DreINT0139555 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057681 | si:ch211-266o15.1
Description
si:ch211-266o15.1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-131127-116]
Coordinates
chr17:14731469-14739736:-
Coord C1 exon
chr17:14739642-14739736
Coord A exon
chr17:14731614-14739641
Coord C2 exon
chr17:14731469-14731613
Length
8028 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTATGT
5' ss Score
8.34
3' ss Seq
CGTTTCTATGTGTCACCCAGGGT
3' ss Score
6.05
Exon sequences
Seq C1 exon
CAACGGCTGACCCCGGATCAGCAAAAGAGAACAGACTGGTGTTGACGCTGAAGAGACGTAAGAGGGGCAGAGATGGCCACCCTCCTAGGAAAAGG
Seq A exon
GTATGTAATCCCACAGAATCAGAGTCCTGGCTTGTTGAGGAGGCAGAACAGAGCGACAGCAGCACATAAATTCAGCCACAGTCTTTTCACAGTTGGGAAGGTTGAGAAGTGTGAAGTCTGGCGAAATGACTCGTTTCCCAACTTTACACAAAGACTCCAGTGTTTGTCTCCGGTCCAATTATGAAACTCGAAAGGTTTTTAATGTCATCTTTTTCACTTGAAATGAGTATTAGCAACAGTTACGAACGTGTAGAACGACAGCCTGACGCAAACACACACTACAGAAAGACGTTTTTAAGAACATTTGAGATCATTTTGGCTGTATTTATTACGATTTATTGTCAGGATGTTTCAAAACACTTGTATTATCATGTTTTTTCATTGGCTTAATATCATGGTCGTTTCAAAAATTAACAATAATCTTTTGTTTATGGTTAATCCGTATATTGATGTTTTTAGTTGTCAGACAGATTTTGCTATTCTTTGTGTTTTTTATACATCAAAAACGGTTTTATAGAGAGATGTACCTTTTGGTGATACAAGCTGCTGTGCAATAAACTCTTCACGTTCACCGAGATGAACACCTGTTACTGCTGTTGTTGAAAATTGGACATAATTAGGCTGGATTTCTTATTAAATTTTGAAAGAAACAAAATGTTGTGGACCATTGAATGAGTGTGAAGTCAGTCAGACAATCTGGCTAAATGAATTGAATAAATATTTAATGAAACAAATTTGTCGCTATTATCCATGAAAATTATCTGTATTGTTCATGTCGTGTTTGCTTCAATGAGAAATGAATTGGAAAAACTTCTGAAAAATATGAGTCTCTCCCTGCTTTTGGATGCAATATGAAACCAACTGAATAAGCAGTTTGTAAAACTAATTTAACTCTGCAGTTCACCCCCCCTTAAATCATAAATGACATTTTCCTCACCTTCACAGGATTTTACACTGGCCTGCATGTCATTTTAAAGCTTTGATTTCTTTCTTCTGTGAAACAGTTGAACTCGAGTAACATTTCATTTGAGGGTGAACCGCTCCTTTAATGATTCTGTCTTGTGCTGAAATTAAACATGTAGATGTCAAAGCCCCGTCGTCCCCTGCAGACTGGCGCTCATTACAGAACTTTACTAGGTTACTGACAGAAATAAAACTTCTTTTTTAAAAGCCCAAAATACCAGCTCCAATTTCTGTTTAGGCTCATCTTAATCTATGAAGCAGTGGTCATTTTCTTTCTTTTCTGCCCAGCGGGCAAAAAATGGGCAGAAATCATTGAAATGTGAAATGTTTAATGTTTTTAAATCTATCCCGAGTCCAAAAAAAGGTTTGTTTGAAAAAATATATATAAGGAAATTAAGGCCTTTTAGTTTGATAAAGGACAAAATGCCCTGTCGAAAATGTACAAAAATGACACTGATTTATTTACTGACATTAGTCTTGGGACACATTTCAGAAAGTAGAGGAAAACTCTAAAATGAGAGAAAGTCTGGGTTTTCGGTTTCAAAATGTCAGGTTTGTCAATCTCAAGAAAGCTCGGTAAGTCAAGTCTGTTTCTGAAAGAGAGGTAACTTTTACTCAGAGTCAGTTACCGTGGTAAATTACTTTGTGAACCTAACCTGGTCACGAGCAGGTTTTATTCTCTAAACTGAATTTCTCCTCTGAGTCTCCTCCTCTTTTTTTTTTTTTTAAAGATGAAGCGGTGTTTCTCGCCTAAGCCTTACCCATTCATTGCCTACATTTCAGTCACACTAAGAACAAAGTTACAAGAATGGCTTGTCCTTTTTTAATAAATAATTAGCTTAAATTCACTGACTTTTGACAGGGACATGGACTGTAACTAGATTAATAGGCTTACTATTCGTTCTAAAAACTATTTGTTTTGTTCTGCTTGCATTCTAATAGTCATATCAACCTCTACCACTTAATTAATAATAAAGACAGACAAGCATGTGCACTTTTAAATCTATTATAAACTCCATTTTAGACATTTTATCTTAAACCTGATCAACGTGTGTAAAAGTGGGAACCTGAAATTAAACATTTCCACTGAAAATTAAGGTTATATGCATTCTTGGTTTGTCAAATTTGTTGTAGAAACTATGCAGTAGTATTTTTTTATATAATTTAATGCAGTTACATCTGAAATAACTTTACAATTATGGCCAATTCCCCACTTTTTTAAGTCAAAAGTCAATAAACCTCATGCATTGCTTTTTTTTTTTGTACTTTATACTTAAATATGTAAATACTTTATTTTAAATGTAAACTTGCGCATTAACTTGAGCATTCATGATTTCCCACACTAACTGTGACTGTTTCGCCAATGCAGCTCCATTGATAATGCCTTTTTATAGCCGCGGTGTGCGCACTTAAATCTTGAGTTAGTCTACTCAGACTTAATTGACCTAACTCAGGTCAGCTATTCTGAAACCGAAAACTTAATTGAGTTTTTAATCTCTTGGTAAGTCAACTCAATTAAGTTCAAGTTTAAACTCTTCAAACTGAAACAGGCCCCAGATGTAAACTCTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTCTATTATTAAATGTTAAGCACAATCAGGTTTATTCTGTACAGTTGCTTATCTAAATAATAATTAGATTTTCATTTGCAGTGTCTGATTAAAAAAATCTAATACACAGAATTTTCTCTGTACATAAAAACTACTCTGATATACCAAACCACCCATGTGACTGATACATTTTAATTAGATTTTCATGCAGTGCCATAATTAAAAAAAAAAAGCTAATAGGCATGGGCACAGATCTTAAAGGAAAAAAGAATTTAGAAAAACTCTTTTTTTTTTTTTGGTTAAATGACACTGAAATTAAATATTTACTGGAATTAAATATTGTTTTTATGGGTTTCATCTATTACACACATTTTATTATATTTACTATAAACATTTAATGTAATATATAACAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACACATAATTAATTTATAAATGTATATTTTTTATTATATATAATAATTATTATATTTATTTGTGTTTTATTTATGGGGTGGCTCAGTGGTTAGCAAGAAGATTGCTGGTTTGAGTCCCGGCTGGATCAGTTGTTATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCTTTGTTTTGGCGTGGGTTTCCTCCAGGTGCTCCGGTTTCCCCCCAAAGTCCAATGACATGCAGTAAAGGTGAATTGAATAAACTAAATCGTCCATTGTGTGTGTATGGGTGTTTCTCATGAGTGTTTTTGCAGCTAGAAGGGCATTTGCTGAATATGCTGGAATAGTTGGTGGTTCATTCCACTGTGGTAACCTCTGAAAAAGAAATTGAGCTGATGTAAAATGAAATAATGTATTATATTTTTCTGTAAGGAAAATGGTGAAAAGCTTTTAGCAAATTTCACGTCGTTTGCTTTTACAGCCAAAATGATCACAAAAATATAAATAAATATACATCAAGTTTAATTGCGCAATTTATCAAAAACAAAAAAACTACATTACCCATGAAGCCCTACAGAAAATTCCACCAATTAGAGATTTGCAGTGAGCTAAGCACCCTAAAAAAAATGTTTATATATAAAATATAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATAGTCAAATTTATGCACATTTTGAAATGCTTGTAATTAATAATATAGTAGAAATGTTAAAGTGATTTCTTAATGTTTTACCATATTCAGACTTTTTTTTGACATGTTTGGATGAAAAAGCCATTTGATGAACTCATCACAAACAACCTTGTCTAATATACAGAAGATGCTCATTGTCATTTACACAACTTCTATTAAAGTCTATAAATAATCTATTCAACTCTAAAGTAGTGCAATAAACTATATCAACATTAGTTATAAACAAATCTCTTAGGTGCATAACTCAAGAGAAAAATCTAAAAAGAACCATGGTAACATCAACAAAAAGCATGCAATATTTACCCTAGCATTGTTACAGTTTTTTTTACCATTGAAATGACAGACATATTTAAATGATGAAAAGGTATTAACTTAAGAAATATATTTTATGACGGCATGAAATAAATGATAAATATATTAAATGAAAGGACTTTTTCATTTGTCCATACCATAAATATCGTCGTATTGCACAGCCCTACTTAGAAGTTGATAAGAGGCACACAGGCCAGTGCAATGAGACTGAATGTGCAGGCCAGATGGAGACACAAGGAGCTGGAAGTGAAGGAGATCAGGATGATGGAGGACTGGTTGCCATGGAGTCAGTTGAAGAAAGTGGCCATAAAAGGAGATGAATGTGTCGGCATCTGTCAAAATCAGCATTTTTTTTTTAACATTCAGAAGTGTCTGAGACTGCTTTATGAGAACTGAACATTATCGTTAATGTGTTTTACTTGACGTTTATTTTTGTATAAGGCCACTCAAGTCATCATCCTTCTTTGTCTTCATTCTTTCCCGAATGAATTTATGTACATACTTTATTATTTTCAGAATTGAGAATAATACATTTTAATGCTGTTAATAGGATTCTCAGTGTTGTAGGATTCAGTTTTGCTAGTAAAATTCTGGATGCTTCTGATGAGGAAATAAAGCGCAACAATATTCAAATCATAGAGAACTATTTTGGTGGCATTTTTCAAGTGTGGCAGAGGTCTTTCTCGCATTCAATGAATTTTTTTTTCGGCTTAGTCCCTTTCTTAATCAGGGGACGCCACAGTGAAATAAACTCTCACATGGTTGCCCACTGAAGCTAAGCAGGGCTGAGAGCAGTAAGTACCTGGATGGGAGATCTCATGGGAAAGCTAGGTTGCTGCTGGAAGTGGTGTCAGTTTGACCAGCAGGGGGTGCTCAACCTGTAGTCTGCGTGAGTCCTTACGCCCCAGTATATTGATAAGGACTCTAGACTGCTCAGTG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Seq C2 exon
GGTCGTAAGCGATCTGGAACGGACACGTCGAGCAGTGTTTGGCTCAGTACCTCCAGCTCCAAGCTCAACCAAACGTACGGCGTTGAAGCCTGGGCCAGCTGGGTGCGAATGAAAAGAGGCCACGCTGAGCAGGAGCAGCAGGCTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000057681:ENSDART00000154690:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.571
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]