GgaINT0143515 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000000410 | TLK2
Description
tousled-like kinase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11842]
Coordinates
chr27:2357455-2366435:+
Coord C1 exon
chr27:2357455-2357535
Coord A exon
chr27:2357536-2366363
Coord C2 exon
chr27:2366364-2366435
Length
8828 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
ATTTGCTTGTTTTCCACTAGGGT
3' ss Score
10.26
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGATGGAAGAATTGCATAGCCTGGACCCACGAAGGCAGGAACTACTGGAGGCCAGGTTCACCGGGGTTGGTGTTGCTAAG
Seq A exon
GTGAGTATAGATACCTTCAGTGGAAGGCATGACATCCTGCACCACATTCTTTTTTTTTTCCTCCCTTCCCTTGCTAATTTTGCTTTGCTAGCAGAATGTGTTTGTATCCATAGTTCTGTTTTGACTGCTGATTTGTCTGAAGTGTGTTGAAGAGGAATGAAAATGGGATCTCTATGAGCAGATGCACTGTTATACAGAAGATTTGGGGTTCCAATTAAGTTCTCAGGAGTTGCTCCATCTTAAGGCAGTTTGCACTCCGCTGGAAAACAGACAGCTTTGTCTTTGCGAGTCTTACCTGTCTCTTTCTTTCTCCAAGTATGCATTTGGGAATTGGATTTGGCCCCCTGTTAGATACAGTTTCAAGTTGATTGTGTGTAATACAACATGTAACCAAGCTGAATATTTTCAGGAATTTGTTCTTGCAGTTCTTTGTGGGTACAATGTGTTAAAATTGCCTACTTACTTGGTTGCATGAAACACACCCAAAAGTACTTGAAGGTAAACTTTTCCTCTATCAGTGACCCACAACCTGCTGGTAAATCCCATCTTTGTCCTCACGTACAACTTCAAAACTACCCAGTAGCTGATTTTCTTGAGCGAGACACCTAACAACAACATTGTGTGGCTGCTAGATGTGCTAGCATTAAGTTATTAGTTCTCCAGATGTTGTTGGTAGCGCTGCATTGATTTCCTCTCTGAGCAATGAAATGGTGGCAGAACTCATTTTAAACTAGGTCAGTGATAAGGAGTTTATTTTTCATGAAGATGCTGAGTTTTGAACAACAGAAAGGTGGAAGGTAAAACACTGTCTTTGCTATGGAATTTTTGGAAGCCTCTTAGCATTGTTTTGGGAAGAAACCTTGTAGATTTGCATTAGAAAAACTGATAGTAAGAGCTTTAAATTGGTTTAGTTTGAGTACATACTTTTCTTTATGTACTTCAGCCAGGACTCAGACAAGGTTAAGTCTTGGAAGAGAGCACGAAGAATTAAAAGATCCAGTTTTGAAGCAGTGTAGTGAGGGTGATTAACACTAAAGTCATTAAGGAGTAACTCTTTCAGTTACTGAAGTAGGAGTGTGGGCTTTTTTGATCTTTTTCCCACTGTTAAGATATCTAATCTCAGGGCTTTTACAAGTTTATGCTCTGTAATGTAGTTACGATCTTGAAAGATGTTTTATACAATGCTACAACTTTTTATGTACTTTCTCATCTGTTCTTGCTTCTTCTTCCCAGCGTAGGTAGAGTATAAATGAAGTCAAACAACTTTCTTAAGGCTTAAAATCACAGACTGCCTTTGTTTAAAAGAGTGCCAACATACTCAGTGCTCTTGAAAAACGCTAGGAACTGCTCCTTTTAAAGGAATAACCTTTAAAGGATACAGGAAAGCAAGTCTAAATTGTTTTCTGTGTGTCTAGTCTAGAAACAGTATGCACCCTTACTTTGTACAGGTGGATATTAAAAAATCATTTTGTTTCTAAAACATATCCAAGTGATAAGTCCTCATTTCTTGGAGAGCGTTCTTTGAGCAAAGCTCTTCACTGAGTTTTGTTTTTCCCTGTTACTGTGCAGTATTACCTTGTGTTGGTCAGTAAACTGTTAAAGTGCATTACGCAATATATATTGATATACTTGCTAATTTGCAATAGATCAGCCAACCGTTGATATGAATTAGCATGACTCTACTATGTTGCAGCAAGTCTTGGTTGCAATATTAATCTCAGATACTACGTTCCCTCCCAGGTTGGTGCTTCAAATTCCCTCCCTACCCCCCCAAGTCTCCGTCCGTCATGCTCCGCACTGGCATTGGTAGGTCACTGTCTTCAAGGGAATGTGTTGGGAAAGCTATATGATACCATTTGTATGATTCAACTAAGATTTTTAGCTCTCTCCAATTAAATGTTTAAGGAAAGCTACCTAGAGTAAATTAGTGCCATCTAGTGGGACTGGGACTGGCACATCCTCCTGGGATAGAGGTATTCTGTTGCTGTTTATTGCATAAAAGGAAGAAATGTCCTCTTAGATGCTCTCCTATTGGGTAAATGCAGCAGGCAGTTACAGCTCTGAGCTTCCTGCCTTCCATTGGCTTGTTGTGTCGCTCAGTGTGCTCGGTTACATTTCTTTAATGTTGAAAAATACAGGGTATGCTTTGAGCCTGCATAAAACTGACGTGCTAGTTGGCGTCTTCAATATCACTGCAGCTTTAAAGCCTGTTTTTCCTTCATGTTTGCAAGCAAAGAATATCTGCACACGATTCTAAAGTAAGCTGATCAAGAATAAGTTTTTGGTCTAGAAACTAGGAAAAAAAATTGCTTCTAGCCATCAGAGTCACGGGATTCTGTGAGTGCCTTCCAGTAACAGTAGTAGAGCACAGAAATCCTAAACTGTTTTGGAAGCAGCTGTGTGCTGTCACCTCCCGTGGTGGCTGAAGGCATAAACCAATGGCTGAGGTTGTTTGCAGTCCTAAATGCCTCAAAATTCTGTTGCAAGACTGTGATGAATTTTCTTAGTAGTTGGAGAATATACTTCTCTAGAAGCTTGGAGTTAACACATGGAATTTATGAGCAAGGGATGTTTCTAGGCAACTGTTATAGTCCTTGTGGTGCAACCAGGTCACTAGACAGCTTCAGAAAGCCGGCGATGCTTTAGATATCTATTCCTGCCATATGGTAAAGTGCCATTCTCCCCCAGATTCACAGAGCAAGTCCTTGAATTAACATGTGACTGTCTGACATCTACAAGTATTCTTGTTTATCTGGCTCTAGCTTGTGTTTACGTACATAGGGGAAATTTCAGCATGTTCACTTGAGATACTATTCTGGCTAGTCATCTTGGGCATCTTCCTTGGGTCGTGAGGTACAGAAGGCAAAAAGTAGTTTGTTTCTGGAGATGACATCGTTTAGTTTTGTCTGTTAAGGTACCACGTGGGTTAGCTTCAAGGATGGGTGTCATTTTCACAGACTTCTGCTGGATGAGGGTTGGAACAGGTAGTTGTGATGGGTGAATTCATGTGCTCGTGCATAGTTTGTTTCAGGCTTAGCCAGGCTGGATCATGTCTGCATGGTGGGTGTTTGCTACAAGTTGATCGTAAATGGTCTTCAAACTAAGCTGTGTGCACCATTTTGCTGTAGCTAACACAGAAAGGCTGAAGTATTTCTAGAGGGTGACTGAGTTTGTTTTTCTGTAAGACAACTGAAGAAGCACTGGTCTTGGTGGCAGCTACTGCTCCCTTTCCTCTCTCTTTGAGGTATCACAAAGAGGAAAATGAAAATAACCTGAAGAGTGTCACTGACGTTGCAGAACGTCTGCCTCCAAAAAGAGAATAGCTCATGAAAAAGAGCAGCTTTTTTTTTCCTGTGGCTTTTTTTCACCCTTTCTCTGATGCTGTAGAATAGAAAGTCTCGATCCGTTCAATAACTACCAGTTGTGTAGTCTGCTTAGCAGTGTTTTTAGCAACAAAAGTTACCACGTTGAGAATTAACGCATGAGCATAATTGTTTTCTTTGGAGGGAAGCAGAGCTGCACAGTGGCAGTCTCTGACAGGTGTCACATGCCACCAGAGGAACTAATTAATAAGAGTTTTGAACCTCAGAAAGAAATTTATCAGCTACTACAGGAAGTGCCAGGACTTTATGCCAGATAGCTGAAAACTGTTTGGATGTTTCTTTGGGCAGTATTCCGTATTTCGAATGTATTTAAACTCTAGCAGCTAGACAACAGTTACCAGATCTCAGTTCTGTTCCTGCCCCTGCGTTGAGGTTCAGGTTGAGTTGTGTGACGTTGCTGTCCAACTTGCTGTTAGTAAAATAATAATCTTTTGTTCTAAGAGAACTCTTGAGACATAATGGAACTCGGGCAAATCCTGTTGCAAATTAGTTTACCTATCACATATGAGGGAGGGTAGCTGTGCACCACTGCTGGTAGCTTAACTTCTCATGGCAAAAAGGAAAACCTGCAGCGTATAGGTGATATGGGGACTTCATTATTGGCCATGATGTTGGTTGACATTGAGCTTTTCTAGAAGCAGGCTTTAATTCTCACGCTTCAGAGATTCTTGAAATTAGATGAAAATGTTTCTTAAACCTGGCTTGTAGAGTAGCCTATGGATTAGAGCCACTGGAAAAGCATTTCTCTTTGGTTAAGCCTGTGTGGAGTCAGCAATAACTTCTAGTGGGACAAAGGACTGACTTTTTCCCTTTGAAATCTCTTGATTTGCTGCAGAATTCAGAATAATTTGGGCTGCATTGGCCTGAGGTAGTGAAGCAGATCTCCGCCACTGAGTTAGCAAGAGAGTTTTGCAACGCACGTAACTCCACATGTGAGACTCCAGCTAGGCAGCTTGGATTCCTAGAGCTCTCTTCCAGTATGAGGAGTTGCAGAACACAAAATGGAGGCTGCCCAACGGAAGAGGTGCGGAAGAGCCTGGAGCATCGTGTCTGGGAGCTTGGAGAGGCTGGGGAGATGCACGAGTCATGCGAGGCAGTATGTAGGCTTGAACAGGAGGTAGGTAAGGGAGGCCTGATTCAGATTAACTTTGTTACAGGAGGTGCGATGGGATCCATTATCAGGCTGAGTTGTTTCTATTGAAACTTCAGCCATTGTGCCTCATTTGTGGCATTCCCAGGGCTCTTGCAAAGGGAGAAATGACTAACCGAGTAGCTTGTGTAAGTGGCCAGGTTTTTAATTCTCACCTTTGAGTGGGAGTCTTGAAAGGGCCTGCTGCTTCTGCATGCAGTCCTCAACATGGAGGTTTTATTGTGCATAGGTAGGCCACTTAGAGCAGTTGAAAGGTGAATCACAAGGGAAAAGAGCACACCAGCTTATCTCAGAAAAATTCCTCACGGAGGAGGAAGTGCGTGCTGTTCTAATGCTTGTCGTTCGGGTACACATCGTAGGAACTATTAGCTTCTTTCAGATGACCCGTGTATTTCAAATGTTTGCTGAGCCCCATTGCCATTTCCCTTGATGGGGTATAGTGGGTGAGTGGGCTGAAAGTGAGAGCA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Seq C2 exon
GGTCCATTAAATAGCGAGTCTTCCAACCAGAGCTTATGCAGCGTGGGTTCTCTCAGTGATAAAGAACTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000000410:ENSGALT00000000559:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.910 A=NA C2=0.993
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]