HsaINT0186048 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000146463 | ZMYM4
Description
zinc finger MYM-type containing 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13055]
Coordinates
chr1:35370372-35381433:+
Coord C1 exon
chr1:35370372-35370627
Coord A exon
chr1:35370628-35381258
Coord C2 exon
chr1:35381259-35381433
Length
10631 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTATAG
5' ss Score
-1.06
3' ss Seq
TATTTTTTTCTTATTTTTAGAGA
3' ss Score
9.11
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCACAGTTGACTACTGGCTTTCAGCCCTCACTGGCGTCATCTGGCATGAATAAAATGCTTCCTTCAGTTCCAGCCACAGCTGTTCGAGTTTCCTGTTCTGGTTGTAAAAAAATCCTCCAGAAGGGGCAAACTGCTTATCAGAGGAAAGGGTCTACTCAGCTATTCTGCTCCACACTGTGCCTCACTGGATATACAGTTCCACCTGCCCGCCCACCGCCTCCTCTCACCAAGAAAACTTGTTCAAGTTGCTCAAA
Seq A exon
GTATAGCAGAATTCTAAATTATCTTTTTTGTTTCTTTCCTTTCTCTTAACATACTTTGTTCTTAGGTCATGTATTACATTTGATATTCTACATTTATTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAAATACCACATTATTTTCTGTCTGCTTTCAGTTGTTGCTTTTCAGTCTTCCAGGTGCTAGGTGCTCAGCTTGTTTTTTAGCTTTCAATAATGTTACTTTTATGTATTGTTTTTGAAACCAGCTCTCCCATCCTTGTTAGTTGAAGTGCCTGATATAACAAAAAGTGCACATTTAGGGATATTGTATTACAGCAGTATTTTATAACTATAGGCAATAGATATTTAAATCCAACAAATATTTTAAGTTATATTTCCTGTTATGTAATTTGAATTTCTTTAATACTTTTCTTCTTAACCTTAAATGGCTTCCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCACATTTATTTATTTATTTATTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCGGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTTCTATGTTTTAGTAGAGACGGGCTTTCTCTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACCGCGCTTGGCCTATATTTTTATTTTCTCAATGTCTCTGAACTACCACATTGTGTCCATTGGAATGTTTAATAACAAAAAAGGGGTATGATCTTATGACTGTAATAAGGTCATCCTGATATATTTGAGGAATACACAATAACTTTGACTAATTTTATGATTGTTAGAAACAGTTTAAGTCAGAAAAAGAGGAATAATGCTCTTGTTCTGAAACACTCTATCAGGCTACTCAAACCATGATTCATTTATTACTTTAGGCGGTAATGTTTATAGTTCCTCACACAGATGCTGCACTTTGTCTGCCCGGAGAGGAGAAAAAGATACTCCTCCTCCTAGTTCAGTTAGATAAGAGATGTTTAAAAGAAATTTAAATATGGTTAGAAGTTTTTCTGGAAGTTACTGATATGCACATCGTTTATGCTTCATTTTTTTGAAATGACCGACAGGGTAAATTTTGGTTATATTTGAGGCAGCTTAAATATATACTGTAATTTATATATACAAATGTAGATTAGACTTCAGTTTTCTTTGGAATCTCTATTTTTATTGTAAAATTGCCGCTATTTAAAAGAACAATAGAAACTTCTGCAACTTTTTGTTTTGGGACTATCTTTCAAGCTAATTACACATTCTTTTGAATAGCTTCTGTGCTATCAAATTTTTATCTCCTGAGTGCTTATTTACTGTTCACATGTGGCTAAAAGCCATTTAGAACCATGTATATTGATTAAAGTGCAGATTAAGATATTTTATATCAATTTTTGTTCAAAAATGAAATTTGATTATATAAGATTGGTGCTTTTGTGACTTTCAATGCCTTTTGTGAAGGAATTTATAAAAGGGAATTTAAAAAATATATCTTTGAGTTATGTTGTCATTGTTAGAATAATAATTATACCAGGGCTATTTTGAGTGATAGATTTTGGCTTATTTCTTTAAAAATTTATTTCATTAGAACATAAACCATGAGGAAGTAGTTGGGAAAGGTGTCAGGGAATGTTGGTTAAAGGATACAAAATTTTTTAGTTAGAAAGAATTGAAGATGTATTGTACAATATGGTGACTGTAGTTAATGATACATTGTATTCTTGAAAAATGGTGAGAATAGATATAAAATGTTCTCACCACAAAAATGGTAACCAAGGAAAGCATATATTAATTAGCTAGATTTAGGCATCGCACAGTGTGTATGTGTATACACACACAGACACACACACACAGGTTGAGTGTCTCTTACCTTCAATGCTTGGGACCAGAGGTGTTTCAGATTTTGGATTTTTAAAAAGGTTTTGGGATATTTGCATTATATCTACTAACTGATTGAGCATTTCTAATCTGAAAATCTGAAATTTAATGCTCCAATGAGCATTTCCTTTAAACATCATGTTGGCGCTCAAAAAGTTTCAGATACTGGGAGCATTTTGGATTTCTGGATTAGGGATACTCAGCCTGTTCTTTAAAATATGATGTTGTGGCTGGGCGTGGTGGCTTGCGCCGGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTAAGGCAGGTGGATCACTAGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCTCCATCTCTGGTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCCTGGTGGCACATGCCCATAATCCCAGCTACTCAGATGGCTGAGGCACAAGAAACACTTGACCCTGGGAGGTAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCACCAATGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGTGAGACTCTATCTCAAAAAAAAAGAAAGAAAATTATGTTGTACACATAGTAAATACATATAATTTATGTCAGTATAAATAAATATATATATATGCATATATATATATATACACACACACCCACACCCCCCACAAGGGTAGGAACTTTGTGTATCTACTTCAATATACCCAGCACAGTAAATGCTTAATAAGTATTTGTTGAATGGGAGAATTAATGATCTTAACTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTGAGACCGAGTCTCGCCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAGTCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTTAACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCATCCGCCACCATGCACAGCTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGCGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCCTGATCCACCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCCTGCACGGCTAATTTTTTATATGTTTAGTAGAGGCAGAGTTTCACTGTGTTAGCCAGGTTGGTCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCCACCCGCCTCAATCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCAGCCCAATGATCCTAACTTCTAAAAAAGCTATACTTACTACTTTATAGTTATAACTTATGTAGTAAAATTATTTAGTAAAAAGAGACTTTATACTGCTTGAATTGTAAAATGTACTTTTAAAAATGAGTACTTAGGTATATATCCTGTCTCTAATTTCTGTATTCCAGTATGTTCATCATGGGATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAAGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCGGGGTTCAAGTGATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACTATGCCCAGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAAACTCCCGACCTCAGATGACCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCCGGCACTCATCATGGGATTGTAAGACTTAAATCAGTTTGAAGATTTTAATTTTTATAGTTTTTTTTCTGTTTATTTTGCCATGAAATCATTCACATAATAACTTCATGTTTCTTTATTTAATTCTTACTCTAGGGATCAACAGTCTTTAAAATTTCAGTGATATTTATCCTTTTATAATCATAGCTATAGGCTGGGCATGGTGGCATGCACTTGTAGTCCCACCTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCTCAGGAGTCTGAGACTCAGCCTGGGCAACATAGTGAGACCTGGTCCCCCCCAGCTCCTAAAAAAAGTCAGCCACATCTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGTCAGTCATAGATTTTTTTTTTTAAAGATTTATCAGTTATTTTCAAAATGGCTATGGAAAACACGTAAGTTTTAAAATATGCCCTCTTTCTCGTTTTAAAAAATTATTACTATTGTCCATACATGTTACTCTTTTCATCTAGATTTATCATGTTTCTTTGGCCTCCAGTCTCTGGTGTTTGCCTAAGCTTTATTAGAGACAGGTCATTTCTACCTATGTGTCATTTTATCTATGTCTTGATCTTATGTAATTCAATTGCTCTTTAAGATTATGTTCTCTTCTCATGTTTGGTTTATCCATTATCCAAATTTTCCATTTCTTTAACCTGTTATCCCTTGACTCTTTACAGTTCTACCTTTTTATTCACTTAGTCTTTTACCCTTTTTTTATTCGTTCACCCCTTTTTGTTGTTTCAGGTACTCCTTACTTATCTCCTTAGCCTTTTCTTCTTCATCTTCTTTCTTACTTTTCTCCTACTTCTCATTTTACATAATACTTACTTTTTGCTTCAGTCTTCAACCATTGTCAATCTTGTTTTTCCTTATATTCCATTTTACTTTCTGAACTACTCTTTAATCTCCTGTTCAACACTACCTTTCCTTCTTTTTTATCCCCTCTTATTTACACGGTGATTACAACAGTTTGGTATAGTCTGATTTATCTGATTGTAAAATTGATGAGTTGGATGTACCAAAAATATAAGGAAGCTAAATTCAAAGAAGGTAAAAGATTTGCTTGTGTCACCTAGCTGGTTAATTTTGGCATATGCATTGTTTCTCTACATAGTCTATGTAGTCAAACAGGTTTCATTTAGAAATCATTCCCCATAAGAAGGGTTTCAATTTGATTTGAACAGGCAGAGATGGAAAAAATTTCCTCTCTGATAACTACTGCTACTGTTGTATACCAGTAGAAATATAACAGCAGCACTTAGGTTAGAA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Seq C2 exon
AGACATTTTAAATCCAAAGGATGTGATCAGTGCCCAGTTTGAAAACACCACCACTAGTAAAGATTTTTGCAGTCAGTCATGTTTGTCAACATATGAACTGAAAAAAAAACCTATTGTTACCATAAATACAAATAGTATTTCAACCAAATGCAGCATGTGTCAGAAGAATGCTGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000146463:ENST00000314607:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.181 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=WD(100=47.7),PF064679=zf-FCS=PU(28.9=15.1)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PD(68.9=52.5),PF064679=zf-FCS=PU(40.0=27.1)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains