DreINT0139566 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057681 | si:ch211-266o15.1
Description
si:ch211-266o15.1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-131127-116]
Coordinates
chr17:14756867-14760822:-
Coord C1 exon
chr17:14760402-14760822
Coord A exon
chr17:14757030-14760401
Coord C2 exon
chr17:14756867-14757029
Length
3372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTGAGT
5' ss Score
6.43
3' ss Seq
TTTCCTCTGTTGTCTCAAAGGGT
3' ss Score
9.47
Exon sequences
Seq C1 exon
CATCCGTGGCACCTTCCCAGCAGTCTTCCTTCTCAGTAATCTCCCAGAGCGCTGCATCACTCAGAGGAACCACTATACTCCTGCCAGCCCAAGCCCAAACTCCACTTCAGCTCCAACTGCAGCATAAGGCCCAGATGCATTCTCAAATCCAGGCACAGGCTCGAATGCAGCCACCCATGATGGCCCAGGCCCAGCTGCAGGCTGTTCCTCCTCAGCCGCCCCAGATCCACGCTCCTCCACCCACAGTCAGGATCTGCTGCTCGGGCTGCTCGAAGGTCCTCCAGAAGGGGCAAACGGCGTTCCAGCGAAAAGGCTCCAACCAGCTGTTTTGCTCCACCGTGTGTCTAACGAGTTTCAGTTTACCCTCGGTTCAGTTTACACCCATCATCGCCCCCAAGAAAACCTGCCACCTCTGCCTTAA
Seq A exon
GTGAGTTATCATGTAGAATAATTGTTCTGCTTTTGGGTGTATACGTAACCCTTGTGTGATGTTGAGTGGGGCTGTGCGATTTGGGGAAAATATTAAATTGTGATTTTATTTATGTATTTGTTTTTATTTTTTTCACAATTATTGCGATTTCGATTTGATTTGCTATTTTAATTTTGTAGTCAATCTTCAGCTCAATATTGTGTATTGTTGCTTCTTACAGCTAAAATGCAGTGAGTGTTAGTTAAAAAAAGAAACTGAAAAGATATTAACTTAAACATTTATTCAAATTTGTTTTTAAGCATTCAGAAATTAAACACTTGTTTTTCTGTAGAGCAAACCGTAAGCACAAATAACATGACCTAACCTGTCTGTAAACAAGTTCAACTTAAAATAGGGAGATAGTGCAGCTTATTATACAAACAGAAAATAATAATTATTAAAATACAGAACACGCAGCAAACCAATGGCTGATAAGAGCCTTTCTGTAGCTTCTATTGTCTAAAAGAAAATAATTATCCCAGATGCCACACAAAATATCACAACGTTAAATTTACAGCTGTGGTACTCCAAAATGGCTAAAATAGGTGCGAGATGGAAGCAATCCTGACCCTCTTTGGTCACTGCATTAAAAGGCACCGTGTCTTTAGCGAGGTAGTGCGTTATGGAATTAGTTATTTTCTGGGTAGGGTTGCACCAGCTGTTTGTAAGTTCTTTCTAAACTGGAAGATAAAATCAACACTAGGGGCATTGTAACTACTAGCTAGTTTGTAACTAAATTTATTTACATGTTCAAACCGTAATTAGTAGGTCGTAAGCTTTACGCAAAGTTGCAGTGAACGACGTAATATCCAATAAGAAGCATTTAAATCGTTTAACGGCTATAAAATTTTGCACCTAATGCATCTACATGTATCTGTCCTATGAAAATGAAATGACTAATTATATTTTTGTAGTACATTACATTACAGTCAGTCACTACAGATGACTCGCACACGAGATACACGAAATACACATGAACATTAAACTTACATTTTTTGTGACTTTAAAACCAAAATATCCCCATATGACTGATGTCCTTTTTCTTTGATATTAATTTATCTATTAATGCTTATGAAGCAGCAGACGCCATAAACCCAGTCAACTGCGCTTTCCTGTTCCTGTTTTTTGTGGGCGTTCTGCATAGTTCAGTTGCACAATTCTGATTGGCCAGAACGAAAGTATGCTCACTGAATTGGCTAGTACAGGGGTCGACGAGCCGCATGCGGCTCTTTAGCGCTGCCCCAGTGGCTCCCTGGAGCTTTTTCAAAAAATGTTTGAAAACGGAAAAAGATGGGGGAGGTAAATATATTTTTGTTTTAATATGGTTTCTATAGGAGGACAAACAATCTTAACGTTTTCCAATGCTGTAAAAGTGTGTAGAATATTTATTTTCAACATTTCTGTCAACGAAGATTTGCGTCATAGCCTGCGACACACGGAATAGGCAGGTGGCTGTTGTAAACTATCCGGCGGCTGTGTGATGCGCCATGGAGCGCAAGCTGTCTTTGCCAAAGATGTACAGCGGGGCACGCTCTCTCATTTTCCCTCCCTGAGAGAATTCAAAGAAGCCCATCCCGATCACTCACTCGACTGTGATTATTTACAAGGTGCGATCGTTGATATGCAAACTGCATTTGGGAGCAGATTTTGCGAGTGGCGAAAGGAAAAAACGAGACTGTCTTTCCTTGTCACACACCCCTGGAGATTGACCCTTCCTTGTTGAGCACATTCCCAGTAAGGGGCACGTTATGCACGTTCATTTTGATGTTGTTTTTTGGAATCCTCAAAATAAAAAACATCAAAAATCTGATTTCTTTACTGCATTTCTTTAATTTCATCAAAGCAAAACATGATGCATTAATATTGTAATGAAGTTAAACTTGAACATTAAACATAATTCATTGATATTGTAATAAAGTTAAACTTTAACATTAAACATAATTCATTAATATTGTAATGAAGTTAAACTCGAACATTAAACATAATGCATTAATATTGCAATTAAGGTAAACTTGAGACGGCATCGTACAACAGAGTAGTCACGTGGTGCGTCATTCTCTACAGGATGCACTGCAGGGAAAAAAAAACATTTAATCATGAAGGCTCAGTATGTATTTGTAGCCAACTAAATCATTTTTATAGTAGGCTAATATAGCTAATATAAATACATACAGCATGTGTTGCCTTCATTATAAGGCTTATATAAGGCTTTTAATTTTTTGCGGCTCCAGACATATTTGTTTTTATTTTTTTTGGTCCAGTATGGCTCTTTCAACATTTTGGGTTGCCGACCCCTGGGCTAGTAAGACACCATGCATGCACTTGTTAAAATAAATAATACATATTTCATATCGCAGCCTCTTGCGATTAGCTAATTGCAACGTTTCAAATTCAATTAATCGCACAGCTCTACTGTTGAGGATGTTTTCATCCACTCTGAGGTGATTTTTAAGTCTTAATTTGTCCACAACTTTCTCTGTTTCAGCAAATTGAATGATTTTTTGGTGACAGATCTTATTGTCACTTATTTTGTAATGGTCTGAAAGTTTTCAAAAACTCAACAATACACTCTTGAAAAATTTACTACCTTACTCAATAGAACTTTATATAAAGGCTAGAAACTTTTTTGCACATGCCTATCTGAGTGGTTAATGATGTCAACTAATGATCAACAGTAAAAATGACATAATAATAAAATAATATTTTTACCTCTTCCCAACAGGGAAAGCCACAAACAATTAAAAAATGCCTAATTAGATGGTGTCATGGTTTTGAAATAAAAATAAATATAACCTTTATAATGGAAGTCAATGGGGCTTGATTTGAACAATACAAAAGGGTTAAAAATGAGGCAGAGCATTTATAACATGACATCGCGGGCATTCAGCAATGAATATAAAAATTGGCTTATTTTCCAAAATGAGTTAGTGTTTGCCAATTAAGATGTTAAGATGTATATATTATTACTGTAAGACTACTGAAAAAAACAATATATATTGCATTATGCAAAATCTTTATTGCATTGTTTTTTTACATAAATACATTTTTAAATGTATTATTTAGCATGTTTCATTTTCAAAAAATTCGTCTTATATTCTGAAAAATGCACTATTCAGGTTTTTAGTTGCAAAAGATGCTAATTTAAAAGGACATGCATTGGAATGCAAATTTGAAGGGTAAACTATCCTTTTAAGACAAACTTTTACTCTCCCTTTAAAATTGTATAACTGATTGTTCAGATGAAATTATGGAAATTAGATTTGACCATGTATAAATGAATGCAAATTAAATGAATGGTGGAACTGATATTTTTTTTCCTCTGTTGTCTCAAAG
Seq C2 exon
GGTCATTGTCAATCTAAAGGACTTGATTACCATCCCTGTGGGCTCCATGAACACACTAAAGGAATTCTGCAGCCAGGCTTGTCTAAGTATTTATAGAGACCGATATGAAGATGCACCTCCAGATCTGTTCACACACTGCAATGTCTGCAAGTTAGTCAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000057681:ENSDART00000154690:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.291 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=WD(100=29.1),PF064679=zf-FCS=PU(28.9=9.2)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PD(68.9=56.4),PF064679=zf-FCS=PU(29.4=18.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]