DreINT0181048 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000035823 | zmym4
Description
zinc finger, MYM-type 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-5459]
Coordinates
chr19:40489930-40493725:+
Coord C1 exon
chr19:40489930-40490104
Coord A exon
chr19:40490105-40493595
Coord C2 exon
chr19:40493596-40493725
Length
3491 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGC
5' ss Score
7.47
3' ss Seq
ACATTTTTTTTTTCCCACAGAGA
3' ss Score
11.77
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCAGCCAATCCGGTCGGTGTGGTTTGCACAGGGTGTAATAAAATCCTGCTGAAGGGACAGACGGCTTTCCAGCGCAAAGGCTGTCCTAAACTCTTCTGCTCACCTCAATGTCTCTGTAGCAACTCCAATGTGGTGGTCAAGATGCCTCCCAAGAAATGTCACTTCTGCCTCAA
Seq A exon
GTAAGCTTACAGGCCTTGACTTCAAATATTGTGTAAATTATGTGCTCAGATTGACTTCCAGGAATGTAAGTAATAGGGGTGTAACGATTTATCGTTGTACGATTTATTGCGATGCAAAAATGTCACAATAAGCATCGTGGCGTTATGACGATTTGATTACGATATGACATCCGTTTTCTCTTATTAGTTGAGCTGTTTGCACGTGAGCTACGTTCCACCTGCTGTCGCACGTGAGTTCAGATTGCAGCAGCAGTAATGTTAGCAGACCAAGATGAGTGGAGCTGAAATAGAGGATGGCCCATCATCTCAAAATCAGACGTCTGGCAACATTTCGGTTGTACAGTTAGACTCGTCCGCTTTTTGACACGCATACTGGGTCAAACATCCTAAGTTTAAAAGTCTTCACAGTGATTTACATACTTTGCACATGAGACATGGATACCTCCTAATGGTGTTGAAAGAGTCACATACTGTATTTATAAGGTACAATTCACCCTAAAATATCATTCTGTCTTCATATAATGATGTATTTGCGGCCGCAAAATCACACATGACGTGAGCTGACCGTGAGCTGTTACTACAGAGGGCGGACTAGACGCGCGCGTATGGCAAGCCGTTTTAGCATTTAAACCTTTGTTCTGACTCTCCATAAATATATTTAGAGATATCTCTAATTATATTTTGACTAGTCATAATTATAATTCGACTAGTCAGAATGACAATTAGAGATATCTGCAATTACAGTTGTACTAGTACGAAATCAGATTGGAGATATCTGCAAATATATTATGACTAGTCATATTCCTCCATTGACTTCCATTGAAAAATATTTGCAGATATCTCTAAATGAGTTTTGACTAGTCACAATTGTAATTAGAGATATCCCTAAATGAATTTAATTAAATATGAATTAAATACCTGGAAATGTGGATTTTTTTTTGCACACAAAAAAACGCAAGTGACCAAGCAAAGCCTTAAGCTCTTACTGTTAAATTCAATTGAATAGAAAGCTTTTTTTTTGCACCTTTACTTAAATTGTTCCTTAATTTTGTCTCTGTCATTTCAATAATATTTTTTAGGAAGTTTTTAAATTGTTTTATTTTCCAGAGACAGGCCTGTTTAATTTATTTTCTTAAAGAAGGTTCAGTTTAACAAGTTGAAATAAAAGTAATACATAAAAAATAGTTTTCTTGGTAAAATTTGCATTTCAGTTTAATTTTCAATTTTTATTCCAAATATGGTGATACAGATCGAATCGTGAACATTATATCGTGATACACATCTTATCGTTAGCTGAGTGTATCGTAACACCCCTAGTAAGTAACATGCAAGCCAACATCAATATCAAGCCTTTCTCAGCATAAAACACAATTTATTAAAATGTGACATTTTTAAAGACTGCTAAACAAGATTTCCATTAGTGGTGTAACGGATCACAAATCTCACGGCTCAGATCACACTATGGTTTTTTAATCACAGATTGGACCATTTTTTAGATTAGCCAAAAATAGGAGACATGTCATTTGCTTTCCATTTATTACAGAAACAGTGCTGTAGGAGACATTTGGATTTAACAAACAGAACTTAGAAGATGTAATTTTAATAAAAATAAAATGAAGAAGTAATCAGCTCTAAAAATAAATAGTAAAATATTCAGAACTGTGAAAAATGCATTCTTACTACTACTGTTGTTAATAACGCTAAATGTAGAAATCCAACATAATTTGTGCAACTCATTATTAAGCCTCAAGTCTAGGGGAAAACAGCATGGGCATAATAAACGGGAAAACAAATTTGTTTGATTTCCCAAACAAAACAAAAACTTGATGCAAAAAATACCCCTCGGTCGGCAATCAAACTCGCACACTCAGTTGAGTGTAATTTAATAGATTTATTTTAGAAAAAAATCAAGTAATTTTAAATGAGCTTCTCTTCAGGGTGGCTACAGGCCAAAATAACAAACAAAAGAATCTGCAAAGTAAATTAACTAAATTAACTAATTATTATAAATATTAAAAAAAAAATACAAGAAGCTTACCTTTCTCCCCAAACATAAACATAGTCAGAAGTAATCAAATAAATAGGCAGGCCACCCCTACAAGCTCAAACTCTCAAAAGAAGTTGAATGTATGGACCATGGTAACAAAATTGAACATTGGCCGTCAGCCGGAGGGGTACGGGAAATCCAGGAGCTCAGCTCCCAGCAACTGTCATAGCACAAATGAGCTCCTCGAACCCTGCCAGAAGCTCCTATTTATACAGGCATCCAAGACCAGCAGCCAATCAGCACGAATCACTCCGGAATAGTAGCCTATGGGATAACAAAAAAAACAAGGCGGCGGCACAAAGAAAAAGACACATGCAATACGCAATAAAAAATGAATGAATAAAATTGAGTCGTAACTCCCATATTAATTTTTTGTCTCCTTTTCAATAAATGATTCAGTTATTCACCCTTAAAACTTAATGTTTCATTGCTAGATGTGTCATTTTTGAAGAATTATTCAGTGGCATGTTTTTGATGGCTGATTTTTGCCACTTTTTTTGATTAAAAAATGTAATTGCTGTCTACAACTTTCATTTTTTATCCTTGTTAAATGCACATGACAGTGATTAGTCTTTACCATAAACATCAGTGGTTTTATCTAAACTATAAACTGTTATGCCAGTACCTCTGTGCTATTTGACTGTTTGTAACTTCATAACTCAAAAGACTCAATCTCTATTGATTTTTGTGTTTTCAGATTTGAATGCAGCGATTCAAAGGATTAATAACCATATGCAAATCGCCATCATTGATAATTTGTTGCGTGGGTGTTAAGATCCTGATCTTTTAATGATTAATCGTTTAGTTTACACTTGAATGCATTGATTCAGGCTAAAATAGTAGTGACCGAAAACTCCTTTATTAACTTACGAAACCCACCACATCTCTAATACCCTACCATGACTTCTTCTGTCCTCATTATATTTTACAGGAAAGCCCAAATGCTTTTATACATGTGATTTAAATGATGTCATAGGCAATCTCTCTGTGATCGTTACAAATTTAGAATTAATCTACAAGTAAAAAAAAACTGGGTCACGTGTGTTCCGAATCGTGGGTTGTGATTAGTACGAATCATGGATCGATCGTGATCTATTACACCCATTATGTCTATACTAAAAGCGATTTGGTTTGATGTTTGTGAAAATGTATTCCTCAAATAATTTTAAGTTATTTTTCATAAATTAAGCTGAAAATCATATCCAATGTTTTTAATGTGCAGTTTTGTTCTTTTTTTTGCATCTCGTATTAAGAAGTTGTTGTTGTTATGTATTTATTTATATTGATCTTGCCCTGAAATTGCCACAAGTTACCGATATGCCAATAAATAAACAAATGTAGCATTTATAATTAATTAATAATTTATTTTAAAAGCTTAAATAAAATTTAATAGGAGTTAAATTAAATTAAAACAGTAATGTGCAACATTTTTTTTTTCCCACAG
Seq C2 exon
AGATATTACTGATTCTAAGGATGTGATCAGTGCACCGGTGGATATGGCAGGGAATCTGAAGGAGTTTTGCAGTCAGAAATGCATCAGTTTATTAAACTTCAAGTGCAGTGTGTGTCAGAAGGCGGGAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000035823:ENSDART00000140926:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.010 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=WD(100=67.8),PF064679=zf-FCS=PU(23.8=16.9)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PD(73.8=70.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]