BtaINT0164427 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008414 | ZFR
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17277]
Coordinates
chr20:41332519-41344831:+
Coord C1 exon
chr20:41332519-41332614
Coord A exon
chr20:41332615-41344719
Coord C2 exon
chr20:41344720-41344831
Length
12105 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
5' ss Score
10.24
3' ss Seq
TTTTATGTTTTTGTTTTTAGGCA
3' ss Score
11.12
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTAGAGCTAATGGTCTACAGTCCTGTGTGATTATCATACGTATTCTCCGGGACCTCTGTCAACGAGTTCCAACTTGGTCTGATTTTCCAAGCTGG
Seq A exon
GTAAGTAATATGTAACTGTATGTGAAAAATAAACGTCTCAGAAATACTTCTGCAGTTTTTTATAGCCTCATCTTACATCTAATTATCAACTTTATTTCCATTTCCTAAATGGAGTTTTTTTCTTTTTCTCATGAGAAGTTCTAGGGTCTTATCAGACTGTTTAACTTGCTGAGAATTATACTTGATTTTCTTTTTGAATTTTCCTTCTTTTTTTTTTTTACTCTTCACACAGTGTTTATTATTTTTATAGGTGCAATTATTAGTTGTACATACATAAAGATACAAAGAAAATTTTAAATGAGCTATTAATCTCCCTATGCAGGATTTTGTTGATATTTTAACAATGTATAAGTAATTTTTAACATTTAAAAATATGTATTATCCAAAAAAATGCATAAAATTAGGAAATTCAAAGAATGCAGAAAGGCACAAAATAAGAAGTGAAAGCCTTCTCATCATTTAAAGGCCAGTTATCATGGCACAATTTTTTGTGATTTTTTTCCAGGGAGGAGAAATGCATATATGCACGTCGTGTATATTCCTATTGTTTTATTTATGTACAAATATCTCTTTGATGTTGAAATATTTGAGTTCCTAAATAGCAAAAATTCAGATACAGAAGGATTCATTCAAAAGTATAACTGAACCTACAGATTCTAGAGTTGGGTTAGGGAGAATTGACTAGCCAGGGTTATCTTAATTCTGGGAGCTCTTTGAGAACGGTATTGACTACTCGGTGTTTCCTTTTATGGACATGCCATATTTTATTTAACTGGTATCCGTCTGATGGACAGTTGCATTGTTTGCAGTCTTCTGCTATTAAATTTTCATTGTATGGTAGTCACGCTTTTATGAGTATTATATACATGTGATGGCTAGGGTCAATTGCTATAGAATTCCAAGGTCAAAGAACATGTTTTGATTGTAACCAGGAAAGGTGGATCATTTAAAATTACCAAAAATTGTTGAACTTAGCATTTTCTTCACATCCTCACTAACTTTGGGTAAGATCACACTTCTTAACACATGTTAGGTAAAAAATGGAGTCTTATTTTTTATTTAAATTTTAAGTGATTATTGGCATTTATAATTATTTTCCTCTTAACTGGTAGTTCCTGTTATTCATATTTCGCATAATTTATAATTACTTTCTATAAGAAATTAGCACTTACCTATATTAAAATATTTTTTCCAGTTTTCATTTGCTTTTCAACTTAATAATTTTTGCTGTTTTATAAAAGGTTTAAAATTTTTACAAATTCTAATCCATTAGTGTTTTATGACTTAACAACTTTGTATTCTGTCTACAAAATACTCTCTCATGTTTTAGATTATAGATTATTCACACATGCTTTCTTCTAGAGCTTTTTTCCCCCAATCAAGTTATGTTTATTACAGATGTTTGCTTACTTATTCCTGGAAGGATATATTCTGTATTACAACAGGAGTTGTCTCTCAGTAGTGAGAAGTGGGCTTAGGTTAGAGATCTGTAATGTTTGGATTTTACTAGGATAAAATATACATACATTACTTGTATAATTATAAATTAATTTGAAAATCATAAATGGACTAGAGGTAGATCCAGCAATATGTCTTTCCAGACCAATTATCAATTATTCCAATACCATTTAGCATTTTATTTAGTAGTGATGTTCATTCTCCCAACCTCCATTTTGAAATATCACCATTATCATAAACCAGTGGTTCTCAACCACATTTCAGTTTTGCCCCCAGGGGACATTTGGTAATGTTTGGAGATATTTTTGGATGTCGATACTAGTTATCGATAACACTGAGGAAGAGAAACCCTTTGTTAAACCAAAGTTCCTTTGTTGCAGGCCTGTTTCTACAGTAGTCTTTCATTCCTCAATCTTCTCTATTAAACTCTTTTTTCTATTTATTTTTTACATATTTCTTTAACTGGTTGCATCGAGTCTAGTCATGGCACACGGAATCTGCCTTGTGTCCTGTGGGATCTTTCCTTGCGGTACATGGACTCTAGTGGTGATGCACAGGCTCCAGAGTGCTTGAGCTTCGATAGTTGCAGTTCGTGGGCTTAGTTCTCCCGCAGCATGTGGCATCTTAGTTCCCTAACCAGAGATTGGACCAATGTCCCCTGCATTGCAAAGTGGATTCTTAACCTCTAGACCACCAAAGAAGTCCTTAATCTCTTTTAATTTTTAAAACTTCATAGTGTGTTTTAAAATTCTGATGTCCTTTTCATCAGAGTTTCCCCCTCTCTGTTCTCTGCTGCTCATTATAAAGACCATCTTGCACTGTTTGGGGGTTTTGTTTTTGGTTTTGTTTTGTTTTAAGTGTGTTTTGTTTTGTTTTGGTTTTCTCATGTTCTTTTTCTAAAAGAACTTGACTGCCATTTTGTTCAGTTTAATGAACTCCAGGGTTCTTTTAATTATTTTTAAGTAGTACTGTATTGAATTAATAGATAATTGATAGAATATCATCACTTTTGCAGTGACAATAAAGAAAGTTTTGTGTTTTATTTTTGTCCTTTTATTAGATTTGCACTAACTCTATAAAAATTAATTTAGAACTTTTGTTCTTTAAACTCTGAAACAGTTTTTAGGATCATCAAAAATACTGTTTTTTGAACATTTGTAAAATTCATTTGACATTATCAGTTCCCAGTCCCTTATAAAGAGGGTAGCGCTTTCTTGATTTCTTTTATTGTGAGTAACTGTTTTGTTTAATTTTTCCTTCTCCTGGAGTTAATTTTGGCAACTTTTCCTAGAAAAATTGACCCATTCAACCAGATACTCAAAACTTTTATGTAATAGAGTTCTGTGCCCTTAAAGTTTTAAAAATGCCTATTACAGCATCTTTATTGTTTTAATTCTCTGATTGATTAGTCAGTAATAGCAGGTGCAGTATTGGAGCAAAATAACCAATGGGTGTTTCAGTATTTACTTGTGATGAAAATTCAATGAATTATTGATAGATTTTTAATATACAAATGTATGTACATTATATAACTTAAACTTTTTTTAATATATAAAAATACAAGCATTCTATATTATCATTTTACTTCCTCCTTCTTTCAGCTTCAGTCCATGCAACCCAGGTGTCCTTGAGACTCTTTCTGTTATATTATGTCTAAGCTTCAGTACTTTTGAGACTGGACTCTCAGGCCACTTCTCAGCTATTCTTGAAGTCTGAAAGTCTCACTGCAGATGGCCCTTTACCCTACACCTTGCTTTTTCTCTTCATCAGAGAGAGCCATAAACTTCAAGGGACCCTCTCTGCTTTGAGGGTGCAGAGCTTTAAGAACTGAGTGGAAAGAGAGGATGCACAGGTCAAAGGAACTAGGGGAACATGGGCCATGGCAGAGTGATGATGGACGAATCAGGGAGGGCAAAGAAAGCTGCTGGCCAGTCTTTGAAATCATGTACATATAACATAAAATACCAGTATTTTGGTAGTTTAAAGCACACCAAAATGTCAGTACTTTGACATTTAAATAGCTCTCAACATTATATCCTTTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGCAAGCTCATGAATCGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCGGAGTTCACTCAGACTCACGTCCATCAAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAGTGAGTCAACTCTTCACATGAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTCAGCATCATTCCTTCCAAAGAAATCCCAGGGCTGATCTCCTTCAGAATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGAGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCAGCACTCAGCCTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACATGTGTACAACATAGTAATTCCATATTTTAATACATTATGAAATGATTATTGCAGTAAAACCAATTACTACAATATTGTTGACGATGTTCCCTATGTGCGCTTATATACCTGTGACTTTCTTATCTAAAAGCTGGAAGCTTAATGTCTAAATCCCCTTAATATATTTCAGCTATACTGCACCCTCCTAAACTCATTTTTATTAGCATTTATCTGGTATGTTTCTGGTACTTTTCTATCCTTTGCCATAATTCTTATCCTTTTCTTGTTCTTTTTTATGTGTGAATATGTTTCTTTTCTGATTATTTAGACAATTAGTTGTTGACCTTATAGTTTTATATGGTATTTTCATTGCATCTGTTTAACAATTTTAGATAATGTCTGTTAACCTCTCATCTATAAAAGCTGAGAAAATGATCACTTCCTCCTCCTCCTCCTATCCTCTTGGGTTTTTGTTAGTATTTTCTTTTTTTTTTTTTCATTTGTTTCATTCATTCATTTATTTTAATGTGTCAAAACCTGTTTCTTGATTTATCTGTTTTACTCAGTGAATGCTGATTCCACTTAGAAAACAGGAAAGTTTACACTTAATGCTTTTTTAAATCTTAAAGGTTTAAAAATTACTACATTTACCTTATGTGTCAGTATATTCCCTTTGATTATTTAATGGTCTCTATTTAAATGCTTTGGTGCCAGCCACTAGGGCTTTACTGGGGTTTCCTCTTTTTATTTCTTGGTTGACTGAATTTTATCATCATGTAGTTTTTATCAAAAAGTGTTTGAAGTTTTTAAAATTTCTTTCATGTTTGAGAATCTTTGCCAATTACCATTACTTTATTGAAAAATGTATTGTTAGGTCGCAATTTTTTCTCCTCCCTTTATTGGTATTGCTCCATTATCTTTCAGCATTGAGTATTGCTAAATCTAGTTTATGTTAATCACTTAGTCATGGGGTCACCAACTCTGTGACCCCATGGACTGTAGCCCTCCTAGCTCCTCTGCCCATGGAATTCCCTAGTCAAGAATCCTCAAGTGGTTAACCATTCTCTTCTCCAGGGGATCTTCCTGATCCAGGGGTTGAA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Seq C2 exon
GCAATGGAGTTACTAGTAGAGAAAGCAATCAGTAGTGCTTCTAGTCCTCAAAGCCCTGGAGATGCTCTGAGAAGAGTTTTTGAGTGCATTTCTTCAGGGATTATTCTTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008414:ENSBTAT00000011072:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.026
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(12.4=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(14.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]