HsaINT1044309 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000146872 | TLK2
Description
tousled like kinase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11842]
Coordinates
chr17:62481121-62520844:+
Coord C1 exon
chr17:62481121-62481206
Coord A exon
chr17:62481207-62520772
Coord C2 exon
chr17:62520773-62520844
Length
39566 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
ATGATTTTTTTTTCTTTCAGGGA
3' ss Score
11.47
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGAAATGATGGAAGAATTGCATAGCCTGGACCCACGACGGCAGGAATTATTGGAGGCCAGGTTTACTGGAGTAGGTGTTAGTAAG
Seq A exon
GTGAGTAAAATGATGATCATGAACACTATTCATATTCTAATTTAAACACATTTTTTAAATGATTAAGAGCAATTTGGGTAGGCCCTTCTGATAGTTTGCAGGGGAGAAGATTTGGGTCTTAATTTCAGTGAACTTTTAGATCCTACTGGTCATTCCAGTAGTCATTTAACATAGTAGGTTTGAAAATGTTCTATATGGGAATATATGTTTCTTCTTCCTTTCTGGTATAGGAGAGGTTTCTCATGGTTCTTGTTACAAGGAAACTAACAGGATGTGTGTATAGATTCTATGCCATATTTTGTTAAAACTTGTCAGCCATTCAGAAAGAAAATTACAAGGCATTGCATAGCTTTGTTACATTGGACTTTGGAGGTAGTTACATGGTAGAGTATTGAAAAATTGGCCTCTGTGAAGTCTGCAGACTCTTTACTGGTTGCACCCCCAGACTGGTTTGTTGCTCTTCTCATTCTTCCTTCTTAGTTTTTATTTTTGTTGCAGGAGCATAATATTAGATTAGGCCCCCATTAACGGGCACGTATGAAGTTAAGCAATGTTATAGTTTCCTATGCATGTTTATGTACCCACTGGTCCACCCCTCTGCTCTCATAGGATGATTTTACAATGTGTAAAATGTTTGATTTTAATACAGTATGCAAAGTATATTTACGATATTTTATTTAAAAGCTTTATTGGTCCAAGATCATATTACTTGGGCTTGAGATGTGTGAACGTATGAGCTACTGAATTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTTCCTCTTGTCGCCGAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAGCCTCCACCTCCTGGGTTCAGGTGATGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCGCCACCACGCCCAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATCACAGGCAGGAGCCACTGTGCCTGGCTGAGCTTTTGATCTTTAACCAGTGTGATACAACATTTGTTTCTGTGCTTTTCAAGAAATCCTGTCTCATGGTAACCTGGGTGTTGATCTCGTGCTTTAGTTAGTAGCTTCTCCAAGGAGAAGGCGTGTTGAGGTTTAGTTGGAAAAATGGGCTTCTTTGATGGGTCTCACAGTTTTGGTGAGCCGGGATAGCTTGATAGGGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTGAGTCAGAGCCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTGGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCTTGCCTCAGCATCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCATGCCTGGTTAATTTTTTTTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGGTCTCGAACTCCTGACCTCCAGTGATCTGCCTGTCTTGGTGTTCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCCAACCAGCTTGATAGTTTTTGTTTATTCAACAAATATTGAGCACCTGCTGTATGCTAGGCATTGTGCAAGGTGTTAGGGCTGATGCTTGAGCACAGTACCTCCACATCTGCAGTATGGGGAGAGAGAGATGATACCGTGATGAGATCTGTATTAGAGCTGTGACAAGGTGCTGTGGGAACACAGGATTTGTTACATATTCTTAATTTCTTTGGCCACTTAAACAGTTTACTTTTGTGGCACTTTAGAGTGGCTGTGCCCCTGGACGTTGTATACTGAAGTTACATTTACAAATGTAAACTCTCTGATCTAGGTGAAGTAGCTTCAAATAGAAGTGAGCAATATATTTGAATACTAAATTGATCTCTAAATGACCTCTGATGTGTCTTTTTAACTTGAAGATTGAGCATAAGGCTAATGTCCAGATCTGTCTGTTTAAATGGTCCCCCCACCCCCGCCTCCCGTAAGTCAGTAAGTTTGTATTCAAATTTTACATAGTTAAGCTCACTGATCTTTGGATTAGGGTTGTTGTTCTGTTTTTAGGTTCGTGATGGCTGTATTCAAGTATACTTTTGATGGAGTAGGGCATAAGTGATAAGAATGAGTGACATTCAACATGTTGCTGTCTAGACCCAACTTAAAGTCATGTAACTAAGGTATCAGAAAACTTTAATACAGTAACCTATCTGTTTAATAGGAAATTCTACCTTTAACATAGAAAGAAGTTCTCTGTACAGAAAAAGAAATTTACCTATTTCCAGTTTTTTTGTTTGTTTTTGAGAGGGTCTCACTCTCTAGCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACCTCAACCTCCATCTCCCAGTCTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTATAGATAGCTGGGATTACAGGCGTGCGCCACTACCACCCTGTTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTACCATGTTGGACAGGTTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAATGATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAGAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCTTTATTTCCAGTTGTTTTTATTCCATTAGTTGTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTTGCTCTGTCAACCAGGCTGGAGTGCAGTAGCACAATCTCGGCGCACTGCAATCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCTATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTATAGGCACCTGCTACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGATGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGATCTCGAACTCCCGACCTTGTGATGTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAGCTTAAGTAGTCGTATGTTACTTTGATATTTCCAGTCACGGTAAGTATATTGATTACAATGAATTTGTTATTTGAGGACTAGCAGGAGAGTATTTTTTTTTTCCATAACAAAGAAACTTGAAGAAAAAAATTAATTCTGTAGTTTGCAGAGCCGGGAAAAGAAAATCTCCATTTCGTATGACTTCTTTTTTTTTTGAGACAGAGATTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCTTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCGTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACGTGCCACCATACCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGAGTTTCACCGTGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAAATCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTATAGGTGTGAGCCATCGCGCCCAGCCTTTGTATTACTTCTTTTACCAGTAAGACATCGTACCTCTCAGACTATTGATTTGAAATGGGGGTGTGGAGGGGATGATGATACTGGGAGAAAAGGGTGCTTTTGGAAAAACTCCTCTCCCTGGCTTTGAATTCTCATTTTGGATCATTATTTCCCAATAAGAATATCACTGTGTTAGGGCCAGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTAAAGCAGGCAGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCATCTCTATTAAAAAATACAAAAAATTAGCTGAGCTTGGTGGTGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACCTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCTGAGCCCGGGAGGCGGGGCTTGCAGTGAGCCTGGGCGACAGAGCAAGGCTCCGTCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAAAAAGAATATCACTGTGTTGATGACAGCTTTGTTTTTCAAAGATCAAAAAAGATTTCAGCCCCTGCAGCTCCAAATAAGAGAGCAGAGTGACTTCCCTGTGATGGTGCCATCTAGTGGGACTGGTTCAGCCTCTTGGGCTGTCTCTTGAATTTCTCCTAACTATTCATAACATTTTTCAGTACTTTTTGATGTCCATAGAAGGAAGAAAGTCAGTGCCACTGTGGATTCTTTCCTAGTGGACAAGAGTGTTACAAGTAGCTACAGCCTTTGAACTTTCTGGTTGTTGTAAATCTTCTGTTGTATAACTTTCGAGTTTTTTCCACCTGCAAATTAGATATACACTCCATTACTTAGACTAAAACAAAATGGCCAAATCTCCACATCTATTACTTATATTTAAGTTGCTCATTACCTATATTTAGGTTTTTAATTTTTTATTTCTAATTTTCTTGCATAGTGCAAATTTTTAATTTTCTTGCATAGTGTGTTTATAGGTAGGTACTCAGTTTCTCAGCATATTTACTTCATAATAATGGTAAAACAAAAGTCATTTATTTTGGGCTTTGGGATGCACTATTTGGTTTTTGTTTAAAAGATTGACGTTTTCTGTCATGAACTGATGAGGGGAAAGTAGTAATGTGCACCCAAAAGTCTATAGCAGGCTCTCTAGTCTAGCTGCCCCTTTTTAGGAGGACCTGGAGCCATCGTCTTAGCAGTTTTGAGGTGATAAGGTTAAACTGGGTTGTGAACCTAGTAATTTTCTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGATGCAATCTCTACTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTGCAGGTGCCTGCCACCACGCACAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGGGCCACTGCACCCGGCTGCTAGTTCTTTATGTCTTGTTGACTTGACATGTGAGCTGTCCTACCTCTTTTTTTGAGACGGGGTCTCACTCTGTCACCTGGGCTAG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ENSG00000146872:ENST00000346027:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.825 A=NA C2=0.969
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains