RnoINT0169182 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000012397 | Zmym4
Description
zinc finger MYM-type containing 4 [Source:RGD Symbol;Acc:1309545]
Coordinates
chr5:144924644-144932199:-
Coord C1 exon
chr5:144931944-144932199
Coord A exon
chr5:144924819-144931943
Coord C2 exon
chr5:144924644-144924818
Length
7125 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTATAG
5' ss Score
-1.06
3' ss Seq
TATCTCTGTTGTCATTTTAGAGA
3' ss Score
8.45
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCACAGTTGACTACTGGCTTTCAGCCTTCTCTGGCATCACCTGGCATGAATAAAATGCTTCCTGCAGTTCCAGCCACAGCTATTCGAGTTTCCTGCTCTGGTTGTAAAAAAATCCTCCAGAAGGGACAGACGGCTTATCAGAGGAAAGGGTCAACTCAGCTTTTCTGCTCCACCCTGTGCCTCACGGGATACACAGTGCCACCTGCCCGCCCACCGCCGCCTCTCACCAAGAAGACTTGTTCCAGTTGCTCAAA
Seq A exon
GTATAGCAGAGTTCTAAATTATCTTTTGTTTCTTTATTTTTCTTAATACTTGTTTCTTGACATGTGTGTTGTTATTATTGCATTTCAATTTTGCTGTAGGTTTTTCTTGTTAACAACAACAACAAAAAAACCTAAAACAACAACAGCAGCAACAATACAACTTACTCAGTGCCGCCATGCTGCTGCTTCCTGCTCTTCTGGGAAGCACTCAATCTCTTTCGCTCAACAAGTGATTTTTAAACCAGTCTTTTCATCATCTTTAGTGAAGATTTCTTACATTCTAGTATTCTAGCACTGAAGCACTTTTTCAAGGGTTTTCTATGTAGCACTGGCTGTCCTGTAATTTACTGTGTGTACCAGACTGACCTTGAACTCATCTAGATCATCCTGCCTCTGCCTTCTGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCACCACTGCCATCTGGCTCTGCGTGTATATCTCTGTACCGGATGTGTGCTTGGTGCCCTCATAGGTCAGAAGAGAGAGTATAACTGGAATAGCAGACCATTGTGAGCTGCCATTGAATTGAAATCAGCTTCCTCGGGAAGAACAGCCAGTGCTTTTAATCTCTACGCTATCTCCCCAGTCCTTATGCATATCTGTTTGTGTTCATTTCTCAGGAATAACAGAAAGAGTTAAATTCAGTTCTCTTGCAATGTAAATTACTGTATTTCATGTATCCCAGTGTAGATTAGACTTTAGTTTCCTTCAGGAGTTCTTCTCTTTATTTGTAACCTTGCTATTCCTTAAACGAAAAGACACAAATACCACAGTGCTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGTTTGGGGATTTTCTTTTAAGGTTATCCAGTTTTAGAATCACAAACACAAAAATCTAACATTTAAAAACTTTTTAGCAATAAAATAATACAAAATTTTTTGAATTTGAGCATTCCAAGATTTTCAGATCAGGGATGCTTAGTTAGTAAAATCTGTGCATGGATTCCAAAATTTGGGGGTGGGGGGGGGGAGTGAAAATTGAAACAATTGTACTGAGGATTTAAGAAAGGGTGTATTTAGTTTGGAGCAGTTAGTGTGTGAGCTTTCTGCTACTAAAGTTTGATGTAGTGGATGTTTCTCTAATGTCTGTGTGTGGCTGAAAGTGATATAGAGTTGTGGGTGTTGGTTAAGAACTAGATTAGGAAATTTCATCTAGTTCTGTTCAGAGTTAAAATTAATTTAATAATAATAATGGTGTTTTGGTAACTTAGAAGTTAAGAATAAACTCAAGAAACCTATTTAAAAATGTAATGCCTGTAGCTAGTATATTTAAAAATTCTAAGTTACAAAGCCAGGTATGTGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCTTGAGTTTGATTCCCAGCAACCATATGGTGGCTCACAACCATTGTAATGGGATCCGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTATATACATATAATAAATAAATGAATCTTGGAAAAAAAATAGGCAGGGGTGGTAATGTACACCTGTGAAGCAGAGGCAGGCTTCAGTAGGAAGCTCTGAGTTAGGAGGTTCACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCTAGGGCTGCACGGAGAAACCTTCTTGGGGTGGGGGTAGGGTGGGGAACTAAACCAAAGGACACCCTCCCCGGCCCCTGCAAAGAGTTTATATAAAGTATTCTTATAACAAAAAGTGACAACTGAGTAATATGTTGATCACTTTAGCATTTCACCATGAAGATATATTTTAAAGCATCATATACAGTGAATATGCAGTATTAACCTGTCAGTATTAAATAAAAATAATGTAGCAGTGTTTACTTTGTTAGGTTTACAACTAATAGTCTAGTGGATACCTAATATTATTGAGTGAATTATTTAATGACCTTAAGTTTAGAGAAAAGCTATTAGTATTATAGTTATGCCTTCGGTAAGGTGACTGTTAAATTGACTTTCCCTTATTATTTCTGGCTAAATTAATTTACCCAAAGCAGAGTTCTTTATTTCTGTCATTGTGTGGTGTTAAAAACGAATACTCAGATGTACTGTCAAAACTTTTATATTCTAGTACGTGCACTGTTAGGTTATTTTATGATTGAGTTAGATTGAAGACTGTAATTATTTTAACTTTCTTGTGTGCTGTTTTATTATGAAATAGTTTGATTGGTTTCTGTAATAGCTTTACTTGTTCATCTTTAACCATCTTCGGGATCAGTAATTTCCAATATATCAATGATACATTTTTTCCTATGAGAACCATAGATACTTCTAAAAAGATTTACCATTTATTTTTAACAATATAAACACATAATTGTACAGAAGTGTATCACCTTTTATGCATATATTTTAGTACTTATTCAGATAGGGGAGGTCATGTGTGTGCATGTGTACATATGTGTACTGGTATATGTGCATATATGCACATGGATTGAAAGACAGGATAACCTGATCCTCAGGAATCTCAGGAATGCTATATGCCTTCTTCAAGACAGGGCATCACTGATTTATTGACTTGAACTTAGCACGTATTCTAGTTGACAGGATTTGCCTTAGGCATCCTCCTGTCTCTCTCAGGGACCCTCCTGTCTGGTCTTTTCTAGCATTGGTATTGCAAGTGTTTATCACCATGCCTGGTTTTTTTATTTGGGTTCTAGGTATTTGAACATAGGTCCTCATGCTTTCAAGGTTATGCTTTTACTGGCTGAACTATTGCCCCAGCTACACCTTTTGAATGGATGGATATATCTATATTTATATCTATATTTTTTACATTTTATACATGTTAATTTTATCTACATTTCTTATATTTCTCTTTTCTTTGGTGGTTATTACTGAGGTATCTGAAGACCGATTATTTTTCATTACATGTCAGGAATAACTGTTTGAGGGGCTGGAGTGGTCACTCAGTAGTCAGGGACACTTGCTCTTGCAGAGACCCCTGCTTTAGTTCTGAGGACCCACATGATGAATCATAGCCATTTGTAACTTCAGTTCCTGGGAATCCAGTGCTTTCCTGCTTCCTAAGGCACCAGGCATGCATATAGTGTACAAACGTACACGGAAACAGATGTTCCTATACATAAATTAAGATAAATAAATCTTTAAAAGAATACCTGAAATACAATGTTTGTGTTTTTTCTTTATCCATCAAGGTTTCCAGTTTTACCTGTTCTCACTCTTTTATCCCCTCATTCATTTATTCTTTTAATCCATTTTTATTCTTTACTCCTCTGTTTCCCTCTTTCTGTTACTTTGTAGCAATGTTTATTTACCTGCTTGTCTCCTCAGACTTTCTCATTTTTTTAAAATTTTGTAATTATATTTATGTACAGAAAACTTAGTGTACATTTATCCCAGCTTAGTGGCAAATTCTTTAGCCTTCACCTTCTCCAGCTTGGCAATGCGAGCCACAGACTTAGGACCCAGGACATTGCCTCCCCAATGGCAGCGGATCTCGTCATATCTGTCATCATAATTGGTCCTAATAGCTTCCACCAGCTTAGCCAGTGCACCCTTGTCTTTCGAGTTAACCTGTGTGAAGGCAACAGTGGTGCACGTCTTCCTGTGGACCAGGCGCCCCAGCCTGGCCTTTCCCCTGATGATGCAGTAGGGCACCCCCATCTTTCGACACAGGGCAGGCAGGAAAACCACCAGCTCAATGGGGTCTACATCATGGGCAGTCACCACCAGTTGAGCCTTCTTGTTCTCCACCAAAGTGGTGACTGTATTGACCCCTGCTCGGAGGACAGGTGGTCTCTCAGTTGGGACGTCCCCTTTACCAGCAGCTTTCTTCTCAGCATGGGCCAGCAGCCTTTGCTTCTTCTCCTGCTTTGTCTCTGGCCTGTACTTGTGGGCGAGCTTAAGCAGCTGAGTCACTGTTTGCCTGACCAGGGCCTGGAGGAACTGGTTGATGGCAGGAGGTACTTTGACCTGCTTATAGAGGATGGCTCTTTGCCACTGCAGCCTGATGTAGTGGGGCCATTTGACGAAGCGTGTGAGATCTCTTTTGGGCTGGATGTCCTGCCCAATGCCGAAGTTCTTAGACCTTTTCTCAAACAAAGGATTGACCACATTTTTGGTCTCCTGTTTCTTGACCACGGCGGGGGCTGGGGCCACCTTCTTCCCCTTGGCCTTCTTTCCTTTGGGCATCTTGCTGGGCTGGAGGAGAGAGGGCTTTCTCATTTTTATGTCTTCTTTTTCTCTCATTTTTCATTATACTTGATTTTTTTTACCTGGTTTTGCTTTATTGAAAAGCTTTCATTTCTTATTTGCCACTTGCCCTTCTTGCCCATTCTCTGCTAATGTACATATTTATTAGAACAGTAATGCCACCTTTTCTGCAGGGTCTCTGAGCCTTAGATTTAGGGATTGTGTTGTAGATGTATCACTTGGTACTGGACATCATCCAGTCTCTTGTCCCCAGTGCCAAGAGTTGTTTTCCTCTTGGTCCACTTAGAGCCTTTAAGTCCAATTAGAAAGCTGACGGTTGCCACCAATGCCTGCGTAGTGCACCCTTAGGGTTATCATGCTGAGCATACTTTTTTCTTCTTTTTTTTAGGATTTGGGGACTGAACCCAGAGCCTTGTGCTTGCTAGGCAAATGCTCTACTACTGAGCTAAATCCCCAACCCGCTGAGCATATTTTTATCATCATTGAACATCTCGTTCTTTTTAATAGGAGGGACGTACATGTTTTAAATGGTTTCAAATCCTATATAAAATACATAATTTAGGAGTATAATTTTGTTATTTCTGTTAGATCACATTCTTATTACATTAAAAGAATTTTTAAATTTTCCTGTAGCTTTTCTGATTATATGCTAACAGAAATGTAATTGTTTCCTCTTATTCTGCCATGAGATACAATTTAATTGGTGTATAAATTTATTGAGATCAATGAGGAATGTTGCTTCCATTGCCTTGATCTATGTTGGGAACCTAATCCTTGGGGATTCATTCTTCTCTGTCTTCATTACTGATGCTTACATATTGCATTTTTAGATGTGGACATCTAGATTTTATATAGTGATGCTTAAATATGTATCACATAGGACTGAGTAAATAACTTATTTATAAATATAGTTGCCTTGGGTGTGGGGATTTAGCTCAGTTGATAGAGCGCTTGCCTAACAGCGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCAAAAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAAAAAAGGTTGCCTTTTGAGGATGTGAGTTCAAGTCCTCAGTACTGGGAACGTGAAGACCTGTAGCTCAATGGGCAGCCAGTCTAGTTGAATCTTTGAATTCCTGGATCAGTGAGAGACCACTGTCTTAGGGTTAAAGATGGTTCAGTGAGTAAAGACTTCGTACCTAAATTCGTTCTAGAAGCCACAAGTTGTCCTCTGACATACAGACATACAGACACGTGAAATAGAAAAATATAAACATAAATAGAAAAAAGGCAGGATCAGCACACACGGGACATACACTGAGAGTTCCACATATAATGTTGAAAAGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCCAGCCCGTTTTTTGTTTTTTTTTTTACTTTTATTTATTTACTCTCCATTAGTTTAAATCCGGGATGGGTACAGCATCACACGGATTCTGTGTCCAATGGCCTTGCAGGAAGGTTGCTTCGGAATTTGGCACGAACCATGCCACTGTTTCCATGAGCCCGAGTTACTTTCCCCCAGATCACTCTGGTTTTGTTTGGTTTGCCTCCAGGAGTCACTGTATTGTTTTTTGCTTTTGTCACATAAGCACACCTCTTGCCTAAGTAGAACTCAGTTTCACCTCGGGCATAAACACCTTCAAGTTTAAGAAGAACCGTATGTCCTCTTTGGTTCCGGAGGCCTCACTTATAGCCAGCAAAAATGGCCTTGCACCACAGCCTTCCAGACATACTGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTTTTAGAAGTCCTGTTCCCAGCAGGCCTCCAAAGACGCCAAGATGGCGGAAAGAGCTGAAAAAGTTTTATATGTAATTTGAAAATACACTTTGAAATATGGGATAGTTTTAAAGAAGAAAATAAAAATCTTCAGTGTCATCTACAATGAATGCTTCCCCTTTCATCCCATCTTTCCACTCTTTCCAATTGGGGTCAAAACCAAGCCTAGTCCTAAACTCCCTCTGTGCCTCGTGTAGCCCAAGTCTAGGCTTGAATGTGCAGTCTTTCTGCCTCAGCCTCCTGAATATGATAACTGGCAAGAACCACCAGGCATGGCTCCATTCAACATATTTTTTAATTTTAAAAACATTATTGTTTTGATACGTGTAGTAGGTGAGAGAACTCAGACTTCACAGTTTAAGTTCCAGGCGGAGGAATTGGCTCAGTGAGTGCTGTGCAGATCCTCCGTGTTGGTGGGAAGCTGTTTGGGCAGCAGGGTTTTCCAGCCTCAGTGCTACAGGGTGGTTGCGGTGCTGATCTGTAGAGCTTGCTGGCAGTCTGTGAGTTCAAAACTGAGAAAGTAAGTGGAAATGGACTGAAGAAGACAGCAAACATAGACATAAAGGACTGGTCTCCACGTGCACAGTATCAGATTGCATGCGTGTGCGTGCGCAGACCCACACACACAACACATATACACCATGGATGTATACATGTATACCCACAATTTTAAGTTATGCCCTTGGGGGCTGGAGAGATTTAGCGGTTGAGAGCATTGATTAGTCTTTCAGAGAACCCAGCTTTCATTCCTAGGACTCTTGAGGTAGCTTACAGCTGGCTAATTCCAGTTCAACTCCCTTTTCTGTTCCTTGAATGGAAACCCAAGTGGTGTGGTACACAGGCATTCATGTATGCAAAGCACTCATATACATAAAATTAAAAGTGTATTAATTTAAAAAAGTTGCAATGCCCTTTATTGTAAGCTTGGTTTTATTTGGTTGCTCTAACACACCAAGAGGGTGGTAAATGTAATATTCTGTGACTTATTTTATCTCTGTTGTCATTTTAG
Seq C2 exon
AGACATTTTAAATCCAAAGGATGTGATCAGTGCCCAATTTGAAAATAGCACCACCAGTAAGGATTTTTGCAGTCAGTCATGCTTGTCAACATATGAACTGAAAAAAAAGCCCATTGTTACCATAAATACAAATAGCATTTCAACCAAGTGCAGCATGTGTCAGAAGAACGCTGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000012397:ENSRNOT00000016992:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.198 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=WD(100=47.7),PF064679=zf-FCS=PU(28.9=15.1)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PD(68.9=52.5),PF064679=zf-FCS=PU(40.0=27.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]