Special

BtaINT0148108 @ bosTau6

Intron Retention

Gene
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11805]
Coordinates
chr1:3483533-3552674:+
Coord C1 exon
chr1:3483533-3483699
Coord A exon
chr1:3483700-3552496
Coord C2 exon
chr1:3552497-3552674
Length
68797 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGC
5' ss Score
9.44
3' ss Seq
CTTTTTTCTGCCCTCTCCAGGTT
3' ss Score
11.88
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTGAGCTTGAATTTCAAACCCGGTTCTTTTCATCGGCACATTTCTTTGTGTTGGGAGGTGTGGGCCAGCCCTGGGCGGCGAGAGGCCGGATGGGAACCCGGGCTCCGCAGCTGCCGCGCGGGGACCTGTGCGCCCGGGATCGGCGGGGCGCGTCTCCGCGCTGCGCTGGGGCTGCCCGGGGACACCACCAAGTGGGTTTTGGTTCGTGGGGAAAGGGGTTCGGGGTTTTGAAAGCGATTCATCCCCCACCCCCTTCCGCGCTCGCCCCGTCTGTAACCGAGGATCTCACTGAATCTGGGTTCTGGAAGGAGATGGTGGGATCCTGTTATCCACCAAAGATGCGCCGTGTCTCAGGCTGCCCTGCCGCGCGTTCAGTGTCCACGTCTTTGAAAATGAACCCCGTGAAAGTCTCGGGATTTTAAGTGACAAAAACTTCCGAAGGAATATTCCGAAGCTGTGGTGCTAACAGGCTCCTGGGTGGGAATTCTGGAGTGAAGCCTGGGAAGTCTACGTTTCTCATTAATTCTGTCTGATTGAGTGAGTACAGTTCCAGGGTTTCTGGCTATTGAGGTGTTGTTTATTTATGTGGAACTTTTTTCCTTGAAAAATGTTAGTTTTCTGTGGCAGCTGACTTGTCTTTAGATTGATTGCCCAAGTCGATTTCGGGTGGGGTGGGGAGAGGAAGTTTGGGTGGAGGGTGGCATGAGGTTGGGTTGATTGCAAGAGACGCTTCACTTGTCTCAGCAGAGGATAAACTTGGACAAATGCGGGCATTCTTTAGGTTTTATTTTCAGCCCCTCAAGGAGCTTTATTTTGACCTGTGTAGTGTTTCCTTACTGCAGGGTTGGTTAGGTGGAGGCCTGGGCGTTAACTGTTATCTGTGTCATCTATTTCGTATCTGATCAACAGGTTAGTGCAGAGCAGTGGGAGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTAAGCTGATCTTTTGTAAGAATTTTTAGAGAATTGTCCTGCTCTCTGAGCCAGAAGCGAAGGCGAATGAATGTGTGGATCTTATTATATTTGTAGAAAACCAAGTTTTATTTTGTAAGGGCTTCTCCAGGTTCTGGGGTGGGTGTGACTTGGGGGGATGTTAGCGGCCGATTCTGTTGTTCTCCTAATGCCAGAAAGGACCAGCCTGACTTCCCCAGCCCACCTTCCATCTGAACTTCGGGGCTTGGGGGACGGGATGCTGTGCCCACAGTTTTAGTCTTCGTTTACTTTCACCCTTTAGCTTTCTCGAAGTTTATGATACAGAACTAGAATGAAATTACTTTTAAACCAATCTAGACACATGCTGGGCTTCCTAGGTGGCTCAGTGGTAAAGAATCCTCCTGCTAATGCAGGAGACCTGGGGGTTCGATCCCTGGGTCGAGAAGATTCCCCTGGAGGAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCACAGACAGAGGAGCCTGGCTACAGAGGGTACGTCCATGGAGTTGCAAAGAGTCAGTCATGACTTAGCTACTGGGCATGATCACGCACATGTGCCAGGGAAAAACAACTGGAGGCATGGTCTGGGCTGCTGGAGCCCTGCTTTCTTGCTTGTTGTGGGCTCAAGAAAGAACATGCAGGTGGGAATGAACTTGATGCTGATTCCTCCTACCCTGCCAAGGAGCCTTTAGTAACTTACTCAACAGGAAAGACAACCAGACTCGATCTCGTGATAATGCTGCTAACACTGACTAATAGACCCTTGTTTGTGGAGTTTTATGGAACAGTAATCCTCAGCTAGGGAAGGGGGAATATATTATTCAGAAAGGTTTCTAGACACTCTCACATGGGACTGTCTGGGGACATCATCGTGAAGCTATTTGAAACGTGTATTAATTACGCTGTATGACCTTGCAGGTGTCACAGCTTCTGTATCATTGTTTTCTTGTGGTCGCTATACCTCGCCCATACCTGGATGGGCTCTGGATAGTTGAATTTTATCTTATTTATTTGTTTATATTGTTTGGCTGCCCCTCAGGACGTGTGGGATCTCAGTTCTCTGACCAGGGATTGAACCTGCCCCTCTTTCATTGGCATTGTGGAGTCTTAACCCTTGGACTGCCAAGGAAGTTCTTGGATTTTATTTTTTTTATTATTGCAAGTTCAGTTTATTCTGTAGAAGTAAGGCTATTAAGATGATCTTGTTTTTAGTAACGAGTTTTGTTTTCTTTTTAATAGGGATTTTCCCATTTCATCTTAAACTTATTTATATAAAGTTACAGATAATATCCTTTCATAATAATTTTCAAGAGTACAGCATCTGTAGAAGTGTTTCCTTTTTCATTTCTGGAATTGGTTATTTGTGCCTTTTTTCTTTTTTGATCAACCTTGCTAATGTATTATCAGTTTTATTCATTTTTGAAAGACCTAACTTTGGTTTTGTTTGTATTTTAAATGAAGCATAAACAAATACAACTTATTGTAAGTTTACATGCATTTAAAAAATTGTGCCCTATGGAACTCTGTCAAAAAAGATTTCAAGAGCCTTTAAAACTAAATAACTGAGTCTCCTAGTTGTATGGAGGAAGATACTGTATATTTATGTGTCTTTGACGTAATGTTTTCCAGTTTTATTAAAACATAGCTTGTGTTCCTGAGTATCATACCTGTTGGAGCAAATTGTTGTAGGGTGGGTTTTGCATATTCACTGGGACACACCCTGTGAAATTGTTTTGGAAACATCTTACTAGAATTCACCCAAGACTTACTGATAATTTAATGTGAATTGAAGGTGATTTCAACCCACTTAACAAGTTTACTTTGTACTGAGCCAGAGCAAATTTGTTGTAATGACTGAGGGAAAATGTTTCAGTTTGGTTCATATTTAATGCATGAGCCGTGGCATTTTAAAGTTTCCTCAGAAAATCTTTCTGAGTATGTGGTGGTGGTGTAAGAACAATAACTTTGGAGTCAGAAAGAGCTGGGTTTGAATTCCTGCTCTCAGTTGTAGCTGTGTGGCCCTGGGGAAATTACCTAACCTCTCTGAGCCTGTGGGTCCCCTACTGTGAGAGAGAGGTCTGAAAACTACTTCGGGGGCCTTCGTGAGATTCCTCTGAGTTTTCACGTAAGGGACCCGTCTCGCGGTTTGGCACACACACAGTGGATCGTCAGTTGTAGTCTGAGGAGTGTTTTCCTCTGCTACTGTTGTGCAAGGTCACAGTTCTGCGGGTGCCTTCCTTCCAGAAATGTGAACGGGTATTGCAATAGCATGAAACAAAACCACTTCTATCATTCTTTTTTTTTAATTCCGGGCAAGTGGAATTATCAGGGTCCCTTTCCATATTTTCATCTTATCCCAGTGAATTGATAGTAAACTGACTGTACATTTCCCCCTCCACTTTTTTTTTTTTAATTAAATTTTTTTTTAAAAATTGTGGAAAAAGTGACATAATCTACAACATACTATTTCAATATGGTGGGAGATGGTTGGCTGATGAACACTACCTTGATTTTGTATTTCCACCACATTTTCTGATATCTATACTATAAGGTGGCTCTAGTGGTAAGGACCCCTCCTGCCAATACAGGAGACATAAGAGACTCTGGTTCTGTCCCTGGGTCAGGAAGATTCCCTGGACAAGGACATGGCAACTGACTCCAGTATTGTTCCCTGGAGAATCCCATGGATAAAGGAACCTGGCAGGCTGTAATCCCTAAGGGTCGCAAAGAATCAGACACGACTGAAGCAACTTCGCGCACACACGTACCGTTCAGCGGCTCTAAGTGCACACACACTGTTGTGCAACTCTCACCATCCTCACCTTCCTGGGATTACTGTATGTTTTCCTTCAGCTCATTTCACCTCCTTGAGAGTCTAACTGCTCTCTTCTAATTCCCTCCCTTTCTTTCTTGCTTTTTTTGGGCTGTCTTTAGAGTATACATCAGGGCTTCCCTGGTAGCTCAGATGGTGAAGAATCTGCCTGCAGTACAGGAGACCTGGATTTGATCCTTGGGTTGAAAAGATCCTCTGGAGGAGGAAACGGGAACCCATTCCAGTATTTTTGCCTGGAGAATCCCATGGACAGAGGAACCTGGCGGGCTACAGTCCATGGGGTCACAAAGAGTCGGACACGACTAGGCGACTAACACACACAGGGTACAAATGTGGAGAAGGAAATGGCAACGCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCATGAATAGAGGAGGCTGGCGGGCTACAGTCTATGGAGTTGCAAAGAGTCAGACTCGACTAACACACACAGGGTATGAATGAAATGGGTACAAAGCTCAGAACTTGAGATGTAAGTCAGTGGGGTTGCTCCTTTGAAGGCAAAGTTTGTTAACTTTCGTTACTACAGAATTTAGCTGGGAGATGCTTGGGGTTGATTGCCACATTGATTTCGTATTTCCACCGCAGTTTCTGAGCATCCTCTTCCCGGGCTTGGAGTTCGTCCATGCTTTGCGGGGAGATATGGATCATTGAATGCTACTGCTGACTTCTTAACCAAGGAGAGAAATGAAGAGCAAAGGGCGGAGGAGGTTGGCCAGGTAATATTCCTGAACAAAGGACTGTAGCATTATTGAAGTCTCCAAACTCAAGCTGTTTGTTCTCCCTGGGGTTTCTCCTCTGAATAGATCCTGGGAGAATCTGTGGCATAATTACTTAAGATTTATTTAGGCATCCAGTGTTGCAATGGGCTGAGCTGGGCAGGGGGAAGGATTGTGAGCTGGAGAAAGGCTTTATGGTGTGATGCCAACATCATTTGCTATTCCGCCCAAGGAGCAAGTCTTGGTTTACATTTTGCGGAGTGAATTGGCCTTCGCCGTGGGGCTATTTTCCAAGTCAGCAGATTGATTAACCAGCTGCCCTTGACCTGGCCTGTCTGCTATGACCCCGAGGGCTGAGTAACAGCACAGGAGCTGCTGTTTGTTTTAGTTGGTGTTTTTACGAGAACAGAGAACAAGAGGGCCCATAGT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NA


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development