MmuINT1033147 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000020694 | Tlk2
Description
tousled-like kinase 2 (Arabidopsis) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1346023]
Coordinates
chr11:105184212-105207451:+
Coord C1 exon
chr11:105184212-105184294
Coord A exon
chr11:105184295-105207379
Coord C2 exon
chr11:105207380-105207451
Length
23085 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
ATAAAACATTTTCCTTCCAGGGG
3' ss Score
7.9
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATGATGGAAGAACTGCATAGCCTGGACCCACGAAGGCAGGAATTACTAGAGGCCAGGTTCACTGGAGTTGGTGTAAGTAAG
Seq A exon
GTGAGTTATTCAGCGATAATGAGCATTTCAGAGGATAACTTCAACACATTTAGGAGTTGCACAGAAGAGTTTCTGTGCTAGAAAACAGACTGATAGGTTGCAGGGGAGATTTGTCACGGGGTCCAGTGAACTTTGAGAATCCGCCAGTCATTCCTGTAGTCTATTTAAGTGTTTGTTGGGAGACTGTGCTTCTGTTAAGGGCAGAGCTTTCCTGAGGGGCTTGCTGCAAGACTACTGTTAAGATTGTGGATCTAGATTCTGTTTCATTGTCCGTTAAAACTTCTCAGCCACTCAGGAAGAAAAAGGCATTGTATAGCGTTCATACACTGGCTCTGTTGGGTGGTTACGTGACGGAGAACTGATGAATTGGCTGAGGTCTGCTACCTCTCCATATCTGCAGATGGCAGGCAGAGTCCTCCTGGTTGTATCCGCAGACTGCCTTTTCATTCTTCTTAATTTCTACTAGTGGTTTTCTTCTTTTAATTAATTAATTTACTTATTTTATGAGTATTTGCCTGCATCTGAGTATGTATGTACTTGGTGTGCATGTTTGGTGCCTGCAGAGGCCAGAAGGGGGCATCACATGCTCTGGAACTGGGTTTAGATGGGTGAACTGCCATGTGGGTCCTGGGAACTGACCCTCGTCCTCTGAGAGCGCTGTGCTCTTCTCTGCTGCACTGCCTGTCTAGCTTCTCACTGTTGCCATTTTGTGGAAGTGTAAACTGAAATCAAGCCCACCTCACTGGGCAGGTGGGATGTTGATAAGATAACACTATTCTGGCCTTCCGTGTTTTTCGGTACCTGCCTGTTTACCCCTCTGTTCTCACAGGACGGTTTTAGTGCATTATGTCTGTCAATAATGTTTTATTTAGGAGCTTTGCCCAATGATCCAAGGTTGTCTTATTACTTGAGCGTGAGATAAGTCATGTCTGCATTTTGATGTATAATATATATAATGGATTCCTGTCTTTTTCAAAAAATGCTATATCTTACAGGAATATGATATTAATTTCATGCTCTGGCTAGTTGTTTCCTCAAGGAGGAGTATGTTAGGTTTATTATGCTTGGAAAACCTAGCTTCTTGGAATAACTTGGTAGTTTTTTTTGTTGTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTAGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGTCTCGAACTCAGAGATCCACCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCTGGCTTGCCTTGGTAGTTTTTATTTACTTGAAAAGTACATAGTACCTACAGTACACTGGGCATTGTATATGTGTTGTTGATAATACCTCTGTATTGAGCTTTGGTAGTTCTTTAATTTTTGTTTTGTTTTTAAAATGTGTAACCTAGGTTGGTCAGTGATTTGTGATTGCCCTGTCTCAGGCTGGTAAGTGCTGGGAATACAGGTGTCCACCGCCATACCCAGATGTACATTATGTTCATGAATGCTTTGTTTCTTCAGCTACTCTAGTAACTGACTTTGGTTGCACTTTAGAGCAACTGTACCTCTGATCATTACATACTGAAGATAAACAAGTAGACATAAATTATTTGTTCAAAGGAATATTTTGAGTACTTTGAAAGAAGTGTGCTGTGCTATTTGAATATTAAGTCAATATCTGGTCCAATGATGACACGTTTCTTTAGCCTGGCCTAGAACTCCTTGTTCTTCCCATCTCAGTTTCCTAGGTGCTGGGGCTATAGGTGTGAGTAACTGTACTAGGTCTTGTTTATAACCATTGACTGATGTTTGTGGTATAAAGGGTCAAACCCAGGGTCTGCACTTGCTAAGCAAGCACCTTACCATTGAACCTTACTTTATATGTCTAGTCACTTGGGGTTTTGGTGGGGTTTTTGTTTTTTAAGATGGTCTCACTTTGTAGCCCTACTACTCAGGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGTCACTACACCTATCCAGCCCTTCTTAATTTTTTGTTTTAATTTTTTTTAAAGATTTATTTATTATTATATCTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCGTTGGATCTCATTACGGATGGTTGTGAGCTACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTCGGAAAAGCAGTTGGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCATCCCTTGTTTTAATTTTTTTATTGAGATAGAGTCTTTTCCAGGATAGCTTTGAGCTTGCTCTATAGCCCAGGCAGACATTGAACCAGTGATCTTCCCACCTTAGCATCTTGAGTGTTGGGAAATACACTGTTGTCTTTTCCCTTGGCAATTCTGCATAAAACTCATGCCTTTAACTACTTTATTTTAGAGACAGGATCATATTATGCAGCCTAGCCTGGTCTGGAACTTAATTGAGGCTGGTCTCAAACTCATGGTCCTTTTGTTTCTCTCAAAGTGCTAGAATTATAGGTGTGTTCAGCTAAAACTCATAATTAAATCTATTTACATAGTTTCCTACTACGAAAGTTTATATTCAAACTGCTTATAGTTAATTTTCCCAATCTTGTTTGTTTGTTTGAGACAGGGTCTTTTGTATAGCCCTGCGGGTCCTAGAACTCACTCTGTAGGCTGGCCTCGAATTTAAGAGATCTGCCTTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTAGGATTAAAGGGGTGTGCCATCACTCTTGTCCATTTTACTAATCTTTGTTGGGCTTCTTTCCTTTGTATGTAACTACAGAATAGCTCTATTAAAGTGTGCTTTTGGTAAAATAGGTCCAAGTGATGGGAACGAATGACATTTTAATTTTACTGCTTAGACTCAAGATCATGTAACTAAGTTATAGGAAAATTTCAGTGTACACTTGAGAAGCTGAGGTAGTAGGATCCTAAGTTAGAGACCAGCCTGGACCACATGGTAAGCCCTGTCTCTAAAAACAAGCAAACCCCAGACCTCAAACTTTAATACTGTTTGTTAGAAAGTTCATAAATACTAAGTTGCTTCTATGCCATTAATTACACATTTTGACATGTCTGTCATGGTAAGTATATTTATCTCAATAAATGCATTATTTAGTGATCAGGGGAAAATTGATTTCTTTAGCACAGAATTGAAAGAAAGGTAAGTTACTGCATTATTTGCAGACAGGTAAAGGAAAGGAAGTTTTATTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAGTTAGAGTCTTTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTATAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGCGGTCCAACTCATAGAGATATTCCTGCCTCTAGCCTCCCAAGAACTGGGATTAAAGGCGTGTGCTATCATTTCCTTGCTAATCTACTCTTTTTTTAAAAATTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTTGCTGTCTTTAGACACCCCAGAAGGGGGCATCAGATCCCATTATAGATGGGTGTGAGCCACCAGGTGGTTACTGGGAGTTGAACTCAGGGTCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCCCAACTGCAGGCTGAGCCATCTCTGCAGCCCAAGCTACTCTTTTTTTATATATAACATTTTTTTGAGATAGTCTTATTATTACTCTTTCTGTTATGGTTAGGGCTAGACATTATATCTCACGGGTCACCTATTGAAATGAGGACAGTGGTATTGGGTAGAAAGGATGCTTTTGGTGAGACTCCTTTTCTGGTTTACTTGATGTGTTGTGGGTCATGTTTTCCCAGTAAGGATGGCACTGTTGACAGCGTTCAGTTTGTTAAGATGGAGACAAGTCTCTACCTTTGCTGGTCCACAGTGACTTGCCTGTGATGGTGCCATCTAGTGAGATCTGTGTGATCTCCTGAGTTTGTCCTAAGTGCTCAGGACACTTTCAGATGCCCATAGTAGGAAGGCAGTCAGAGCCGTTGTGGACTCTTTCCAAATGGACAAGAGTGCTGGAAGTAGTTGCAGTCTTTGAACGTTCTGGTTATTGCAGGGCTTCTACCGTATTGCTTCTGCTTTTTCACACCGAAAATTCAATGTAACTCACAAAACTTTGGCAAACCATATTTATTACTTACATTCAAATGCTTATTTATATTTTGGCTTTTAATTTCACAATTTTTTTTGTTCTTGCACAGCACACGAATACATTAATTTTCTCTATGTTAATAGGTTTATTTAATAATCATTAAACCAGAACTAATTGGTTTGGGATGCTTTATGTAGTTTTTGTTTAAAAGGTTTAAGATGGTTTTTCTGAGTTGGTAATAGGGAAAAGATGCATCATGCACAGCAAGGAGCCTGTGGAGCACACGCTTCTGCTGTGGCTGCCACTTTGTAGGCAGAGCTGGAAACATCCCTTTACAAGGTTGAGGAGATAAGATTAAATTGGGTGGTAAACTTTCTCACCTAATAGTTAAGCTAGCTGTTTGTTTTTTCCAGGCAGGGTTTCCCCATGTATTCCTACTGTTCTGGAACTCACTATGTTCAAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAGTCTGCCTGCCTCTTGAGTACTGGGATTAAAGGCATGTACTACCAGCGCTCAGCAAGCTATTTTTTTTTTTAAACTCTGTCTTTTTTCCCTAATATTTATTTGTCTTTATATATGTGTTTTGCCTGCATATATATCTGTGCACCACATGTGTGTAGTACTCAAAGAAGCCAGAAAAGGGGTGTTGGATCCCTGAGCTGGGTTACAGGTTGTTATGAACTGCCATGTGGGTGCTGGAAACTGAACTTAGGTCCTCTGAAGACTACTTCAGTCCATCTCTTCAGCCCAATATCTCTTTCTGTGTGTGTGTAGTTTGAGACAGGGTTTCAGGGAGCCTTGGCTGTCTTGGTACTCAATATATAGACTGGCTGGCCTTGAATTCACAGAGATCCACCTGCCACTGCTGCTGCTGCTGCTTTTTTTTTTAAAGGTTTATTTATTTATTTTATGTATATGA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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.915 A=NA C2=0.991
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types