BtaINT0164780 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021023 | ZMYM4
Description
zinc finger, MYM-type 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13055]
Coordinates
chr3:110937768-110946090:-
Coord C1 exon
chr3:110945996-110946090
Coord A exon
chr3:110937940-110945995
Coord C2 exon
chr3:110937768-110937939
Length
8056 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGC
5' ss Score
6.31
3' ss Seq
ATTTTTGGAAATTCTTACAGGGA
3' ss Score
6.03
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCCTTTGACCCATTAAACAAGGGACAGGGAATCCAGGTACGTTCCCGAACGAGAAGACGACACAGAGACGGCTTCCCCCAGCCCAGACGAAGA
Seq A exon
GTAAGCAGTAGCTTAATTTTTCTAGCATTTTGTTTTGTTTATTATTTCCCAATCTTGAATTTTCATGTTTTTGCTTTTTGAAGTAAAAAACCATATCTTTTATTTTACATTTCTTTAAGAGGGACTTTTTCCACAATTGAAGGATTTTTCTGTTTTGTTTTTTATAATCTTTGTTATAGACTTTCCTCTTTTTTTAAAGTCTCTAAATTTAGCTTTTAAATATAATAATGAGGTTTCCTATTTTATTTAGTACAGTTATAATAGTGAGGTACACAAAGACGTTTTCATGGTGACTGGGGTTTCTCATACTAAAATTTAAACAATAATAGCCTTTTAAAAAAAATCTCCATTGAGTTGTAATTACATTTAAAAATTCATAAATTTTAAGTGTACAGTGATGAACTTTGATAAATGTATACAGTACGTAACTACCTCCACAATCACAGTACTTCCCTTGTGAAAAAATTTGCCTTGTTACCATTTCCAGTCAGTCTTCATCTCCAGCTCCTGACAGCCACTGACTGACCTGCTTTGTGGACGGGTGTAAAATGGTACTGCTTTACCTTTTCTAAAATTCGTATAAATGCAATCATATAATTTGTACTCTTCTGTATCTGGGTTCTTTCAGTTAGCATAATGTTTTTGAGAGTTATCCATATTGTTTCATGTATCACTAGTTCATTCCTTTTTATTTCTGAGTATTTCATTTTATGGATGAACTACTGTTTATATAATTGTTTAATAGCTCCTGGAAATTTGGGTTATTTCCGATTTGGGTGTTTTTAAATAAAGCTGCTGTGAACATTCTAATATAAACATCTTTGTGAAGAATATATGTTTTTCATTTGGGGAAAAATATCCAGGGATGGAATTGTGGGGTCTGTTGGTGTATTTTTAACTTTGTAAGAAAGCTGACAAAGTGTGTTCCAAAGTACATGTACCATCTTGAATTCCCACCAGCAGTCTGGGAATTCTATCTGCTCCATGACTTTACTAACAATTATCAATTGTTATTGATAATAACAATTATTATCAGTTGTTATCAGTTATTATCAATTGTTATGAATTATAATCAATTATTATCACCTGGTATTATCAATTTTTAATTTTAGTTATTCTAGTAAATGTGTAGTGATATTAACTTATAGCTTTAATTTGTATTTTCCTCATGACTAATGTGTGGGCATCTTTGAAATGTATATTGCTGTTGGTGTATTTTTGATAAAGTGTGTGTTCAAAACTATTGAGCATTTGGTGGGGGTTAGGTGTCTTATGGCAGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGTAGGCTGCAGTCCATGGGGTCGCTAGGAGTCGGACACGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCAGGAGAATCCCAGGGACAGGGAAGCCTGGTGGACTGCCATCTATGGGGTCGCACAGAGTTGGCCACGACTGAAGCGACTCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGTGTCTTATGGAGTTGTGTTTTTTTTTTTTTTATGGATATAATTCTTGTATCAAATATGATTTGCTCCTATTCTGTGACTTTTTCGTTTCTTAACAGTGAAAAACAACTTTTCCCCCCATTTCCATGGTTCATTTTATTTTTCTTCCAGTTTTACTAAAACATATTCGACATCCAGCACTGTATAAGTTTAAGGTATATAGCATAATGATTTGACTGACTTACATTTCATGAAATGAATACAACAATAAGATGGTAAACACACATCGTTTCATATAGATAAAGAATTAAAGACTTTTTTTAAAAAAGTTTTTTCCTTATTATGAGAATTCTTAGGGTTTACTCCTAGCAACTTTCATATGTAATATAGAGAAGTGTTCATTATATGTATCATGATGCACATTATATCCGTAGTACTTCCTTACCTAAAATTGGAAATTTGTGCCTTTTGACTGCCTTCATCCAATTCCTCCTGCCTCTCCCTTGTGCCTCTGGTAACCACAAATCTGATCTCTTTTTCTAAGAATTTGTTTGGTTTTGAAATATAATAGACCCATAACATTATGTTCTTGGAGTACAACGTAGTGATTGGACATTTCTACATATTTCAAAATGTTCACTAGGGTAAGTCTAGTTACAGTATGTCAACATACAAAGATATTACATAATTATTGTGTGACTGTATTCCCCACACTGTACATTTCATAACATGACCATGACTCATTTGCTTTGTGACTGAAGTTTGTACTTCTTAATCTCCCTCACCTGTGTCTCTCATCTCTCCATCACCCTCCCCTCTGATAACCCCATGTTTATTCTCTGTATGTTTGATTCTGTTTCTGTTTTATTGTATTTGTTCATTTGTCCTATTTTTTAGATTGCAGATATAAGTGAAATAATATAGTATTAACATTCTATCCAGTTTTTTTCTCTTACCTTAATATTCTCTAGGTCCATTTGTGCTGTCCCAAATGGCAAGATTTCATTCTTTTTTTGTAATTGATTAATAATTCCATTGCATGTAACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACACACCACATCTTCTTTATCTATTCATGTAGGACACTTGGCTGTTTCCATATTTTGGCTGTTGTTGGTAATGTTGCAGTGGATATAGGGGTGCATATATATCTTTTTGAACTTGTGTTTTTGTTTTCTTTGGGTAGAAAATACTGAGAAGTGGAATTTCTGGATCATATGATAGTCCTATTAATATTTTTAATTTTAGAGAAAGCTCCATGCTACTTTCCCCAATGGTGGTACCAATTTACATTCCCATCAAGAGTGCACAAGGGTTCCTCTTTTTACACATCTTCATCAACACTTGTTCTTTATTGTCCCTTTCATGACAGTCATTCTGAAAGGTGTGAAGTGGTATCTCGCATTGGTTTTGACTTGTATTTTCCTGATAATTAGTGATGTGGAGGATCTTTCCAAATGTCTGTTGGCAGTCTGTTTGGAAAAGAGTCTTTTCAGCTCCCGTGCCCATTTTTTAATTGCATTTTTTTTCTTTCTATGAGTTCTCTAAGTTCTTTTTATATTTTGTATTTTAACTCCTTTCCAGATAGGTACTTGGCAAGTATCCTCTCCTGTTCAGTAGGGTGCCTTTTCATTTTGTTGAGTTTCCTTTGATATGCAAAATCTTTTTTATTTGATGACACCCCACTTGTTTATTTATTTTTGTTTTGTTTTACTTTGCTTTTGCTTATTTTGTCTGTACTTGAGGAGACAGATCTAGAAAAATATTACTAAAACCGATCCTAGAATTTCCTGCCTGTGTTTTCTTCTAGGAGTTTCATGGTTTCAGGTCTTACATCTTTAATCCATTTTGAGTTTAATTTTGTATATGGTGTGAGAAAGTAATTCAGTTTCATTTTTTTCCATGCAGCTCTCCAGTTTTCCTAATACCTTTTACAGAAGGATCAGTCTTTTCTCCATTATATTTTCTTGCCTCTTTTGTCATAGATTAATTGACCATTTGTTTTAGTTCTGTGGAACATGCCATTGGTATTTTGAATTGTTTGCATTGAATCTGTCGTTTGCTGTGGGTAGTATCATTATTTTTACAATATTCTAATTCATGAGGATGATATATTTTTCCATTTATTTGTTTAACCTTCAGTTTCCTTCATCATCTTACAGTTTTCTGAGTCAGGTCTTTTGCCTTCTTTATTAGATTTATTCCTAGATATTTTATGCTTTTTGATGCAGTTGTCAGTGGGATTGTTTTCAAAATTTCCCTGACAGTTTGTTGTTAGTGTATAGAAATGCAGTAGATTTTATATCAGGCAACTTTACTGAGTTCATTGGTGACTTCTCATAGCTTTTTGGTGGTGTGTTTAGGATTTTCTATGTACAGTGTTGTGTTATCTGCAAGCACTGACAGCTTTTCTTCTTCCTTTCAATTTGGATTATTCTGTTTAGATTATCTTAATTTCTCCCAACAGTATTTTGTATGTTTCGTTGTACAAGTCTTACACTTTGTTAAATTATATCTAGTAAATATTTTAATATATTTTTGATCCTGTTGTGGGTAGCATTGTTTTTAAATTTCCTTGTCTAGTGTTCTTCACTCACATATAGAAATAGAGATGGTTTTGTATATTGACTTTATATGTGGCAGTTTTGCTCAACTAAAATCTGTGGGATTTTCTGCCTACACAGTTGTATTATCTGTGAAGTAAGAAAGTTTAAAAATTTTTCCTTTATAATCTCAGGGTATTTTCTTCTTTTTTAAAAAAAAATTATTATTTGTTATTTTACTTTTTTTTTTGACCATGCCATGTGGCATGTTGGATCATAGTTCCCCAAACAGGGATTGAGTCTATACCACCTGCAGTGGAAGCAAGAGTCTTAACCATTGGACCACCAGGAAGCCCCTCTTTCTTTTTTTGATTTATTGCATTAACTGGGATCAATGTTTAATATGAGTGCAGACTTTCATGACTCTTCCCAATTTTAACGAGTTCAGCCTTGCAATGTTAAATACAATGTTAGCTGTATACTTCCTGTTGTTGTTGTTCAGTTGCTCAGTCATGTCTGATTCATTTCAACTTTATGGACTGCAGCACACCAGGCTTCCCTGTCCTTCACCATCAGAGTTTGCTCAAACTCATGTCCATTGAGTTGATGATGCCATCCAACCATCTCATCCTCTGTTGTTCGCTTCTCCTGCTGCCTTCAGTCTTTCCCAGCATCAGTTTTTTTAAATGAGTCAGCTCTTCACATCAGATGGCCAGAGTAACTAGAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAGTGAATATTCACTGGATTGATTTCCTTTAGGGTTGATTTCCTTTAGGATTGATTGGTTTACTCTCCTTGCTGTTCAAAGAACTCTCAAGAGTCTTATCCAGCACCACAGTTTGAAGGCATCAGTTCTTTGGCACTCAGCCATTTTTATT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Seq C2 exon
GGACGGAAGAAGTCTATAGTATCTGTGGAGCCCAGGAGTCTTATTCAAGGAGCCTTTCAAGGGTGCTCAGTGTCTGGGATGACATTGAAATACATGTATGGGGTAAACGCCTGGAGGAACTGGGTTCAGTGGAAAAATGCCAAGGAAGAGCAGGGGGACCTGAAGTGTGGCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021023:ENSBTAT00000027998:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.155
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]