BtaINT0148531 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015713 | TLK2
Description
tousled-like kinase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11842]
Coordinates
chr19:47558619-47598557:+
Coord C1 exon
chr19:47558619-47558701
Coord A exon
chr19:47558702-47598485
Coord C2 exon
chr19:47598486-47598557
Length
39784 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTTTGTTTTTTTCTTTTCAGGGG
3' ss Score
12.29
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGGCCACTCAATAGTGAGTCTTCCAACCAGAGCTTGTGCAGCGTGGGGTCCTTGAGTGATAAAGAAGTAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015713:ENSBTAT00000020882:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development