HsaINT0180012 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000038427 | VCAN
Description
versican [Source:HGNC Symbol;Acc:2464]
Coordinates
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Length
6952 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000038427-VCAN:NM_001164098:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0019312=Xlink=WD(100=98.0)
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)