Special

HsaINT0180012 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
versican [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2464]
Coordinates
chr5:83512103-83522309:+
Coord C1 exon
chr5:83512103-83512396
Coord A exon
chr5:83512397-83519348
Coord C2 exon
chr5:83519349-83522309
Length
6952 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
5' ss Score
10.74
3' ss Seq
CTTTGAAATTATTTTTCTAGCTA
3' ss Score
6.14
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTAAAGAGGCTACAACCATCGATTTGAGTATCCTCGCAGAAACTGCATCACCCAGTTTATCCAAAGAACCACAAATGGTTTCTGATAGAACTACACCAATCATCCCTTTAGTTGATGAATTACCTGTCATTCCAACAGAGTTCCCTCCCGTGGGAAATATTGTCAGTTTTGAACAGAAAGCCACAGTCCAACCTCAGGCTATCACAGATAGTTTAGCCACCAAATTACCCACACCTACTGGCAGTACCAAGAAGCCCTGGGATATGGATGACTACTCACCTTCTGCTTCAGGACCTCTTGGAAAGCTAGACATATCAGAAATTAAGGAAGAAGTGCTCCAGAGTACAACTGGCGTCTCTCATTATGCTACGGATTCATGGGATGGTGTCGTGGAAGATAAACAAACACAAGAATCGGTTACACAGATTGAACAAATAGAAGTGGGTCCTTTGGTAACATCTATGGAAATCTTAAAGCACATTCCTTCCAAGGAATTCCCTGTAACTGAAACACCATTGGTAACTGCAAGAATGATCCTGGAATCCAAAACTGAAAAGAAAATGGTAAGCACTGTTTCTGAATTGGTAACCACAGGTCACTATGGATTCACCTTGGGAGAAGAGGATGATGAAGACAGAACACTTACAGTTGGATCTGATGAGAGCACCTTGATCTTTGACCAAATTCCTGAAGTCATTACGGTGTCAAAGACTTCAGAAGACACCATCCACACTCATTTAGAAGACTTGGAGTCAGTCTCAGCATCCACAACTGTTTCCCCTTTAATTATGCCTGATAATAATGGATCATCCATGGATGACTGGGAAGAGAGACAAACTAGTGGTAGGATAACGGAAGAGTTTCTTGGCAAATATCTGTCTACTACACCTTTTCCATCACAGCATCGTACAGAAATAGAATTGTTTCCTTATTCTGGTGATAAAATATTAGTAGAGGGAATTTCCACAGTTATTTATCCTTCTCTACAAACAGAAATGACACATAGAAGAGAAAGAACAGAAACACTAATACCAGAGATGAGAACAGATACTTATACAGATGAAATACAAGAAGAGATCACTAAAAGTCCATTTATGGGAAAAACAGAAGAAGAAGTCTTCTCTGGGATGAAACTCTCTACATCTCTCTCAGAGCCAATTCATGTTACAGAGTCTTCTGTGGAAATGACCAAGTCTTTTGATTTCCCAACATTGATAACAAAGTTAAGTGCAGAGCCAACAGAAGTAAGAGATATGGAGGAAGACTTTACAGCAACTCCAGGTACTACAAAATATGATGAAAATATTACAACAGTGCTTTTGGCCCATGGTACTTTAAGTGTTGAAGCAGCCACTGTATCAAAATGGTCATGGGATGAAGATAATACAACATCCAAGCCTTTAGAGTCTACAGAACCTTCAGCCTCTTCAAAATTGCCCCCTGCCTTACTCACAACTGTGGGGATGAATGGAAAGGATAAAGACATCCCAAGTTTCACTGAAGATGGAGCAGATGAATTTACTCTTATTCCAGATAGTACTCAAAAGCAGTTAGAGGAGGTTACTGATGAAGACATAGCAGCCCATGGAAAATTCACAATTAGATTTCAGCCAACTACATCAACTGGTATTGCAGAAAAGTCAACTTTGAGAGATTCTACAACTGAAGAAAAAGTTCCACCTATCACAAGCACTGAAGGCCAAGTTTATGCAACCATGGAAGGAAGTGCTTTGGGTGAAGTAGAAGATGTGGACCTCTCTAAGCCAGTATCTACTGTTCCCCAATTTGCACACACTTCAGAGGTGGAAGGATTAGCATTTGTTAGTTATAGTAGCACCCAAGAGCCTACTACTTATGTAGACTCTTCCCATACCATTCCTCTTTCTGTAATTCCCAAGACAGACTGGGGAGTGTTAGTACCTTCTGTTCCATCAGAAGATGAAGTTCTAGGTGAACCCTCTCAAGACATACTTGTCATTGATCAGACTCGCCTTGAAGCGACTATTTCTCCAGAAACTATGAGAACAACAAAAATCACAGAGGGAACAACTCAGGAAGAATTCCCTTGGAAAGAACAGACTGCAGAGAAACCAGTTCCTGCTCTCAGTTCTACAGCTTGGACTCCCAAGGAGGCAGTAACACCACTGGATGAACAAGAGGGCGATGGATCAGCATATACAGTCTCTGAAGATGAATTGTTGACAGGTTCTGAGAGGGTCCCAGTTTTAGAAACAACTCCAGTTGGAAAAATTGATCACAGTGTGTCTTATCCACCAGGTGCTGTAACTGAGCACAAAGTGAAAACAGATGAAGTGGTAACACTAACACCACGCATTGGGCCAAAAGTATCTTTAAGTCCAGGGCCTGAACAAAAATATGAAACAGAAGGTAGTAGTACAACAGGATTTACATCATCTTTGAGTCCTTTTAGTACCCACATTACCCAGCTTATGGAAGAAACCACTACTGAGAAAACATCCCTAGAGGATATTGATTTAGGCTCAGGATTATTTGAAAAGCCCAAAGCCACAGAACTCATAGAATTTTCAACAATCAAAGTCACAGTTCCAAGTGATATTACCACTGCCTTCAGTTCAGTAGACAGACTTCACACAACTTCAGCATTCAAGCCATCTTCCGCGATCACTAAGAAACCACCTCTCATCGACAGGGAACCTGGTGAAGAAACAACCAGTGACATGGTAATCATTGGAGAATCAACATCTCATGTTCCTCCCACTACCCTTGAAGATATTGTAGCCAAGGAAACAGAAACCGATATTGATAGAGAGTATTTCACGACTTCAAGTCCTCCTGCTACACAGCCAACAAGACCACCCACTGTGGAAGACAAAGAGGCCTTTGGACCTCAGGCGCTTTCTACGCCACAGCCCCCAGCAAGCACAAAATTTCACCCTGACATTAATGTTTATATTATTGAGGTCAGAGAAAATAAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000038427:ENST00000265077:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.672
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0019312=Xlink=WD(100=98.0)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
  • Autistic and control brains