BtaINT0164789 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021023 | ZMYM4
Description
zinc finger, MYM-type 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13055]
Coordinates
chr3:110973932-110978687:-
Coord C1 exon
chr3:110978432-110978687
Coord A exon
chr3:110974107-110978431
Coord C2 exon
chr3:110973932-110974106
Length
4325 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTATAG
5' ss Score
-1.06
3' ss Seq
ATCTTTGTTGTCATTTTTAGAGA
3' ss Score
10.21
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCACAGTTGACTACTGGCTTTCAGCCTTCACTGGCGTCATCTGGCATGAATAAAATGCTTCCTTCAGTTCCAGCCACAGCTGTTCGAGTTTCCTGTTCTGGTTGTAAAAAAATCCTCCAGAAGGGGCAAACTGCTTATCAGAGGAAAGGGTCTACGCAGCTGTTCTGCTCTACATTGTGCCTCACTGGATATACAGTTCCACCTGCCCGCCCACCGCCTCCTCCCACTAAGAAAACTTGCTCAAGTTGCTCAAA
Seq A exon
GTATAGCAGAATTCTAAATTATCTTCTGTTTCCTTTCTTTCAAGATGCTTTGTTCTTATTTGTGCATTGTTTAATTTCTACCTTTCTGTGTTTTTTGAGAAATATCACACATTGTTTACTACAAACTTGTTGCTGCTGCTTTCCGTCTTTTAGGATGAGAGGTGCTCAGCTTTCTTTTAACTTTAATTAATGTGCATTTTATATAATAAGAGATACTTTTGAAACATATTTTAGCATCCCTGTTAGTTGAGATGCTTTATAAAACAAAAACTGCATAACTTAGAGTAATATGTGACCGAAGTATTTTATAACTGTAGGCAATAGACACTTAAGTCCAACAAATATTTAATGCTTGTGTGTATTTCTTGTTTACATAGTTGGAATTCATTTAATACTTTTCATATTAACTTTAATTAGATTCAAGTATATTTATTTTTACCTTCTCAGTATTTCTGAAGTATCTCAGAGGTTATAATTCAGTGTTTAACAACAAAAAATTATGACAGGATCATTTGAGGAATATGAACTAATTTTGCAGGGTGGTCATTAGACACTGTTTAAATAAGTCAGAAAAAGATGAATAATGCTTTTGTTCTGAAACAATTTGGCTTCTGTTATTAAGCTACTCAAACTATGATTTATTTGTATCAATACTTAGATCAATACAAGGATGTTGCCCTTTTCTGACTAGAAAGGGAAAAAGATGCTCCCTCTTCTAGTTCAGTTGGAAAAGGCATACAGAAAGAAACTTCTAAAAGAAATTTGAGTATGGTTAGATGTTCCAGAAGTTATATTTGCATTCCTTTAAGTTTCAAGTTAAATTTAGTAAAAGTAGACTTTATTTATACTGTTTGAATTATGAAATATGCTTTAAAAAATGATTACTTACAGACCACATATCTAATTATTGTATTTTAGTAAATTTATCATCTTTCTAAGGCTAATCAACCTGAGAATTAGACTTTTTATAAGGCTTTTTTCAGTTTCCTATTTTGCCATGAAATAATTTCATGTAATAACTTCCTTTTATGTTTCTTTATTTAATTCTTGAGCAGTCAGCACTTTCTAAAATTTCAGCGATTTCTCCTTTCATAATAATAGTCATAGATATTTATTGCAATGATTTATCAATGAATTTCAAAATGACCATAGGAAATTCATAGAAGTTAAAATGTGTGCCCTCTTTTTGTGTTTTTTAATTCTTATCCATACATGTTGCTCTTCTCATCTAAATTCACTGTATTTCTTTGAGCTCTGGTATTGACTTCCCATTATCTGGAGATGGTTATTTTTACCTGCATGTCATTCCTTAGTTTTGATCTTATGTAGTTTAATTATTTTTAAGATTACATTTTCTTCTTTTGTAATGTTTGGTCTTACCCATAAATTTCAACCTGTCATTCTTTGACTTTAAACTGTTCTACCTCTTCCTTCACTTACTCTGTTACCTTTTGTTAAATCCTTTGCTCTTTCCTTTACCCCTTTCTGGTCTTTTTTCAGGTACTCCTTGCCTGCTTATCACCTCAGTTTTTCTTTTTCATTTTCTGTCTTCATTTCCCCCTTTCTCTTATTACAGAGTACCTTTTTCACTCGTTTCTCAATCCTCAATCATTTTTATTAGTTTCGTTTTCCTTTGTATTCTGTTTCATTTCATTTTCTGAACTACTCTTTCATCTCCATTTCATCACTTTTCCTTTCTCTTTTTTTCTCTCTTGTTTACACAGTCATTACAACAGTGTGGAATAGTCTGGTTTTTCTGATTATAAAATTATTGATATGAATTGTGCCTTAAATATAAGGAAATTAGAGTCAAAGAAGTTAAGTGATTTACTCAGTGTCACGTTTTAACAGCTTGTTTTGGCACATTCATTTTCCCCCCTTATAGTCTATTTAGTCAAGTAGGTTTAATTTGTAATTCAGTCCCTGTAAGAAGGATTTTTACTTTAATTTGAATAGGTGGAGATAGAAAAGATTTCTTTTCCGATAAGCTTACTGCTATTTTTATGTTGTTGTTCAGTCGCTAAGTCATGTCCGACTCTGCAACCTCATAAACTGCAACCTGCCAGGCTTCCCTGTCCTTCACTATCTCCCAGAGTTTGCTCAGATTCATGTCCGTTGAGTTGAAGATGCTGTCTAACCATTTCATTTTCTGCTGCCCACTTCTCCTTTTGCCTTCAGTCTTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCAGTGAGTCAGCACTTCGCATTAGGTAGCCGCATCCCATGGATGGAGGAGCCTGGTAGGCTGCAGTCCATGGGACCGCTAAGAGTTGGACATGACTGAGCGACTTCACTTTCCATTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGATGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCATCTCTGGGGTTGCACAGAGTCGGACGTGACTGAAGTGACTTAGCAGCAGCAGACTGGTAGAAATAATAGCAGCAGCACTTGAAAGAAGCTACATCACTGTTTGGAGTAACAGTTTTATTTTTTAGTCTTTTATTAACCAAATCTCTTAGCATCTTGAATTTAACCTAAAGTCTGAATATATTTTGGCTAATCATTTAATCTTTAGATTTCATTAGTAATAAGGATGTAACAATTTATTTTAAAAAACTCAATTTCACATCCTACACTTTCTGATTTTTTTGACATTTACTTCGTGTTTTAAGTATATAGAGAAACAAACATTACTAGAGTAAGTTGAGATTTTAATCCAAAAAATAGGCAGATATGAAAAACATTTTTCACATTCTCCCACATATCCTGTCTTCATTTTTGCCTCTGTCTTTGCTTTTGTCATCAAATTCAACATTTAAAAGAGATAATTTGGATAAGGATACTTGTCTTAATTAATACCCATAGATCAGTTTTCTAGATATAATAGTACTCAGAGAAGTAACTGTTTCAGGATTGTCTGTACCATTTCTGAATTTTTGCTATCTGAAATGATGTTGCTCATTCTCATTCTGACATAAGATGTAATCTGTATCAATAAAATGTAATGCAGCTGGATGTTAAACATACTAAGAGCTGGGAGAAGTAGCTGTTTTTATGCTTCTGTTGCCTCAATCCATGCTGTTCCCCAACTCTTATCTCCTTAGCCTTCTAGAAAACACCTATTTAAGGTTCAGATAAAATATCATAATTTTCATGTCACATCTTGTCTAATATTTCAGTAGTACATTTTATGTATATAAATATATTTGTCAAAATTATTATACTATTTTAAGAATACTTGTTACAGTATTTAATATATCATTTATGTGCTTGTCTCAGTATACAAGCTCCTTGAGTGCTTGTACCATTACTTCGCCTAGGGTTGGGCTAGTCCCTGACTCAATATAACTGCTCATTAAATACCCTTATAAATGAAATATAATAAATTAAAACCTAATTAAAAATAGCTATAAAAGATGAGAAAATGCAGATAATAGAGCAGTGTTAAGCTTCTGAGTATTGAAGATGAGGTGTGGTGTTACGAATTACAGTATTGTGATGAATCCCACTGTGTTCACTGTTTTCCTGTATTGAAGCAGGGGTATTTGTAATCTTTTCTAAAAAATACTATATTAGTGTAATCTGTTGAAAATGTAAGAATGAATATAACAGTTTATTTATTATTATGTGAGTGTATACTCATGGGACAGAGACATTGTTTAAAGAATTACTGGTTTTTAAAATGGTTTGCACTTAAACTATCTCATAAACTTCTATGCAGTAAGACTGATTTGGGAGTGGGATAAAGGGTGGAAAGGTAGGGAGTCTTAATTATCACAGTTTTAACCTTCATTGTCTTTTACTAATGCTTACAGATCGAATCACTTAGATATGAAAATGTTCAATTCAATATAATCTTGATAGAATATGCACTGTGTAGTTTTAAATGTATTCTTACTTTTAAAAGATAGTGACTTCAAATTTTTCAAATGTAATGTTATTTGAAGAGTATTTTGAACATACAGGAGACCTGAATAAAGAAAATGAGAATCTCCTATAATTCTTCCTCCTAGAGATAGTAAATGATAAGTATTTATCTTAAAACATAGTATACTGATCCTCACAACAGTTCTATGAACTAAGCTATGTATTCATTTCATTTTATACAACAGAGTTTGAGGATCAAAGAGATTTATCAGTTTATTCAAGAAAACCCAGGTTTCAGGTTTAAATTTCCATGCCCTTTCCCTACACTTTTAATTGCCCTTGTTTCATTTGATATTTCTAGTTGACAAAAAGGAAAAAAATGAATTATGTTGTGGCTTATTTTATCTTTGTTGTCATTTTTAG
Seq C2 exon
AGACATTTTAAATCCAAAGGATGTGATCAGTGCCCAGTTTGAAAATACCACCACTAGTAAAGATTTTTGTAGTCAGTCGTGTTTGTCAACATATGAACTGAAAAGAAAACCTGTTGTTACCATAAATACAAATAGCATTTCAACTAAATGCAGCATGTGTCAGAAGAATGCTGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021023:ENSBTAT00000027998:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.279 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=WD(100=47.7),PF064679=zf-FCS=PU(28.9=15.1)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PD(68.9=52.5),PF064679=zf-FCS=PU(40.0=27.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]