BtaINT0164783 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021023 | ZMYM4
Description
zinc finger, MYM-type 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13055]
Coordinates
chr3:110926373-110935274:-
Coord C1 exon
chr3:110935123-110935274
Coord A exon
chr3:110926485-110935122
Coord C2 exon
chr3:110926373-110926484
Length
8638 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
TTCCATTTTTTCTCTTGTAGTAC
3' ss Score
8.7
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCGCTCTATCAAGCTGAAGGAAGATATTCTGTCCTGCACTTTTGCTGAGTTGAGTTTAGGCTTATGCCAGTTTATTCAAGAAGTGCGGAGACCAAATGGTGAAAAATATGATCCAGACAGTATCTTATACTTGTGCCTTGGAATTCAGCAG
Seq A exon
GTATGAAATCAGTTATGTAAACTATTGCATTTTTAATAATTCTGGTAGAACTTGTAAATTAAGCTGAGAAAGTATTGTATGTATTGTCTGTTTGGTATTGCTCCTATACTCTCTTCTTAATGAACCACTGATCCTGATTTAAAAGTCTGAGTCACGTAAAGCTTTTATAAGTTTAATTGAGACTGTTAGAGTAATAGAAATTGAAGTTGGTTCATTTTATTGCTAAATGGACAAAAAAGGCCTAATAGCAATTCACAAAAGAAGTGAGATAGGTGACTCTGTGTATATATGTATGAATTTACATGAATTTCGTAGTCTCATTTAAACTTTAAATTCACATTAGAATAGATATGTCAATATTTATCTATCACATTAGCAAAAATCAAAAATTATAATACTCATTGTTGATATGAGTTCTGTGAGATGGAGGTTCACCTTCATGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCACTTCAGTCATGTCCAACTCTGTGCGACCCCATAGACGGCAGCTTACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGAGAAAGTGAAGTCGCTTAGTCGTGTCCGACTCTTCGCAACCCCATAGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTAGGGTGCCATTGCCTTCTCCAAAATACATTATTAATTTATCTTGAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTAGCGACCCTGTGGATTTCGGCCCACCAGTCTCCTCCATCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTGCTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCTCACCTTCATAGTTGATGATAATTAGTACATAGTTTGTAAAAAGCAGTTTTGAGTGTATGGTTCAGGAATACTTTTGAATGTTCATATTATTTCACCAATGATTCATTTTTGGGGAATCTCTCAAAAGTCTGAAGTTCAGACATCATTGCCTAGAACTGGAGATCACCTCAGTGTCCACCAAAGTAAAGTATAGTATATTTATAAAGTTACATATTATGCCCCCAATAAAAATGGTTTACAAAGTGACTTCTGCTGCTGCTGCCGCTAAGTCGCTTTAGTCGTGTCCGACTTTGTGCGACCCCATAGATGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCTTGTCTGACCCTCAGTGACCCCATGGACTGCAGCCCACCAGGCTTCTCTGTCCACGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGGTGCCATTGCCTTCTCCAAAGTGACTTCTAGTAACATAAAAATCTTAATACTAAAGCATTAATGAGCAAAGTAAGAATGTATGTGTATCACTATATTTTAACATAGTGGTTTATAAGCCATTCACATAAATAACATACTAAAATGAAATATATGAAAAGTATTTATAGTGGTTATTATCTTGGAGTGATGGGACTCTGAATGTAATTGATTATTTTTTCTCTATTTGCCAAATTTTATTCCCTTTGTATTTCAGGGGGTATTATTTAGTCATTTATTTGTTGTTAAAGTTTCATTTTTTAATTATAAAAGTAGTATGGGCTCAGTTAACTGTTAAAACAGTAAACGAAGGCATAATAAGAAAAGTTAATCTGTCCATTCCCCACTCCCTGAGGTAATCAGTGTTTGCAGTATGATATGTGACCTGTATCTTCTTTTTTTGTAATTTTTATTGTAGTGTTGTTGACTTATCTCATTATCTTCTATGCAATATATGTTTATACATGTGTATAGATGTTTAACAGTTTTTTTTTGCTTAGTTTTTTCAAAATGGGGCCTATACTATACCCACTTTTTGTAGCTTACTATTCTCAATCTGTGTATCCCTTGAGATGAATATAAATCAAATTCCTTGCTTTAAAAAAGAAAGTCACATAATATTGCAGAATATGAACATAATATTTAGTCAGCCTTTCCTCTTTTATATATTCAGGAGTTTCTCCCTCCTCTTCTCTTACTCTTGCAAACCGTGCTTCAGTAAATATTTTGTTTGCAAACCTAATGAACTGGTGCTTTTATTTCTAGGTTAAAGTATATATTTTTCTAATTATAAGATATTTTCAGATTACTTTCCAGGATAATTATGGTAGCTTATGGTTTTACCAGCAGTGTGATGCCTGTTTCTTGAATCCTCTTTACCAGTCCTCTTTCTAATGTTTATTATTCTGATGGAATTTTTAAAAATGTTAACTTGTGGATCCAATATGTGTTTTTCCAATTTTGTGAAGTAAAATGTCTTTATGTTGGTCATTTGGATTTTTCCTCCTGATCTGTAGGGTCTCTCTTATATTAGGGATATTGATTCTAATATGAGATTAAATTTTTCTAGTGTATTTTTGTCTTTTGGTTTTTAGGTATGTTTTACTAAAGGTTTTCATTTTTATATAGTCCAGTATGGATATATTTCCCTTTGTAGTTCCTGTATTTTCCATGTTGCTTAGAATGGTCTTTGTACTTAAATATTTAAATTCTCTTCAATTTCTAAAATATTTGGAGTTTTTTAGATCGACATTGTTAATATATCTGAAATTCATTTTTATGCATGAAATAAGTATGTTGCTGATGAATAACATATCTGAAGTGTAGCTGGTTATGCAAGCAGCTACATGGAATCAAAATGGCACCTGTTACTTAATAAGTTTCCCTTATATTTTGATCCAGTTTCTAGGTGGTAAAATATATTTTTAAAAGTCACATATAAGAGGACTTCTATGGATTCTTTCAGCAAAATTTGAGAACCTTCTATGTGTGTCAACATGCATTTTGCTTAGGTAAAAATCGCAAAGATTCTGGACACACTTTGTTTGGAGTTTATAATATGAAGAATCTAAAGAACATTTCCTAATTTTATTAATACATATGTCAGGAAATAAGATGTTTTTAGTATTTATTAATAATCTAATGATATGAATATAATCAAAACATATGTACTCATTGCTAGGAATTTCAATAAAAAACGTTTGAGTACTTTACATGTAGACACTCTGCTATATGTATTCTATTTGTGAGGTGAATCATAAACCTGTTACGTTTTTTCCTAGTATATTTCTCGTTATTTGTTTATATTAATAAATGACTTTCTGTAACAATTCTATAGGTTAACAAATTCTCAGATGACTTATAGAAAGTAAGTAATTACAAACTTGTTAGCAATTTTGGCAAGAAATAAACTTTCGTTAACCTATAACTTATTCCTTATAGGGAATTTTAAAAGTTTACTTACGTTTACATCTCAAGTTTGTTTCCTTTTTTATTTTTTCCTCATTATAAACATATGGTTATGCTATAAAAGTTGGCATTATAAACATGGTTATGCTTAAAAGTTGGCTTAAAACTCACCATTCAGAAGACTAAGATCGTGGCATCCGGTCCCATCACTTCATGGAAGATAGACAGGGAAACAGTGAGAGTGAGTGATAGACTTCAGAGCACTGCAGATGGTGCCGCCACCATGAAGTTAAAAGACACTTGCTCCGTGGAAGAAAAGCTGTGACTACCTGGACAGCATTAAAAAGCAGCATATTACTTTGCCAACAAAGGTCCGTCTAGTCCAAGCTATGATTTTTCCAGTAGTCATGTATGGAGGTGAGAGTTGGACTATAAAGAAAGCTGAGCTCCAAAGAATTGATGCTTTTGAACTGTGGTTTTGGAGAAGACTCTTTTGAGAGTCCCTTGGACTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCACCCTAAAGGAAATCAGTCCTGAATATTCATTGGAAGGACTGCTGCTGAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCTCCTGATGCAAAGTACTGACTTATTGGAAAAGACCCTGTTGCTGGAGGAGAAGGAGACAACAGAGGATGAGATGGTTGGATGGCATCACCAACTCGATGGACATGAGTTTGAGTAAGCTCCGGGAGTTAGTAATAGACCGGGAAGCCTGGCGTGCTGCAGTCCATGGGGTCACAAAGAGTCAGACATGACTGAGCAACTGAACTGAACTGAACTGGTGCTAATTGTAAAGAGTTTTGAAAATACATAAGCATGTAAAACAACAGCTTTAATATCAATGCCTTGACCACCATTGTTAACGTTCTCTAGGAGGGGTAATTGGCAAAAGAAACAGTCAAGTAACAGAAGAAAATCAAAAGATTGCTAATAGATAAAATGTATCAGGAATATTTAACAATCATTTACTTTGTATGCCATATTTTAATATAAGCCCATTTCATATATTAACTTACATAATTGTTAGTGTACACTTATGATGTATAAGAACTAATATCATTTTCTGCTGAAGAATCTGAGGCACAGTGAGTTAAATAACTTGCCTAAGGTCTTAAAGGTAGTAAGTGGCAGGGCCAAGGTGTGAAGTGAACGCAGGTAGCTCAGCTTTAGGGTCCGTGTTATGATTACTGTGTCGGGCTGCCTCTCTAATATAAAATAGTGGTCAGCTGTAATCAGCGAAAATTTTCACCTATCAGATGGATTAAAAAACTTGAAAGATTGAGAAGTTTGATAATATTAAGTATTAGTGAAGACACGTGCACTGTTGGAGGCCTTTTCAGAGGGCAAGTTGACAGTGACTATTTTAAAACTTGAAGTGCATATAGATTGTTCAGTCTAGCAAATCTATTGATCAGTATCTTTCCCACAAAGAAATTACTACAATTACCTAGAAAAACACATAATAGTGTTTTCATTGTAATGTTTTTAACAGCAAAAAACTAGAAACCACCTTAGTGTTCATGAAATGATTCAATTAAATATAGTACATCCATACTATTAAATATCAAACAGTAGTTTTAAAGGAATGAATTGGTTCTGTAACTTCTATATGTTTTGACATGGAAAACTTTTGGAGAC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Seq C2 exon
TACCTGTTTGAAAATGGTAGAATAGATAACATTTTTACTGAGCCCTATTCCAGATTTATGATTGAACTTACCAAACTCTTGAAAATATGGGAACCTACAATACTTCCTAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021023:ENSBTAT00000027998:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF120123=DUF3504=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]