HsaINT0186037 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000146463 | ZMYM4
Description
zinc finger MYM-type containing 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13055]
Coordinates
chr1:35399482-35405194:+
Coord C1 exon
chr1:35399482-35399576
Coord A exon
chr1:35399577-35405022
Coord C2 exon
chr1:35405023-35405194
Length
5446 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGC
5' ss Score
6.31
3' ss Seq
AATTTTTGGAATTCTTACAGGGA
3' ss Score
6.09
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTCCTTTGACCCACTTAATAAAGGACAGGGAATCCAGGCACGTTCCCGAACAAGACGACGACACAGAGATGGCTTCCCCCAACCCAGACGAAGA
Seq A exon
GTAAGCTGCAGCTTAACTTTTCTAGACTTTTCTTTCCTTCATTCTACAAGCATTATTTAGTTCCTGCTGCTTTCAAAACTCTGTAACAGCCAGAGTCAGGTAGTTCCACATGTTGTTTTGCAACTTTTGTTTTTTGAATTCAAGAACCATATATTTTATTTACATTTCTTTCAGTAGGAACTTTTTTTGTTTCTATAGTTAAGGGTTTTCTTTTATATTGCTTTGTTTACTTTAAAAAACTTTTTATAGTTATTTTTTATGCTTTATCTGTTTGAACAGCCTCTAAATTTAGCTCTTTTTACATGTTATAATACTGAGTACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGATCACAAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAACAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGTGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCCTGAACCCAGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCTGAGATCAGGCCACTACACTCCAGCCTGGGTTACAGAGCAAGACTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAATAATAAATAAAAATAAAAAATACTGAGTAGTTCACTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCAGGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATTGGTATTTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAGTTCCCTATTTTTATAGTATAGTAAAATAGTGAAGTTCACATGGCTGTTTTTCACATTGACAGGGCTTTCCTATACAAAGTTGAAAGAATAATAGCTTTATTTTTAAAATTAGCCCTATTGTATAATTATATTAAAACATTTTTAAGTTCTGAGTGTACATTTTGATGGCCTTCAACTAATGTATATGTTATGTAATTCCCACCACAATCATGAACAATTCCACTTAGCAAGAAGTTCCACTATGACCTTTTGCAGTCAGCCCCTCTGGCTGCTGACAACCACTGATCTACTGTACCGATTGATGCAGAATGCCACTGCTTTGCCTTTTCTGAAATTTCACATGAATGGAATCCTATAATATGTAGTCTTCTGTGTTTAAGTTCTTTTACTTGGCATAATGTTTTTGAGATTCATCCATGTTATTTCATGTCCCAGTAGTTGATTCCTTTTTATTTCTGAGTAGTATTTCATTACATGGACAAACTACAATTTGTTCAGCTGTTTAACAGGTGATAAAAATTTGGGTTGTTTCCAGATTGGGGCTATTTTGAATAAAACTTACTCAAAATGTTATGAACATCTTAGTATCAATCTTTGTGTGAACATATGTTTTCATTTCTCTTGAGGAAAAAGATCTAGGAATGAGATTGCTAGGTTTTATGCTTATGTGTATTTTTAACTTTGTAAGAAAGCTGCCAGACTGTTTTCCAAAGGAGATGTACCATTTTGCAGTCCCACCAGCAATGTATGAGAGAGTTCCATCTGCTCCATGACTTTGCTAACACTTGGTATTGTTGATTTTTAATTTTAGCCATTCTAGTCAATGTATAGTGGTACCTCATTATGGTTTTAATTTGTTTTTCCCTAATGATTAATGATGTTAAGCATCTTTTCATATATGTATTTGCCATTCATGTGTCTTCTTTGGTAAAGTGTTTATTCACAGTTTTCGCACATTTTTTTCATTTTTTTGTTGGGTTGGTTGTTATCTTGCTGAGTTGTAAGTATTCTTTACTGTGGACATAATTTCTTTATCAAATCAACGTTTGGTCCTATTTTGTTACTTCCTTTTTATTTTCTTAATGATGAGTAGCAGATTTTGATTTTGAGGAAGTCCCTTTTATCAATTTGTTATTTTATGGATTGTGCTTTTTAATACCTCATCTAAAAATTTTTGCCTAACTCATAGTAACTAAGACATTCTCTTACATTTTCTTCTAGAAGTTTTATAGTTTTAACTTTTATGTTTGTGATCTATTTTGAGGTAATTTTTATATATGAGTTGAGACAAGGGTCAAGGTTCATTTTTTGAATATGGACATCCAGTTGTTCCAGCACTGCCCTTGAAAAAGACTATTCATTCCCCATTGAATTACATTGGCAACTCTGTTAAAAGTCAATCATATATGTATCTATCAGTCTGTTTCTGAAACTTTCTATTCTGTTCTATTGACTTATATGTCTATTTTTATACCAGTACCAACTGTCCTGATTACTGTGATTTTACAGTGAGCCTGGAAATTAAGAGTGTAAATCTTCCAGCTTTGTTCTTCTTAAACTTGTCATTTGCATGTCTATATACATTTTGGAATCAACTTGTCAATTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCTGCTAGAATTTCAGTTGGGGCTGTCCTGAATCCAGAGGGAGAGAATTGACATTTTAGGAATGTTGAGTCTTCTAATTTGGAAACATGGAATAGTCTGCATTACAAGTCTCATTATATTCTGTTAAGTTTATTTCATAAGTATTTAAGATATTTTGATGCTGTTGTAAATTGTATTATTTTTAAATTTCATTTTTCACTGAGCACAATGACTCACACCTATAATCCTAGTACTTTGGGAGGCTAAGGCAGAAGGATTGTTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAATGTAGTGAGACCCCATCTCTACTAAAAATTTTAAAAATTAGCTGGGCATGGTGACGCATGCTGGTGGTCCCAGCTACTTGGAGGGCTGAGCTGGGAGAATTGCTTGAGCCTAGGGGGGGTCGAGGCTGCAGTAAGCCCTGATCATGCCACTGCACTCTAGTCTGGGCGACAGAGCGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAGAAAAACAATTTCATTTTTCGTGTTCCTTACTAGTATATAGAAATATAGATAATTTTTTCTTCTATGATATTTATCTTAGAAATAAAAAAAAGAAATATAGGTAATTTTCATGTATTTACTTTGTGTCCTGTGACTTTGCTCAACTAAAATCCTTAGGATTTTCTACCTAGACAATCATATTATCTGTGAATAAAGACAGTTTTACTTTGTAATCTGAATGCATTTTCTTTCCTTCTTTTTCTTGTTTTATTGAACTAGCTAGTATCTTCAGTACAATGTTGAATATTAGTAGTGAGAGCAGACCTTTTTGCCTTATTCCTAACCTTACGGTGAAAAAAGTCTTGCAACAGAAAGTATGATGTTACCTGTAGGTTTCTCATAGGTGGTTTCTATCAGGTTGAAGAAGTTCCCCTTCTCCTTTTAATTTGCTGAAAGTTTTTTAAATCATGATTGGGTATTGAACTTCCTCAGGTGGATTTCTTGCATCTTTTGAGGTGATTATCTGGTTTTCCTTTTTTTAAGTCTGTTAAAATGGTGAAATACATTAATTTTTTCAAATGATTAACCTTCCATTCCTGGGATAAACCCTACTTTTTTCTGTATTTATTATTTTTTTGTGTTGCTGGATTTGGTTTGCTAATATTCTGCGAAGGTTTTTTGTTGTTGTTCTGTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTCGAGTGCAATGGCGCGATCTCGGCTCACTGTAACCTCCACCTTCCAGGTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCCTTCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCACCACCATGCCTGGGTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTGTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCACCCACCTCGCCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTGCCATGGCTGGCCCTATGAAGGTTTTGAGTGTCCCTGTTCAAGACATATTTATCTGTACTTTGTGACTGGTTTTGGTATCAGGGTAATGGTGACATTATAAAATTAGTTAATATTTCTTTTTCTTCTATTTGTATAATTTCTTTAACTATGATAGAATTTGTATAATTTCTTTAACTATGATAGAATTTGTATAATTTCTTTAACTATGATAGAATTTAACTATGATGGAATTTAATCCATCTGGGAATAGAGTTTTTGTGGGAGGGTTTTAAGCTATAAATGCTGTTTCTATGGCTATTTAGGTTATCTGTTTCTTCTAGAGTAAGCTTAATTAATCTTTCAAGAAGTTTGTCCATTTCATCTAAGTTGTTTAATTTATTGGCATGAGAGTCACAAGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTGGGTTTTAATTTGGATTTCCTTTTCTGGTTTTTTGCTTGTTTGTTTTTAGACAGGGTCTCCACTCAGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTAATCATGGCTCGCTGCAACCTCAACCTCCTGGGCTCAGGTGATCCTTAAACCTCAGTCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGATGTATGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTAATTTTTTGTAGAGACGGGGTCTTGCCATGTTGCCCAGGCTTATTTCGAACTCCTGGGCTCAGTCTGCCCACTTAGGCCTCCCAGAGTGCTGGCATTACAGGTATGGGCCATTGCACTTGGCCTTCCTTTTCTAGTTTCTTAATATAGAAGCTTAGGTTATAGATTATAGACTTTTTAAAAATTTTCTTATTGAAACATTTTAATACTACAAATGTCCCTTTAAGTACTGCTTTAGTTCCATCACAGAAATTTTGGTAAATTTTATTTTCATTTTCCTTTAAGTTCAAAATGTTTTGTGATTGCATGTGTCCTTTCTTCTTTGACCCATAGAGCTGTTT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Seq C2 exon
GGACGGAAGAAGTCTATAGTGGCTGTGGAGCCCAGGAGTCTTATTCAAGGAGCCTTTCAAGGCTGCTCAGTGTCCGGGATGACACTGAAATACATGTATGGGGTAAATGCTTGGAAGAACTGGGTTCAGTGGAAAAATGCCAAGGAAGAGCAGGGGGATCTAAAATGTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000146463:ENST00000314607:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.190
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains