GgaINT1027653 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015842 | TIAM1
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11805]
Coordinates
chr1:103876180-103917066:-
Coord C1 exon
chr1:103917014-103917066
Coord A exon
chr1:103876359-103917013
Coord C2 exon
chr1:103876180-103876358
Length
40655 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTGAGT
5' ss Score
7.77
3' ss Seq
TCTCCCCTCTTTCTCCCCAGGTT
3' ss Score
13.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCTACAGAGGACAACAAATGTTTCCCAGCCTTCCTACTGTAACACCCTGAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTTTTGGCATATAGTCATAGACTCTGACGAGGGAGTAATGGAGGCGCTGAGTGGCAGGTGCTGACAGCTTCTGCAATCCCAGTAACTGTTCATTTTGGTATCATTTGCAATTCTATACCTCTAAATGCCACAGTTCTCTTGGGGAAGGTTGCGCTGGATACCAGTATTGCCTTGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015842:ENSGALT00000025542:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]