MmuINT0160097 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000002489 | Tiam1
Description
T cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:103306]
Coordinates
chr16:89908792-89956352:-
Coord C1 exon
chr16:89956181-89956352
Coord A exon
chr16:89908961-89956180
Coord C2 exon
chr16:89908792-89908960
Length
47220 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TGACTTCCTATCTCCTTCAGGTT
3' ss Score
11.1
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTTCTGGCACATTCTCCCAGACTCAGGTGAGACCCCGATGGGCACCCCGTGGGGCAGGTCCTGACACACGTCCCGACTCCAGCCACTGACACCATTGCCAGCCTCAGTCTCTAAATGCCACACCGCTCCTGGGGCCAGTTGGGCTGGGCACCACTGTTGCCTTTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000002489-Tiam1:NM_009384:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: