RnoINT0151406 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006285 | Tlk2
Description
tousled-like kinase 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1310907]
Coordinates
chr10:93417815-93438786:+
Coord C1 exon
chr10:93417815-93417897
Coord A exon
chr10:93417898-93438714
Coord C2 exon
chr10:93438715-93438786
Length
20817 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
ACAAAACATTTCCCTTCCAGGGG
3' ss Score
8.26
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATGATGGAAGAACTGCACAGCCTGGACCCACGGAGGCAGGAGTTACTGGAGGCCAGGTTCACTGGGGTTGGCGTAAGTAAG
Seq A exon
GTGAGTTACTCCTCAGCGGTAACGAACACCTCAGAGGATGGCTCCAGCACACTTGGGAGTTGAACAGAAGGGTTTGGGTGCTAGAGACGTACTGTTAGGTTGCAGAGGATATGTGTCTCGTGGTCCTGAGAACTTTGAAAATCTGCCAGTCATTCCCTTAGTGTGAGTGTCTGCACCCTTCTGTTAAGGGCGGAGCTTTCCTAAGGGAGGGAGGGGCTTGCTGCAAGGATACTGATAGGATGGGGAATCTAGATTCTGTTTCATGATCCATTAAAACTTCTCAGCCACTCAAGAAGAAAAAGGCATTGTACAGCTTTCATCCACTGGCTCTTTTGGGGTGGCTACAGGATGGGGTGCTGATGAATCTGCTGAGGTCTGCTACTTCTTCACATCTGCAGCTGCAGAGGCCTCCGGTTGTCTCCCTGGACTGCCTTTTCACTCTTAATTGTTACTAGTGTTTTTCTTGTTTTAATTTATTTTTTTGGTTTTGAGTGTTTGCCTGCATTTGTATATGTATGTACCCATTGTGCATGTTTGTGCCTGCAGAGGCCAGAAACAGGCATGGCGTGTGCTGGAACTGGGTTTTTATGGCTGAGAACTGCCATGTCAGTACTGGGAACTGTACCTGGTCCTGGAAGAATAGTTCTTCCCTGCTGCACAGTCTGACTAGCTTCTTGCTGTCTTCATTTTGTGGCAGTGTAAACTGAAATCAAGTCCAGGCCTTTGGGCAGGTGGGATGTTGACAAGGTGACACTCTTCAGGTTTTCTGTGCCTTTATGCATGTACGTGTTTACCCTCTGCTCTCACAGGATGGTTTAGTGCATTGTTTACATCTGCTGTAATATTTTATTTAAAAGGTTTGCCCGATCCAAGGTTGTCCTATGACTTGAGCTTGAGATAACTTGTGCGTTTTGATCTGTAATGTATATAGTGGATTCCTGTCTTTTTTAAAAAATATGCTATATCTTGCAGGAATGTGACATTAATCTTATGCTCTGGCTAGTTGTTTCTTCAAGGAGGAGGAGTACGTTAGGGTCACACTTAGAAGACCTAGCTTCTTTGATGGATCACACAGTTTAGAAAGCTGGAATAACTTGGTAGTTTTTATTTATTCAAAAAGTACATAGTGCCTGCAGTATACTGGGCATTGTTGAAGTGTTGTTTATAGTACCCAGAATTGAGCTTCGGCAGTTCTTTAATTTTTGTTTTGTTTTTGAGATGCATAGCCTAGGTTGGTCTGTGATTTGTGATTGTCCTGTCCCCGGATGGGGAGTGCAGGTGTCCCCCACACCCAGCTGTACAGTCTGCATGCTTAGTTCTTCAGCTACTCTAGTAACTGGCTGTTGGTAGCACTCTGGAGCGACTGTACCTCTGATCATTCATACTGAAGGTAAACAAGTAGACATAAATTATTCCTTCAAAGGATGTAACCTCAGAAAGAAGCACGCTGTGCCATTCAAGTATGAAGTCAATATCTGGTCCAGTGGTGACGTGTTTCTTTTGCCTGGCCTAGAACTCCTTGATCTTCCCATCTCAGTTTCCTAGGTGCTGGGGCTATGGGTGTGAGTGACTGACTGTACTAGGTCATGTTTATAACCATTGACTGATTGATGTTTGTGGTATAAAGGTTCAAATCCAGGGCCTGGTAGGGTACTATATATATCTAGTCCTTTGGGTTTTGGGTTGTTTTTGTTTTTTAAGATGGTCTCTTTTGTAGCCCTGCTACTCAGGTGCTGAGATTAAAGGCATGTGTCACTATACCCATCCAGCCCTTCTTGATTTTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATAAGAATCTTTCAAAGTTGCCCAGAATAACTTTGAACTTGCTCTATAACCCAGGCAGACCAGTGATCTTCCCACCTTAGCATCTTGAGTGTTTGGGAATACACTGTTGCGTCTTTTCCCTTAGCAATTCTGCATAAGACTCATGCCTTTAATTTATTTTGGAGACAGAATCTTACTGTGCAGCCTAGACTGACCTGGAACTCAATTGAGGCTGGTCTCAAACTCAAACTCATAGACCTCTTGTGTCTCTCAAAGTGCTGGGATTATAGGTGTGTCTTGCTAAGACTCGTAATCAAATCTAATCACATAGTTTACTACTAAGAAAGTTTATATTCAAATTGCTTATAGTTCATTTTCCTAATTTTGTTTGTTTGAGACAGGGTTTCTTTGTGTAACCCTAGCTGTCCTAGAACTCACTCTGCAGACAATACTGACCTGGAACTTAAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTGGTTGCTGGGATTAAAGTACTAATCTTTGTTAGGATGGCTTCTGGCCTTTGTATGTAGCTGCAGAATGGCTCTATCAAAGTGTGCTTTTGGTAAAATAGGTCCAAGTGATGGAAATGAATGACATTTTAATTTTACTGCTCAGACTCAAGATCATGTGGCTAAGTTGTGGGAAAATTTCAATGTACACTTGGGAAGCTGATGTAGTAAGATCATAAGTTAGAGGCCAGTCGGGACTACATAAGACCCTGTCTCTAAAAAACAAACAAAACCCTAGAACCTCAGAAAACTTTAATATTGTCTGTTTGTTAGAAAGTTCATAAATATTAAGTTGCTTTTATGCCATTAATTATGCATTTTGACTTGTTGGTCATGGTAAGTATTTTTTTTCAATAAATGCATTATTTAGTGATCAGGAAAAATGTTTTCTGTAGCAAAGAGAATTGAAAGAAAAGTAAGTTACTTCATTATTTGCAGAGACAGGTAAAGGAAAGGAAATTTTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTGAGACAGGGTCTTTCTGTGTAGCCTTGGCTGTTCTAGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGCACTCCAACTCATGGAGATCCTCCTGCCTTTAGCCTCCCAAGCATTGGGATTAAAGGCACACACCATCACCTCCCTGCTAAGCTACTCTTTTTATACAACATTTTTGAGGTAGTCTTGTGTAGTTGAGAATGACTTCAAACTTTTATGTAGTTGGGGATAACCTTGAACTCCTGATCCTCTTGCCCCTGCCATATCTAGTAAAGACCTCGCTCTCTTTTTAATTATTTCTCTTTCTGTTAGGGTTAGGGCTGGACATTGTATCTCATAGGTCACTGATTGAAATGAGGGCAAAAAAAATTAGGTAAAAAGGATGCTTTCGGTGAGACTCCCTTTTCTGGCTTTACATGGTTTGTTGTGTGTCATGCTTTCCCAGTAGGATGTACTGTTCACAGCTGTCAGCTTGTTAAGATGCAGATAGGTTTCCACCTTTACTGCTCCAGAGAGAGCAGAGTGACTTGTCTATGATGGTGCCATCTAGTGGGATCTGTGTGATCTCCTGAGTTTCTCCTAAGTGCTCAGGACACTTTGAGTACTTTCTGATGCCCATAGTAGGAAGGCAATCAGGGCCATCGTGGACTCTTTCCAAGTGGACAAGAGTGCTGGCAGTAGCTGCAGTCTTTGAATGTTCTAGTTATCGTAGGTTTTCTGTCATATTGCTTTTCTTTTTTCACACCGAAAATTCAATATAACTCACAAAACTTTGGTTAAAACAAAATGGCCAGAGCACCATATTTATTACTTACACTCAAGTACTTATTTGTATTTTGGCTTTTAATTTCACAATTTTTTTTGTTCTTTCACAGCACACTAATACATTGATTTTTCTCTATATTATTAGGTTTATTTAATAATCATTAAACCAGAATTAATTGGCTTAGGGTTTGGGATGCCTTATGTAGTTTTTGTTTAAAAGGTTTAGAGTGTTTTCTCTCATTTTGAGTTGGTAACAGGAAAAGTAAGCATTGCGCACACCAAGAAACCTAAAGAGCACGTTCTTCTCCTGTGGCTGCCACTGTTTAGGCTGCTCTGGAGATATCCATTTAGCAGACTTGAGGTGATAAGGTTAAATTGGGTTGTGAACTTTACTTCTCACCTAATACTTAAGCCAGCTGTTTGGTTGTTTGGTCTTTCCAGACAGTGTTTCTCCATGTATTCCTACTGTTCCTCACTATGTTCAAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCTCCTGCCTCTGCCTCTTGAGTGCTGGGATTAAAGGCCTGTGCCACCAGCACCCAGCAAGCTTTTTTTTTTTTTTAAATTATGTCTTTTTTCCTAAGATTTCTTTGTCTTTATGTTTGTGTTTTGCCTGCATATATACCTGTGCACCACATGCGAGTAGCACTCACAGAAGCCAGAAAAGGGTGTTGGACCCCTGAACTGGCTTACAGGCTATTGTGAACTGCCACGTGGGTGCTGGGAATTGAACTTAGGTCCTCTGAAGACTGTTGCAGCCCATCTCTCCAGCCCGAGATCTCTTTCTGTGTGCGTGTGTGTATGTGTGGTTTGAGACATGGTTTCAGATAGACCTGGCTGTCTTGGAACTTACTGGGTAGACTGGCTGGCCTTGAATTCACAGAGATCCACCTGCCACCGTCTTCTGAGTTCTGGGAATAAAGAGTCAACACTATGCCTAGTTCCAGGTCTCTCTCTTTAAGAACTAGATATTTTACTTTGTATAATGTAAACTGTCTTGTTTTCAGTAAAGACTTGATATAGTTTATTCCTTACTCTGCTCCTCTGTAGTAATTTAAAAAATGTGCATTGTCTGTGGTTCTGGAGATGGAAGTGGAGGTGAAATTCCAGCCTTGCTTGTGCTATTGCTTATACCTAGTTGGATATACTTAAATTTTTATTATGTCTTTTGGGGGTTCGTGCATGTGCTGTTTCACACTTGTGGAGATGAGAGGACAACTTGTGGGAATTGGTTCTCTGTATCTACCGTGTAGCTTGCAGGAGTTGAACTGAGGTCATTAGGTTTGGGACCAAGTGCTTTTAAGATTGAGAAAACAGCTCAGTGGTGGAATGCTTGTCTGTTGTGTGTGTAAGTCCTGGGTCTAATTGTGTTAGTTTTGAATTATTGTGACAGAATATCTTTAAAAATCA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Seq C2 exon
GGGCCACTCAACAGTGAGTCTTCCAACCAGAGTTTGTGCAGTGTGGGGTCCTTGAGTGATAAAGAAGTAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006285:ENSRNOT00000066484:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.926 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]