Special

HsaINT0167078 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:11805]
Coordinates
chr21:32649048-32711737:-
Coord C1 exon
chr21:32711558-32711737
Coord A exon
chr21:32649225-32711557
Coord C2 exon
chr21:32649048-32649224
Length
62333 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TCTGACCTGCTCCTCTCCAGGTT
3' ss Score
9.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAGAATCACTGTGGACTGAGACCCACCTTTCTAGACCTGAAGCCCAGGAGGAGGAAGAGGAGGCTGGTTGGTACCATGGGCATAATGCTCTGAATCCTAGTCTCTCACCTAGTATGTGAGCAGTCCCTGCAGATGGCCCATTTGGAGATCTTGACAAAGCCTCTTCTGTTTCCAATGGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTTTTGGCGCATTCTCACAGACTTAGATGAAACTGTGATGGCCACCGCAGGGGGCAGGTGCTGACATCGTCCCCAGCCCTGTGGCTGTTCATCCGGACATCATTTCCAACCTCAATATCTAAATGCCACAGTGCTCTTGGAGCAAGTTGGGCTGGGGACCACTGTTGCCTTTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000156299-TIAM1:NM_003253:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NA


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains