BtaINT0164797 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000007167 | ZMYM5
Description
Bos taurus zinc finger, MYM-type 5 (ZMYM5), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001195018]
Coordinates
chr12:36503385-36513645:+
Coord C1 exon
chr12:36503385-36503478
Coord A exon
chr12:36503479-36513359
Coord C2 exon
chr12:36513360-36513645
Length
9881 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
TTGTGTGTTTTATTTTTAAGATT
3' ss Score
10.12
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCAAGACTGCAGTAGGACCTTTTAATCCTGGTAGAATGAATGTGGCAGGAGGTGAATTTCAGAATGGAGGATTTACAACTCATCATAGTCCTG
Seq A exon
GTAAGCAGTGAGTGATACTAAATACTTTCCTTTCACCCTAAATTTGTAAGCTTTTGGCTTTTACTCTTAGTACCTATATCCAGTTTATTTATTCTATATGTGAAATTTTTTTTGTTAACTTTCATATTAAAATAGACTTTTTTTTACTTAGTAAAACTGCAGTTTACCCAAGTGTTTTGTATTTTAACTGAAAACTCCCATAATTCTTACCTCCATCTTTGTTTACCATCTTTAATGTAAAATTCTTAGGATAAAAGATGGGTAGTGAACTAAAGGATTAAAGTAATATTACATAATAATTTAATTTGTAATTACATAACTTGATTTTTCAGATTTTTCAAGTGTTTACTCTTGGACTGTTCCTGATTTTTGTTTTAAATTAGCACTTTATTAGTTTCTTCATTTTAAATTTGGAAAACTTTCTTTAAATCAGAGATCTATATTTTAAATACACTTCTGTGGCCATTCGTGTTCTGGTAAAATACAATGAAAGTTATTTAAAATTTAGCAAATCTTTTTTTTTCAGCTTTTTCATGACTTAATGTGCCCTTTGTTTTTTTGTTTGTTCTTTGGTTTTTGTTTGTGTTTGCTTTTGGCCATCTATCAACTTAGAATTTTAGAAAAGAACTAGAAAGTAACAAGAGCTAAGAACCGAATCACTTATTGTTTAATGGAATGCTAGTATATTTTTTTCTTTAAAATTTTTTAAAATTAATATTTTTCTCTGATAATGAGAACATTACACAACATTTGAAAGAAATCATAGTTAGAAATAAGGAACTAGTATCTGTTACCAACCCACTAAGTAGAAGTGACTGATAGCTGTTAAAATTTTAGTTTGTTTGCTATCAATCATTTTGCCTCTGTGGTTTTAAAAATAGAATTTAGAGCATATTGTATATAGTTTTGTGTTCTCTTGACTTTTTTAATGTAAGTTTTAAGTATGTTATGTCATTTTAAAAACAGAATTTTCAGTGACTATAAAATATTCTGTTGTCTGAGATATTTATTCCTCTAAAGGCATTTATGTTTTGTCATTTTTTTTTAACTGTTGAAACTCCACACACTAAATGTCTTTGTTTACATTGTTTATTATTTCTAAAGGACATTCTCAAACTTTCAAACTCAGTTTCACTCTTCGAAATGATTGAGGAACCCAGAGTTTTTTGTTTGTTTTTATCTGTTATCATACTAGAAATTAAAACTTAAATTTGAAAAGTACTTAACAATAATTATGTATTATGTGACATATTTTTAATGAAATATAACTACTTTCAAAGAAATTTAGTGAAAAAAGTGACGTTATTCTGGCTTAGTTGAAGACAGTATATTTAGCTCCTCCGATTGAGTTCTACATAGAATGTGTTGCATTGTCTTCTTTTGTTTGCAGTATAAGGAGAAAATCTGGCCTCACATACATACATGATTGTAGAATGGAGCGATATTTTACTAGTCTTTTTAGTTAATTATGGATATTTTCTTTTCCTTTTGACATAGCTCCAAAACTTGATAAGTGGTCATTTCTTAAAAGTTCTTACAGTGTGGAATCTGAAACTGTACAATGAACTTTTCATACATTATTACACTAAAATTCATTAATCTTCAGATGAATTTTACCTTTGAATGAATTGGTAACATTGTGCTTTCATTATTTGTAAGTGTTGATTCACTGAGTTACCTAGGTCTTCTAAATGTTGACACCTTAGAAAGCTAGCAGTGTTAGATGCAAGTTTTCAAACATTCTGATTTTCACTTGAAACATCAAATTTTCTCATTGGCAACAAACAGTTATTTTTTTGAAATGAAAAGCTTAATTTAAGAAAATGTAACCAGTTTGTCATTCTTTCAAGGCTAGTTCAGCCTGCAGTGCAAGTTTTGCAAGTGCTTTTCCACTGTGTCTCATTGTACTTTGTTATGAAAAGGAAGTGGCTTCTGGATGCTTCCCCATTCATCATACAGCTTCCTCGTTCATCATACAGAGTATTAAGATGTAATCAGAGGCTGAAATTCAGTAAAATTCATACTAAGTTTTACTTTTTCATCAAGGACTTCTTTTGTATAATAAATAATTTCACTGGTCTTTGTCCATGTTTCTTGGGAGAGAGGCTGAACCCTTGAGATTAACCAATTCTAAGGCTAAGGGAAGGTCGAAAGACCAACCATGTGATTCAAGTAGTTGGGCCTTTGAGCCAGCACACCCTCCATGGAGGAGAAAGAGGCTGAGATTGTCTGATCACCTGCAGCAAATAATCCCATCATTCATGTCCACACGGTGATGAAACCCAGTACACACTCTCGACATTGAGATCAGTGTAGCCTCCTGGTTGGTGAGCTCATCCATGCCCGGTGGGTGACACTACCTGATTGACAGAGAATGGGCAGAAGCTCTGCATTGGGATCCTCCCTCTCCTCAGCTTGTATGTCTCTTCATTTGGCAGGTCCTGATTTGTATCCTTTAAATAATACTGATGATAAGTATAAAGCTTTCCTGAGTTCTCTGAGTCATTCTAGCAAATTATCAAACCTGAAGTGGCCTTAGGAAGCTCCCGGATTTGCAGCCAGTTGGCCAGGAATCCAGGTGGCATGTGAAGGGAGGGCAGTCTTGTTGTGGATGTGTCTTTAAGCAGGGCTGGTGCTCACTCCAGGTGTTTAGTATCAGAATCGTGTCGACCTGTCGGTATTGGAAGAAGAACAGCAGAAGTAAATGTGCCTGATAGTGAGGACAACTTTTCTAGTACAGTTGGGTTCCACTGTGAGCAGTTTTACTCATCATTGCTTTTGCACCATTAGTGCAAATGCCAGCATAGTGAAAAAGACAAATAATCTGTTTTATTATGAAAATAGTTTAGCCTGGCACATCCTCTTTTATTTCTTATGTAATGTTGAATAGGAGTGATCAAAGTATAAAGTCGTGTCTGTTTTTTTTTGGCAGCACTGTGGGGCTTATGGGATCTTAGTTCCCCAATCAGGAATTGAACCCCAACTTCTCAGCAGTGAAAGTACCACGTCCTAACCACTGGACTCCCTTGTCTTATTCTTGACCTGGGGGGAAGCATTTGACATTTCATCAGTAGTATATTGATTGACATGTCAAATCTCTAAGTTTAGCACACTTATTTTCTAGTGAAAAGTTTCTGTAGGTGAAACGGCTAAGTCAGATGTCAGTTTTTTAAAGCTTTTCATGGTAAATGCAAAATGGCCCTCATAAAAAAATTCTGGGCTTTTTTCCATGTTGTAAACTGTCCTCAGGAGTAGGAATATTGTTTAATGTTTGCTAAACTGACCATTTAAAGGTGATAACTTCCTTAATATATATATCATGCTTGCTTGCTTAGTAGCTCAGTCATGTCCGACTCTTTGCGAACCCATGGACTATAGCCCACCAGGCTCTTGTACATGGAATTTTTTAGCCAAGAATGCTTTGAAGTGAAGTGAAAGTCCCTCAATTGTGTTTGACTCTTTGCAACCCCGTGGACTATACAGTCCATGGAATTCTCCAGGCTAGAGTACTGAAGTGGGTAGCCTTTCCCTTCTCCAGGGGATCTTCCCAACCCAGGGATCAAATCCAGGTCTCCTGCATTGCAGGCGGATTCTTTACCAGCTGAGCCACCAGGGAAGCCCCAGAATACTGGAGTGAGTAGCCTATCTTCTCCAGGGGATCTTCTGGACCCAGGAATTGAACCAGGGTCTCCTGCATTGCAGGTGGCTTCTTTACCAGCTGAGCTATCAGGAAAGCCCAAATTTATATATCACTGAACTTTTAAAAATAGATTTGCAAAATATAAATTTATTCATTCATGTTTGTCATCTACTTATTACCATGTACATCTTTTATTTATTGATTGAGTGAAACATGAGAAATAATATAAAAAACTTGTGATCTCTGTGAAGAATGATGTGATAAGCTTAAAAACAGTTGAAGATGTTGAAGACTTGAAATAATGTTCATTGAAAAATCATTCTTTTGGATCTGTTCACTCTTCTTTTAAAAAAATTTTATTTCTAATATAATTGATTTGTTTCTTTCACTTATTTCTTGTTTTGTAATTATTTCCTAAATTTTAGATGTATATTTGTGGAAGCATGAATTCAATCTTATGTACATATAAGCTCTTAAGTTAAAATCATAAACCTTGCCATGTATATCTTTGATGCTTCAGCCTTGACCTATTTTTCACTTTCTGAAGTAAATTGAAGTTGTGTATTTAATGGTGAAATGGATCAATAACATGCTTTTCAATTTAAAAGCATAGCACATAAACTTGATAAACTTAACTATAAAGGAGCATACTGTGGTTAGATGTGATACTGTCACTCCACTCAAATAGTGGACATAATTGAAACTTGCAAAAGTTGTTTAGATTACTTAGATGTATTTTCATTCTTGTCATCCTTTTATCTCATTAATTCAAAACTGTATATTACTATGATATTTTCTCATGACATGAAATATCAGTGATTTTAAAATATAGCAGAAAAACAAGCATTAAAGGACTCACTTGATATTCATTCATATATATGAAGAAGTTCTTAGCTACATTTGAACTATTTTGTGTATGCTGAGGCAATTCCTTCCTGTTATCTATGAAGTTTGAATGAATTTACAGTGTTCCTGGGTTCTCTGAAGTTCTACTTTGGGGGACAGAATTTACAGACTATGTCCTTTTAAATAATACCACTTGGTCCAGAATTCTTAAGAGAGTGTCTACCAAGTTGTCAGGTGAAGAGTGATGGTGAAGATGTGTCAAGTTTTCTGAAAGGTGGAGTCACTTTTCAAAAGGAATGCCTTGTTGCTGCTTTTTTCTTTGTTAAAATGGAATATAGCATCTTGAAAGCTGTCTAATTTTAGTGTTAATCCCAAATTTTGTTTTTGCCTGCTGTCAGCTTTGGTAAAACTAATGAATTTTATCAGAAGACATACAGAATAAGATGGCGGCAATTATATTACTGTTGAAATTGTTATTATTCAGAGTCAAAGCTCCCTCAAAGTGTCTGTCTTT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Seq C2 exon
ATTCTTGGATCTCCCAGTCAGCATCCTTTCCCCGTAATCAGAAACAGCCAGGGGTGGATTCTTTATCACCAGTGGCCTCGCTTCCTAAACAGATATTCCAGTCTTCTGCCCAACAGCAACCCACTAAAGCAGCTAAAATCACTTGTGCAAACTGCAAAAAACCTTTACAGAAGGGACAGACAGCTTATCAGCGAAAAGGATCAGCTCATCTCTTCTGTTCTACCACCTGCCTTTCTTCCTTCTCTCATAAGCGTACTCCAAAGAAACGCAATGTGACATGTAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000007167:ENSBTAT00000009433:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.969 A=NA C2=0.479
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=WD(100=42.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development