Special

BtaINT0159607 @ bosTau6

Intron Retention

Gene
Description
versican [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2464]
Coordinates
chr7:85702835-85712679:+
Coord C1 exon
chr7:85702835-85703128
Coord A exon
chr7:85703129-85709718
Coord C2 exon
chr7:85709719-85712679
Length
6590 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
5' ss Score
10.74
3' ss Seq
CTTTGAAATTATTTTTCTAGCTA
3' ss Score
6.14
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGATGTGTTCCACATCACTGCTCCCAACAAGTTCACCTTTGAGGAAGCTGGAGAAGAGTGTAAAACCCAGGACGCCCGCCTGGCGACCGTGGGGGAGCTCCAAGCAGCGTGGAGGAACGGCTTCGACCGGTGTGATTACGGGTGGCTGTTGGACGCCAGCGTTCGCCACCCTGTGACTGTGGCCAGGGCCCAGTGTGGAGGTGGTTTACTTGGGGTGAGAACCCTGTATCGTTTTGAGAACCAGACAGGCTTCCCTCCCCCTGATAGCAGATTTGATGCCTACTGCTTTAAAC
Seq A exon
GTAAGTGTTTGATACCTTTTAAAACATTCTAGTTTAAAAAAAAAAAAAAAGCTTCGAAGGCATGCAATTGATGTTCAACTAGCCATTGGAATGATTCCATGTCTTGCATTGTGTGCACGGAATGGAAACAGTTCAGTGACTCTCAAAAACAAGGAAATGAAACAGCAGTGATATGGTTAAAACAAGTTAGACAAATGGCTTTTAGAGAGGATGAAAAAATGTCAGGCAAAGGCCTTAACTGTGCTGCATTGCACAGAACATGTTTCTGAGCACTTGTTTTATATTAATTGCAGTCCTTCAATGCAATTGGATTGTTGGCGCTATTATAATGCTGGGGCCAGTCATGGCTGAGTTGAATCCCTGAGTTCTGTTTTTTTCCCTCTTTGTTTGGTATCACCCTTTCTTTCAAATAGCAGAGGATTTAAATTTCAGTAACCGCAGGTGAGTACTTGGAGCTGACATGGATAATACCTAAAAATGAACCATGCTATAAGTAAAAATTTCATTTTATCTCAGTTTATCTCATATAATGGAAATATGTTCCTTCTAATGCTCTAGTATCATATTAAATACAGTATATGTTTTTTGGCAAGCTCTAACATAAATAGGCTACCTTCAGTTAAGTATGGATTTAAAATAACTTAAAATGGATTTGAAGTAACATTTCTCAACATTAATGATATATTTAATTTTTACATGTCCTTAAATTACTTTAGCACTAGTCACATACCATAGTGTCATGCTTGTAGAATGCTTAATTAAACAAGCAACTAATCCAGAGCCTCACTGTGATGTTTACTGTAGGATCTATATTATGCCAGCCAAACAAAGATCTGCTAGAAATTTTGGTGACCTTTAGTGTGTTCAAGATGGAGCCATATTATATTGAATTAGTGAGAAGTTTTTTACTAAGTTTTCAATATATGTACTGTTTTAGCAATACATACAGTCATCCCCTCAGTATCCATGGGAGATTGCTCCTAGGGCCCTCAGGGATACCAGAATTACTTACCTAAGCTATACTGTGTAATGGGATATAATATCAACTATGTAAGTAGTTGCTAGCGCACAACAATTTCAAGTCTTGCTTTTTGTAACTTCCTGGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTAATCAGAACTTGGTTGAATCTTCAAATATGGAACCCGTGGATACAGAAGGTCAACAGTAACTGAAATGAGTCAAAAATACACTAGCTTATTTTGTAATTGGCTTCTAAATATACAGACTTTCTTCATTAACCAAAAAGACACAGAAGTGGGATATCTGAGTAGTCAGGAGAATCGATTGTTAGTGCAATGGAAAGGTGTAATTTCATATCCTGCTATCTCCCAGCTAAGGTATTTCTGTTTGGATCTCCTCCTGTAAACTCAACTTTCTGAGTGTTAAAGCCATGTGTTGTGTATCAGTGCAATACAAGCTGGCCACGAAAAGCCTTTGGAATTATTTGTTTTTGTTCTTAGGCCCTGAAACTACAGGAAAAGTCTTGATCATTTTCAGGAAAACAAACAAAACAACAACAGTAATAGCCAAACCTTATCCCCAGAAGTAAGAAGATATCATTCTTTTAAGCCACATACCCATAACAGTAGTTCCAGGAATATTTTCAAGTAGTTCAAGCTTTAAAATCAGTTTTATGTTAAGTGACTGGTGTGATTAAAGGAGAAAATCAAATTTTTGTGTGTGTATTGGGGAGGGGAGGGAACAGGTGGGTTAGAGAAGTTAAATTCAGGAAGGAGTTGAATTATCCTTGTTTGATTTTATTTTCTTGTGCTTTATAAACCTGGCACTAGAAAACTTTTAAACATTTTTGTTCTCTGTGAGAGAAAAATGTCAAACAAAGCCTGTCTATAGCCCCAAAGAATTCATCCTGATGTGTTTTAAATTATTTATTTAAATAAGGAATTCACATGAATGTACAAAATAACAAGATACTTAGATTCAAGTAGAATAACCACCCACTAAAACATCTGTATAAAACGTGAATAAAATTTGAAAGTTTAGGTCTTCTTTTTTCTCCCTAATTCATTTGAATCTATATAACTTGGAAATATATAACTTGCAGATATAATAGATTCAAATTTTTGTTTTTTACCCCAGTTAAGCTAAAGACTAGATTCTTATTTAGTTCTTCCCTAAGACTCTACCATACTCAAAGTTTAGTCATACATAAAAGCCTTCCTTAACACACAATGCCAACACCCTCCTCAAATTTCGAATTCATTTTTAAAAGATTCTTTTTAAAACATATACATTTTTTTAAATTTGAAAAATATTCTCAAAATGACTTGCCTGCTGTAGTTTCCCATAGAGTTGAGTCATGACTAAATCTATAGGGTTAAAGTTGATAAGAATTGTGACCTTAAGGACAAATTCCAAAAGTGATGTCAGGGATGTACAGCTAGTTGGTTAAGTAGAAGAATTTAGAAATATAACCATATTTTTCTTGTTTGCTTTTACCAAATGTCAAAAGTGTTTTTAAGGCCACTTCATGGTGAATAAACAATACCAAATCTCACTTTGCTATAATTCCCTCTTCCTTCTGAAATCACTGAATAGAACATTAACAATGGCCGATGATAAATAGAATTAGAATCTGTTCTTGTCAAACAGATTTGAAAAACAAGTATATTAATGTCTTTGTGAAATACAGTCTTCCTGCTGGTTTCCCCTTGATTAAATTGTGCACTTTTCATTCTTCTTTGACCTCAGAGTTAAGCAAGTTTTGCGAAATAGAGTTATGCAGTGCTCTGAAGGTTCATGCATGCTCCCCAAATTTAAGGGAATCAAAACCATTAAAGACTCGTGATAACCTCTCATTTAATATGATTAAAGATCTCCAGGAGAGGAAGACAGGGAATGTTTCCTAGAAAACACATTCCAATATCCTATTATTATCACTCTCAGATTGTTTTCTTCATTATCTAAATCCTTTGCATTAGAATCCGAGTCCATCTTTCCTTCTCAAGTTGGAAACCAAATTCTAAATAACAGCATTTCTACTATTGAACACAATTGTTCAGTTGTCCCTCAGTGTCTCCTTCAGCTGAAACAATTTCCTTGTTTTGAAATTTTAATTTCTAGGCCTCTAATCACCTATGCCATCTTGCTTTGAACCCTCATTGTTTTTCACACCCCTCTGTTCAGTTAAGCTTGGAGCTAAAGACAGTGGTCTAAAGAAGACTTAAATAAATACCCACCACTTCCTATGACGTCTTTCTTATGTATTTGTTCACTTTTACAATTGATCTGCCCTTCTAACCTATGATCAGCTTGTTATCTTTTCTGCACCCTAGATCATAATCTGACCATAGGTGTCAAAACTTATCCTTCCCTAACTGGCCTTTCTGACATGTTTTCTCTTTATTGAATTTGAATCGGTTGGCATTCAATCACTCATAAAACTTTAAATATTACTTTGAATTCTGATCCCGCGGTTCTGACCATTACTCTTTCTGCAACCATGAACCCCAAATCAACTTTCTGAATATCTAGTCATTTCCCTATAATAAAGGCAAGTATGGCTATAAGTTAAATCGACTATCGTGCTGCTAATAGGATTTTCATATTTCATTAGGAAAATCTGCCTTGTGTCTCACAATAGAAGCACTGGAGAAGATAGTCCATAGGATATAAAATACCATAAGTACAGTGATGTGAAACATCTGTGTGGCAAACAGCTGCAAATGTTCGAGGGGAGCTTTTGTGGGAAAAGAAGCCTGCTGCTTTCTGTTGGCTTCCTCGATAATGAAGCTGAAGAAGGGACAGTGGTAGTTTTCCAGGACAAAAACTTCTCCACGTGAATTCTTGTGGAGAGACACTTTCAGAAAAATCTGGAGTTGTGTTTTCATGTTTGTAATAGTCATCATTAATACACTGGTATTTATTCTTATGTTATTTCTTTGTAGATATTTGTGTTTTTATTTTTTTTTAATTAGTTCCTTTTTTTTTTTTTTGGAAGGGTTGAAACAAGTGGCGCAGATGCTCAGATACACTGAGTTGTGATGGAAATCATCTGTTAAGTTGATGAAAAAGTAACCCAACCCCAAAAGGAAGTCTGAGGTTTTCCATTCCAAATAGTAGAATTAATCAGCTTAATTATAAGCAGACCCTTAAACGGGGCTCTCATTAAAAACCCTTGTTCTGAAAACAAAGTCATGTAGCTTTGTAAAGGAGATTCTGAGACACACTACCGTCATATGACTATGTTTCAGGCCTAGAGGAAGACAGCATCAAACAGCACAATACCAACTGATAATGACATACAGTCATGTCGTTTTTGAAATCTGAGTCTTTCGTTTTTAAACTGATATGAAAAGTATTTTCATAGTACTGTAGAAAGTTGCTGGCATACAAATTGGGTTGGAACATTAGGAAGACCTGATTCACAGGCCCTGTTTTGGCTCTCAGGCAGTTATCACCTCCTTTTAAGTGAATTTTTTCAGCCATGGAAATACTCAGAGGGAAAAAGCAAAATTAGCTTTTGTGTTGTTATTAATAACAATATGATTGAATTTTCTCTAATATGCAGTGTACCAAGTGTTTATATTATGTTTCCTTGGGAACTTTCTCTGTATGTACATTTTACTGCTTCCCTAAAGAATGCAGTTATAAAACAAACATGATATCTGGCAGTTAAATGAGGTAACAGTTATGGAATTTCAGAGGATAGAGAATTGAATGAAAAGAAAAATAGTCAACCTCACTTTGGTTCCTTAAGTTGTCCATGTCAATCAAAATAGACCAAAGCTTCCTCCAGGAAATGACTGCAGAAAAAGCTTTCTTTAAAAAAGGGGGGAAGAAACGTTATTGAACATGTTTTTGAAGAGTCTAATTCTTTTTTTTTTTTATTGTTTAGTTTTAAGATAAAGGGACAAATAGTGACAGACTAAAGAATTTTAAAATACAGCATAATGAAATGGTCACCAAGTTTTTGTATAATATTAATGAATCTGGGCTTTAAAATGGTCCAGGAAATGAGCACAACTAATAATAGCTCATACCAGACCAAAAAAAATGAGGAGTCTGTTACAGCTCAAGTCTGATTTACAACGAAATCACATCATTTTATCATTAAATTTTTAAAATAGGCTTTATTTAATAGTTTTAAGTTCACAGTAAAATTTAGTGGAACATTCCAAGATTTCCCACATACGCCCTGTCCACACTCATGTACAGCCTCACCCATTGTCAACATCCCCCATCAGAATGACACACTTATTAGACCAATGAACCCACATGGATGCAACATAATCACCCAAAGTCTGTAGTTTACATTAGGGCTCACTCTTTGTGTTGTACATTCAACATTTGGGTTGAATTTGGACAAATATATAATGACATGTCTTTGCCATTCTCTTATCACACAGAGCAGTTTCAGTGCCCTAATATCATTACGTTTTGACAGAGTAGATGGCGCTCAAAAGTAATCAACCAGTTTTGTCTTCCAAGGACTCTGGTTTGGGGATTATTAAGAGTAGGCCACAAGATATTATAGATACTACAGATTTTACAACTTAGCAAAGCAGTGACCACAGATGTCCTCAGATCAGTTCCTTCTGAGGCTAGTGGCAGTTTTTGATTTTTGAAAATCTTGAGTATTTTTTAAAAGACAAAATCTTTATGTGCCTAACTACTGCATTTTCTTTATGGTGAGATGGAATCCTATCTACAACACTGTCATTTTTATACACAACTTATATTTCTTTCAACAGGCCAGGCCATTCTCTGTAAATCTGGAGGCGTTATAATGTAGCATTTTATGATGACATGTTACTTTTTATTGCCTGAGCCCATTCTTTCTGATGCTCAGGGTTGTTTCCAGTGATTTGTAATTACAGAGCTAAAATATATCATGTGGGTACTTTACTTCCTGTTCTCTGTTTGCATTTCCTGCTGAAAGTAAGCCTGGACCCAAGACTCGTAAGAGTTATAAACATATCGTGTTGAACATAGAACAAGATGTAGAACTACAACAAAGGCCAAGCAGCCTCTGCCAGAGGCATTTTAGTATTTATTATAAACAAGGCTACCCTGTAGAGTTGAAAGGAACATGAAGACAAATGTCCAACACCTGGGATCAAGCAACAAGTGGTGTTAAAACGTTTAATATCCTGTTTTTATGAAAGCTTCCACAGTATGGACCATGTAATCGTTGATATGTAACTCGGGTACATTTGATGTGGCTTTTTTGTTATTTTGCAATCTGAGGCACTCCCTCTCCCTGGAGACATTATGTAGCTAGAGACAGAATAGTAGTATTGAGTTCTCCTACTAAACTTCAAGTTGGTGCTGCAGTTTCTGAGAAATAATGTGCCTACTGTTTCCAAGCTCTGCATTTGTTTTTTGAACTTCTTATCTGAAAACTACATAATATTCACGTTCGTTAACTAAGAACAGTCTTTTGTGATGATTAAATGTTTAGTTTCTGTCTTTGGGTTAAGTATAGTTTTTAGACTCCCCTCCATCACAAAACACTTTTGGGTCACTCCAAATTACACACAGCACTTAACAAACACTGGACGTACAACTTTTATCAGTAACTTGTCTAATCAACTCTTTGAAATTATTTTTCTAG
Seq C2 exon
CTAAACAGAATATATCAGAGGCTACAACCATCGAACTGAATATGCTTGCAGAAACTGTCTCACCCACTTTATTGGAAGAACTACAAATGGGACTGGACAGAATGACACCAATCGTCCCTTTAATCACTGAATTACCTGTCATTACAACAAAGGTCCCTCCTATAGGAAATATTGTCAATTTTGAACAGAAATCCACAGTTCAGCCTCTAACTAGTACCCACAGATCAGCCACAGAATCACTGCCACCTGATGGAAGTATGAAGAAGCCTTGGGATATGGACTATTACTCACCTTCCGCTTCAGGACCTCTTGGAGAGCCAGACGTATCTGAAATTAAGGAAGAAGTGCCCCAAAGTACAACTGTCGTTTCCCATCATGCTCCTGATTCATGGGATGGTGTGAAGGAAGATCTGCAAATAAAAGATTCAGTTACACAAATTGAACAAATAGAAGTGGGTCCCTTGGTAACATCTATGGAAATCTCAAAGCACATTCCTTCTAAGGAATTCACTGTAACTGTGACACCATTTGTATCTACAACGATGACCCTGGAATCAAAAACTGAAAAGAAAGCAATAAGCACAGTCTCTGAATCAGTGACCACAAGCCACTATGGATTCACCTTGAGAGAAGGTGATGGTGAAGATAGAATATCTACAGTTAGATCGGGTCAGAGTACCTCGATCTTTAGCCAAATACCTGAGGTCATTACAGTGTCAAAGACTTCAGAAGACACCACCCGCGGTCAACTAGAGGATGTGGAGTCAGTCTCCGCATCAACGATTGTCTCACCTGACAGTGATGGGTCGCCCATGGACCACAGGCAAGAGAAACAGACTCATGGCAGGATAACTGAAGGTTTTCTTGGCCAGTATGTGTCCACCACACCTTTCCCATCACAGCATCATACAGAAGTAGAATTGTTTCCTTATTCTGGTGATAAAAGATTAGTCGAGGGGACATCCACAGTTATTTCTCCCACTCCACGAACAGGAAGAGAAAGAACAGAAACTCTAAGACCAGCGATGAGAACAGTTACTTACACCAATGATGAAATACAGGAAAAGATCACCAAAGATTCATCTATAGAAAAAATCGAGGAAGAAGGCTTCTCTGGAATGAAGTTCCCTACAGCTTCCCCAGAGCAAATTCATCATACCAAGTATTCAGTGGGAATGACCAAATCTTTTGAATCCCCAGCACTGATGACAACGACAAAGCCAGGCGTGACACCAACAGAGGCAACAGATGTGGAGGAAGACTTTACAACTCCAAGTGGATTAGAAACAGATGGCTATCAAGATACCACAGAGTATGAGGAGGGTATTACAACCGTGCATTTGATCCAGAGCACTTTAAATGTGGAGGTGGTTACTGTATCAAAATGGTCATTGGATGAAGATAATACAACATCAAAACCTTTAGGGTCCACAGAACATGTAGGCTCTCCAAAATTGCCCCCTGCCTTAATCACCACCACGGGAGTGAGTGGTAAGGATAAAGAAATGCCAAGTCTTACTGAAGATGGAAGAGATGAATTCACTCGTATCCCAGGTAGTACTCAAAGGCCACTAGAGGAGTTTACTGAGGAAGACACAACAGACCATGAAAAATTCACAGTTAGATTTCAGCCAACTACATCAATTGCTACCACAGAAAAGTCTACTTTGAGAGATTCTATAACTGAAGAAAGAGTTCCACCTTTTACAAGCACAGAAGTCCGAGTTACTCATGCAACCATAGAGGGAAGTGCTTTGGATGAAGGAGAAGATGTGGATGTCTCTAAGCCTTTGTCTACTGTCCCTCAATTTGCACACCCTTCAGATGTGGAAGGGTCAACCTTTGTTAATTATAGTAGCACCCAGGAGCCTACTACTTATGTAGACACTTCCCATACCATTCCTCTTCCTGTAATCCCCAAGACAGAATGGGGAGTGTTGGTACCTTCCATTCCATCAGAAGGTGAAGTTCTAGGCGAACCTTCTCAAGACATACGTGTCATTAATCAGACTCACTTTGAAGCTTCTATGTATCCTGAGACTGTAAGAACAACAACAGAAATTACACAAGAAGCAACGCGAGAAGATTTTCTTTGGAAAGAACAGACTCCAGAGAAACCAGTTTCTCCTCCCAGTTCTACAACTGACACAGCCAAGGAGACAACACCACCTTTGGATGAACAAGAGAGCGATGGGTCAGCATATACTGTCTTTGAAGACAGATCAGTGATGGGTTCTGACAGAGTCTCAGTTTTAGTAACAACTCCAATTGGAAAATTTGAGCAGCATACATCTTTTCCACCTGGTGCTGTCACCAAAGCAAAAACAGATGAAGTGGTAACGCTAACACCAACCACAGGGTCAAAGGTAACTTTCAGTCCATGGCCTAAACAAAAATATGAAACAGAAGGTACCAGTCCAAGGGGATTTGTATCTCCTTTTAGCATTGGTGTTACCCAGCTTATAGAAGAGACCACGACTGAGAAAAGAGAGAAAACATCCCTGGATTATATTGATTTAGGCTCAGGATTATTCGAAAAGCCCAAGGCCACAGAACTCCCAGAATTTTCAACAGTTAAAGCCACAGTTCCAAGTGACACTGCTGCCTTCAGTTCAGCAGATAGACTTCACACACCTTCAGCCTCCACTGAGAAGCCACCTCTCATTGACAGAGAACCTGATGAAGAAACAACCAGTGACATGGTAATCATTGGAGAATCAACATCTCGTGTTCCTCCCACTACCCTTGAGGATATTGTAGCCAAGGAAACAGAAACAGATATTGATAGAGAATATTTCACAACTTCAAGTACTTCTACTACACAGCCAACGAGACCTCCCACTGTGGAAGGCAAAGAAGCCTTCGGACCACAGGCATTTTCTACTCCAGAACCCCCAGCAGGGACAAAATTCCACCCTGACATAAATGTTTATATTATTGAGGTCAGAGAAAACAAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000014906:ENSBTAT00000019848:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.806
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0019312=Xlink=WD(100=98.0)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]