCTGGAATGAGAGCCTTCTCCAATGAATGATTTTTATAACATAATGTTGACATTATGCTGAAAGATATTTGGCTTAAGTTGTTCATAACTTACTAGGCTGAAAAGTAAATTAAAGTAAAAATGTATTCATACTTTTTTGGTTATATTTTTAAAAATCGATCCTGGCCTGATCCAGTGTGTCTATACAAACATTAACTCAAGGCTGGGCATGGTGGCTCACTCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCCGGCAGATCACCTGAGATCAGTAGTTGGAGACCAGCCTGACCAACATGATGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTACATGTCTGTAATCCCAGCTACTTAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAATGAGCCAAGACAGCACTATTGCCTAGGCAACAAGAGCAAAACTCCGTCTCAAAAAAAAAATAATAATAATGATTAACTCAAGTTTAGTATTTTTCTCATCTCATAAAAAGCACATGATAGTGAATATTTCATTACACTAAAGTGTTAATCTTATAGACAATGCTGCATCTCCTTGGACCATTTAAACTTACACAGTTATAGTAAACTAGTCTTATTCTATTATCAATTAGCCCTCATATTTTCACAACCAAAAATGAACATTAAATACCATGTAATATTTCATTAAGTTATTTTCTTAAGAATAATCATAGGAAAAATGACAGCTCAAAAAGATTAAAAGTCAAGAATTATTATCACTATTGTTACATTATTATAATAGCTGTCATATTCAAGCTTGTAAGTGGCAGAACCAGGGCTTAAACATAAATTCATATCACCTCTTTATCCAGGGCTTTCTGTTACTACTGCCCTGCATTCTTATAATGTTAAAATAATATTTGAGAGATGTCATATCCCAAAAGATGGAGATTCTTATGATAGAAAAAGGAAGATGACTTGGCCATGTTCACGCAGCAACCAAGTCATTTTTAGAAGCTAGGTCTTTCTTCTCACTCACCCACTCCCATCTCTTCACTCCCTCCAGGATACACTTCCACATGCATACAGGTGGGCACACTAGTGTGCCTCCAAGCAGTTAGCTTCAGAGCCGGAAGAAGATGTGGGGTTGTATACCCAGTCTAACCTGCCTTCAGGTTCTGCCCAGCAGCCAACTGGGGACCTAGAGCAATGTCTAGTTACTTCTTTTAAACACTTATGACATTGAGTCATAGAGATAACTAACTAGATGATTAAAAATAAATAAAGCTCCCCTGAAAAAGTTCTGATTAGAATTTCATGAAACTTATGCACTAATTTGAGGAAAGTGATCATCCTTATAGCATAGAAACTTCCTGCCTGAATATTCTATTAATATGTCTTTAATGTATTAAGGCCTCAGTAGACATAGAAGTTCTTTATTTATCATTAAATGTATTCCAATATATTTTGTTTTGTCTTCTTGTGTGTGTAGTAAAGGTACTTGATAGGGATATTCTTTCCACTATATTTTCTAACTAATTATTGCTGGCTTCTTAATTTCACAAATTTATCTTTCATCTAGCAATTTTATTGATCCCTCATTTTTTCTAAATTACTTTAGGTAATTAACATGTGATGCCTAGACAGAAAAAAATACAATTATGTATTATCCCTTTTTTTCCTCACCACATTGGCCAGAATTTCTGGAACAGTGTTTAATAACAGAGAAGAGAGCAGTCAACCTTGTCTTGTTTCTGATCTCAGTGGGAATTTCCCTAGTGGTTAACATTAAGAATGAGGTTGGCTGTTGGTTTGAGATAAGTACATTTATCATAAAAACCAAATAATTGCCAAGTACCTTGTTTACTAGAGGCTTATTTAAATAAAAACAAAATAGAGACTTCATGTTAAACTGTACTCAATGTCTTTTTGATATCATTAGAGACAACTGTATGGTTTTTCTACTTCAAACTGTGTAGTGGTCTGCTGTTACACAAGAGAGTCATTGCATTTTTAAAAAGTCCATGTCATCAAATATTGTGATATGAAAATGATTGCTTTGGTAATAAAGGTAGATTTATAGTTATGAGCTATGATTTATTGTTGCTCCAATTAAAATAATAAATTGGTAGTTCAAAATAAACCAACCAAACCTACACGTTTCCTCTTTTTCTCTCCAATCCACATGCTTAGACACCTCTTCTCTATTATTTTGGCTTCATAATTCTGTTCCCAACTCAAACTAACAGAAAAAGAATGAAAACAATGTGACATAAGCCAAGTAACCCTATCCAGGCATAGCAGCCAAATAAACAAAGCAGCTATTCCTACGCTTTGTGCAAAAAGCCTTCTTCCTATTATGACAGTGCTAGCTGCAGACCGCAATTTAGTTACAACTGTGGTAAGCAAAATGTGTGTCCAAATTGATTAATCTTATATCCAACTTATATTAAGAAAATGTATGCTAAAGAGAAATGTTTGAAATTTGCTAAGAATTTTTAATATTCATATTCAAAACTAGAAGGTTAGTATTTTTGTTTTTATATTCATAAGTCTGTAAAAATTAGTCTATATTTTTATTTTCTAGAACATATCACTGATAGGTTTCAGTTTTAAAATGAGACTAGCTTAATAAAGTAAAATGATAAAAATACCAAAATGTTCCAAGTTCTAAAGAAAATTCAATAGGAGTTATCTGTTCCTTGAAATGTTTAAAGAAGAATCCATAATACTGTTGGGCCTTGGCATCCCCTTTTGAAAATAATTCTTTAAATGCTTACAATGTCTTCCATTGTTATTGATCTATTTGGGGTTTATGCTATTTTTCATGCAGCTTAGTTTACTTGCTTTTGCTTAGAAATTACTCTTTTTAAAAATTTTTCAAATATATTGGCATACATGGTATTCCCTTGAACTTTTTAAAATCATCTCCATAACTATGTGGATAACCCTTTTTCATGATGCATTTTGTCCATTTGTCTTTTCTTTTTTTTTCTGATTGGATGTCACAGAACTAATTTCTTGGATCTATTTCTTCTATAGTTAGCTCTTTGTAAAATTGTTTTTGCTTTATCTTTGTTAATATTTTCTCAATGCCTTTTTTAGACTATTTTAGTTTTCTAAGTTTGTGAGTTGAATTATTAGTTCATGTATTGTTATTCTTTCTTCTTTTATAATGAAAATATTTAAGGCTAGGAGTTTTTTAGTACTATTTTAACATCTTACAACTTCTGATACATTGCTTTCACATTTCACTGTCTTAAAGTTTTTAATTGAAGTTTTATTTCCTCTTTGATCAGATTTATTTAGGATAGTAAGGGTTTTTTTTTAATGAATAGTCTGTCTTTTTTAAAACCATTTTAGATTTAGAGAAAAATTCAGCGAACACTGCAGAGAATTCACATATACCACCCTTCCTACCCCCACCACTCACAGCATCCCCTATTATTAACAACTTGCATTAGTATGGCACATTTGTAACAATTTATGAACCAATATGGGTACATTATTATTAACTCAAGTCCATAGTTTATTCGGGTTTTCTTATTTTTTCCCTTTTTAAAATTGAGGTGAAATTCATATAACACAAAACTAATCATTTTAAAATGAACAATTCAGTGGCATTCAGTACACTGACAATGTTGTGTAAGCACCACCTCTATCTAGTTTCAAAACATTTTTACCACCTCAAAAGGAAACAGTGTACTATTAAGCAGTTGTTCTGCATTTCTGACTCCCCTCAGCCCCTGGCAACCACAAATCCGCATTCTGTCTCTGGATGCATATATTCTGAATGTTTCATATAAGTGAAACCAGACAGTGTGACTTTCTTTTTTATTATTATTTTACTTTAAGTTCTGGGATACAAGTGCAGAACATGTAGGTTTGTTACATACATATACGTGTGCCATGGTGTTTTGTTGCACCTATCAACCTGTCATCTAGGTTTTAAGTGCTGCATGCATTAGCTATTTATCCCTCCTTCCTCTTGCCCCTCAACCCTGACTGGCCCCAATGTATGTTGTTCCCCTCCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAACTCACACTTATGAGTTAGAACATGCGATGTTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGGATGATGGCTTCCAGCTTCATCCATGACACTGCAAAGGACATGATCTCATTCTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCAGGTGTATAAGTACACATTTTCTTTATCCTGTCTATCACTGATGGGCATTTGGATTGGTTCCATGTCTTTGCTATTGTAAATAGTGCTGCACGAAACATATGTGTGCATGTGTCTTTATAGTATAATGATGTATATTCCTTTGGGTATATACCCATTAATAGGATTGCTGGGTCAAATGGTATTTCTGGTTCTAGATCCTTGAGGAATTGCCACACTGTCTTCCACAATAGTTGAACGAATTTACATTTCCACCAACAGTGTAAAAGCATTCCTATTTCTCCAAAGCCTCGTCAGCATCTATTGCTTCTTGTTTGTAATAATCACCTTTCTGACTGGCATGAGATGGTATCTCATTGTGGGTTTGATTTGCA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Seq C2 exon
ACCTGTCATTTACTCCATCCTTTATAGTGATGCTACAGGACGAAGAGGAATGGATAAAAACATTGGCGAGCAACTCAATAAAGCGTATGAAGCCTTCCGGCAGGCATGCATGGATAGAGATTCTGCAGTAAAAGAATTACAGCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136560:ENST00000259075:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.282
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
PF040127=PspA_IM30=PU(46.3=93.9),PF125063=DUF3713=PU(39.5=90.9),PF041569=IncA=PU(39.2=87.9)


Main Inclusion Isoform:
ENST00000402568fB27548


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains